genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26625309--26625487	90	2.0	90	86	4	254	28	25	13	32	1.94
26628857--26628919	33	1.9	32	81	9	74	47	12	6	33	1.67
26630715--26630873	7	22.1	7	72	21	91	65	1	1	32	1.09
26630716--26630873	33	4.9	32	77	18	143	65	1	1	32	1.09
26630716--26630874	52	3.2	51	78	16	185	64	1	1	32	1.09
26630708--26630857	12	13.8	11	74	15	125	64	2	1	32	1.14
26630910--26630952	9	4.7	9	79	2	50	65	0	0	34	0.93
26630910--26630957	18	2.6	18	80	3	51	66	0	0	33	0.92
26630903--26630959	29	2.0	27	83	6	69	66	0	0	33	0.92
26631121--26631178	30	1.9	30	82	6	73	56	6	13	22	1.61
26632166--26632206	17	2.3	19	91	8	68	9	0	12	78	0.98
26634316--26634347	12	2.6	13	85	14	50	46	0	0	53	1.00
26636339--26636408	33	2.1	33	89	5	106	11	34	25	28	1.91
26637970--26638052	27	3.1	27	84	6	114	30	14	22	32	1.94
26638041--26638407	27	13.6	27	83	2	263	40	19	9	30	1.84
26638671--26638789	41	2.9	41	92	0	193	21	22	30	25	1.99
26638931--26638984	22	2.5	22	73	11	56	24	24	18	33	1.97
26645298--26645336	18	2.2	18	95	0	69	33	28	12	25	1.93
26650832--26651013	42	4.2	42	73	7	132	28	21	17	32	1.96
26650815--26650970	84	1.9	84	84	2	215	26	23	17	31	1.97
26650815--26650993	84	2.1	84	82	5	209	27	24	17	30	1.97
26653404--26653532	44	2.9	44	89	0	204	20	17	27	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26658506--26658572	9	7.0	9	77	13	55	52	5	0	41	1.26
26659274--26659363	10	9.0	10	72	10	51	30	4	2	63	1.26
26661244--26661500	128	2.0	128	96	0	469	34	5	21	37	1.78
26665191--26665233	18	2.4	18	96	0	77	32	2	16	48	1.58
26672735--26672836	40	2.5	41	80	12	122	25	21	26	26	2.00
26682018--26682157	40	3.5	40	94	0	237	21	17	29	31	1.96
26686757--26686808	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
26686849--26686908	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
26697866--26698078	40	5.3	40	91	0	338	24	26	21	27	1.99
26700230--26700336	46	2.3	46	91	0	169	31	28	18	21	1.97
26700254--26700343	46	2.0	46	97	0	171	32	28	16	22	1.96
26700256--26700354	46	2.2	45	89	3	137	32	30	16	21	1.95
26709260--26709480	40	5.6	40	87	3	308	24	22	24	28	2.00
26725391--26725530	37	3.8	37	82	10	164	24	25	27	22	2.00
26725392--26725567	38	4.7	39	82	11	167	24	25	27	22	2.00
26728879--26729095	39	5.6	40	90	5	331	23	22	25	28	1.99
26737026--26737249	40	5.6	40	92	1	362	23	23	25	28	2.00
26738848--26738973	46	2.7	47	91	4	204	30	28	20	20	1.98
26738850--26738992	46	3.1	45	82	9	125	29	29	20	20	1.98
26741911--26741956	15	3.1	14	84	9	56	52	10	19	17	1.74
26743154--26743184	14	2.2	14	100	0	62	19	22	0	58	1.40
26745527--26745749	40	5.6	40	82	6	204	23	20	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26745527--26745751	80	2.8	79	81	4	238	23	20	28	28	1.99
26745602--26745784	79	2.3	80	80	1	208	24	20	27	26	1.99
26745527--26745784	119	2.2	120	80	5	274	24	20	27	26	1.99
26748318--26748349	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
26756504--26756842	47	7.2	47	90	0	518	33	7	30	28	1.85
26756504--26756842	187	1.8	188	91	1	565	33	7	30	28	1.85
26762411--26762607	50	3.9	50	74	4	171	26	18	23	31	1.97
26762417--26762604	101	1.9	101	86	0	268	26	18	23	31	1.97
26763911--26763956	20	2.3	20	84	0	56	47	4	13	34	1.62
26767383--26767420	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
26773179--26773203	8	3.1	8	100	0	50	12	0	0	88	0.53
26773219--26773274	25	2.1	27	81	12	64	25	8	0	66	1.21
26778599--26778645	19	2.6	18	80	19	53	10	17	42	29	1.82
26778869--26778955	27	3.2	27	88	3	95	41	18	12	27	1.87
26782734--26782795	27	2.3	28	91	5	101	41	16	12	29	1.85
26784157--26784189	18	1.9	17	88	11	50	42	12	15	30	1.83
