genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   

This is table  83  of  333  ( 39894 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25639250--25639289	14	2.8	13	85	14	53	20	2	0	77	0.88
25643761--25644016	40	6.4	40	90	4	376	25	27	22	24	2.00
25651821--25652036	40	5.4	40	89	2	312	25	27	22	24	2.00
25662718--25662814	50	1.9	50	85	0	131	28	23	22	24	1.99
25667493--25667623	47	2.7	49	85	7	178	26	19	32	22	1.97
25669030--25669082	26	2.0	26	82	7	63	26	11	20	41	1.86
25670570--25670620	26	2.0	26	96	0	93	35	25	9	29	1.88
25678285--25678335	26	2.0	26	96	0	93	39	21	7	31	1.82
25680607--25680816	39	5.3	39	91	4	300	24	22	27	25	2.00
25680556--25680816	39	6.6	39	86	8	236	25	22	27	24	2.00
25688803--25688952	39	3.8	39	94	2	257	26	20	27	26	1.99
25688803--25688952	77	1.9	79	94	2	268	26	20	27	26	1.99
25688759--25688952	78	2.5	79	86	8	274	25	21	27	25	1.99
25702165--25702196	14	2.3	14	100	0	64	21	28	28	21	1.99
25709709--25709969	40	6.6	40	90	1	375	22	27	22	26	1.99
25727061--25727285	49	4.5	49	85	2	270	30	27	17	25	1.97
25727048--25727287	99	2.4	96	82	6	282	29	26	17	25	1.98
25733556--25733619	28	2.3	28	86	2	85	14	45	26	14	1.82
25734578--25734886	46	6.6	45	73	15	173	24	31	18	25	1.97
25734776--25734980	46	4.4	46	82	7	231	22	29	20	27	1.98
25734572--25734983	94	4.3	94	73	16	334	24	30	19	25	1.98
25742398--25742864	50	9.7	50	74	6	315	26	31	16	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25742348--25742856	49	10.6	49	71	10	243	26	31	16	25	1.96
25742352--25742861	47	10.7	47	73	11	308	25	31	16	25	1.96
25742348--25742861	93	5.4	96	77	9	464	25	31	16	25	1.97
25742348--25742809	192	2.4	192	95	2	813	26	31	16	25	1.96
25742398--25742809	99	4.3	99	78	9	435	26	31	16	25	1.96
25753420--25753544	43	3.0	42	78	9	128	34	22	13	29	1.92
25753671--25753737	35	1.9	35	81	0	80	47	13	5	32	1.67
25757575--25757760	41	4.6	40	88	3	248	25	24	26	24	2.00
25757577--25757730	81	1.9	82	89	4	240	24	24	25	25	2.00
25765660--25765804	40	3.6	40	84	4	184	26	24	25	23	2.00
25773023--25773166	43	3.3	43	79	5	141	31	24	15	27	1.96
25786661--25786768	42	2.5	42	81	3	117	24	18	24	33	1.97
25786657--25786774	43	2.7	43	78	3	130	22	19	24	33	1.97
25789110--25789150	18	2.3	18	86	0	64	51	31	12	4	1.60
25790224--25790263	5	8.6	5	84	15	59	20	0	0	80	0.72
25790219--25790270	4	12.5	4	77	22	54	21	0	0	78	0.74
25790200--25790266	9	7.3	9	85	8	91	20	0	1	77	0.85
25802351--25802995	44	14.3	44	78	6	488	33	16	19	30	1.94
25802512--25802616	51	2.0	52	85	1	140	39	13	15	32	1.86
25802568--25802937	89	4.2	88	83	2	402	36	17	16	29	1.92
25802384--25802937	133	4.1	133	79	5	558	34	17	17	30	1.93
25804913--25805081	41	4.1	41	76	8	130	26	29	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25804937--25805082	41	3.6	41	81	3	170	27	28	21	22	1.99
25820766--25820934	41	4.1	41	79	8	157	26	29	21	23	1.99
25820788--25820935	41	3.6	41	81	7	185	27	28	21	22	1.99
25828768--25828936	41	4.2	40	76	13	132	26	30	20	22	1.98
25828791--25828937	41	3.6	41	80	7	174	27	28	21	22	1.99
25831710--25831755	23	2.0	23	83	8	58	19	0	2	78	0.86
25831710--25831756	20	2.4	21	82	13	64	19	0	2	78	0.85
25831711--25831756	13	3.8	12	81	18	51	17	0	2	80	0.81
25836216--25836314	50	2.0	50	93	0	171	28	10	24	37	1.88
25838253--25838291	16	2.4	16	86	4	60	61	5	2	30	1.31
25839241--25839317	35	2.2	35	86	4	102	45	25	3	24	1.70
25841379--25841417	21	1.9	21	85	15	55	41	5	2	51	1.38
25842721--25842969	20	12.4	20	83	1	257	11	27	20	40	1.87
25846155--25846323	79	2.1	79	83	3	214	26	20	27	25	1.99
25846099--25846321	40	5.6	39	80	8	209	26	21	26	25	2.00
