genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.272.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89798532--89798641	41	2.7	41	80	5	123	25	22	28	23	2.00
89809994--89810024	15	2.0	16	93	6	55	16	32	6	45	1.72
89815320--89815412	48	1.9	48	97	0	177	22	12	31	33	1.92
89822713--89822783	36	2.0	36	97	0	133	26	25	5	42	1.77
89829037--89829140	24	4.2	24	76	12	95	5	28	6	58	1.47
89836687--89836746	30	2.0	30	83	6	77	41	6	23	28	1.79
89840730--89840782	21	2.5	22	76	11	56	32	18	7	41	1.79
89844773--89844858	42	2.1	41	84	6	111	46	17	22	13	1.83
89845428--89845523	34	2.8	34	77	4	95	19	23	25	31	1.98
89847818--89847961	60	2.4	61	81	8	170	27	27	18	26	1.98
89847949--89847994	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
89849393--89849435	14	3.0	14	86	10	52	72	2	20	4	1.14
89849393--89849452	31	1.9	31	82	0	75	75	1	18	5	1.07
89852281--89852484	56	3.7	56	84	5	249	26	14	24	34	1.93
89852281--89852483	112	1.9	107	85	5	280	26	13	24	34	1.93
89866857--89866937	25	3.2	25	80	5	92	34	19	23	22	1.96
89869022--89869107	42	2.0	42	84	0	109	33	26	15	24	1.95
89872027--89872063	19	2.0	18	89	5	56	78	2	18	0	0.87
89873971--89873999	13	2.2	13	100	0	58	44	6	13	34	1.71
89877731--89877776	18	2.6	18	86	3	58	21	0	10	67	1.21
89881912--89881983	36	2.0	36	100	0	144	33	8	22	36	1.84
89886624--89886749	45	2.8	45	89	2	182	28	28	22	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89886742--89886912	38	4.5	38	85	0	225	32	25	20	21	1.97
89886772--89886939	76	2.2	76	84	6	207	32	22	21	23	1.98
89887209--89887326	45	2.7	43	80	6	148	28	28	16	26	1.97
89887209--89887343	43	3.1	43	80	6	155	29	29	16	24	1.96
89888554--89888632	39	2.0	39	90	0	122	34	22	18	24	1.97
89895397--89895512	50	2.4	47	84	5	144	27	22	14	35	1.93
89901061--89901624	273	2.1	275	98	0	1087	28	14	19	37	1.91
89906735--89907100	48	7.7	50	72	16	212	24	29	17	28	1.98
89906840--89907100	140	1.9	142	84	7	363	24	30	17	28	1.97
89915038--89915082	21	2.1	21	84	8	56	37	4	8	48	1.55
89916660--89916795	65	2.1	66	92	1	229	47	12	14	25	1.80
89925180--89925215	16	2.2	17	85	14	58	36	11	25	27	1.90
89925186--89925218	16	2.1	16	100	0	66	36	12	18	33	1.88
89927375--89927422	21	2.3	21	85	0	69	18	25	31	25	1.98
89934475--89934726	68	3.9	64	78	10	228	29	16	29	25	1.96
89936560--89937538	486	2.0	485	95	0	1742	28	19	18	33	1.95
89944431--89944484	18	3.1	17	81	10	56	72	1	5	20	1.14
89959012--89959050	14	2.8	14	96	0	69	23	7	12	56	1.62
89966679--89966707	13	2.2	13	100	0	58	13	24	24	37	1.91
89970952--89971070	39	3.1	39	88	0	184	29	21	21	28	1.98
89974765--89974915	28	5.5	28	67	12	89	29	27	19	23	1.98
89974925--89975040	40	3.0	40	88	5	166	26	27	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89979090--89979207	39	3.1	39	88	1	184	29	21	21	27	1.98
89979105--89979207	38	2.7	36	83	4	98	31	19	20	29	1.97
89982903--89983053	28	5.5	28	67	12	89	29	27	19	23	1.98
89983063--89983179	40	3.0	40	89	3	175	26	28	22	23	1.99
89987275--89987393	39	3.1	39	91	0	193	28	22	21	27	1.99
89991272--89991366	40	2.4	40	90	0	154	26	27	22	24	2.00
89994366--89994484	39	3.1	39	92	0	202	29	22	21	26	1.99
90002130--90002245	43	2.7	43	80	10	155	30	30	17	22	1.96
90013893--90014015	28	4.4	28	96	0	228	22	24	39	13	1.91
90014622--90014951	43	7.7	43	84	3	423	28	28	16	25	1.97
90026446--90026491	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
90027544--90027577	14	2.4	14	90	0	50	50	2	0	47	1.16
90027738--90027804	29	2.3	28	87	5	89	25	22	13	38	1.90
90028063--90028171	53	2.1	53	84	6	141	25	22	11	39	1.89
90030092--90030275	49	3.7	49	84	2	242	28	26	19	26	1.98
90030093--90030280	100	1.9	100	93	0	322	28	26	19	25	1.99
