genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.307.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100715878--100715999	25	5.0	24	84	7	90	28	24	21	25	1.99
100720283--100720324	21	2.0	21	86	13	61	42	4	19	33	1.72
100720539--100720584	5	9.2	5	90	9	76	41	0	0	58	0.98
100720864--100720911	15	3.2	16	77	14	57	75	2	16	6	1.11
100722314--100722362	20	2.4	21	76	10	66	61	0	6	32	1.21
100722543--100722659	47	2.5	48	86	9	161	17	18	22	41	1.90
100722786--100722871	18	4.7	18	79	1	91	36	10	12	40	1.78
100722783--100722871	36	2.4	37	81	5	110	35	11	13	39	1.80
100723812--100724893	178	6.1	178	86	2	1433	29	18	26	25	1.98
100724083--100724424	45	7.7	44	71	9	158	28	19	28	23	1.98
100723812--100724893	533	2.0	534	87	3	1570	29	18	26	25	1.98
100729116--100729236	51	2.3	51	90	2	179	28	23	13	35	1.92
100737039--100737132	40	2.3	40	94	0	161	21	21	26	30	1.98
100737039--100737147	40	2.7	40	88	2	148	22	20	25	31	1.98
100739988--100741061	44	23.5	44	74	10	656	32	15	20	30	1.94
100740064--100740988	45	20.0	48	71	14	408	33	15	20	30	1.94
100740121--100740600	89	5.3	89	77	7	315	31	16	21	29	1.96
100740257--100740599	183	1.9	183	83	2	456	31	16	21	30	1.96
100740301--100740555	139	1.8	139	82	3	325	30	16	22	30	1.96
100740571--100740755	96	1.9	97	88	3	284	37	14	15	32	1.88
100742569--100742619	23	2.1	25	85	7	70	23	5	1	68	1.22
100747575--100747694	43	2.8	42	79	9	127	33	25	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100747598--100747736	44	3.2	42	82	10	131	31	23	18	25	1.97
100747642--100747748	44	2.5	44	84	7	130	35	22	18	23	1.96
100756127--100756233	47	2.3	48	74	11	114	42	3	0	53	1.25
100757199--100757278	3	27.0	3	74	14	60	70	1	3	25	1.12
100757197--100757260	27	2.4	29	80	17	84	71	1	1	25	1.03
100758586--100758635	21	2.4	21	89	0	73	10	8	22	60	1.55
100759797--100759833	14	2.6	14	86	4	56	72	0	5	21	1.04
100761522--100761996	44	10.5	44	69	9	186	28	22	18	31	1.97
100771140--100771184	22	2.0	23	95	4	83	42	22	17	17	1.89
100771375--100771472	28	3.8	23	81	13	79	47	31	4	16	1.65
100771389--100771472	28	3.0	28	92	1	141	47	29	3	19	1.66
100777734--100777779	19	2.4	19	85	7	58	41	10	26	21	1.86
100781713--100781759	3	15.3	3	78	12	51	63	0	6	29	1.19
100781707--100781759	18	2.9	18	83	11	63	66	0	5	28	1.15
100782948--100782992	20	2.1	23	84	12	60	20	15	44	20	1.87
100785322--100785368	19	2.4	19	85	7	58	23	2	12	61	1.42
100787105--100787154	25	2.0	25	88	7	75	24	20	2	54	1.55
100787275--100787381	54	2.0	54	100	0	214	33	7	18	40	1.79
100787663--100787712	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
100787683--100787741	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
100791853--100791922	32	2.2	32	97	2	131	35	7	14	42	1.73
100793677--100793710	16	2.1	16	88	0	50	64	2	0	32	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100805335--100805444	4	27.5	4	100	0	220	50	25	0	24	1.50
100806087--100806365	99	2.8	99	89	1	425	34	24	12	28	1.92
100818136--100818181	24	1.9	24	86	0	65	54	13	21	10	1.69
100818580--100818640	27	2.2	28	77	8	72	47	18	16	18	1.83
100818678--100818912	27	8.7	27	82	1	238	26	14	18	41	1.88
100818678--100818895	54	4.0	54	83	1	267	27	13	17	41	1.87
100819225--100819270	18	2.6	18	78	0	56	26	19	10	43	1.84
100840612--100840662	24	2.1	24	82	7	59	52	15	7	23	1.68
100843265--100843301	13	2.9	13	88	4	58	62	8	10	18	1.52
100852193--100852232	3	13.3	3	94	0	71	35	0	0	65	0.93
100862377--100862450	27	2.7	27	91	0	121	43	24	16	16	1.87
100862388--100862466	27	2.9	27	88	0	104	44	18	16	20	1.87
100862448--100862665	54	4.1	54	76	4	181	27	14	18	39	1.89
100862470--100862665	27	7.3	27	80	3	157	26	14	18	40	1.89
100864997--100865045	20	2.5	20	80	6	55	67	2	6	24	1.24
100870985--100871026	22	1.9	22	85	0	57	26	0	21	52	1.47
