genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.215.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70799750--70799779	15	2.0	15	93	0	51	30	40	16	13	1.87
70799765--70799836	29	2.5	29	88	0	99	26	31	18	23	1.97
70800060--70800110	8	6.4	8	73	8	50	7	19	21	50	1.72
70800060--70800110	24	2.1	24	85	7	68	7	19	21	50	1.72
70802542--70802672	57	2.3	56	85	4	163	46	6	21	25	1.74
70806419--70806497	31	2.5	31	89	4	115	7	13	5	73	1.22
70806416--70806477	31	2.0	31	100	0	124	9	12	3	74	1.19
70808062--70808286	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
70808062--70808319	119	2.2	119	81	6	283	25	21	27	24	1.99
70815985--70816209	40	5.6	39	82	8	233	24	21	28	26	1.99
70815985--70816209	80	2.8	79	82	6	276	24	21	28	26	1.99
70822899--70823069	80	2.1	80	92	6	285	40	16	25	17	1.90
70840306--70840488	39	4.6	41	81	12	197	24	22	27	25	2.00
70840306--70840488	79	2.3	79	81	9	196	24	22	27	25	2.00
70840357--70840521	78	2.1	79	81	9	196	25	21	27	26	1.99
70848224--70848408	79	2.3	81	83	7	227	24	23	27	24	2.00
70848225--70848408	40	4.6	39	82	9	203	25	23	27	24	2.00
70848277--70848441	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
70856640--70856702	32	2.0	32	100	0	126	22	25	22	30	1.99
70859546--70859618	36	2.0	36	100	0	146	41	10	10	36	1.76
70863182--70863239	30	2.0	29	83	6	73	37	13	12	36	1.82
70869983--70870205	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70870058--70870240	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
70877871--70878093	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
70877946--70878128	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
70882837--70882910	36	2.1	36	100	0	148	44	18	22	13	1.85
70895448--70895663	46	4.6	45	78	6	175	29	20	27	23	1.99
70905206--70905317	48	2.3	48	86	3	145	29	17	25	26	1.98
70905247--70905379	48	2.7	49	80	4	144	28	15	24	31	1.96
70914285--70914318	13	2.6	13	90	0	50	17	23	38	20	1.93
70923117--70923153	19	1.9	19	100	0	74	27	27	32	13	1.94
70926489--70926647	27	5.9	27	81	10	164	35	21	24	18	1.96
70926507--70926647	54	2.6	54	90	2	230	35	22	24	17	1.95
70926751--70926826	26	2.8	27	84	4	91	30	11	22	35	1.90
70928269--70928376	26	4.2	26	92	0	180	36	25	7	31	1.83
70934533--70934582	3	16.7	3	100	0	100	34	0	0	66	0.92
70942526--70942564	20	2.0	20	85	5	53	46	7	20	25	1.77
70943920--70943980	24	2.5	25	86	5	88	16	26	21	36	1.94
70943868--70944010	74	1.9	74	81	5	173	20	25	20	33	1.97
70947885--70947941	24	2.4	24	77	14	64	28	1	21	49	1.59
70949493--70949528	9	4.0	9	88	0	54	25	0	8	66	1.19
70950627--70950696	31	2.3	31	80	9	83	45	12	5	35	1.66
70957653--70957719	20	3.8	18	70	25	54	40	0	0	59	0.97
70960903--70960935	16	2.0	17	88	5	50	48	15	3	33	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70962077--70962136	30	2.0	30	93	0	102	38	10	6	45	1.64
70963298--70963397	49	2.0	49	96	0	182	45	6	6	43	1.53
70963505--70963577	29	2.5	29	84	4	103	35	9	16	38	1.81
70964577--70964638	32	1.9	32	100	0	124	25	9	20	43	1.83
70969446--70969603	78	2.0	78	95	2	282	27	18	20	33	1.96
70979800--70979902	50	2.1	50	96	0	188	36	26	13	23	1.92
70980546--70980589	19	2.4	18	88	7	70	43	13	2	40	1.57
70981152--70981402	125	2.0	125	98	0	484	30	19	15	33	1.94
70983590--70983712	33	3.7	33	96	0	228	17	9	42	30	1.82
70986943--70987009	33	2.0	33	97	0	125	29	14	16	38	1.89
70988695--70988778	42	2.0	42	95	0	150	45	14	10	29	1.78
70988806--70988850	19	2.4	19	85	10	65	42	13	2	42	1.56
70991918--70991942	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
70992927--70992964	13	3.0	13	80	7	51	26	13	26	34	1.93
71005567--71005747	40	4.6	40	89	2	249	24	24	24	25	2.00
71012657--71012691	17	2.0	18	88	5	54	28	17	0	54	1.43
