genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.132.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42781641--42781728	30	2.9	30	78	6	106	29	27	15	27	1.96
42782136--42782160	13	1.9	13	100	0	50	16	32	16	36	1.90
42787991--42788166	46	3.8	46	79	12	207	21	21	28	28	1.98
42787988--42788159	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
42808913--42809096	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
42808913--42809093	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
42808914--42809133	40	5.6	38	78	10	165	24	20	27	27	1.99
42816235--42816418	40	4.6	40	83	6	196	23	20	27	28	1.99
42816235--42816415	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
42818272--42818310	18	2.2	18	85	0	51	61	2	23	12	1.43
42834369--42834417	24	2.0	24	96	0	89	36	12	2	48	1.52
42835184--42835220	18	2.1	18	94	0	65	21	2	24	51	1.61
42842260--42842298	20	2.0	19	90	5	60	12	30	15	41	1.85
42842264--42842318	20	2.8	20	81	13	53	14	30	20	34	1.92
42846352--42846527	46	3.8	46	75	14	164	21	19	28	30	1.98
42846348--42846520	93	1.9	93	88	2	267	21	20	28	28	1.98
42855565--42855733	92	1.8	93	92	1	286	28	28	20	22	1.98
42855557--42855731	46	3.8	46	77	6	201	29	28	19	22	1.98
42858151--42858204	15	3.6	15	87	0	72	55	18	16	9	1.67
42858132--42858209	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
42862632--42862657	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
42863743--42864068	96	3.5	92	78	7	282	28	19	25	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42863743--42863984	48	5.1	48	76	3	209	30	18	24	26	1.98
42863755--42864044	144	2.1	138	78	7	289	30	19	24	25	1.98
42870161--42870228	35	1.9	35	93	0	118	26	22	20	30	1.98
42870161--42870240	35	2.3	35	88	0	115	26	22	21	30	1.99
42870209--42870317	35	3.1	35	71	0	92	24	20	20	34	1.96
42877510--42877846	27	12.5	27	87	1	406	28	15	16	40	1.88
42878203--42878261	18	3.2	18	74	11	57	23	27	18	30	1.98
42878871--42878900	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
42880573--42880606	17	2.0	17	88	0	50	41	5	0	52	1.25
42884517--42884555	20	2.0	20	89	0	60	48	2	12	35	1.55
42903398--42903430	17	1.9	17	88	11	50	51	18	0	30	1.46
42917297--42917393	46	2.1	45	87	9	135	23	28	20	26	1.99
42919035--42919105	36	2.0	36	88	0	106	36	7	18	38	1.78
42938064--42938376	47	6.7	47	74	12	211	28	18	28	23	1.98
42938064--42938373	140	2.2	139	81	9	353	29	18	28	23	1.98
42943021--42943081	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
42948134--42948250	58	2.0	58	85	4	157	34	21	14	29	1.93
42950380--42950555	56	3.1	56	98	0	334	44	9	22	22	1.82
42951685--42951869	40	4.7	40	81	7	200	23	22	27	26	1.99
42951738--42951902	79	2.1	79	83	6	201	25	20	27	26	1.99
42958420--42958450	15	2.1	15	93	0	53	35	19	25	19	1.95
42959622--42959805	40	4.6	39	82	9	194	23	22	27	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42959674--42959838	79	2.1	79	83	6	201	25	20	27	26	1.99
42966044--42966176	56	2.4	54	91	2	203	33	26	12	27	1.93
42966182--42966475	43	7.0	43	76	11	279	30	25	17	26	1.97
42966190--42966474	41	6.8	42	78	5	281	30	24	17	27	1.97
42966190--42966475	84	3.4	84	91	1	441	30	25	17	27	1.97
42978791--42978819	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
42980719--42980747	8	3.6	8	100	0	58	27	0	34	37	1.57
42981715--42981747	6	5.5	6	96	0	57	81	0	3	15	0.80
42985432--42985492	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
43004804--43004945	40	3.5	40	84	1	158	35	24	13	26	1.92
43007954--43008054	28	3.6	28	83	2	123	26	35	12	24	1.92
43008039--43008131	40	2.3	40	83	0	105	33	23	17	25	1.96
43013469--43013593	23	5.4	23	78	10	121	36	18	20	24	1.95
43017554--43017726	43	4.0	43	81	3	206	31	26	15	26	1.95
43029054--43029143	45	2.0	45	100	0	180	26	20	11	42	1.85
