genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.221.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72833807--72833832	11	2.4	11	100	0	52	92	0	7	0	0.39
72838295--72838348	29	1.9	27	85	7	72	29	27	14	27	1.95
72839537--72839616	27	2.9	27	84	5	106	32	21	23	22	1.98
72839732--72839796	28	2.3	28	94	0	112	32	7	26	33	1.85
72847145--72847231	27	3.1	27	85	8	113	32	22	24	20	1.98
72847338--72847402	28	2.3	28	97	0	121	30	7	27	33	1.85
72850147--72850232	42	2.1	40	82	8	102	40	27	10	20	1.85
72853064--72853165	6	16.8	6	76	13	102	49	13	17	19	1.80
72853043--72853165	30	4.1	29	83	5	138	48	13	17	19	1.80
72853283--72853348	27	2.5	26	82	7	78	39	22	21	16	1.92
72853307--72853364	27	2.1	27	87	6	82	37	27	18	15	1.92
72853518--72853576	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
72853664--72853745	27	3.1	26	87	5	110	37	20	21	19	1.94
72853902--72853965	27	2.4	28	76	7	69	37	26	18	17	1.93
72853946--72854140	27	7.2	27	85	2	248	26	20	17	35	1.95
72853945--72854140	54	3.6	54	86	2	277	26	19	18	35	1.95
72854145--72854473	27	12.2	27	79	9	350	41	11	21	26	1.86
72854145--72854472	81	4.0	81	83	7	416	41	11	21	26	1.86
72864366--72864525	40	4.0	40	93	0	257	30	26	21	21	1.98
72864343--72864525	80	2.3	80	87	3	262	31	25	20	21	1.98
72870907--72870944	19	2.0	19	100	0	76	26	21	15	36	1.93
72884687--72885115	230	1.9	229	90	5	686	36	16	8	38	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72886699--72886861	3	53.3	3	74	9	100	31	3	2	62	1.25
72886897--72886922	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
72886963--72887061	40	2.4	41	89	3	164	34	21	26	18	1.96
72887676--72887724	24	2.0	24	96	0	89	53	2	4	40	1.32
72888012--72888050	15	2.7	14	84	7	51	25	0	25	48	1.51
72888004--72888064	7	8.6	7	76	3	50	24	1	24	49	1.60
72888055--72888135	21	3.8	21	71	11	58	17	2	40	39	1.63
72888278--72888344	14	4.7	14	83	3	89	40	4	16	38	1.69
72888863--72888907	22	2.1	21	83	4	54	46	2	0	51	1.13
72889079--72889106	9	3.1	9	100	0	56	78	0	10	10	0.96
72891871--72891901	15	2.0	16	93	6	55	51	3	6	38	1.44
72893197--72893239	22	1.9	23	85	4	61	58	4	0	37	1.19
72893266--72893450	43	4.3	43	86	0	219	25	14	27	32	1.94
72895130--72895174	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
72896693--72896730	6	6.2	6	96	3	67	31	18	34	15	1.92
72897042--72897098	27	2.1	27	100	0	114	22	14	21	42	1.88
72900477--72900537	19	3.2	19	72	23	65	47	6	4	40	1.51
72900481--72900558	38	2.1	38	100	0	156	44	7	5	42	1.55
72900488--72900548	19	3.2	19	73	17	72	44	6	4	44	1.51
72900503--72900563	19	3.2	19	68	22	56	42	8	6	42	1.60
72903197--72903308	56	2.0	57	85	5	156	27	18	7	46	1.75
72910450--72910483	16	2.1	16	89	10	52	70	8	5	14	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72913539--72913609	25	3.0	25	74	13	69	29	21	39	9	1.85
72921513--72921664	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
72921513--72921664	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
72940039--72940132	27	3.4	28	89	2	127	26	12	27	32	1.93
72940064--72940147	27	3.0	27	87	5	96	30	11	23	33	1.91
72948057--72948151	27	3.4	28	89	2	129	26	12	28	32	1.93
72948082--72948165	27	3.0	27	87	5	96	29	11	25	33	1.91
72951091--72951129	20	2.0	20	89	0	60	51	0	12	35	1.40
72952033--72952132	47	2.1	47	81	3	112	32	20	22	26	1.98
72953403--72953457	3	18.7	3	81	10	69	60	1	0	38	1.08
72953423--72953457	13	2.7	13	90	0	52	60	2	0	37	1.12
72953571--72953623	21	2.3	23	75	21	58	52	3	0	43	1.19
72957277--72957348	36	2.0	36	97	0	135	48	8	9	33	1.66
72957723--72957788	28	2.4	28	87	5	100	34	22	21	21	1.96
72965466--72965531	27	2.4	27	82	9	73	36	24	21	18	1.95
72969462--72969493	17	1.9	17	93	6	57	28	9	0	62	1.26
72979077--72979315	50	4.9	50	80	8	258	26	20	30	22	1.98
