genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.236.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77723681--77723756	40	1.9	40	94	0	134	27	9	14	48	1.74
77724703--77724758	17	3.5	17	71	14	64	14	37	28	19	1.91
77732434--77732605	93	1.8	93	92	2	292	28	28	20	22	1.99
77732427--77732602	46	3.8	47	78	12	202	29	28	20	21	1.98
77732478--77732621	46	3.1	44	74	15	132	29	27	20	22	1.98
77737992--77738037	24	2.0	23	82	4	56	28	19	10	41	1.85
77740012--77740187	46	3.8	46	76	10	187	29	28	19	21	1.98
77740027--77740206	46	3.9	44	72	15	132	28	28	19	22	1.98
77741810--77742081	40	6.8	40	92	1	436	23	28	22	26	1.99
77741810--77742089	122	2.3	122	93	1	467	23	28	21	26	1.99
77752107--77752142	19	1.9	18	88	5	54	22	0	2	75	0.94
77755102--77755168	19	3.6	18	76	13	57	4	5	10	79	1.05
77755103--77755168	6	10.8	6	77	7	62	4	6	10	78	1.06
77759302--77759504	53	3.8	54	76	4	194	20	23	18	37	1.94
77765984--77766039	22	2.5	22	83	8	69	44	16	3	35	1.65
77769542--77769717	46	3.8	45	79	10	185	22	20	28	28	1.98
77769539--77769709	93	1.8	93	91	0	279	22	21	28	28	1.99
77782231--77782362	49	2.7	49	83	2	176	29	22	27	20	1.99
77786396--77786635	48	5.1	48	88	3	339	24	18	30	27	1.98
77789068--77789473	47	8.6	47	91	2	632	32	8	29	29	1.87
77789068--77789473	96	4.3	95	92	1	636	32	8	29	29	1.87
77789068--77789473	143	2.9	143	91	2	640	32	8	29	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77795651--77795874	48	4.6	48	83	0	259	25	18	28	27	1.98
77795651--77795902	96	2.6	95	76	6	256	26	19	27	26	1.99
77802517--77802639	49	2.5	49	82	2	149	27	18	29	24	1.98
77807018--77807152	57	2.4	57	96	1	245	34	20	20	25	1.96
77807018--77807179	57	2.8	57	90	3	220	34	20	19	24	1.96
77809281--77809348	34	2.0	34	100	0	136	29	14	8	47	1.75
77809615--77809644	9	3.3	9	90	0	51	0	20	0	80	0.72
77809617--77809654	18	2.1	19	90	5	60	5	13	0	81	0.85
77813985--77814031	23	2.0	23	100	0	94	21	34	17	27	1.95
77817916--77817973	29	2.0	29	100	0	116	31	10	17	41	1.83
77818558--77818680	61	2.0	61	100	0	246	40	25	14	19	1.89
77820488--77820916	48	8.6	48	80	9	425	26	31	17	24	1.97
77820491--77820916	96	4.3	96	82	9	496	26	31	17	24	1.97
77820661--77820688	14	2.0	14	100	0	56	35	28	14	21	1.92
77820615--77820736	62	2.0	62	93	0	208	27	33	16	22	1.95
77820565--77820784	110	2.0	110	93	0	377	28	32	16	23	1.96
77820524--77820832	158	2.0	158	92	0	510	27	32	16	23	1.96
77820491--77820880	206	1.9	205	88	3	595	26	31	16	24	1.97
77824985--77825055	26	2.8	25	85	4	97	26	22	21	29	1.99
77825279--77825358	31	2.6	31	92	2	126	32	18	23	25	1.97
77833639--77833835	39	5.1	39	93	0	322	25	21	25	27	2.00
77838835--77838990	39	4.0	38	85	6	136	27	25	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77838840--77838990	78	1.9	78	92	5	252	27	25	20	26	1.99
77845208--77845365	39	4.1	39	92	0	262	27	21	23	27	1.99
77846013--77846047	18	1.9	18	100	0	70	28	5	17	48	1.69
77847133--77847169	18	2.1	18	85	14	51	54	13	10	21	1.69
77847163--77847228	12	5.4	12	73	10	53	54	12	16	16	1.71
77847163--77847262	37	2.7	37	88	0	146	51	12	18	19	1.76
77847199--77847284	6	14.0	6	70	18	61	50	13	16	19	1.79
77847177--77847284	31	3.3	31	80	10	101	50	12	16	20	1.78
77847163--77847284	37	3.5	37	79	15	141	51	12	17	18	1.75
77847403--77847462	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
77850343--77850473	6	21.3	6	70	16	81	48	12	19	20	1.80
77850351--77850473	37	3.5	37	79	13	150	47	11	19	21	1.80
77850367--77850473	31	3.3	31	76	14	115	47	12	18	21	1.81
77851270--77851376	27	4.0	27	85	3	119	24	20	20	34	1.96
77851286--77851376	27	3.4	27	87	0	128	23	19	21	35	1.96
77851325--77851382	27	2.1	27	87	0	80	29	18	17	34	1.94
77851371--77851428	27	2.1	27	84	6	73	32	8	18	39	1.82