43030220--43030250	12	2.6	12	100	0	62	58	6	0	35	1.24
43032522--43032556	8	4.4	8	89	10	54	77	0	0	22	0.78
43032744--43032805	22	2.9	21	75	20	56	72	4	1	20	1.12
43035105--43035246	47	3.0	47	92	1	223	30	13	12	43	1.81
43036025--43036244	45	5.0	45	88	3	306	23	21	28	26	1.99
43042742--43042977	47	5.0	47	95	0	411	29	13	13	43	1.82
43043764--43043936	45	4.0	45	85	5	214	23	20	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43047624--43047653	16	1.9	16	93	6	53	33	23	0	43	1.54
43047865--43048100	50	4.7	50	76	8	212	31	24	17	26	1.97
43047914--43048095	101	1.8	101	88	0	283	30	23	18	27	1.98
43051053--43051094	15	2.8	16	79	13	54	52	14	19	14	1.75
43054699--43054842	40	3.6	40	85	3	209	24	26	23	25	2.00
43054663--43054842	80	2.3	79	88	3	256	25	26	23	25	2.00
43057959--43057988	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
43058150--43058375	50	4.5	49	78	5	202	32	27	15	24	1.95
43058150--43058376	100	2.3	100	85	3	296	32	27	15	24	1.95
43060202--43060351	42	3.5	42	79	7	142	30	25	16	28	1.96
43061063--43061125	18	3.6	18	71	16	60	22	31	0	46	1.52
43062120--43062158	16	2.4	16	86	0	60	12	0	7	79	0.93
43062303--43062397	46	2.1	46	95	0	172	26	16	14	42	1.87
43062402--43062707	95	3.3	95	81	9	328	29	21	15	33	1.94
43062402--43062720	44	6.9	45	74	11	200	30	20	15	33	1.94
43070781--43070825	19	2.3	20	88	7	67	46	6	20	26	1.75
43073133--43073176	22	2.0	22	90	0	70	56	2	0	40	1.11
43073133--43073175	10	4.1	10	80	11	50	58	2	0	39	1.11
43076549--43076574	8	3.2	8	100	0	52	76	0	0	23	0.78
43079889--43079921	9	3.7	9	91	0	57	24	12	21	42	1.86
43080076--43080124	20	2.5	19	87	6	71	55	8	0	36	1.30
43080083--43080147	20	3.2	20	81	14	73	52	6	0	41	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43080095--43080151	19	3.1	19	82	7	64	54	5	0	40	1.23
43084153--43084179	4	6.8	4	100	0	54	77	0	22	0	0.76
43087069--43087132	6	10.7	6	100	0	128	51	15	0	32	1.44
43087383--43087436	18	2.9	19	72	5	56	33	1	1	62	1.16
43088230--43088266	18	1.9	19	89	10	58	70	0	0	29	0.88
43088928--43088976	17	2.9	16	76	8	53	38	0	4	57	1.18
43092943--43093128	26	7.2	26	94	0	318	33	7	23	35	1.83
43092943--43093128	78	2.4	78	98	0	354	33	7	23	35	1.83
43097180--43097230	26	2.0	26	84	7	68	62	11	9	15	1.53
43101283--43101365	41	2.0	41	100	0	166	44	21	4	28	1.73
43106563--43106699	42	3.3	42	86	3	188	32	14	21	31	1.94
43126957--43127057	29	3.5	29	90	1	150	29	28	14	26	1.95
43134858--43134958	29	3.5	29	90	1	150	29	28	14	26	1.95
43140488--43140534	6	8.0	6	92	4	78	80	0	0	19	0.70
43149799--43149868	29	2.4	29	95	0	131	27	10	25	37	1.88
43150385--43150494	52	2.1	52	89	0	166	20	31	22	24	1.98
43160197--43160253	30	1.9	30	85	7	80	14	28	35	22	1.93
43165335--43165379	15	2.9	15	81	12	54	15	13	17	53	1.73
43167760--43167984	40	5.7	40	86	5	287	24	21	28	25	1.99
43176071--43176198	40	3.2	40	93	2	204	23	19	28	28	1.98
43176071--43176221	80	1.9	79	82	6	189	25	19	27	27	1.99
43185165--43185352	79	2.4	82	83	8	235	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43185171--43185354	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
43185223--43185387	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
43191910--43191956	25	1.9	24	86	4	67	74	2	17	6	1.12
43193196--43193380	40	4.6	39	80	7	187	24	21	27	26	1.99
43193249--43193413	79	2.1	79	83	8	203	26	20	27	26	1.99
43193197--43193413	40	5.5	40	77	11	135	25	21	27	25	1.99
43201330--43201494	46	3.6	45	80	11	172	26	17	30	25	1.97
43201283--43201494	47	4.5	47	77	13	154	26	16	30	25	1.97
43205487--43205678	49	3.9	49	80	6	224	30	25	18	26	1.98
43205500--43205683	101	1.8	99	87	4	271	30	25	17	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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