genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.130.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41923599--41923685	19	4.5	19	74	10	70	34	2	1	62	1.16
41923591--41923724	30	4.7	28	73	14	105	35	2	0	61	1.14
41923663--41923736	35	2.1	36	82	7	89	36	2	0	60	1.11
41923674--41923723	25	2.0	26	84	7	68	40	0	0	60	0.97
41924149--41924199	16	3.2	16	81	15	70	52	11	9	25	1.68
41924158--41924214	15	3.7	15	80	13	71	50	12	12	24	1.74
41924149--41924215	31	2.2	31	94	0	116	50	11	11	25	1.73
41928118--41928198	40	2.0	40	100	0	162	35	4	12	46	1.63
41949036--41949153	59	2.0	59	98	0	227	48	16	10	24	1.77
41957765--41958479	135	5.3	135	87	2	989	27	22	20	30	1.98
41958107--41958296	45	4.2	46	63	17	110	31	21	17	30	1.96
41958266--41958470	43	4.7	43	71	15	168	24	24	20	30	1.99
41967213--41967275	26	2.7	21	70	23	54	15	30	3	50	1.60
41997562--41997700	69	2.0	69	98	0	269	26	12	32	28	1.93
42009786--42009841	23	2.4	23	90	0	94	39	5	16	39	1.71
42009786--42009854	23	3.0	23	85	4	68	40	5	15	37	1.72
42011360--42011431	31	2.4	31	83	2	92	38	8	6	45	1.61
42018190--42018448	129	2.0	129	98	0	500	44	11	18	25	1.84
42018650--42018919	50	5.7	49	75	13	199	22	29	19	28	1.98
42018748--42018918	47	3.7	47	83	9	192	23	30	18	26	1.98
42032071--42032428	27	13.3	27	84	4	436	26	22	10	40	1.86
42032071--42032423	54	6.5	54	90	1	505	26	22	10	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42032433--42032627	27	7.3	27	84	1	248	35	17	20	26	1.95
42032826--42032908	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
42032996--42033054	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
42033970--42034418	40	11.2	40	97	0	846	25	27	19	28	1.99
42035534--42035805	6	44.8	6	72	18	208	20	16	13	48	1.81
42035571--42035800	67	3.5	66	82	13	289	20	16	14	48	1.81
42043521--42043782	46	5.5	46	81	9	183	23	28	20	27	1.99
42044167--42044223	30	1.9	30	92	0	96	28	22	14	35	1.93
42050287--42050312	13	2.0	13	100	0	52	15	30	30	23	1.95
42057757--42057786	14	2.1	14	100	0	60	33	23	0	43	1.54
42063029--42063210	40	4.6	40	89	2	260	25	26	23	23	2.00
42070933--42071114	40	4.6	40	90	2	269	25	27	23	23	2.00
42078711--42085454	880	7.7	880	84	3	8060	34	16	18	31	1.93
42085568--42085636	35	2.0	35	97	0	129	26	18	15	39	1.91
42088316--42088361	17	2.7	18	76	6	51	23	10	13	52	1.71
42092010--42092098	43	2.1	43	97	0	169	38	13	17	30	1.89
42093298--42093344	24	1.9	25	86	4	69	21	19	21	38	1.94
42096890--42097067	27	6.6	27	83	3	196	29	27	15	26	1.96
42096911--42097066	82	1.9	81	86	3	224	29	27	16	26	1.96
42101691--42101865	27	6.4	27	84	3	181	30	28	14	26	1.95
42101712--42101865	82	1.9	81	87	4	229	29	27	14	27	1.96
42101691--42101865	54	3.2	54	81	6	201	30	28	14	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42108331--42108508	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
42108352--42108507	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
42113102--42113272	46	3.7	45	77	12	168	28	20	28	22	1.98
42113248--42113367	46	2.6	44	79	10	125	25	18	30	25	1.98
42113150--42113449	138	2.2	138	80	5	331	26	18	30	25	1.98
42116979--42117896	96	9.6	96	94	1	1433	31	7	29	30	1.86
42116979--42117896	335	2.7	335	95	1	1592	31	7	29	30	1.86
42118014--42118092	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
42121903--42122035	51	2.9	44	79	15	151	19	17	30	32	1.95
42126065--42126132	34	2.0	34	100	0	136	35	35	14	14	1.87
42129726--42129867	40	3.6	40	88	6	209	25	26	23	25	2.00
42140502--42140596	27	3.4	27	70	22	88	17	5	22	54	1.63
42140502--42140614	58	1.9	58	100	0	226	21	4	21	53	1.63
42140518--42140608	26	3.3	26	69	21	85	21	4	21	51	1.65
42142039--42142098	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
42144407--42144533	47	2.7	47	81	0	146	32	29	14	23	1.95
