genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.250.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82420300--82420346	4	11.8	4	100	0	94	51	23	0	25	1.49
82420975--82421243	77	3.6	76	75	8	237	40	11	8	39	1.72
82425823--82425856	18	1.9	18	88	5	52	50	0	8	41	1.34
82426767--82426819	17	3.1	16	76	12	52	79	5	3	11	1.03
82426774--82426819	16	2.9	16	80	3	58	78	6	4	10	1.08
82427530--82427728	90	2.2	90	84	2	258	28	21	18	32	1.96
82427652--82427996	133	2.6	133	85	3	424	29	23	17	29	1.97
82427907--82428268	45	8.1	45	68	8	166	29	23	18	28	1.98
82427755--82428174	178	2.4	178	84	1	511	30	23	17	28	1.97
82427655--82428268	311	2.0	312	87	2	894	29	22	18	28	1.98
82427933--82428270	133	2.5	133	87	0	496	29	22	19	28	1.98
82429556--82429590	17	2.1	17	89	10	54	8	8	0	82	0.83
82440788--82440822	18	1.9	18	88	0	52	28	28	20	22	1.98
82446421--82446467	17	2.7	18	75	18	55	44	4	0	51	1.21
82446852--82446926	37	2.0	37	86	0	105	21	22	13	42	1.87
82450154--82450188	19	1.9	18	88	11	54	51	2	11	34	1.53
82450988--82451411	154	2.8	153	89	5	640	43	9	4	41	1.58
82454200--82454411	43	5.0	43	78	10	193	26	17	27	27	1.98
82454300--82454405	41	2.5	43	78	6	110	30	19	23	26	1.98
82457392--82457444	26	2.0	26	85	7	72	41	24	11	22	1.86
82466797--82466838	19	2.2	19	87	8	59	35	0	0	64	0.94
82467504--82467618	55	2.1	54	93	1	194	23	11	5	60	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82475131--82475215	37	2.3	37	85	0	107	31	20	23	24	1.98
82475195--82475423	48	4.8	48	85	2	298	27	16	25	31	1.97
82476993--82477086	40	2.4	40	83	3	120	38	37	10	13	1.80
82512869--82512923	14	3.9	14	77	13	58	25	30	16	27	1.96
82517870--82517948	39	2.0	39	95	0	140	22	17	25	34	1.96
82519741--82519828	29	2.9	30	76	5	79	25	26	22	26	2.00
82524350--82524392	18	2.6	16	82	13	52	34	0	0	65	0.93
82524921--82524954	17	2.0	17	88	11	52	67	5	0	26	1.13
82525480--82525518	16	2.6	16	88	8	55	48	0	2	48	1.15
82526781--82526849	21	3.3	21	81	0	84	14	37	24	23	1.92
82537359--82537391	17	2.1	17	88	11	52	48	6	6	39	1.53
82538050--82538101	18	2.8	18	82	8	61	44	11	1	42	1.51
82541078--82541118	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
82545449--82545489	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
82545490--82545673	72	2.6	72	99	0	359	27	6	23	41	1.79
82548534--82548589	22	2.4	24	73	5	62	19	10	7	62	1.50
82567240--82567295	28	2.0	28	96	0	103	37	25	5	32	1.78
82570860--82570940	41	2.0	41	87	0	117	29	20	17	32	1.96
82571487--82571526	18	2.2	19	86	8	57	22	47	17	12	1.81
82584775--82585007	47	5.0	47	93	0	394	33	12	28	26	1.92
82584800--82584922	22	5.3	22	63	24	65	32	13	28	26	1.93
82585173--82585259	37	2.4	37	88	0	120	25	18	33	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82585205--82585278	37	2.0	37	89	0	112	24	18	29	27	1.98
82587306--82587356	22	2.4	21	78	15	59	68	3	3	23	1.23
82587870--82587913	19	2.2	20	84	4	54	56	4	0	38	1.20
82587892--82587937	23	2.0	24	83	12	60	56	2	0	41	1.11
82592010--82592159	23	6.5	23	79	11	139	28	18	15	37	1.91
82592024--82592155	69	1.9	69	87	6	196	28	16	15	39	1.90
82592010--82592162	46	3.3	46	78	5	166	28	18	15	37	1.91
82599910--82599947	13	2.8	13	88	4	58	44	13	0	42	1.43
82601231--82601269	21	1.9	20	89	5	60	64	25	10	0	1.25
82603356--82603397	21	2.0	21	85	0	57	69	0	2	28	1.01
82616010--82616120	42	2.6	42	81	7	118	29	25	20	24	1.99
82619591--82619628	13	2.8	13	88	4	58	44	13	0	42	1.43
82621079--82621197	36	3.3	36	82	3	123	42	27	15	15	1.86
82628174--82628241	27	2.5	27	95	0	118	23	19	20	36	1.95
82633553--82633729	48	3.7	48	85	7	218	27	30	17	24	1.97
82633553--82633729	96	1.8	96	86	2	257	27	30	17	24	1.97
