genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   

This is table  69  of  333  ( 39894 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20935136--20935184	16	2.8	18	87	12	84	73	0	0	26	0.83
20935117--20935269	20	7.4	20	66	15	71	69	1	2	25	1.11
20948859--20948888	15	2.0	15	93	0	51	20	43	13	23	1.86
20948971--20949007	16	2.3	16	100	0	74	56	5	10	27	1.55
20955288--20955366	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
20955485--20955981	47	10.4	47	93	2	742	29	29	8	32	1.87
20959465--20959727	40	6.6	40	83	4	291	24	28	23	24	2.00
20959452--20959729	120	2.3	121	82	3	321	24	28	22	24	1.99
20960033--20960110	29	2.7	29	86	4	104	28	32	14	25	1.94
20960092--20960194	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
20962040--20962118	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
20962392--20962501	38	2.6	42	80	19	133	25	30	10	33	1.90
20962294--20962509	42	5.4	41	74	25	132	26	29	8	34	1.87
20962452--20962573	59	2.0	62	90	7	196	27	30	7	34	1.84
20962492--20962526	17	2.0	18	94	5	63	28	34	0	37	1.58
20962420--20962702	98	2.8	103	86	8	407	28	29	8	32	1.87
20962511--20962709	47	4.1	47	92	5	326	30	28	8	32	1.86
20976635--20976897	40	6.6	40	83	4	291	24	28	23	24	2.00
20976622--20976899	120	2.3	121	82	3	321	24	28	22	24	1.99
20977203--20977281	29	2.7	29	86	2	104	27	32	13	25	1.94
20977263--20977365	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
20979219--20979297	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20979460--20979953	47	10.4	47	94	2	790	29	28	9	32	1.88
20993278--20993533	127	2.0	127	99	0	503	31	13	25	30	1.93
21004896--21005035	75	1.9	75	89	3	219	32	18	19	30	1.96
21019526--21019555	15	1.9	16	93	6	53	76	0	0	23	0.78
21022397--21022438	22	1.9	22	85	9	59	59	2	2	35	1.23
21022401--21022504	10	11.1	9	70	21	54	60	4	0	33	1.24
21022419--21022496	28	2.8	28	79	15	88	61	6	0	32	1.21
21022442--21022505	18	3.6	18	72	17	53	62	4	0	32	1.16
21023607--21023653	23	2.0	24	87	4	69	31	12	12	42	1.81
21029746--21029921	49	3.6	48	79	7	167	28	22	29	19	1.98
21029746--21029973	98	2.3	98	84	5	275	28	22	28	20	1.99
21029797--21029973	49	3.6	47	75	11	144	27	23	28	20	1.99
21031440--21031500	26	2.3	26	80	5	79	42	8	13	36	1.74
21037083--21037120	16	2.4	16	86	4	60	65	5	28	0	1.14
21037821--21037946	63	2.0	63	93	0	216	29	23	23	23	1.99
21044206--21044259	15	3.9	14	75	7	56	68	1	27	1	1.10
21050332--21050363	9	3.6	9	95	0	55	9	18	0	71	1.12
21062523--21062585	30	2.1	30	91	5	101	57	14	3	25	1.52
21064418--21064599	40	4.6	40	93	3	289	25	26	23	24	2.00
21068342--21068430	43	2.1	43	100	0	178	39	8	13	38	1.76
21068685--21068892	46	4.5	46	80	6	222	26	19	29	23	1.98
21068826--21068952	47	2.7	48	81	6	145	32	19	25	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21068690--21068947	140	1.8	140	81	6	317	29	19	27	23	1.98
21070498--21070529	14	2.3	14	94	0	55	31	46	18	3	1.65
21075623--21075654	14	2.3	14	94	0	55	31	46	18	3	1.65
21081749--21081805	30	1.9	30	88	0	87	26	12	28	33	1.92
21082147--21082362	46	4.6	44	76	12	173	27	21	28	22	1.99
21082145--21082363	94	2.3	93	84	10	270	27	21	28	22	1.99
21082147--21082412	140	1.9	141	79	8	301	27	20	27	23	1.99
21083550--21083589	21	2.0	21	85	5	55	15	35	25	25	1.94
21083853--21083878	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
21089794--21089824	16	1.9	16	93	0	53	67	0	3	29	1.06
21097043--21097069	14	1.9	14	100	0	54	11	0	0	88	0.50
21100638--21100667	15	2.0	15	93	0	51	13	10	13	63	1.52
21102373--21102398	9	2.9	9	100	0	52	11	0	23	65	1.25
21106866--21106909	8	5.6	8	79	15	56	50	0	4	45	1.22
21115255--21115317	29	2.2	28	83	8	74	73	7	14	4	1.23
