genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9019226--9019281	21	2.6	21	85	2	67	53	1	3	41	1.29
9024904--9024931	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
9025301--9025333	17	2.0	17	88	5	50	51	18	6	24	1.68
9026444--9026474	14	2.3	13	94	5	53	16	0	0	83	0.64
9028621--9028737	58	2.0	58	100	0	234	30	11	22	35	1.90
9031914--9031951	19	2.1	19	90	9	62	47	7	0	44	1.32
9040107--9040280	86	2.0	86	95	0	312	40	8	4	47	1.54
9044113--9044152	18	2.2	18	100	0	80	27	15	15	42	1.86
9060188--9060245	6	10.0	6	81	7	66	79	1	5	13	0.98
9060178--9060241	17	3.8	16	87	6	83	76	1	6	15	1.06
9060188--9060258	22	3.1	22	83	4	79	77	2	5	14	1.06
9071099--9071180	26	3.4	26	74	20	97	24	19	14	41	1.89
9071741--9071833	29	3.2	29	78	1	96	34	22	4	38	1.74
9072433--9072471	12	3.3	12	96	3	71	64	5	7	23	1.40
9072814--9072988	89	1.9	92	87	5	259	36	20	10	33	1.86
9073101--9073255	10	16.4	9	65	23	61	63	1	3	30	1.21
9073165--9073199	17	2.0	18	88	5	54	62	2	5	28	1.32
9073114--9073255	19	7.3	18	69	19	74	62	2	3	31	1.24
9073204--9073266	30	2.1	30	82	5	74	65	4	1	28	1.22
9073451--9073596	10	14.9	10	67	22	53	31	6	0	61	1.25
9073453--9073545	19	4.9	19	74	13	77	33	6	1	59	1.30
9073523--9073595	31	2.4	30	82	11	94	28	4	0	67	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9073514--9073597	31	2.7	30	78	8	89	32	3	0	64	1.11
9090112--9090161	17	2.9	18	85	8	61	58	0	0	42	0.98
9090121--9090163	8	5.0	8	81	13	50	60	0	0	39	0.97
9090275--9090309	14	2.5	14	85	0	52	62	8	2	25	1.38
9090328--9090368	21	1.9	22	90	5	66	70	12	7	9	1.33
9094927--9094967	20	2.0	21	85	4	57	51	12	9	26	1.70
9095351--9095381	15	2.1	14	94	5	53	41	12	12	32	1.81
9105520--9105643	33	3.8	33	92	0	212	30	43	8	16	1.79
9106619--9106726	54	2.0	54	96	0	198	27	13	21	37	1.91
9119437--9119485	21	2.3	22	79	10	57	38	4	14	42	1.64
9119630--9119701	5	14.8	5	74	21	64	38	1	4	55	1.28
9119659--9119701	19	2.3	19	92	8	70	41	2	0	55	1.12
9119711--9119744	17	2.0	17	94	0	59	79	0	17	2	0.86
9119711--9119744	9	3.9	9	84	7	52	79	0	17	2	0.86
9120673--9120787	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
9120673--9120806	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
9125637--9125685	21	2.3	22	79	10	57	38	4	14	42	1.64
9125830--9125901	5	14.8	5	74	21	64	38	1	4	55	1.28
9125859--9125901	19	2.3	19	92	8	70	41	2	0	55	1.12
9125911--9125944	17	2.0	17	94	0	59	79	0	17	2	0.86
9125911--9125944	9	3.9	9	84	7	52	79	0	17	2	0.86
9126874--9126988	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9126874--9127007	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
9132798--9132895	20	4.9	19	71	6	61	24	10	10	55	1.64
9132788--9132913	41	3.1	40	78	11	139	23	11	10	53	1.68
9133547--9133614	9	7.6	9	88	0	100	44	20	8	26	1.81
9133626--9133678	12	4.3	12	85	2	61	22	0	1	75	0.90
9133633--9133680	6	7.8	6	90	4	78	18	0	2	79	0.84
9133638--9133703	25	2.7	24	81	11	71	24	0	3	72	0.98
9135895--9135956	29	2.1	30	93	3	108	58	14	3	24	1.51
9136549--9136703	43	3.6	42	80	5	150	27	14	25	32	1.94
