genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.247.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81327841--81327918	36	2.2	35	81	2	84	29	7	19	43	1.78
81328554--81328662	51	2.1	51	86	0	146	31	10	14	44	1.79
81328575--81328653	17	4.6	17	70	6	61	29	10	15	45	1.78
81330119--81330326	97	2.1	99	91	3	339	32	13	14	38	1.86
81330536--81330827	90	3.2	90	75	11	260	21	21	16	40	1.92
81330793--81330878	30	3.0	29	75	14	79	18	18	16	46	1.84
81330937--81331025	30	3.0	30	84	0	115	17	20	22	39	1.92
81331308--81331601	152	1.9	155	81	6	364	24	14	17	42	1.88
81331287--81331639	79	4.6	79	76	6	305	26	15	17	40	1.89
81331266--81332007	75	9.8	77	72	9	436	26	14	16	42	1.87
81331535--81331882	155	2.2	156	80	5	386	27	14	18	39	1.89
81333271--81333312	21	2.0	21	85	0	57	59	2	0	38	1.10
81333602--81334112	3	167.7	3	64	22	123	58	4	6	30	1.41
81334137--81334169	16	2.1	16	88	5	50	66	0	0	33	0.92
81334712--81334762	20	2.5	20	80	3	57	58	0	41	0	0.98
81334732--81334761	11	2.7	11	94	0	51	50	0	50	0	1.00
81335828--81335879	26	2.0	26	100	0	104	30	7	26	34	1.85
81337367--81337419	26	2.0	25	82	13	63	35	22	15	26	1.93
81339036--81339064	14	2.0	15	93	6	51	48	6	31	13	1.69
81339358--81343248	72	51.1	72	74	12	2625	33	19	16	30	1.93
81339056--81343248	149	27.5	148	76	12	3374	33	19	16	30	1.94
81355226--81355267	19	2.4	19	80	11	54	59	2	0	38	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81355553--81355851	3	97.7	3	67	20	124	58	3	4	33	1.34
81355788--81355846	22	2.7	22	86	5	75	61	3	5	30	1.34
81355876--81355908	16	2.1	16	88	5	50	66	0	0	33	0.92
81360665--81360779	25	4.6	25	82	2	124	22	26	17	33	1.96
81360665--81360794	50	2.6	50	80	2	127	21	26	18	33	1.96
81360722--81360794	25	2.9	25	81	0	83	21	26	21	30	1.99
81361208--81361301	47	2.0	47	100	0	188	25	4	25	44	1.72
81369657--81369716	30	2.0	30	93	6	104	28	10	23	38	1.87
81376925--81376959	18	2.0	17	94	5	61	34	11	14	40	1.82
81389705--81389796	24	3.8	25	81	8	109	19	25	18	36	1.94
81390230--81390316	44	2.0	43	89	10	133	20	3	27	48	1.66
81393296--81393354	31	1.9	31	100	0	118	38	16	11	32	1.86
81398347--81398388	20	2.0	22	90	9	70	30	7	14	47	1.71
81399063--81399124	31	2.0	31	100	0	124	29	9	22	38	1.86
81406520--81406555	18	2.0	18	94	0	63	36	11	13	38	1.81
81412039--81412221	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	25	2.00
81412040--81412223	40	4.6	39	80	9	194	24	22	28	25	1.99
81412092--81412256	79	2.1	79	82	6	192	26	20	27	25	1.99
81419992--81420109	29	4.1	29	88	4	134	29	29	13	27	1.94
81419993--81420100	58	1.9	56	90	3	171	28	30	14	25	1.95
81424459--81424514	29	1.9	29	85	0	76	33	35	8	21	1.85
81426125--81426165	17	2.3	18	91	4	66	24	12	4	58	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81428608--81428634	6	4.5	6	100	0	54	85	0	0	14	0.61
81432182--81432387	28	7.4	28	90	2	281	32	28	13	26	1.93
81434536--81434652	56	2.1	56	100	0	234	48	10	14	26	1.75
81450603--81450647	22	2.0	22	83	8	56	40	4	0	55	1.20
81451015--81451055	18	2.2	19	91	4	66	4	31	2	60	1.30
81452079--81452187	37	2.9	37	94	0	182	27	31	18	22	1.97
81452337--81452472	50	2.7	50	95	2	238	30	25	8	36	1.85
81452519--81452641	22	5.3	22	65	24	74	25	29	13	32	1.93
81452506--81452666	47	3.4	47	99	0	304	26	29	11	32	1.92
81452505--81452687	94	2.0	91	83	8	228	30	27	10	32	1.90
81456750--81456807	25	2.4	25	85	8	75	34	6	1	56	1.36
81460070--81460110	18	2.2	19	91	4	66	4	31	0	63	1.15
81464137--81464173	19	1.9	19	88	0	56	32	13	2	51	1.55
81465936--81466192	55	4.8	53	76	10	217	36	17	24	21	1.94
81465943--81466143	108	1.8	110	81	4	255	34	17	25	21	1.96
81466372--81466402	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