25846179--25846356	79	2.2	80	81	3	191	26	21	27	24	1.99
25856524--25856628	42	2.5	42	79	4	95	33	27	15	23	1.95
25861436--25861516	40	2.0	40	100	0	162	27	14	9	48	1.76
25867146--25867309	43	3.8	43	82	6	181	31	25	17	26	1.97
25869341--25869379	21	1.9	20	84	5	51	17	28	43	10	1.82
25870225--25870279	27	2.0	27	100	0	110	14	25	23	36	1.93
25870688--25870819	48	2.8	48	86	0	165	28	25	15	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25873676--25873754	38	2.1	38	97	0	149	44	20	6	29	1.76
25875704--25875762	28	2.1	28	100	0	118	45	25	0	28	1.54
25880130--25880170	18	2.4	17	87	4	55	19	48	19	12	1.80
25880130--25880175	17	2.6	18	86	3	58	17	50	19	13	1.78
25887918--25888004	19	4.7	19	88	5	142	37	11	13	36	1.81
25887908--25888004	36	2.6	36	69	15	90	38	11	13	37	1.81
25894454--25894504	11	4.8	10	80	17	50	86	0	7	5	0.71
25894454--25894498	17	2.8	17	83	16	60	86	0	6	6	0.70
25894454--25894504	16	3.3	15	78	13	50	86	0	7	5	0.71
25894454--25894505	22	2.4	22	84	9	63	84	0	7	7	0.77
25895445--25896192	199	3.7	200	93	1	1246	31	18	21	28	1.97
25896262--25896426	87	1.9	86	82	7	208	33	16	21	27	1.96
25896820--25896870	19	2.9	17	81	13	59	37	9	17	35	1.83
25896830--25896872	19	2.1	21	91	8	72	37	9	18	34	1.83
25900333--25900385	27	2.0	27	85	7	72	18	22	18	39	1.92
25901967--25902264	124	2.4	123	81	1	328	35	21	18	24	1.95
25901968--25902264	41	7.2	41	79	0	306	35	21	18	24	1.95
25902345--25902394	24	2.2	22	82	7	55	26	0	10	64	1.25
25902543--25902641	7	13.7	7	76	5	54	48	29	0	22	1.51
25902543--25902641	36	2.7	35	75	9	92	48	29	0	22	1.51
25902744--25902813	14	4.8	15	71	13	56	21	1	27	50	1.57
25902838--25902926	35	2.5	35	82	8	92	15	0	29	55	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25902852--25902891	21	1.9	21	84	0	53	17	0	30	52	1.45
25902859--25902905	14	3.4	14	80	11	51	19	0	27	53	1.45
25903056--25903087	15	2.1	15	94	0	55	12	0	34	53	1.39
25903327--25903536	41	5.1	41	82	4	217	35	13	22	28	1.92
25906366--25906491	9	14.0	9	79	11	116	46	17	0	35	1.54
25906351--25906491	38	3.8	39	80	13	174	45	16	0	37	1.53
25911525--25911567	14	3.1	14	83	3	61	32	2	13	51	1.54
25915096--25915137	22	2.0	21	85	4	57	33	0	4	61	1.17
25924331--25924365	14	2.5	14	90	0	52	34	17	5	42	1.73
25925286--25925374	32	2.7	33	84	1	99	20	42	13	23	1.87
25926189--25926349	65	2.6	62	90	7	263	45	7	5	41	1.56
25930959--25931118	43	3.7	42	78	13	157	23	18	27	30	1.97
25933279--25933466	40	4.7	40	91	0	288	23	19	25	30	1.98
25933279--25933499	40	5.6	40	88	2	277	23	20	25	29	1.99
25935320--25935372	23	2.3	23	74	6	54	16	3	28	50	1.62
25935988--25936074	42	2.1	42	84	0	111	25	22	27	24	2.00
25937949--25938168	40	5.6	40	79	5	232	25	25	23	25	2.00
25953461--25953644	39	4.7	40	84	11	204	24	27	22	25	2.00
25961765--25961907	44	3.3	42	79	14	125	25	20	23	30	1.99
25961766--25961924	43	3.7	42	78	13	164	24	20	25	29	1.99
25962453--25962505	23	2.3	23	74	6	54	16	3	28	50	1.62
25963811--25963854	14	3.1	14	90	3	61	0	36	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25963811--25963865	5	11.4	5	80	7	60	1	36	0	61	1.06
25964051--25964090	16	2.4	16	79	4	53	22	0	0	77	0.77
25964774--25964842	23	3.3	23	66	29	71	52	10	10	27	1.67
25964774--25964854	40	2.0	40	100	0	162	55	9	9	24	1.63
25972834--25972915	24	3.5	23	72	8	67	29	25	19	25	1.99
25974349--25974502	42	3.6	42	78	1	146	30	24	14	30	1.95
25975663--25975772	42	2.6	42	88	0	148	38	20	13	27	1.91
25977988--25978024	19	1.9	19	94	0	65	29	10	13	45	1.77
25980828--25980879	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
25988120--25988169	21	2.4	21	76	3	57	34	2	16	48	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333