genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.163.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53617565--53617656	25	3.7	25	79	13	109	31	11	5	51	1.61
53617568--53617662	49	1.9	49	93	0	163	31	11	5	51	1.60
53617568--53617646	22	3.4	22	75	16	86	30	12	6	50	1.65
53621869--53621951	41	2.0	41	100	0	166	33	2	14	49	1.56
53624379--53624417	19	2.1	19	100	0	78	30	25	0	43	1.55
53626150--53626228	40	2.0	40	97	0	149	29	22	24	24	1.99
53626534--53626600	14	4.8	14	76	10	57	13	0	31	55	1.39
53627192--53627217	7	3.7	7	100	0	52	61	0	11	26	1.30
53627217--53627261	8	5.6	8	94	0	81	62	13	0	24	1.31
53627295--53627340	23	2.0	24	82	4	58	63	8	2	26	1.35
53627412--53627538	42	3.1	41	82	5	150	38	10	22	29	1.87
53632848--53632906	26	2.4	25	76	21	61	27	3	3	66	1.24
53633108--53633350	122	2.0	121	94	2	425	25	17	24	33	1.96
53635382--53635532	43	3.5	42	79	10	128	25	17	24	31	1.97
53635435--53635544	42	2.6	42	80	9	125	23	19	26	30	1.98
53635444--53635544	43	2.4	42	82	8	116	22	16	27	32	1.96
53636470--53636526	30	1.9	30	88	0	87	35	7	22	35	1.82
53636871--53637041	46	3.7	46	78	12	170	26	19	30	23	1.98
53640201--53640326	61	2.1	61	96	0	234	34	19	9	37	1.84
53641646--53641747	52	2.0	52	94	0	177	43	13	5	37	1.69
53642255--53642338	43	2.0	43	81	9	100	26	28	20	25	1.99
53650263--53650486	40	5.6	39	81	7	204	23	25	23	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53650263--53650486	80	2.8	80	81	5	256	23	25	23	27	2.00
53660302--53660394	42	2.2	43	81	11	111	26	18	23	31	1.97
53663600--53663819	46	4.7	46	72	15	150	21	28	20	30	1.98
53669531--53669820	56	5.2	56	90	0	463	29	13	23	33	1.93
53672544--53673143	47	12.6	49	90	4	908	32	8	29	29	1.87
53672544--53673143	96	6.3	96	91	3	928	32	8	29	29	1.87
53675018--53675077	31	1.9	32	86	3	86	16	11	23	48	1.79
53689303--53689581	146	1.9	146	85	2	391	33	20	16	29	1.95
53693336--53693396	29	2.1	29	90	3	97	31	14	24	29	1.95
53693348--53693428	29	2.8	29	84	0	90	29	16	27	27	1.97
53694398--53694436	15	2.6	15	87	0	60	30	7	15	46	1.74
53695746--53695838	29	3.3	28	83	4	125	26	12	31	29	1.93
53697031--53697064	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
53701423--53701472	10	5.0	10	79	13	50	22	10	2	66	1.32
53702181--53702252	38	1.9	37	91	2	117	27	12	1	58	1.43
53706998--53707213	40	5.4	38	84	7	191	25	20	27	26	1.99
53707004--53707213	80	2.6	80	82	3	228	24	20	28	26	1.99
53707004--53707248	80	3.1	80	79	3	210	26	20	28	25	1.99
53709179--53709334	81	1.9	81	96	0	285	29	19	25	25	1.98
53714188--53714223	19	1.9	18	94	5	63	27	0	0	72	0.85
53715345--53715524	96	1.9	97	89	5	285	26	15	26	31	1.96
53717092--53717268	67	2.6	68	80	8	195	31	15	31	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53725161--53725236	39	2.0	39	82	7	93	30	11	3	53	1.55
53727462--53727695	48	5.0	48	77	7	237	26	26	20	25	1.99
53729168--53729234	32	2.1	32	100	0	134	34	11	13	40	1.81
53729368--53729400	18	1.9	17	88	11	50	48	9	12	30	1.71
53730700--53730737	19	2.1	19	90	9	62	76	0	23	0	0.79
53731462--53731489	14	2.0	14	100	0	56	28	0	14	57	1.38
53735467--53735562	28	3.4	28	88	2	122	26	11	29	33	1.91
53738101--53738165	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
53738271--53738361	28	3.2	28	89	4	130	20	23	23	32	1.98
53738271--53738386	56	2.1	55	80	9	128	19	23	21	35	1.96
53745724--53745753	16	1.9	15	93	6	51	53	23	20	3	1.60
53746003--53746067	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
53746173--53746261	26	3.2	27	84	10	110	20	23	23	32	1.98
53749071--53749344	90	3.0	89	77	9	295	33	16	24	25	1.96
53750032--53750073	21	2.0	20	82	13	50	50	4	9	35	1.56
53760716--53760779	30	2.2	29	91	2	101	26	12	21	39	1.89