42147732--42147778	23	2.0	24	83	4	60	53	12	6	27	1.63
42149240--42149454	48	4.5	48	89	1	297	27	16	26	28	1.97
42165470--42165529	30	2.0	30	93	0	102	26	20	21	31	1.98
42165506--42165557	27	1.9	27	84	0	68	30	19	23	26	1.98
42167756--42167886	47	2.8	46	80	4	129	34	27	12	25	1.93
42173706--42173856	28	5.4	28	89	1	205	33	27	12	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42191818--42191888	25	2.8	25	85	4	81	26	22	16	33	1.96
42196829--42196868	21	2.0	21	85	5	55	42	12	15	30	1.83
42218851--42218941	45	2.0	45	97	0	173	38	23	13	25	1.91
42218872--42218945	21	3.4	21	67	17	60	39	25	13	21	1.90
42223705--42224409	40	17.6	40	95	0	1205	25	27	19	27	1.99
42263854--42264038	40	4.7	40	81	7	200	25	22	27	24	2.00
42263854--42264038	79	2.3	81	82	7	218	25	22	27	24	2.00
42263907--42264071	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
42271614--42271798	40	4.6	39	81	5	194	25	21	27	25	1.99
42271614--42271770	79	2.0	80	83	6	203	25	22	27	24	2.00
42271667--42271831	79	2.1	79	80	6	183	27	20	27	25	1.99
42278490--42278531	18	2.4	17	88	8	57	85	9	4	0	0.72
42278491--42278532	12	3.5	12	84	12	50	83	9	7	0	0.81
42278957--42279414	42	10.9	42	84	0	558	23	18	21	35	1.96
42281174--42281352	27	6.6	27	80	5	173	26	15	29	29	1.96
42281174--42281351	54	3.3	55	81	5	200	26	15	28	29	1.96
42281175--42281330	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
42281171--42281352	82	2.2	81	82	3	231	26	15	28	29	1.96
42282678--42282783	1	106.0	1	100	0	212	100	0	0	0	0.00
42282951--42282992	12	3.6	12	80	6	50	78	2	0	19	0.86
42283039--42283109	37	1.9	37	97	0	133	46	19	14	19	1.84
42286412--42286438	14	1.9	14	100	0	54	18	7	7	66	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42292731--42293107	40	9.7	40	88	6	571	31	20	25	22	1.98
42292731--42293107	79	4.8	80	89	7	589	31	20	25	22	1.98
42292731--42293107	119	3.2	120	90	5	580	31	20	25	22	1.98
42310379--42310554	46	3.8	46	76	11	180	21	20	28	29	1.98
42310376--42310547	93	1.8	93	90	2	274	22	20	28	28	1.99
42315318--42315350	16	2.0	17	94	5	59	42	24	0	33	1.55
42316874--42317031	43	3.7	42	82	9	169	23	18	27	31	1.97
42324021--42324181	43	3.7	42	78	10	123	26	16	24	32	1.96
42324076--42324181	42	2.5	44	78	9	130	28	16	23	31	1.97
42325927--42326017	43	2.1	42	82	6	112	26	17	24	31	1.97
42338902--42338942	17	2.4	17	91	0	64	24	31	26	17	1.97
42340407--42340521	43	2.7	43	82	4	144	29	23	16	30	1.96
42341429--42341536	54	2.0	54	83	3	137	36	18	23	22	1.95
42341429--42341535	27	3.9	27	85	3	117	36	17	23	22	1.95
42344498--42344531	17	2.0	17	88	11	52	50	11	8	29	1.69
42344844--42344915	35	2.1	35	100	0	144	36	2	15	45	1.60
42345151--42345279	65	2.0	64	85	5	172	21	19	24	34	1.96
42345377--42345483	56	1.9	56	94	0	187	23	22	18	35	1.96
42356320--42356412	46	2.0	46	93	0	159	27	17	17	37	1.92
42357702--42357845	72	2.0	72	90	2	227	43	20	11	24	1.84
42361503--42361547	21	2.1	21	100	0	90	42	8	20	28	1.82
42364178--42364236	22	2.7	22	78	0	55	32	23	23	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42364550--42364602	27	2.0	27	85	7	72	32	15	16	35	1.90
42372160--42372188	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
42373724--42373817	6	15.3	6	72	16	68	48	13	15	21	1.80
42373738--42373817	31	2.6	31	93	0	133	48	13	16	21	1.80
42373969--42374044	27	2.8	27	84	5	109	39	21	21	18	1.93
42374203--42374267	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
42374695--42375122	27	16.0	26	86	6	536	24	21	20	33	1.97
42374694--42375121	81	5.3	81	90	2	632	24	21	21	32	1.98
42375118--42375190	27	2.7	27	82	0	92	30	8	20	41	1.81
42376307--42376617	47	6.6	47	70	13	192	28	18	29	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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