26787016--26787042	5	5.4	5	100	0	54	77	0	0	22	0.76
26790857--26790900	19	2.3	19	100	0	88	31	13	29	25	1.94
26796603--26796638	16	2.2	16	95	0	63	41	0	22	36	1.54
26799321--26799776	47	9.6	47	91	4	709	32	8	29	30	1.87
26799320--26799776	146	3.2	141	89	5	711	31	8	29	29	1.87
26799895--26799973	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26801189--26801578	159	2.4	159	93	0	645	24	21	28	26	1.99
26801189--26801578	40	9.8	40	92	1	613	24	21	28	26	1.99
26805355--26805808	47	9.6	47	90	5	682	31	8	29	29	1.87
26805368--26805808	189	2.3	186	90	5	670	31	8	29	29	1.87
26805927--26806005	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
26807221--26807612	40	9.8	40	92	0	622	24	21	28	26	1.99
26811394--26811895	47	10.6	47	96	0	851	32	8	29	29	1.87
26812014--26812092	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
26815381--26815480	19	5.3	19	84	7	132	40	9	15	36	1.78
26815371--26815489	36	3.2	36	74	16	91	38	9	14	37	1.78
26818268--26818366	33	2.9	34	79	5	94	43	18	9	29	1.80
26820397--26820480	29	3.0	28	81	8	91	75	0	20	4	0.99
26820395--26820479	36	2.4	34	83	9	109	75	0	20	4	0.98
26820395--26820481	14	6.1	14	71	16	56	75	0	19	4	0.97
26825363--26825397	17	1.9	19	88	11	56	48	0	14	37	1.44
26826018--26826127	23	5.0	22	70	16	95	20	20	21	37	1.95
26826038--26826113	21	3.5	21	76	7	55	21	22	21	35	1.96
26831110--26831150	16	2.6	16	84	11	57	53	0	2	43	1.13
26834159--26834214	25	2.2	26	79	17	73	60	1	1	35	1.17
26853112--26853244	49	2.7	49	79	6	153	22	26	21	29	1.99
26857280--26857425	40	3.7	40	84	7	181	23	21	27	26	1.99
26857280--26857458	80	2.2	80	79	8	179	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26865204--26865390	40	4.7	40	84	6	227	24	21	27	26	1.99
26865204--26865390	81	2.3	81	84	4	236	24	21	27	26	1.99
26867237--26867323	43	2.0	43	85	12	117	22	18	31	27	1.97
26880764--26880850	27	3.3	26	85	4	111	18	21	21	37	1.94
26888049--26888087	16	2.5	15	84	12	51	41	20	28	10	1.85
26888498--26888584	27	3.3	26	83	4	111	19	21	21	36	1.95
26890419--26890500	42	2.0	42	85	9	114	71	0	23	4	1.04
26890413--26890488	23	3.5	23	66	23	56	72	0	22	5	1.04
26895301--26895453	47	3.3	47	86	0	216	36	20	13	28	1.91
26895505--26895544	20	2.0	20	90	0	62	40	17	0	42	1.49
26897243--26897457	48	4.8	48	73	13	195	30	18	24	27	1.98
26897290--26897362	36	2.0	36	91	0	119	30	19	27	23	1.98
26897243--26897398	84	1.9	84	91	0	258	32	19	23	24	1.98
26900989--26901042	28	1.9	28	88	0	81	16	25	33	24	1.96
26913548--26913592	24	1.9	23	82	13	56	55	2	4	37	1.32
26913913--26913970	9	6.0	10	79	15	52	65	3	3	27	1.25
26913901--26913952	3	16.7	3	77	15	52	63	1	0	34	1.06
26914124--26914414	3	95.3	3	67	20	126	59	3	5	31	1.38
26914290--26914412	20	5.8	21	71	21	62	60	2	5	31	1.33
26914440--26914472	16	2.1	16	88	5	50	66	0	0	33	0.92
26921364--26921435	36	2.0	37	88	2	110	13	12	36	37	1.83
26921367--26921454	37	2.4	37	78	3	88	15	12	35	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26935491--26935558	24	3.0	25	83	10	67	33	2	0	63	1.10
26935532--26935566	17	2.1	16	89	5	52	37	0	0	62	0.95
26945053--26945227	96	1.8	96	87	2	262	40	17	32	10	1.83
26946926--26947100	96	1.8	96	88	0	269	40	17	32	10	1.83
26954355--26954385	15	2.1	15	100	0	62	12	12	54	19	1.70
26954370--26954444	27	2.8	27	91	0	114	28	18	37	16	1.92
26954647--26954778	61	2.2	61	98	0	255	17	0	20	62	1.33
26957642--26957791	64	2.4	64	94	1	266	39	4	10	45	1.60
26958176--26958255	33	2.4	33	87	0	106	33	17	31	17	1.93
26958266--26958374	33	3.3	32	76	5	85	22	11	41	25	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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