genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.202.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   

This is table  202  of  333  ( 39894 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66160717--66160758	21	2.0	21	81	9	50	69	2	4	23	1.20
66160931--66160984	25	2.2	25	80	12	58	12	12	0	74	1.08
66161510--66161655	40	3.7	38	87	7	186	27	23	22	26	2.00
66162045--66162123	14	5.6	14	75	3	61	26	1	34	37	1.65
66162045--66162119	21	3.6	21	66	10	55	26	1	34	37	1.65
66162093--66162123	7	4.4	7	95	0	53	29	0	35	35	1.58
66162045--66162140	14	6.9	13	73	12	50	26	1	37	35	1.64
66162093--66162143	21	2.4	21	80	6	50	25	0	41	33	1.56
66162218--66162259	18	2.6	16	81	11	50	47	0	4	47	1.23
66162269--66162321	17	3.1	17	70	24	56	45	3	7	43	1.50
66162269--66162346	35	2.4	32	87	10	106	48	3	7	39	1.50
66163097--66163224	37	3.4	36	86	6	166	12	46	14	26	1.81
66170388--66170416	14	2.1	14	93	6	51	37	0	6	55	1.27
66170782--66170821	21	1.9	21	89	0	62	40	20	27	12	1.88
66171023--66171116	47	2.0	47	89	0	143	19	6	24	50	1.71
66171251--66171344	43	2.2	43	86	0	125	26	19	23	30	1.98
66171620--66171653	16	2.1	16	89	10	52	41	0	0	58	0.98
66175572--66175621	12	4.2	12	81	0	55	10	14	52	24	1.71
66180918--66181053	15	8.8	15	66	20	57	48	2	0	47	1.22
66180947--66180983	16	2.3	17	81	13	51	59	2	0	37	1.12
66180999--66181035	19	1.9	19	94	0	65	51	0	0	48	1.00
66183736--66183795	30	2.0	30	90	0	93	26	1	13	58	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66185529--66185568	18	2.2	18	95	0	71	42	15	15	27	1.86
66189506--66189616	35	3.2	35	93	0	186	22	18	3	54	1.59
66191781--66191839	22	2.9	21	82	9	68	37	3	3	55	1.33
66196192--66196216	5	5.0	5	100	0	50	40	0	20	40	1.52
66199018--66199258	27	9.2	27	75	19	226	36	21	23	18	1.95
66199018--66199258	54	4.6	54	85	9	356	36	21	23	18	1.95
66199049--66199245	100	2.0	100	95	0	358	37	19	23	19	1.95
66200880--66200935	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
66209757--66209795	20	2.0	20	84	0	51	66	7	17	7	1.40
66214012--66214040	12	2.3	13	94	5	51	58	0	0	41	0.98
66214456--66214518	30	2.1	30	93	0	108	28	0	11	60	1.31
66214642--66214674	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
66218470--66218628	27	5.9	27	79	11	166	34	20	24	20	1.96
66218488--66218628	54	2.6	54	87	2	212	34	21	24	19	1.96
66219984--66220047	28	2.3	28	97	0	119	48	20	14	17	1.81
66224399--66224556	27	5.9	27	79	11	155	36	21	22	19	1.95
66224434--66224556	54	2.3	54	94	0	210	34	23	24	17	1.95
66229851--66229928	38	2.1	38	100	0	156	48	24	0	26	1.51
66232495--66232617	65	1.9	64	85	8	169	27	4	14	52	1.62
66235835--66235897	30	2.1	30	90	0	99	57	15	3	23	1.53
66244273--66244406	58	2.3	58	83	3	162	45	1	3	49	1.29
66244588--66244645	16	3.6	16	69	0	53	31	22	6	39	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66244575--66244643	32	2.2	32	84	2	86	31	24	4	39	1.75
66247563--66247752	40	4.7	41	80	7	228	25	16	25	32	1.96
66255056--66255134	41	1.9	42	89	2	124	27	12	27	31	1.93
66260425--66260459	18	1.9	18	88	0	52	62	2	0	34	1.10
66260907--66260962	19	2.8	20	76	23	64	42	0	3	53	1.18
66261237--66261303	35	1.9	35	81	6	82	46	8	0	44	1.35
66283566--66283638	23	3.2	23	72	1	67	23	19	20	36	1.95
66290709--66290836	46	2.7	48	79	14	126	27	21	18	32	1.97
66290710--66290823	23	4.9	23	72	13	99	26	21	18	33	1.96
66295522--66295556	12	2.9	12	95	0	61	51	8	0	40	1.33
66295520--66295556	14	2.6	14	95	0	65	51	8	0	40	1.32
66304949--66305099	28	5.4	28	91	1	214	33	27	11	26	1.92
66313160--66313310	28	5.4	28	92	1	223	33	28	11	25	1.92
66318026--66319101	47	22.0	47	86	6	1360	30	12	30	26	1.93
66318026--66319101	147	7.3	143	91	3	971	30	12	30	26	1.93