21116939--21117120	64	2.8	64	94	0	328	29	18	15	37	1.91
21117189--21117730	177	3.1	178	81	5	557	29	19	23	26	1.98
21117394--21117768	177	2.1	177	89	0	570	31	18	25	25	1.98
21117827--21117922	43	2.2	45	81	3	115	30	13	27	29	1.94
21117771--21118529	177	4.3	177	86	1	961	30	16	25	27	1.97
21118178--21118276	44	2.2	44	83	5	128	27	14	27	31	1.95
21123015--21123062	24	2.0	24	95	0	87	27	16	25	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21123507--21123558	25	2.1	25	85	0	68	38	15	9	36	1.80
21133740--21133769	3	10.0	3	92	0	51	70	0	30	0	0.88
21134464--21134531	16	4.2	16	90	0	91	38	2	27	30	1.72
21134513--21134606	44	2.1	46	84	4	120	37	6	22	34	1.80
21134675--21134725	26	2.0	26	88	3	77	41	0	7	50	1.31
21134811--21134884	13	6.1	13	80	12	86	48	0	0	51	1.00
21134812--21134898	36	2.5	36	96	3	160	49	0	0	50	1.00
21135022--21135157	58	2.3	58	82	5	177	52	2	1	42	1.25
21148933--21149156	41	5.4	41	83	2	263	33	25	14	26	1.94
21153140--21153191	26	2.0	26	100	0	104	42	19	7	30	1.79
21154079--21154110	13	2.3	15	89	10	50	18	34	9	37	1.83
21158490--21158608	43	2.8	42	82	6	150	31	25	15	28	1.95
21160879--21161054	89	2.0	89	96	0	325	21	22	17	38	1.93
21163210--21163268	29	2.0	29	100	0	118	20	10	6	62	1.49
21169772--21170010	41	5.8	41	87	6	290	27	20	24	27	1.99
21169782--21170010	123	1.9	123	85	7	322	27	19	24	27	1.99
21177380--21177581	41	5.0	38	82	10	208	29	19	24	26	1.98
21177386--21177583	80	2.4	82	84	7	244	28	19	25	26	1.99
21178536--21179186	44	15.2	44	70	12	150	29	21	19	29	1.98
21178561--21179266	46	16.4	45	68	16	263	28	22	18	30	1.98
21178517--21179139	170	3.6	170	92	2	991	29	21	19	29	1.98
21179066--21179229	90	1.9	88	82	8	208	28	22	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21180480--21180517	13	2.9	13	88	0	58	15	15	0	68	1.22
21181435--21181531	50	1.9	50	83	8	126	11	9	5	74	1.21
21181531--21181570	12	3.3	12	85	0	53	15	10	7	67	1.41
21181502--21181552	21	2.5	21	87	3	68	13	5	3	76	1.11
21194590--21194639	17	2.7	18	82	14	50	42	4	2	52	1.31
21216003--21216063	17	3.5	17	68	16	52	36	3	4	55	1.38
21217174--21217206	17	1.9	18	88	11	52	42	9	0	48	1.35
21224601--21224639	19	2.1	19	100	0	78	23	10	35	30	1.88
21224792--21224839	23	2.1	23	100	0	96	56	12	4	27	1.54
21230953--21231150	41	4.8	40	84	9	215	26	25	20	27	1.99
21230953--21231150	82	2.4	80	85	6	238	26	25	20	27	1.99
21234563--21234782	37	6.0	37	94	1	372	24	21	16	37	1.93
21234746--21235112	52	7.2	52	84	7	461	28	22	14	34	1.93
21234746--21235104	98	3.6	98	90	2	511	28	22	13	34	1.93
21234753--21235118	150	2.5	144	92	5	579	28	22	14	34	1.94
21238243--21238446	49	4.0	50	82	10	232	32	29	14	24	1.94
21238327--21238445	58	2.0	59	96	1	222	31	30	14	23	1.94
21238336--21238426	27	3.2	28	65	17	69	27	30	16	25	1.97
21239699--21239918	37	6.0	37	94	1	372	24	21	16	37	1.93
21239882--21240248	52	7.2	52	84	7	461	28	22	14	34	1.93
21239882--21240240	98	3.6	98	90	2	511	28	22	13	34	1.93
21239889--21240254	150	2.5	144	92	5	579	28	22	14	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21242668--21242733	32	2.1	32	100	0	132	15	18	13	53	1.74
21246298--21246343	23	2.0	23	100	0	92	52	17	4	26	1.63
21252344--21252381	20	1.9	20	94	0	67	50	0	2	47	1.15
21257029--21257214	77	2.4	78	89	7	288	24	22	27	25	1.99
21257029--21257247	79	2.8	78	82	11	277	25	21	27	25	2.00
21257033--21257247	40	5.5	40	85	8	273	24	22	27	25	2.00
21265074--21265259	79	2.4	79	91	4	297	23	22	27	25	2.00
21265074--21265292	79	2.8	79	86	7	295	25	22	27	25	2.00
21265074--21265259	39	4.7	40	88	5	281	23	22	27	25	2.00
21270169--21270247	37	2.1	37	88	0	113	25	32	17	24	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333