53761053--53761082	15	2.0	15	100	0	60	46	6	20	26	1.75
53763657--53763755	39	2.5	39	83	4	119	27	26	21	25	1.99
53771530--53771673	40	3.6	40	80	10	170	25	27	23	24	2.00
53776319--53776424	6	17.3	6	79	14	119	48	16	17	17	1.82
53776333--53776424	37	2.5	37	94	0	157	47	16	18	17	1.82
53776542--53776661	27	4.5	26	85	5	150	39	21	23	15	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53776542--53776664	54	2.3	54	87	1	167	39	21	22	17	1.93
53776932--53777227	27	11.0	27	86	0	369	24	20	18	36	1.95
53776936--53777234	81	3.7	81	86	0	422	25	20	17	36	1.94
53777283--53777375	27	3.4	27	83	2	107	33	9	19	37	1.84
53777274--53777531	81	3.2	81	81	3	227	31	9	20	38	1.85
53777327--53777531	27	7.6	27	88	1	252	31	8	20	39	1.83
53777274--53777531	54	4.8	54	82	2	252	31	9	20	38	1.85
53777409--53777547	27	5.2	25	79	14	86	32	8	20	38	1.83
53779480--53779564	6	13.8	6	74	18	77	50	15	16	17	1.78
53779482--53779564	19	4.5	18	73	16	71	50	15	15	18	1.78
53779480--53779564	37	2.3	37	89	4	127	50	15	16	17	1.78
53779683--53779801	27	4.5	26	87	5	157	38	22	23	15	1.92
53779683--53779804	54	2.3	54	88	1	174	38	22	22	16	1.93
53780073--53780557	27	18.0	27	88	0	610	23	20	18	36	1.95
53780550--53780891	27	12.7	27	79	4	176	32	8	20	38	1.82
53780548--53780815	81	3.3	81	82	6	222	33	8	20	37	1.83
53780604--53780917	27	11.6	27	84	2	328	30	8	21	38	1.83
53783600--53783707	57	1.9	57	83	7	139	31	28	12	26	1.93
53783622--53783707	29	3.0	28	88	5	127	34	25	13	25	1.93
53787769--53787816	21	2.3	21	92	0	78	25	35	6	33	1.81
53787762--53787816	21	2.9	18	77	15	56	23	34	7	34	1.83
53792204--53792228	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53793743--53793843	49	2.1	48	96	3	186	32	7	28	30	1.86
53793815--53793871	28	2.0	28	100	0	114	28	14	31	26	1.94
53793766--53793918	75	2.0	75	96	2	279	31	10	30	28	1.90
53793843--53794567	47	15.1	47	89	5	1103	32	9	29	28	1.88
53794088--53794115	14	2.0	14	100	0	56	14	14	42	28	1.84
53794043--53794162	61	2.0	61	96	0	222	28	11	31	28	1.92
53793994--53794305	108	3.0	108	88	6	477	31	9	29	29	1.89
53794686--53794756	37	1.9	37	91	0	115	22	18	29	29	1.97
53795679--53795829	44	3.5	44	77	6	150	25	18	22	33	1.97
53799556--53799586	15	2.1	15	93	0	53	32	19	12	35	1.90
53802124--53802155	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
53813018--53813096	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
53820002--53820068	33	2.0	33	97	0	125	38	13	8	38	1.76
53825555--53825669	29	4.0	29	83	6	137	28	29	15	26	1.96
53825546--53825656	58	1.9	58	87	1	161	27	29	16	26	1.97
53827145--53827174	15	2.0	15	100	0	60	6	6	40	46	1.56
53830024--53830143	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
53831594--53832047	47	9.6	47	92	2	696	33	8	29	28	1.87
53831594--53832047	143	3.2	143	91	2	727	33	8	29	28	1.87
53834328--53834511	79	2.3	81	83	8	225	25	22	27	24	2.00
53834328--53834643	40	7.9	40	81	5	259	25	22	27	25	2.00
53835908--53836027	56	2.1	56	96	0	222	45	9	22	22	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53837482--53838126	47	13.6	47	92	2	906	33	9	29	27	1.88
53837977--53838098	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
53840337--53840451	29	4.0	29	85	6	146	27	29	15	26	1.96
53840328--53840438	58	1.9	58	88	1	170	27	30	16	26	1.96
53841344--53841418	33	2.3	33	92	0	132	20	8	30	41	1.81
53842012--53842872	477	1.8	475	89	1	1364	27	21	11	38	1.89
53847120--53847304	40	4.6	40	83	8	232	23	23	28	24	1.99
53847127--53847304	83	2.2	79	89	5	266	23	23	29	24	1.99
53851999--53852060	29	2.2	27	81	13	72	24	32	16	27	1.96
53852013--53852102	29	3.1	28	87	1	108	27	28	15	27	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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