90031469--90031535	30	2.2	30	89	0	98	28	37	20	13	1.91
90031688--90031726	17	2.2	17	86	13	53	48	15	2	33	1.58
90037611--90037973	46	7.7	46	77	10	271	24	30	19	25	1.98
90051882--90051939	29	2.0	30	93	3	100	31	0	13	55	1.39
90059779--90059829	20	2.6	19	79	11	59	64	1	0	33	1.05
90059777--90059837	29	2.1	28	84	3	77	65	3	0	31	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90074698--90074840	72	2.0	72	94	0	250	27	22	13	36	1.92
90082113--90082157	20	2.2	20	88	0	63	40	13	0	46	1.43
90083241--90083283	17	2.4	18	80	3	52	32	9	2	55	1.44
90092815--90092854	19	2.2	19	95	4	73	57	0	15	27	1.38
90095883--90095969	27	3.2	27	98	1	165	43	19	6	29	1.77
90101393--90101428	9	4.0	9	89	10	56	36	0	55	8	1.30
90102762--90102799	20	1.9	20	88	0	58	73	0	0	26	0.83
90105852--90105888	17	2.1	18	90	5	58	10	5	8	75	1.17
90114312--90114489	27	6.6	27	83	5	180	28	28	16	26	1.97
90114333--90114488	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
90120393--90120461	24	2.9	24	93	0	120	34	1	36	27	1.66
90123323--90123391	24	2.9	24	91	4	113	36	0	36	27	1.57
90123323--90123416	48	1.9	49	81	14	115	37	3	35	24	1.72
90124804--90124908	54	1.9	54	84	3	140	19	23	20	37	1.94
90124804--90124910	27	3.9	27	80	9	119	18	23	20	37	1.94
90130984--90131067	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
90131383--90131553	85	2.0	85	100	0	342	43	12	19	24	1.86
90136155--90136292	70	2.0	70	94	0	240	36	32	6	24	1.81
90145817--90146241	48	8.8	47	77	5	393	26	27	17	28	1.97
90145817--90146241	96	4.4	96	89	0	598	26	27	17	28	1.97
90145820--90146241	144	2.9	143	79	2	443	26	27	17	28	1.97
90153038--90153138	51	2.0	51	86	0	139	31	28	14	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90153107--90153211	43	2.5	43	82	1	131	33	26	17	22	1.96
90176824--90176996	43	4.0	43	77	8	190	32	24	16	26	1.96
90176824--90176980	42	3.7	43	78	7	176	31	24	17	26	1.97
90181275--90181309	18	1.9	18	88	0	52	40	11	25	22	1.88
90181295--90181393	45	2.4	39	72	18	99	39	15	19	26	1.91
90182442--90182502	22	2.9	20	79	11	68	18	4	3	73	1.14
90182984--90183025	20	2.2	19	87	12	59	57	4	0	38	1.20
90200366--90200436	32	2.2	32	97	2	135	40	11	5	42	1.64
90201918--90202044	35	3.6	35	81	5	148	41	31	10	16	1.82
90203377--90203495	59	2.0	59	98	0	229	25	14	25	35	1.93
90212459--90212624	35	4.7	35	87	0	224	39	31	10	18	1.85
90212459--90212648	105	1.8	106	82	3	249	40	31	10	17	1.83
90212460--90212648	35	5.4	34	84	3	198	40	31	10	17	1.83
90213385--90213450	30	2.2	30	86	0	87	22	33	21	22	1.97
90223570--90223598	9	3.2	9	100	0	58	41	34	0	24	1.55
90226733--90226990	130	2.0	130	89	1	401	33	15	19	31	1.93
90229566--90229691	46	2.7	46	90	0	189	30	26	21	21	1.98
90229568--90229710	46	3.1	46	72	11	123	29	27	20	21	1.98
90245376--90245405	15	1.9	15	93	6	51	40	0	0	60	0.97
90249382--90249445	32	2.0	32	100	0	128	34	21	12	31	1.91
90254110--90254249	75	1.9	75	92	0	235	48	9	12	30	1.71
90254225--90254512	138	2.1	138	87	4	404	39	7	5	47	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90255785--90255928	40	3.6	39	87	1	180	23	16	26	33	1.96
90255785--90255932	80	1.9	80	85	2	208	24	16	26	32	1.96
90276820--90277116	40	7.5	40	86	2	377	23	23	27	26	2.00
90278565--90278672	26	4.2	26	91	0	180	32	6	24	37	1.81
90288603--90288637	13	2.6	13	95	4	61	31	0	17	51	1.45
90294240--90294281	21	2.2	18	87	12	57	35	9	2	52	1.47
90297377--90297466	42	2.1	43	83	6	112	24	14	26	34	1.94
90303294--90303430	6	22.3	6	70	15	93	48	13	17	19	1.80
90303339--90303430	31	3.0	31	82	4	116	47	14	18	19	1.82
90303296--90303408	43	2.6	43	88	0	163	47	14	18	19	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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