81473587--81473637	27	1.9	26	92	4	84	27	3	5	62	1.36
81478623--81478702	26	3.0	26	80	3	88	30	5	7	57	1.48
81481055--81481113	30	2.0	30	86	0	82	37	6	27	28	1.82
81481450--81481704	55	4.8	53	76	10	229	36	17	25	21	1.94
81481457--81481657	108	1.8	110	87	4	300	34	16	25	22	1.95
81487399--81487428	3	9.7	3	92	7	51	66	0	3	30	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81487552--81487589	13	2.9	14	84	11	53	42	2	0	55	1.14
81489867--81489984	50	2.3	52	89	2	177	33	16	12	37	1.86
81496034--81496304	46	5.9	46	84	6	352	22	19	27	29	1.98
81502080--81502264	40	4.7	40	82	6	216	25	27	22	24	2.00
81502080--81502262	79	2.3	81	82	7	214	25	27	21	25	1.99
81510025--81510208	40	4.6	40	78	10	189	25	27	22	25	2.00
81510025--81510209	79	2.3	81	81	9	211	25	27	22	25	2.00
81524911--81525082	93	1.8	93	95	2	310	29	29	20	20	1.98
81524904--81525079	46	3.8	46	77	14	200	30	29	20	19	1.97
81532467--81532638	93	1.8	93	93	2	301	28	29	20	21	1.98
81532460--81532635	46	3.8	46	77	14	200	29	28	20	21	1.98
81543962--81543991	16	1.9	16	93	6	53	63	3	13	20	1.43
81544801--81544857	23	2.6	21	72	10	51	66	1	19	12	1.32
81544890--81544948	16	3.6	16	88	9	75	67	1	22	8	1.26
81546896--81547014	50	2.3	52	86	2	170	31	15	14	37	1.88
81548373--81548434	27	2.3	27	91	0	97	33	17	14	33	1.90
81554072--81554112	13	3.2	13	83	10	57	31	0	0	68	0.90
81561714--81561757	21	2.1	21	91	8	72	40	13	13	31	1.84
81566593--81566627	16	2.1	17	89	5	54	2	14	0	82	0.77
81569088--81569112	13	1.9	13	100	0	50	8	32	0	60	1.26
81573282--81573403	43	2.9	41	81	7	145	29	24	13	31	1.94
81575498--81575537	21	1.9	21	84	0	53	47	0	17	35	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81583390--81583427	20	1.9	20	88	0	58	31	2	18	47	1.62
81590895--81590945	25	2.0	25	100	0	102	19	27	15	37	1.92
81595960--81596135	46	3.8	46	76	12	198	22	20	27	29	1.98
81595957--81596127	93	1.8	93	93	0	297	22	21	28	28	1.99
81599276--81599347	25	2.9	24	85	4	81	26	20	22	30	1.98
81599303--81599372	25	2.8	25	91	0	104	27	21	25	25	1.99
81599578--81599822	27	9.1	27	87	0	337	24	20	19	35	1.96
81599810--81599960	27	5.7	26	80	7	153	29	8	19	41	1.81
81599822--81599960	54	2.6	54	86	3	174	31	8	17	41	1.80
81599810--81599960	81	1.9	79	86	5	214	29	8	19	41	1.81
81599962--81600106	27	5.4	27	90	0	218	42	7	21	28	1.80
81599953--81600106	81	1.9	81	91	0	254	40	7	21	30	1.80
81599968--81600136	81	2.1	81	85	2	223	39	7	23	29	1.83
81602547--81602616	25	2.8	25	93	0	113	25	24	24	25	2.00
81602823--81603152	27	12.3	27	82	9	250	27	16	17	37	1.92
81602823--81603038	27	8.1	27	86	4	276	25	20	17	36	1.94
81602822--81603035	106	2.0	108	88	3	317	25	20	17	36	1.94
81603023--81603204	54	3.4	53	80	3	188	31	8	19	40	1.82
81603026--81603218	27	7.2	27	81	5	153	31	8	20	39	1.82
81603026--81603218	81	2.4	81	80	4	212	31	8	20	39	1.82
81603197--81603350	27	5.7	27	87	0	191	39	9	22	29	1.84
81603196--81603350	54	2.9	54	86	0	211	40	9	21	29	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81605261--81605294	14	2.3	15	90	5	52	70	0	2	26	1.01
81607975--81608013	20	2.0	20	85	5	53	51	0	25	23	1.49
81608382--81608418	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
81608410--81608495	24	3.6	24	100	0	172	38	23	12	25	1.90
81608517--81608551	18	1.9	18	94	0	61	40	22	8	28	1.84
81610976--81611033	30	1.9	30	92	0	98	32	13	25	27	1.94
81611376--81611732	47	7.6	45	71	14	233	28	19	28	23	1.98
81611373--81611733	94	3.9	95	81	9	404	28	19	28	23	1.98
81611373--81611735	141	2.6	140	77	11	377	28	19	28	23	1.98
81615756--81615798	15	2.9	15	86	10	61	53	0	6	39	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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