genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.179.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58744633--58744984	122	2.9	122	96	0	636	31	19	26	21	1.98
58744633--58744984	162	2.2	161	95	2	625	31	19	26	21	1.98
58753469--58753859	40	9.7	40	92	2	649	31	19	26	21	1.98
58753469--58753859	161	2.4	162	98	0	757	31	19	26	21	1.98
58758223--58758404	40	4.6	40	91	2	278	21	27	23	26	1.99
58765038--58765236	39	5.1	40	80	10	223	25	28	21	24	1.99
58766365--58766540	56	3.1	56	99	0	343	22	23	9	44	1.81
58773031--58773213	79	2.3	80	84	7	230	25	27	22	24	2.00
58773010--58773213	40	5.1	40	81	8	229	25	27	22	25	2.00
58774341--58774516	56	3.1	56	97	0	334	22	23	9	44	1.81
58777342--58777523	40	4.6	40	90	2	269	23	26	22	27	1.99
58794523--58794640	45	2.7	44	81	8	118	29	29	17	22	1.97
58807216--58807373	24	6.5	24	69	11	97	25	14	28	31	1.95
58813481--58813712	49	4.7	48	82	6	257	30	25	17	26	1.97
58817003--58817162	24	6.5	24	66	9	99	25	14	28	31	1.95
58822818--58822846	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
58824609--58824696	42	2.1	43	86	2	124	36	23	17	22	1.94
58832185--58832314	46	2.8	46	77	4	145	30	30	18	20	1.97
58838077--58838254	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
58838098--58838253	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
58858777--58858954	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
58858798--58858953	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58863137--58863248	44	2.6	42	81	5	136	27	16	25	30	1.97
58863138--58863249	42	2.6	44	81	5	140	27	17	24	30	1.97
58873641--58873880	85	2.8	85	92	0	408	30	22	15	31	1.95
58873726--58874132	123	3.2	123	86	3	526	31	23	15	29	1.95
58873634--58874057	208	2.0	208	93	0	731	31	22	14	30	1.94
58873930--58874132	38	4.8	40	72	19	153	31	23	15	30	1.95
58873849--58874057	85	2.5	85	94	0	364	32	24	13	29	1.94
58873967--58874109	48	3.0	48	86	2	191	32	20	15	31	1.93
58873887--58874135	133	1.9	132	88	0	372	32	22	14	30	1.94
58876850--58876895	15	3.1	15	87	0	65	54	15	15	15	1.72
58880145--58880351	85	2.4	85	90	0	306	30	24	14	30	1.94
58880202--58880390	47	4.2	47	78	12	189	32	24	13	28	1.94
58880268--58880393	48	2.7	47	88	1	180	31	23	15	29	1.95
58882700--58882957	40	6.5	40	90	2	360	25	27	23	23	2.00
58891512--58891699	49	3.8	49	82	2	250	27	26	20	26	1.99
58891517--58891701	100	1.9	100	95	0	334	27	26	21	24	1.99
58892660--58893427	383	2.0	383	96	0	1428	33	13	15	37	1.87
58898984--58899053	35	2.0	35	97	0	131	44	22	15	17	1.86
58901061--58901190	29	4.5	29	89	3	190	35	7	28	28	1.85
58901086--58901203	58	2.0	58	81	3	139	35	10	27	26	1.89
58918297--58918565	47	5.7	46	76	12	235	27	19	30	22	1.98
58924350--58924454	40	2.6	39	85	8	140	27	27	22	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58932155--58932348	39	4.9	40	86	5	259	26	28	19	25	1.99
58932155--58932344	79	2.4	79	87	1	256	26	28	20	24	1.99
58944825--58944981	43	3.7	42	79	11	167	21	18	26	33	1.96
58948070--58949990	960	2.0	960	95	0	3441	30	14	20	33	1.93
58962776--58962875	49	2.0	49	100	0	200	33	16	26	25	1.96
58963592--58963646	26	2.1	26	100	0	110	25	23	10	40	1.87
58965190--58965298	43	2.6	42	79	5	121	29	25	18	26	1.98
58971236--58971286	24	2.1	24	85	0	66	56	19	15	7	1.63
58971512--58971581	29	2.4	29	88	2	97	27	17	28	27	1.97
58974441--58974764	50	6.4	50	77	2	290	25	17	25	31	1.97
58974443--58974764	151	2.1	152	87	1	459	26	17	25	31	1.97
58974747--58974783	19	1.9	19	100	0	74	21	18	27	32	1.97
58974698--58974833	69	2.0	69	88	0	200	25	19	26	28	1.98
58975049--58975080	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
58981549--58981886	50	6.7	50	81	2	338	26	16	26	30	1.96
58982086--58982117	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
