genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.104.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33248924--33249051	47	2.7	47	86	2	168	33	28	14	23	1.93
33251510--33251656	73	2.0	73	100	0	294	24	25	20	29	1.99
33252145--33252192	25	1.9	25	95	0	87	52	22	12	12	1.73
33252640--33252793	42	3.7	41	80	6	175	29	24	14	31	1.95
33261180--33261382	40	5.1	40	86	2	257	22	24	29	24	1.99
33269345--33269640	40	7.5	40	87	2	303	22	24	28	24	1.99
33269345--33269640	79	3.8	78	80	7	285	22	24	28	24	1.99
33269423--33269640	119	1.8	119	84	3	296	23	24	27	24	2.00
33280822--33280977	42	3.7	42	84	1	204	27	25	16	30	1.97
33282767--33282793	9	3.0	9	100	0	54	22	0	22	55	1.44
33284846--33284877	16	2.1	16	94	5	57	34	31	21	12	1.91
33284857--33284898	21	2.0	22	90	4	68	35	30	19	14	1.91
33293422--33293447	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
33293931--33294108	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
33293932--33294087	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
33293928--33294108	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
33311233--33311273	22	2.0	20	85	9	55	60	7	0	31	1.24
33314298--33314330	15	2.3	15	89	5	50	60	6	3	30	1.36
33314433--33314489	17	3.2	17	69	9	51	59	1	5	33	1.30
33316295--33316326	17	2.0	17	88	11	50	59	6	3	31	1.38
33318100--33318157	29	2.0	29	100	0	116	31	13	17	37	1.89
33321779--33321819	21	2.0	21	85	0	55	36	12	9	41	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33322168--33322202	16	2.1	17	89	5	54	14	14	0	71	1.15
33322444--33322468	11	2.3	11	100	0	50	64	8	0	28	1.22
33347550--33347589	13	2.8	15	85	14	66	65	0	0	35	0.93
33359324--33359348	12	2.1	12	100	0	50	48	8	0	44	1.32
33361869--33361907	21	1.9	20	94	5	69	33	10	25	30	1.89
33362080--33362118	16	2.6	15	88	11	62	53	0	0	46	1.00
33363863--33363896	14	2.6	13	86	13	52	55	0	0	44	0.99
33369535--33369560	8	3.2	8	100	0	52	11	11	11	65	1.48
33371140--33371173	17	2.0	17	94	0	59	47	11	2	38	1.55
33374019--33374055	18	2.1	18	89	0	56	21	24	0	54	1.45
33375760--33375843	20	4.4	19	73	23	70	59	1	5	33	1.29
33379261--33379291	15	2.1	15	100	0	62	48	19	19	12	1.81
33392041--33392080	21	1.9	21	89	0	62	57	0	12	30	1.36
33392088--33392128	21	2.0	21	85	0	55	41	9	12	36	1.76
33394311--33394340	15	2.0	15	93	0	51	26	3	26	43	1.70
33394615--33394645	14	2.2	14	94	0	53	74	0	19	6	1.03
33395027--33395120	18	5.4	18	92	3	131	28	9	25	36	1.87
33398096--33398133	20	1.9	20	94	0	67	52	0	5	42	1.24
33406125--33406162	12	3.3	12	89	7	53	68	5	5	21	1.29
33413282--33413370	29	3.1	30	79	10	98	46	0	0	53	1.00
33413284--33413356	19	3.7	20	87	5	103	45	0	0	54	0.99
33413283--33413356	10	7.6	10	81	15	77	45	0	0	54	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33413305--33413383	19	4.6	16	85	13	72	48	0	0	51	1.00
33418882--33418907	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
33420191--33420229	21	1.9	21	94	5	71	30	25	10	33	1.89
33420555--33420582	13	2.2	13	100	0	56	46	0	7	46	1.30
33420865--33420903	17	2.3	17	86	8	53	23	2	5	69	1.21
33421161--33421217	27	2.1	28	90	3	89	43	7	7	42	1.58
33427326--33427371	23	2.0	23	100	0	92	39	13	13	34	1.83
33435771--33435813	17	2.4	18	80	7	61	53	0	4	41	1.21
33435911--33435944	11	3.0	11	86	4	50	76	0	23	0	0.79
33437786--33437841	22	2.5	22	85	0	76	25	37	25	12	1.91
33439172--33439251	42	1.9	42	82	5	99	23	37	22	16	1.93
33442670--33442721	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
33442715--33442753	18	2.2	18	85	0	51	12	23	2	61	1.43
33450346--33450465	62	1.9	62	84	3	161	26	25	14	33	1.94
33458125--33458347	40	5.6	40	83	7	274	26	26	22	24	2.00
33458125--33458347	82	2.8	79	84	8	281	26	26	22	24	2.00
33466206--33466429	40	5.6	40	85	6	285	26	27	22	23	2.00