72979091--72979315	95	2.3	97	84	5	285	26	20	31	22	1.98
72990616--72990798	79	2.3	81	83	7	223	23	22	27	25	2.00
72990616--72990800	40	4.7	39	82	9	214	23	22	28	25	1.99
72995979--72996037	30	2.0	30	86	6	84	28	6	0	64	1.19
73006179--73006297	43	2.8	43	84	2	150	26	16	24	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73006179--73006321	43	3.3	43	81	3	101	28	17	22	31	1.96
73010109--73010314	53	3.8	54	79	1	234	36	18	24	19	1.94
73015923--73015970	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
73016007--73016069	20	3.2	20	97	0	117	36	14	19	30	1.91
73016124--73016221	47	2.1	47	94	5	171	30	20	20	28	1.98
73016123--73016242	24	5.0	24	88	10	174	30	20	21	27	1.98
73016436--73016499	31	2.1	31	87	0	92	37	15	25	21	1.93
73017294--73017325	17	2.0	17	88	11	50	15	0	21	62	1.32
73023988--73024044	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
73023986--73024048	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
73024102--73024244	24	6.0	24	88	7	211	30	20	20	27	1.98
73024102--73024223	47	2.6	48	93	3	203	31	19	19	28	1.97
73024103--73024244	71	2.0	72	89	6	218	30	20	21	28	1.98
73024438--73024501	31	2.1	31	90	0	101	39	15	23	21	1.92
73037655--73037923	46	5.8	45	75	15	255	23	19	28	28	1.98
73037651--73037870	47	4.7	46	76	13	209	22	20	29	27	1.99
73037651--73037908	93	2.8	93	95	1	455	22	20	29	28	1.98
73043266--73043535	46	5.9	44	73	14	240	23	19	28	28	1.98
73043313--73043481	47	3.6	47	74	7	191	23	19	29	27	1.98
73043263--73043527	93	2.8	93	92	3	435	23	20	29	27	1.98
73057139--73057407	48	5.7	48	85	6	352	29	25	18	26	1.98
73065013--73065092	40	2.0	40	97	0	151	41	17	12	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73065392--73065599	77	2.7	77	87	1	310	31	27	20	19	1.97
73071568--73071638	24	2.8	25	83	8	83	23	23	18	33	1.96
73074223--73074308	43	2.0	43	83	0	109	27	30	20	20	1.98
73082757--73082903	40	3.7	40	92	3	242	23	19	26	30	1.98
73087211--73087278	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
73087100--73087427	174	1.9	174	94	1	586	31	24	14	29	1.94
73087380--73087458	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
73094185--73094350	40	4.2	40	95	0	289	23	22	27	27	1.99
73098690--73098746	28	2.0	28	100	0	114	38	10	8	42	1.71
73106881--73107027	42	3.5	41	77	8	143	19	18	31	30	1.96
73106956--73107040	43	2.0	43	95	0	152	18	20	31	29	1.96
73109461--73109488	13	2.2	13	100	0	56	60	0	0	39	0.97
73114224--73114804	47	12.2	47	90	2	865	31	8	30	29	1.86
73114227--73114789	96	5.9	94	91	2	853	31	8	30	29	1.87
73114224--73114804	143	4.1	142	90	3	905	31	8	30	29	1.86
73114922--73115000	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
73120690--73120761	31	2.3	31	87	0	108	29	9	5	55	1.55
73122174--73122230	26	2.1	27	83	3	71	33	22	14	29	1.93
73125101--73125329	38	6.0	38	88	5	318	30	24	22	22	1.99
73125101--73125329	76	3.0	76	91	1	350	30	24	22	22	1.99
73131368--73131495	28	4.5	28	88	2	175	28	12	25	32	1.92
73131368--73131495	57	2.2	57	88	2	186	28	12	25	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73151488--73151524	9	4.1	9	85	0	56	32	10	10	45	1.74
73151570--73151604	9	3.9	9	92	0	61	40	22	11	25	1.88
73151564--73151606	18	2.3	18	96	4	77	34	20	13	30	1.92
73151982--73152081	41	2.4	41	96	0	182	32	27	20	21	1.97
73159578--73159886	40	7.7	40	95	0	528	32	20	25	22	1.98
73168278--73168579	40	7.6	40	92	3	486	30	20	26	22	1.98
73168279--73168579	119	2.5	119	94	3	518	30	20	26	22	1.98
73168279--73168579	159	1.9	158	92	3	507	30	20	26	22	1.98
73198920--73198950	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
73198917--73198956	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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