77851379--77851464	27	3.2	26	86	6	109	27	6	19	45	1.76
77858977--77859204	40	5.7	40	93	3	388	25	27	22	25	2.00
77861483--77861524	21	2.0	21	95	4	77	40	23	4	30	1.75
77867117--77867344	40	5.7	40	92	3	379	25	27	22	24	2.00
77867084--77867340	80	3.2	80	92	3	405	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77869211--77869257	21	2.2	21	92	0	76	19	19	31	29	1.96
77870168--77870194	4	6.8	4	100	0	54	22	25	0	51	1.48
77884227--77884275	5	10.2	5	77	16	50	38	6	20	34	1.77
77884229--77884303	20	3.8	20	86	6	93	38	9	18	33	1.83
77884353--77884488	26	5.3	26	82	4	154	30	19	21	29	1.97
77885617--77885726	43	2.6	43	89	0	157	24	30	20	24	1.99
77885652--77885767	43	2.7	46	82	7	118	26	28	20	24	1.99
77887644--77887673	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
77892329--77892373	22	2.0	22	83	8	56	22	8	17	51	1.73
77892809--77892852	17	2.5	17	85	7	52	13	25	40	20	1.89
77893299--77893438	54	2.6	53	80	7	147	35	22	13	28	1.92
77893297--77893410	27	4.2	27	80	3	131	36	22	10	29	1.88
77893400--77893499	27	3.7	27	89	0	137	32	20	22	26	1.98
77900147--77900331	79	2.3	82	81	7	211	24	27	23	25	2.00
77900128--77900331	40	5.1	40	78	8	211	24	26	23	25	2.00
77901928--77902041	39	2.9	39	89	0	165	30	21	25	22	1.99
77909922--77910046	39	3.2	39	90	1	189	32	21	24	21	1.98
77912347--77912378	13	2.5	13	94	0	55	25	21	18	34	1.96
77912502--77913727	250	4.9	250	99	0	2434	33	7	22	36	1.81
77920386--77920464	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
77920692--77920765	22	3.3	22	66	17	62	29	29	10	29	1.91
77920581--77920802	94	2.3	93	90	5	347	30	30	9	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77920581--77920803	49	4.7	48	93	3	355	30	30	8	30	1.88
77948176--77948223	15	3.3	14	83	16	62	77	2	14	6	1.06
77953115--77953298	67	2.8	64	76	11	187	29	16	30	23	1.96
77961827--77961900	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
77964884--77965101	47	4.6	48	77	7	202	25	28	17	28	1.98
77964880--77965101	93	2.4	94	79	8	265	24	28	18	28	1.98
77964880--77965151	47	5.8	46	75	13	159	25	28	18	28	1.98
77971241--77971299	29	2.0	29	100	0	118	42	23	10	23	1.85
77984917--77984949	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
77987880--77987931	6	8.7	6	84	0	68	80	1	5	11	0.96
77987880--77987940	12	5.4	11	83	11	54	80	1	4	13	0.95
77997182--77997214	7	4.7	7	100	0	66	15	0	39	45	1.46
77999259--77999337	28	2.8	28	90	0	131	31	27	7	32	1.85
77999368--77999454	40	2.2	40	91	4	140	34	28	16	20	1.94
78003118--78003186	34	2.0	34	97	0	129	36	15	23	24	1.94
78024590--78026462	946	2.0	946	99	0	3737	36	10	21	32	1.87
78026437--78026559	47	2.6	47	90	0	192	35	14	23	26	1.93
78026532--78026745	54	4.0	54	81	4	207	35	16	24	22	1.94
78026550--78026734	55	3.4	54	82	5	212	35	17	24	21	1.95
78036984--78037143	77	2.1	77	89	4	243	34	26	20	19	1.96
78043269--78043453	76	2.4	77	88	1	291	32	27	20	19	1.96
78043682--78043725	22	2.0	22	100	0	88	31	27	22	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78054361--78054418	28	2.0	30	86	6	84	25	10	5	58	1.52
78059394--78059526	29	4.6	28	87	3	176	33	26	12	28	1.92
78059394--78059526	57	2.3	57	88	3	187	33	26	12	28	1.92
78062070--78062147	40	1.9	41	82	7	97	33	0	1	65	1.01
78064628--78064660	14	2.3	15	90	10	52	36	0	0	63	0.95
78069713--78069801	30	3.0	30	77	8	92	57	15	15	11	1.65
78069713--78069792	15	5.4	15	79	7	83	58	13	16	11	1.62
78069724--78069801	15	5.2	15	74	11	79	56	15	15	12	1.68
78073602--78073812	43	5.0	43	82	5	225	27	13	24	33	1.93
78077258--78077480	119	1.9	120	83	6	292	25	27	22	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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