33466206--33466429	83	2.8	80	86	5	292	26	27	22	23	2.00
33468312--33468387	37	2.1	37	83	14	95	25	7	23	43	1.80
33476233--33476328	36	2.6	37	76	12	101	44	0	9	45	1.36
33478709--33478756	20	2.5	20	78	18	57	29	18	25	27	1.98
33478745--33478883	60	2.3	61	81	8	160	30	20	22	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33489712--33489755	21	2.1	21	83	8	54	45	18	6	29	1.75
33496090--33496265	46	3.8	46	75	12	180	30	28	19	21	1.98
33496097--33496268	93	1.8	93	91	0	281	29	28	20	21	1.98
33496191--33496276	46	1.9	45	83	4	111	32	27	18	20	1.96
33497769--33497835	30	2.2	30	89	0	98	25	29	25	19	1.98
33498569--33498815	33	7.6	34	75	8	124	31	22	12	33	1.91
33498658--33498835	33	5.5	33	77	2	171	29	23	11	35	1.90
33498828--33498896	29	2.4	29	95	0	120	26	30	10	33	1.89
33506162--33506225	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
33506416--33506556	24	6.0	24	89	9	211	28	21	20	29	1.98
33506437--33506556	47	2.6	48	94	5	219	29	20	20	30	1.98
33506614--33506670	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
33506610--33506672	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
33506709--33506756	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
33514261--33514324	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
33514538--33514660	47	2.6	47	89	1	183	27	19	22	30	1.98
33514531--33514660	24	5.4	24	90	2	190	26	20	22	30	1.98
33514717--33514773	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
33514713--33514775	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
33518759--33518812	28	1.9	28	100	0	108	46	3	20	29	1.68
33521384--33521408	13	1.9	13	100	0	50	36	8	8	48	1.62
33521495--33521548	25	2.2	24	90	3	81	22	27	16	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33521540--33521601	25	2.5	25	86	0	97	25	24	20	29	1.99
33526481--33526610	47	2.8	47	80	8	149	24	16	25	33	1.95
33532171--33532268	29	3.4	29	80	1	108	28	31	14	25	1.95
33535190--33535439	49	4.8	53	77	8	212	36	17	25	21	1.95
33535191--33535382	53	3.7	52	76	12	187	34	18	25	21	1.96
33535191--33535441	102	2.4	103	78	9	262	35	17	25	21	1.95
33544043--33544088	18	2.6	18	93	3	76	19	30	34	15	1.93
33545194--33545253	25	2.4	25	88	0	84	18	21	26	33	1.96
33548954--33548987	17	1.9	18	88	5	52	38	0	23	38	1.55
33552248--33552282	9	3.9	9	92	0	61	54	2	0	42	1.15
33553121--33553159	19	2.1	19	95	0	69	46	12	5	35	1.65
33556827--33556947	50	2.4	50	86	1	163	28	27	16	27	1.97
33556827--33556958	49	2.7	50	85	2	169	28	28	16	26	1.97
33561963--33562194	49	4.7	49	84	3	302	28	27	18	25	1.98
33561963--33562194	100	2.3	98	86	4	313	28	27	18	25	1.98
33564958--33565128	43	4.0	43	74	13	181	31	26	16	24	1.97
33575883--33575974	45	2.0	45	89	0	139	35	25	16	22	1.94
33578843--33579014	46	3.7	46	77	13	199	28	28	21	21	1.99
33578848--33579018	93	1.8	93	93	0	297	28	29	21	21	1.98
33579438--33579497	30	2.0	30	90	0	93	28	25	10	36	1.88
33584177--33584274	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
33584205--33584287	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33584177--33584288	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
33587292--33587471	79	2.3	80	83	7	224	23	22	28	25	1.99
33587292--33587476	40	4.7	40	82	6	216	22	22	28	26	1.99
33594701--33594799	27	3.5	28	87	2	128	28	13	27	31	1.94
33594729--33594812	27	3.0	28	85	5	107	32	11	22	33	1.91
33600257--33600428	46	3.7	46	75	13	163	27	25	22	24	1.99
33600262--33600432	93	1.8	93	88	0	261	27	26	22	23	2.00
33600359--33600429	20	3.2	20	64	21	52	28	22	22	26	1.99
33600852--33600911	30	2.0	30	90	0	93	28	25	10	36	1.88
33603681--33603705	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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