genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.184.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   

This is table  184  of  333  ( 39894 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60399674--60399822	6	24.2	6	82	8	167	34	1	16	48	1.54
60403524--60403566	9	4.8	9	94	0	68	60	0	11	27	1.31
60403714--60403746	14	2.4	14	90	10	50	39	0	0	60	0.97
60408694--60408847	28	5.5	28	96	0	256	26	11	27	34	1.90
60408669--60408847	56	3.2	56	90	1	261	26	11	27	34	1.90
60416912--60417065	28	5.5	28	95	0	256	26	10	28	34	1.89
60416888--60417065	56	3.2	56	90	1	259	26	10	28	34	1.89
60418633--60418715	27	3.3	27	65	22	79	34	3	27	33	1.75
60418607--60419052	49	9.3	49	91	2	694	34	8	28	28	1.86
60418607--60419052	96	4.6	96	92	1	698	34	8	28	28	1.86
60423343--60423464	44	2.8	43	82	6	158	32	26	18	22	1.97
60430839--60430997	42	3.7	42	72	15	128	29	27	21	21	1.98
60437340--60437549	40	5.3	40	86	4	230	27	21	25	25	1.99
60437287--60437550	79	3.3	79	83	5	295	26	21	26	26	2.00
60437287--60437556	119	2.3	119	79	6	289	26	21	26	25	1.99
60437340--60437583	119	2.1	118	81	6	280	28	20	25	25	1.99
60450780--60450834	27	2.0	27	92	0	92	40	14	14	30	1.86
60453900--60453938	21	1.9	20	94	5	69	46	25	0	28	1.53
60454548--60454607	4	15.0	4	96	0	111	26	0	25	48	1.52
60457421--60457472	20	2.6	20	78	0	50	38	5	11	44	1.65
60459306--60459618	47	6.6	48	75	11	263	26	19	29	23	1.98
60459299--60459568	94	2.8	94	81	7	305	27	20	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60462471--60462524	20	2.7	19	77	8	54	35	9	7	48	1.63
60462517--60462567	25	2.0	25	96	0	93	27	11	17	43	1.84
60467909--60468041	49	2.7	49	84	10	164	25	27	19	27	1.99
60467863--60468082	96	2.3	94	79	12	238	25	29	18	26	1.98
60467863--60468176	47	6.7	47	76	13	204	24	28	18	28	1.98
60467863--60468127	50	5.6	45	77	11	137	25	29	18	27	1.98
60469544--60469721	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
60469565--60469720	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
60477573--60477750	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
60477594--60477749	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
60482211--60482443	102	2.3	102	93	1	387	25	13	26	34	1.93
60482211--60482449	50	4.7	50	77	9	234	25	13	26	34	1.93
60483001--60483329	180	1.8	180	92	0	559	38	8	18	34	1.82
60484870--60485044	46	3.8	46	74	14	171	30	29	18	20	1.97
60484878--60485092	93	2.3	93	86	1	306	30	29	18	21	1.97
60484924--60485082	47	3.4	46	76	14	164	32	30	16	20	1.95
60487470--60487538	30	2.3	30	82	7	88	60	14	13	11	1.58
60487470--60487538	15	4.7	15	71	8	52	60	14	13	11	1.58
60490423--60490691	46	5.8	46	72	13	201	29	29	20	20	1.98
60490477--60490639	47	3.5	47	76	8	188	30	30	19	20	1.97
60490430--60490695	93	2.9	93	90	0	415	28	30	20	20	1.98
60492479--60492659	47	3.7	47	80	11	172	23	27	19	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60492486--60492705	96	2.3	95	81	12	231	24	27	18	30	1.98
60492481--60492845	140	2.6	141	80	7	348	23	28	18	29	1.98
60501553--60501794	101	2.4	99	82	2	270	27	19	25	28	1.98
60501550--60501795	49	4.9	50	81	2	280	27	18	25	28	1.98
60518571--60518939	96	3.8	96	89	1	533	25	28	17	28	1.98
60518566--60518938	48	7.7	48	81	3	417	25	28	17	28	1.97
60520317--60520578	40	6.6	40	89	4	338	25	27	21	26	1.99
60525187--60525223	18	2.0	19	89	5	58	37	10	8	43	1.69
60525285--60525336	20	2.6	20	81	0	59	36	7	11	44	1.70
60526939--60527009	33	2.2	33	94	0	124	32	22	5	39	1.77
60531061--60531478	143	2.9	143	84	2	538	28	21	18	31	1.97
60531402--60531663	89	3.0	88	85	3	321	27	22	19	30	1.98
60531415--60531644	44	5.2	44	66	4	147	27	22	19	30	1.98
60531239--60531894	320	2.0	320	85	3	872	28	22	18	30	1.98
60531684--60531894	88	2.4	89	82	2	255	28	25	18	27	1.98