100880080--100880134	5	10.6	5	90	5	83	41	20	0	38	1.52
100881886--100882056	40	4.3	40	95	0	288	26	28	21	23	1.99
100881884--100882109	80	2.8	80	86	2	249	27	27	20	24	1.99
100881886--100882109	120	1.9	120	82	3	281	27	27	20	24	1.99
100882041--100882118	40	1.9	41	82	10	97	28	28	20	23	1.99
100889642--100889904	40	6.6	40	86	3	298	26	27	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100889836--100889913	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
100897295--100897329	18	2.0	18	94	5	63	54	0	0	45	0.99
100898759--100898815	20	2.7	22	75	19	59	24	0	14	61	1.33
100905674--100905843	43	4.0	43	80	9	193	31	28	15	24	1.96
100914959--100915002	16	2.5	17	89	10	63	29	22	9	38	1.85
100917815--100918268	44	9.9	45	70	12	224	30	19	20	28	1.97
100917812--100918106	89	3.3	89	72	11	238	29	20	20	30	1.97
100917997--100918639	143	4.5	143	85	3	780	32	20	20	26	1.97
100918572--100918678	44	2.4	44	80	6	110	31	20	16	30	1.95
100929778--100929840	3	20.7	3	96	3	117	31	1	0	66	1.01
100930476--100930525	25	2.0	25	96	0	91	28	10	24	38	1.87
100934381--100934419	17	2.3	17	100	0	78	43	5	10	41	1.61
100935378--100935411	13	2.6	13	85	0	50	26	0	35	38	1.57
100943614--100943825	51	4.2	51	93	0	361	33	12	22	32	1.91
100943614--100943828	102	2.1	102	97	0	403	33	12	22	32	1.91
100945007--100945097	43	2.1	44	97	2	175	40	2	17	39	1.62
100945891--100945997	28	4.0	28	82	9	134	19	3	30	45	1.68
100945895--100945997	51	1.9	56	84	11	144	19	3	32	44	1.69
100945949--100946011	23	2.7	23	100	0	126	15	4	34	44	1.68
100946228--100946273	21	2.2	21	88	0	65	13	28	30	28	1.94
100950744--100950795	23	2.2	25	82	6	63	53	1	7	36	1.41
100951404--100951442	11	3.5	11	85	0	51	82	5	2	10	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100954274--100954302	13	2.2	13	100	0	58	31	0	6	62	1.22
100955872--100955931	23	2.6	22	84	10	75	61	5	5	28	1.38
100957105--100957303	99	2.0	99	100	0	398	32	12	12	43	1.79
100957356--100957419	21	2.8	24	72	13	71	1	18	15	64	1.38
100957981--100958020	13	3.1	13	81	0	53	37	22	7	32	1.82
100973932--100973977	22	2.1	22	84	8	58	34	4	0	60	1.16
100984144--100984173	15	2.0	15	100	0	60	20	26	20	33	1.97
100984094--100984222	65	2.0	64	96	1	240	32	16	22	28	1.95
100984240--100984419	31	5.8	31	90	2	272	27	18	27	26	1.98
100984495--100984609	42	2.6	43	81	9	117	31	16	25	26	1.96
100984540--100984652	42	2.7	43	88	4	167	31	15	25	27	1.95
100987473--100987512	16	2.4	16	87	4	53	25	10	0	65	1.24
100987531--100987959	3	143.7	3	69	14	192	28	6	2	62	1.33
100987585--100987829	38	6.4	38	71	14	134	28	6	1	63	1.30
100987584--100987698	35	3.4	34	80	12	103	25	5	1	67	1.21
100987623--100987698	22	3.4	22	81	13	77	23	5	0	71	1.07
100987741--100987829	35	2.5	35	83	3	99	31	7	1	59	1.33
100987896--100987974	18	4.8	16	77	17	56	27	6	0	65	1.16
100990003--100990040	19	2.0	20	89	5	60	23	23	10	42	1.85
100992974--100993093	51	2.4	51	89	0	177	25	22	12	39	1.89
100998025--100998049	12	2.1	12	100	0	50	84	0	16	0	0.63
100998160--100998299	69	2.0	69	94	1	246	28	20	12	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101005259--101005362	31	3.4	31	78	7	131	53	3	0	41	1.25
101005259--101005389	66	2.1	65	91	7	216	51	4	0	42	1.27
101005319--101005434	17	7.3	15	67	25	53	56	3	1	37	1.26
101005427--101005703	138	2.0	138	99	0	545	32	22	14	31	1.94
101008674--101008701	9	3.1	9	100	0	56	21	0	0	78	0.75
101010425--101010494	25	2.8	25	78	8	79	28	10	22	38	1.87
101010438--101010518	25	3.2	25	78	13	78	28	16	19	35	1.93
101011760--101011810	16	3.2	16	67	10	50	64	3	7	23	1.37
101011760--101011820	28	2.0	30	84	12	81	63	4	6	24	1.38
101011778--101011831	28	1.9	28	81	7	65	66	5	3	24	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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