58988178--58988202	10	2.5	10	100	0	50	60	0	20	20	1.37
58989099--58989146	22	2.2	22	92	0	78	20	8	14	56	1.64
58990764--58990931	48	3.5	48	78	4	151	30	19	23	27	1.98
58999807--58999878	37	1.9	37	97	0	135	26	31	9	31	1.89
59004091--59004448	48	7.6	46	89	6	476	33	8	27	30	1.86
59004101--59004451	144	2.5	144	90	2	552	33	8	27	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59004101--59004448	96	3.7	96	91	2	555	34	8	27	29	1.87
59004628--59004723	37	2.6	37	89	0	147	25	16	30	28	1.97
59008452--59008758	44	6.6	45	81	8	191	26	18	28	25	1.98
59008446--59008659	92	2.3	92	80	8	240	26	18	28	26	1.98
59008592--59008707	44	2.6	44	98	0	223	23	14	30	31	1.94
59008452--59008853	49	8.6	47	77	11	208	27	18	28	26	1.98
59008636--59008854	98	2.3	94	80	6	237	26	17	28	27	1.98
59013094--59013275	40	4.6	40	81	6	210	26	28	20	24	1.99
59013094--59013275	79	2.3	81	83	7	221	26	28	20	24	1.99
59033538--59033762	40	5.6	40	87	3	319	25	27	22	24	2.00
59033540--59033762	120	1.9	120	89	3	351	25	27	22	24	2.00
59038017--59038168	27	5.6	27	92	3	232	30	28	14	26	1.95
59038017--59038168	55	2.8	55	93	0	250	30	28	14	26	1.95
59044858--59045479	47	13.4	47	93	2	1017	31	8	30	29	1.87
59045598--59045676	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
59050522--59050671	42	3.5	42	75	8	126	26	20	25	27	1.99
59050502--59050671	85	2.0	85	80	8	195	27	20	24	28	1.99
59061996--59062041	23	2.0	23	82	0	56	30	4	8	56	1.49
59063838--59063874	17	2.2	17	100	0	74	16	10	24	48	1.77
59068157--59068859	49	14.6	49	93	2	1133	33	8	29	28	1.86
59068157--59068859	145	4.9	146	92	3	1138	33	8	29	28	1.86
59068157--59068859	194	3.7	194	95	1	1229	33	8	29	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59079149--59079209	30	2.0	30	83	0	77	31	24	6	37	1.81
59081639--59081663	12	2.1	12	100	0	50	24	16	16	44	1.86
59087029--59087514	27	18.2	27	78	6	402	31	9	19	39	1.84
59087052--59087514	185	2.5	186	81	6	510	31	9	19	39	1.83
59087041--59087524	159	3.0	158	80	7	476	31	9	18	40	1.83
59087840--59087959	28	4.3	28	90	0	177	27	37	15	20	1.92
59095229--59095406	27	6.6	27	82	5	171	28	29	15	26	1.96
59095250--59095405	82	1.9	81	85	3	215	28	29	16	26	1.96
59099561--59099695	27	5.0	27	80	7	157	39	22	8	28	1.84
59099697--59099863	54	3.1	54	89	0	235	31	20	8	39	1.82
59099705--59099864	27	5.9	27	80	2	169	31	21	8	39	1.82
59099734--59099906	81	2.1	81	83	2	213	34	22	8	35	1.84
59099707--59099893	54	3.5	54	86	0	203	32	21	8	37	1.84
59099799--59099955	54	2.9	53	80	2	143	42	21	7	29	1.78
59099857--59099958	27	3.8	27	70	5	80	45	19	7	27	1.78
59099967--59100162	27	7.3	27	88	0	257	34	20	21	22	1.97
59100564--59100665	31	3.3	31	90	0	159	20	16	14	48	1.82
59100564--59100707	6	23.3	6	66	16	62	20	18	14	47	1.83
59100632--59100693	25	2.5	25	89	0	88	19	17	14	48	1.81
59102687--59102828	27	5.3	27	79	6	153	41	21	6	30	1.78
59102831--59102983	54	2.8	54	92	0	243	28	22	6	41	1.79
59102831--59102983	81	1.9	81	90	0	243	28	22	6	41	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59102838--59102983	27	5.4	27	89	0	220	28	23	6	41	1.80
59102841--59103027	54	3.5	54	85	1	196	32	22	7	37	1.82
59102842--59103027	81	2.3	81	83	1	221	32	22	7	37	1.82
59102950--59103089	54	2.6	54	83	2	156	41	22	6	29	1.79
59103044--59103115	27	2.7	27	84	2	83	38	22	9	29	1.86
59103103--59103241	27	5.1	27	85	0	179	33	19	21	25	1.97
59103074--59103241	54	3.1	53	82	4	169	33	20	19	26	1.96
59103643--59103744	31	3.3	31	94	0	177	20	15	15	48	1.82
59103643--59103777	6	21.8	6	68	17	71	20	17	14	47	1.83
59103705--59103772	25	2.7	25	86	0	91	19	17	14	48	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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