66318047--66319101	198	5.4	193	90	4	1362	30	12	29	26	1.93
66318026--66319101	490	2.2	487	93	2	1833	30	12	30	26	1.93
66318958--66319032	23	3.2	23	62	23	57	29	10	32	28	1.90
66319308--66319489	37	4.9	37	93	0	292	24	18	31	25	1.98
66320759--66321110	40	8.8	40	89	1	526	23	21	29	26	1.99
66324988--66325625	47	13.1	47	85	6	817	30	12	30	26	1.93
66324988--66325625	145	4.3	143	92	3	911	30	12	30	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66325010--66325592	198	3.0	196	91	4	915	30	13	29	26	1.94
66325602--66325689	46	1.9	46	83	0	113	31	10	32	25	1.89
66325838--66326052	37	5.8	37	94	0	358	25	17	30	26	1.97
66339029--66339249	45	5.0	44	86	4	284	25	27	21	25	1.99
66339029--66339249	90	2.5	90	88	3	315	25	27	21	25	1.99
66340028--66340169	47	3.0	47	95	1	250	44	14	12	28	1.82
66346855--66347072	40	5.5	40	90	1	314	24	23	27	23	2.00
66367360--66367482	28	4.4	28	88	2	167	33	27	12	26	1.92
66374031--66374181	28	5.4	28	92	1	223	34	27	11	26	1.91
66376801--66376949	75	2.0	75	86	2	210	27	21	22	28	1.99
66378386--66378429	20	2.2	20	91	0	70	36	31	2	29	1.70
66378507--66378627	43	2.9	42	82	4	145	28	27	16	27	1.97
66387104--66387276	75	2.3	75	78	0	175	27	19	24	28	1.99
66392959--66393004	20	2.2	22	84	7	60	45	2	6	45	1.41
66393340--66393435	3	34.7	3	71	14	64	29	2	4	64	1.23
66393337--66393398	21	2.8	22	82	7	81	25	4	3	66	1.27
66393348--66393452	11	9.3	11	72	10	77	27	1	3	66	1.19
66393340--66393435	14	6.9	14	71	12	74	29	2	4	64	1.23
66393503--66393553	25	2.0	26	85	11	70	33	0	1	64	1.05
66409216--66409289	11	7.3	11	65	17	52	37	12	20	29	1.89
66409216--66409289	20	3.7	20	94	0	121	37	12	20	29	1.89
66409339--66409471	25	5.3	26	88	8	181	28	19	21	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66409338--66409471	51	2.7	49	85	8	175	28	20	21	29	1.98
66414030--66414067	3	13.0	3	84	15	53	31	2	0	65	1.06
66416152--66416200	20	2.5	20	100	0	98	22	36	28	12	1.90
66416152--66416224	20	3.7	20	88	3	94	24	32	28	13	1.94
66417585--66417652	30	2.2	31	84	7	86	48	22	8	20	1.77
66417688--66417727	21	1.9	21	100	0	80	30	15	30	25	1.95
66417800--66417855	3	19.0	3	85	3	78	69	3	26	0	1.04
66419140--66419178	3	13.3	3	83	5	53	0	28	0	71	0.86
66460546--66460691	65	2.2	65	87	2	213	19	9	27	43	1.82
66462122--66462185	25	2.5	26	80	7	69	28	12	29	29	1.93
66463535--66463805	48	5.6	48	74	0	263	27	16	27	27	1.97
66463532--66463810	96	2.9	96	88	1	416	27	17	27	27	1.97
66464907--66464980	27	2.7	27	93	2	130	12	18	44	24	1.84
66467516--66467739	40	5.6	40	84	3	270	25	22	25	26	2.00
66467523--66467739	83	2.7	80	85	5	260	24	22	26	26	2.00
66471869--66471901	14	2.4	14	95	5	59	21	18	18	42	1.89
66480745--66480770	13	2.0	13	100	0	52	61	0	15	23	1.33
66484117--66484161	22	2.0	22	86	0	63	33	13	8	44	1.75
66485681--66485885	40	5.1	40	86	2	252	25	27	21	24	2.00
66487694--66487727	17	2.1	16	88	5	50	35	11	2	50	1.54
66487735--66487795	28	2.2	27	80	8	70	34	24	1	39	1.65
66488690--66488737	22	2.1	23	81	11	55	60	4	0	35	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66488983--66489037	13	4.4	13	71	17	53	67	3	0	29	1.08
66494287--66494333	21	2.2	20	85	10	67	42	0	2	55	1.12
66503757--66503805	19	2.5	20	77	12	57	53	22	6	18	1.66
66506104--66506178	37	2.0	37	94	0	132	44	20	8	28	1.79
66511253--66511293	21	2.0	21	100	0	82	34	14	31	19	1.92
66531440--66531504	20	3.0	22	76	19	73	67	4	1	26	1.18
66531516--66531584	20	3.5	20	78	7	77	68	1	0	30	0.99
66531523--66531584	29	2.1	29	82	5	72	70	1	0	27	0.96
66536734--66536767	13	2.6	13	85	0	50	35	17	2	44	1.64
66539223--66539249	13	2.1	13	100	0	54	62	0	0	37	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333