60531098--60532261	231	5.0	231	80	7	1117	28	22	18	30	1.97
60531098--60532261	463	2.5	457	81	6	1248	28	22	18	30	1.97
60531915--60532120	89	2.3	87	81	8	220	29	24	18	28	1.98
60532148--60532241	44	2.1	44	84	2	116	24	21	23	30	1.99
60531992--60532273	142	2.0	142	82	6	349	28	23	17	30	1.97
60533877--60533937	22	2.8	22	75	9	61	32	22	24	19	1.97
60534079--60534197	41	2.9	41	90	5	195	26	29	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60534451--60534509	27	2.2	27	81	6	66	33	15	16	33	1.91
60534459--60534775	27	11.7	26	81	7	192	32	9	17	40	1.82
60534479--60534770	54	5.4	52	80	9	230	32	8	18	40	1.80
60534472--60534770	81	3.7	80	77	10	284	32	8	18	41	1.80
60534767--60534844	27	2.9	27	90	1	122	29	24	15	30	1.95
60537810--60537874	22	3.0	22	75	8	60	32	23	23	21	1.98
60537910--60537976	32	2.1	33	88	2	100	34	19	23	22	1.97
60538046--60538170	41	3.0	40	90	4	187	28	28	21	21	1.99
60549245--60549282	20	1.9	20	84	10	51	44	13	7	34	1.72
60551401--60551461	30	2.0	30	87	0	86	39	6	22	31	1.80
60562823--60562854	12	2.7	12	100	0	64	31	15	0	53	1.43
60565071--60565126	19	3.1	19	85	15	82	35	12	5	46	1.65
60565421--60565776	46	7.7	46	88	2	466	21	23	14	40	1.90
60567514--60567547	14	2.5	13	86	13	50	67	0	0	32	0.91
60570001--60570052	19	2.7	20	82	5	63	40	13	21	25	1.89
60571550--60571579	15	2.0	15	93	0	51	60	36	0	3	1.14
60581055--60581101	23	2.0	23	84	8	60	48	21	2	27	1.61
60581873--60581974	43	2.4	43	85	3	125	26	25	19	28	1.99
60585509--60585558	19	2.7	19	78	6	59	54	0	4	42	1.19
60586645--60586688	21	2.0	22	83	12	56	38	0	4	56	1.20
60602258--60602323	30	2.1	32	83	10	84	45	1	3	50	1.26
60604225--60604272	24	2.0	24	100	0	96	54	4	12	29	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60609314--60609392	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
60612309--60612365	30	1.9	30	88	0	87	43	8	19	28	1.80
60626071--60626321	40	6.3	40	81	3	301	26	27	21	25	1.99
60626071--60626320	79	3.2	80	90	1	387	26	27	21	24	1.99
60634403--60634584	38	4.8	39	81	12	227	23	22	29	25	1.99
60643113--60643165	25	2.2	24	82	3	61	39	20	20	18	1.92
60644463--60644539	38	2.0	38	100	0	154	38	7	10	42	1.68
60645559--60645713	54	2.9	54	81	0	157	25	20	30	23	1.99
60652951--60653016	3	22.7	3	90	6	109	66	0	33	0	0.92
60653502--60653562	32	1.9	32	93	0	104	27	1	11	59	1.42
60653778--60653825	21	2.3	21	79	10	55	68	4	0	27	1.07
60663046--60663196	42	3.5	43	77	11	148	27	26	19	25	1.99
60669123--60669190	29	2.3	29	80	5	75	29	29	11	29	1.92
60669297--60669364	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
60669466--60669544	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
60669012--60669513	174	2.9	174	98	0	959	31	24	14	29	1.94
60676657--60676708	27	1.9	27	96	0	95	30	21	15	32	1.94
60676726--60677128	27	15.1	27	83	6	448	38	9	23	28	1.86
60676726--60677119	80	4.9	81	82	4	462	39	9	23	27	1.86
60676726--60677128	53	7.6	54	81	9	454	38	9	23	28	1.86
60678848--60678973	6	20.8	6	76	16	118	50	15	16	18	1.79
60678848--60678973	30	4.2	30	83	9	157	50	15	16	18	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60679090--60679148	27	2.2	26	85	5	82	37	23	23	15	1.93
60679090--60679172	27	3.1	27	79	8	73	36	25	22	15	1.94
60679467--60679549	27	3.2	26	86	8	105	38	20	21	19	1.93
60679704--60679765	26	2.4	27	72	8	65	37	27	17	17	1.93
60679746--60679939	27	7.2	27	78	1	201	26	17	18	37	1.93
60679746--60679932	54	3.5	54	88	2	270	26	18	18	37	1.93
60679944--60680350	27	15.3	27	80	7	402	40	9	22	27	1.85
60679949--60680350	53	7.6	53	80	7	408	40	9	23	27	1.85
60679960--60680350	133	3.0	131	82	5	369	39	9	22	28	1.85
60692569--60692631	31	2.0	32	81	9	76	44	0	4	50	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333