82642310--82642370	28	2.2	28	78	0	68	24	22	14	37	1.92
82645308--82645336	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
82646124--82646206	43	1.9	43	82	4	105	32	20	14	32	1.93
82648800--82648833	17	2.1	17	88	5	52	29	0	0	70	0.87
82651065--82651098	17	2.0	17	88	0	50	29	0	0	70	0.87
82660893--82660953	5	12.0	5	92	1	95	37	1	21	39	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82662359--82662384	5	5.2	5	100	0	52	0	42	57	0	0.98
82673468--82673500	16	2.0	17	94	5	59	36	12	0	51	1.39
82673781--82674053	46	6.0	46	89	1	352	20	23	15	39	1.91
82673982--82674052	21	3.2	21	66	30	58	26	23	12	36	1.91
82676986--82677012	13	2.1	13	100	0	54	22	14	0	62	1.31
82679930--82680054	52	2.4	52	78	17	143	44	19	16	19	1.87
82679949--82680070	53	2.3	52	85	4	156	40	20	20	18	1.92
82679949--82680070	52	2.3	52	87	4	165	40	20	20	18	1.92
82680744--82680783	21	1.9	21	89	0	62	27	17	25	30	1.97
82681822--82681850	3	10.0	3	92	7	51	0	31	0	68	0.89
82681973--82682041	30	2.3	31	87	7	97	21	4	20	53	1.62
82682339--82682376	18	2.1	18	100	0	76	42	10	23	23	1.85
82686086--82686146	30	2.0	30	87	0	86	29	24	4	40	1.76
82692304--82692340	18	2.0	19	89	5	58	67	0	0	32	0.91
82692817--82692852	18	1.9	19	88	5	56	36	0	0	63	0.94
82696525--82696623	41	2.4	41	81	3	119	33	16	23	27	1.95
82696723--82696765	20	2.1	20	91	4	68	18	32	4	44	1.71
82696723--82696765	21	2.0	22	91	8	72	18	32	4	44	1.71
82696779--82696865	25	3.5	25	76	6	86	17	34	17	31	1.93
82698765--82698907	39	3.7	39	87	0	214	37	14	10	37	1.81
82698839--82698902	18	3.4	18	73	12	65	39	14	4	42	1.66
82698802--82698905	18	5.4	18	68	13	64	37	13	9	39	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82700070--82700131	30	2.1	28	91	5	97	48	6	1	43	1.38
82702453--82702494	13	3.2	13	90	6	66	0	23	0	76	0.79
82702708--82702736	15	1.9	15	100	0	58	55	0	3	41	1.17
82723131--82723395	103	2.6	104	89	3	408	20	20	29	30	1.97
82725052--82725237	40	4.7	40	82	7	193	25	25	22	26	2.00
82731771--82731813	22	2.0	22	86	4	61	44	0	2	53	1.13
82733969--82734096	47	2.8	45	79	14	145	27	18	28	25	1.98
82733972--82734181	92	2.3	94	82	8	243	28	18	29	24	1.98
82735177--82735242	28	2.4	28	94	0	114	16	18	45	19	1.86
82737084--82737281	40	4.9	40	92	0	315	24	19	27	28	1.98
82737084--82737307	120	1.9	120	85	0	313	25	20	27	27	1.99
82745533--82745895	46	7.7	48	74	11	215	26	18	29	24	1.98
82749589--82749635	21	2.2	21	88	0	67	14	23	34	27	1.94
82757252--82757323	25	2.9	25	89	0	108	20	26	1	51	1.56
82768150--82768174	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
82768635--82768741	4	24.8	4	73	16	56	65	5	3	25	1.31
82775588--82775637	25	2.0	25	100	0	100	48	8	12	32	1.69
82776082--82776326	44	5.5	44	73	8	183	31	13	26	28	1.94
82776082--82776326	133	1.8	133	81	7	309	31	13	26	28	1.94
82777790--82777850	21	2.8	22	82	12	72	36	1	3	59	1.24
82777790--82777888	42	2.3	43	81	10	123	35	2	3	59	1.24
82777846--82777887	19	2.2	19	86	0	57	35	2	2	59	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82778100--82778180	15	5.1	15	69	16	56	19	0	4	75	0.98
82780985--82781028	21	2.1	21	82	0	52	31	4	6	56	1.46
82781043--82781093	23	2.3	22	83	6	59	62	3	0	33	1.13
82781104--82781132	15	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
82782100--82782158	27	2.2	26	85	8	75	40	5	5	49	1.47
82792547--82792617	10	6.9	10	76	17	65	64	2	11	21	1.38
82792580--82792622	22	2.0	22	100	0	86	60	4	16	18	1.52
82792632--82792669	13	2.8	13	88	4	58	44	13	0	42	1.43
82794602--82794650	3	17.3	3	76	19	52	69	0	0	30	0.89
82794599--82794649	8	6.5	8	90	4	77	68	0	0	31	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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