Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
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This is table  89  of  333  ( 39894 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
27890728--27890914
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81
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24
2.00
27890728--27890914
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243
26
27
21
24
2.00
27898638--27898824
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4.7
40
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26
21
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2.00
27898615--27898824
81
2.6
80
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25
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0
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23
28
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2.00
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22
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20
20
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1.9
75
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43
17
6
32
1.74
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
27974748--27974898
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5
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17
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102
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22
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2.1
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1.9
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1.9
21
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21
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100
0
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55
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23
1.94
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2.1
29
96
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2.0
26
100
0
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26
26
2.00
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3.0
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20
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23
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189
24
27
23
25
2.00
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2.6
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19
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33
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28062862--28062908
23
2.1
23
84
4
60
19
12
12
55
1.69
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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27
1.64
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2.2
43
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46
13
0
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1.44
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2.3
24
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43
1.34
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49
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2
937
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8
28
28
1.86
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4.2
145
94
1
1002
34
8
28
28
1.86
28069999--28070603
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949
34
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28
28
1.86
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14
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34
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17
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1.97
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3.8
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18
22
30
1.97
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129
2.8
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351
28
17
23
30
1.97
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2.8
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18
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28
1.98
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11
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11
15
15
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221
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20
29
28
1.98
28100910--28101078
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1.8
93
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302
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20
29
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1.98
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51
16
0
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1.44
28130199--28130237
21
1.9
21
94
5
71
25
30
33
10
1.89
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28131476--28131794
48
6.6
48
84
1
379
26
26
15
31
1.95
28138512--28138713
54
3.7
54
80
4
228
23
24
15
37
1.93
28138686--28138807
47
2.6
47
92
0
199
26
25
13
35
1.92
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48
6.7
48
82
1
354
26
26
18
28
1.98
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25
3.2
24
68
31
67
28
26
14
30
1.95
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65
100
0
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3
31
1.44
28160313--28160509
88
2.2
89
85
5
258
36
16
7
40
1.77
28160624--28160688
19
3.4
18
72
16
51
63
1
6
29
1.28
28160663--28160821
19
8.3
18
70
14
72
64
1
7
27
1.28
28160665--28160823
20
8.3
19
70
12
85
64
1
7
27
1.28
28160645--28160803
48
3.3
47
73
15
121
62
0
7
28
1.27
28160681--28160755
38
2.0
38
81
5
89
66
1
4
28
1.17
28160680--28160761
10
8.5
10
75
11
73
64
1
3
30
1.18
28160992--28161115
19
6.6
19
70
13
69
34
2
1
61
1.19
28161007--28161059
20
2.6
20
84
3
61
33
3
0
62
1.13
28160996--28161143
9
16.0
9
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15
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2
2
63
1.17
28162485--28162723
96
2.5
96
92
0
388
28
19
23
28
1.98
28165886--28165929
10
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10
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2
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29
0
0
70
0.88
28169101--28169161
29
2.1
30
93
3
106
36
13
11
39
1.80
28169698--28169746
3
16.3
3
100
0
98
32
0
0
67
0.91
28170754--28170829
37
2.0
38
97
2
145
39
13
15
31
1.86
28174129--28174178
25
2.0
25
96
0
91
22
4
38
36
1.73
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28174676--28174734
27
2.1
28
96
3
111
44
20
6
28
1.77
28180191--28180220
9
3.3
9
90
0
51
83
0
16
0
0.65
28182955--28182996
20
2.1
20
86
0
57
42
16
2
38
1.61
28182968--28183057
20
4.5
20
76
12
71
38
17
6
36
1.76
28183007--28183067
20
3.0
20
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0
86
36
21
6
36
1.79
28183235--28183347
23
5.0
22
76
17
106
34
17
22
25
1.96
28183250--28183347
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2.1
47
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12
114
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22
23
1.95
28183236--28183372
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1.9
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10
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34
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21
26
1.96
28185963--28186234
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5.8
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11
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28
18
28
24
1.98
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47
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1
428
34
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29
27
1.85
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2.6
50
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25
17
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26
1.97
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2
28.5
2
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0
78
7
49
0
43
1.29
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43
3.8
43
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4
170
33
23
14
28
1.94
28212897--28213056
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1.9
85
81
3
196
33
24
15
27
1.95
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29
2.1
28
84
3
75
31
28
0
40
1.57
28221829--28221950
22
5.3
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21
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25
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11
33
1.91
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47
12.6
47
92
3
862
28
29
9
32
1.88
28221801--28222396
96
6.3
94
91
2
862
28
29
9
32
1.88
28223839--28223958
56
2.1
56
98
0
231
22
23
9
45
1.81
28235564--28235628
24
2.7
26
83
11
84
32
29
15
23
1.95
28235566--28235723
48
3.3
47
72
7
147
32
27
14
25
1.95
28235667--28235727
24
2.5
24
83
0
77
31
29
14
24
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28238885--28238923
19
2.0
20
85
5
53
43
7
5
43
1.55
28246655--28246788
56
2.3
60
86
8
179
44
1
1
52
1.19
28246954--28246987
16
2.1
16
88
0
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32
26
0
41
1.56
28248363--28248392
3
10.0
3
100
0
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66
0
33
0
0.92
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2.2
71
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2
219
32
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27
1.96
28250905--28250959
22
2.5
22
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0
101
21
23
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1.90
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3.4
13
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0
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0
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2.1
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100
0
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0
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28264669--28264736
34
2.0
34
100
0
136
26
11
29
32
1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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