71013762--71013807	23	2.0	23	100	0	92	39	13	30	17	1.87
71016605--71016728	40	3.2	40	69	15	107	24	20	17	37	1.93
71016618--71016753	36	3.7	36	71	11	112	25	19	16	38	1.93
71016673--71016954	149	1.9	151	84	2	381	23	22	20	32	1.98
71016574--71016954	76	5.1	75	78	3	336	24	22	19	34	1.97
71021115--71021147	17	1.9	17	93	0	57	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71021124--71021166	20	2.2	20	82	0	50	51	2	0	46	1.13
71021232--71021269	10	3.7	10	86	6	58	42	0	0	57	0.98
71021436--71021460	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
71025572--71025611	12	3.3	12	85	0	53	7	17	52	22	1.69
71032156--71032185	13	2.2	14	94	5	53	50	0	3	46	1.18
71033378--71033488	51	2.2	51	85	3	143	40	12	19	27	1.88
71033816--71033862	15	3.2	15	81	3	60	36	2	12	48	1.53
71044316--71044392	22	3.4	22	65	28	61	32	12	29	24	1.93
71044294--71044814	47	11.1	47	86	3	744	32	11	29	25	1.92
71044294--71044860	141	4.0	141	87	3	854	32	11	29	25	1.92
71044714--71044788	23	3.2	23	63	29	59	32	10	29	28	1.90
71044316--71044814	94	5.3	94	95	0	883	32	11	29	25	1.92
71048397--71048491	39	2.5	39	81	5	104	25	30	24	20	1.98
71048464--71048589	39	3.2	39	94	0	207	27	30	20	21	1.98
71050569--71050726	29	5.5	29	89	3	223	32	25	12	29	1.92
71050569--71050726	57	2.8	58	89	3	223	32	25	12	29	1.92
71050569--71050726	86	1.8	86	89	2	246	32	25	12	29	1.92
71065300--71065575	136	2.0	136	92	0	462	29	19	19	31	1.97
71067539--71067563	13	1.9	13	100	0	50	16	40	32	12	1.84
71069752--71069821	28	2.5	28	88	0	104	18	41	20	20	1.91
71070895--71071156	48	5.6	44	78	14	190	25	29	16	28	1.97
71070985--71071158	46	3.8	48	82	10	193	24	30	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71070887--71071160	94	2.9	93	78	10	283	24	30	17	27	1.97
71076920--71077097	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
71076941--71077096	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
71081304--71081369	27	2.4	27	94	0	114	43	12	24	19	1.85
71088439--71088500	27	2.3	27	88	0	97	41	14	22	20	1.89
71091904--71092175	48	5.7	47	73	8	158	24	30	19	26	1.98
71097182--71097214	17	2.0	16	94	5	57	60	3	6	30	1.36
71101159--71101225	26	2.6	25	83	11	73	32	4	1	61	1.25
71101186--71101252	28	2.4	28	80	10	73	32	7	2	56	1.42
71101424--71101458	14	2.5	14	90	0	52	40	2	2	54	1.30
71101406--71101466	24	2.5	23	82	15	70	36	3	4	55	1.38
71101456--71101486	12	2.6	12	94	0	53	32	3	0	64	1.09
71101430--71101486	22	2.5	24	78	16	68	35	3	1	59	1.25
71101456--71101514	12	5.1	12	76	15	52	27	8	1	62	1.33
71107138--71107202	25	2.7	24	81	6	87	13	24	18	43	1.87
71107733--71107782	25	2.0	25	96	0	91	48	10	8	34	1.66
71108719--71108757	20	2.0	20	94	0	69	38	5	15	41	1.69
71108720--71108765	20	2.3	20	85	3	67	43	6	10	39	1.66
71112812--71112894	43	1.9	43	83	9	107	28	31	15	24	1.96
71116612--71116670	29	2.1	28	93	3	100	25	16	28	28	1.97
71116622--71116700	29	2.8	29	84	5	90	26	15	30	27	1.96
71139441--71139521	41	2.0	41	92	0	135	12	38	11	38	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71139994--71140030	16	2.3	16	90	0	56	48	13	27	10	1.75
71140245--71140364	29	4.2	29	85	1	134	26	13	29	30	1.94
71148737--71148828	30	3.1	30	100	0	184	26	16	22	34	1.95
71154814--71154949	42	3.1	42	74	12	128	31	25	15	27	1.96
71154814--71154985	90	1.9	89	85	1	236	30	26	16	27	1.97
71154821--71155121	48	6.4	48	77	8	174	28	29	16	25	1.97
71156368--71156516	71	2.1	71	100	0	298	30	9	33	26	1.88
71157007--71157036	15	2.0	15	93	0	51	10	6	10	73	1.25
71158202--71158255	26	2.1	26	100	0	108	59	7	0	33	1.25
71158210--71158253	13	3.4	13	75	12	54	54	9	0	36	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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