9139595--9139651	26	2.2	26	100	0	114	49	14	3	33	1.60
9140337--9140442	52	2.0	53	98	1	205	54	11	9	24	1.65
9146046--9146087	13	3.0	15	83	16	54	28	4	2	64	1.26
9146357--9146444	37	2.4	37	84	7	108	57	1	1	39	1.13
9146383--9146434	22	2.5	20	81	12	59	57	0	0	42	0.98
9146382--9146435	21	2.5	22	81	6	65	57	0	0	42	0.98
9146361--9146444	38	2.2	38	85	6	109	60	1	1	36	1.12
9147147--9147176	15	1.9	16	93	6	53	30	3	0	66	1.07
9148170--9148238	31	2.2	31	97	0	129	49	2	1	46	1.25
9148221--9148282	29	2.1	30	81	3	72	61	8	3	27	1.40
9151467--9151506	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
9151490--9151529	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
9151475--9151541	34	1.9	35	87	3	100	32	8	11	46	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9154033--9154086	12	4.4	12	77	13	56	38	0	57	3	1.17
9154029--9154086	18	3.2	18	83	9	73	37	0	58	3	1.15
9154033--9154068	13	2.8	13	91	4	56	36	0	58	5	1.22
9154029--9154087	31	1.9	31	89	6	93	37	0	59	3	1.14
9154058--9154094	18	2.1	18	89	0	56	45	0	54	0	1.00
9161641--9162767	75	14.5	74	69	15	478	33	19	16	31	1.94
9161715--9162020	165	1.9	162	85	3	425	32	17	16	33	1.92
9161873--9162111	73	3.2	74	84	4	313	34	18	15	30	1.93
9161527--9162767	237	5.3	239	85	8	1470	33	18	16	31	1.93
9162106--9162269	73	2.3	72	86	6	224	34	17	16	31	1.92
9161943--9162737	158	5.0	158	83	9	939	34	18	16	30	1.93
9162179--9162495	84	3.9	84	78	13	347	34	20	16	29	1.94
9162264--9162767	75	6.7	74	85	6	568	33	20	16	29	1.95
9162724--9162819	49	2.0	49	97	0	183	32	20	16	30	1.95
9162652--9162891	121	2.0	121	94	0	417	32	20	16	30	1.95
9162773--9162998	72	3.0	72	82	11	276	34	18	16	30	1.93
9162962--9163067	54	1.9	55	83	5	135	39	18	14	27	1.89
9163047--9163080	13	2.5	13	90	4	50	58	8	11	20	1.59
9162918--9163545	140	4.5	140	96	1	1150	37	20	17	25	1.94
9163242--9163347	54	1.9	54	85	9	144	37	19	15	27	1.92
9163338--9163362	13	1.9	13	100	0	50	64	0	12	24	1.27
9163382--9163487	54	1.9	54	85	9	144	37	18	15	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9163478--9163643	72	2.3	71	86	6	228	41	21	15	22	1.89
9163518--9163764	122	2.0	124	88	3	374	39	22	13	24	1.90
9163643--9163817	71	2.5	70	86	3	228	34	23	14	28	1.94
9178171--9178203	11	3.0	11	91	8	50	45	0	54	0	0.99
9178299--9178351	13	3.9	14	75	7	56	24	0	3	71	1.02
9178391--9178425	11	3.2	11	91	0	52	77	0	5	17	0.96
9179600--9180311	72	9.5	72	77	11	650	33	20	15	30	1.94
9179600--9180311	219	3.2	222	88	6	972	33	20	15	30	1.94
9180101--9180311	77	2.8	75	85	7	279	30	19	16	33	1.94
9179941--9180258	165	2.0	160	86	4	440	34	19	15	29	1.93
9179864--9180399	238	2.3	233	86	3	716	34	19	15	30	1.93
9180500--9180543	13	3.3	13	81	6	52	65	6	11	15	1.44
9180330--9180614	98	2.9	99	87	4	398	39	19	17	23	1.92
9180523--9180689	73	2.3	73	87	4	239	34	19	17	28	1.95
9192804--9192845	16	2.7	15	76	20	50	57	2	7	33	1.39
9193142--9193184	11	3.9	11	81	0	50	60	4	0	34	1.17
9193674--9193709	11	3.2	12	88	11	58	47	0	52	0	1.00
9193810--9193857	12	3.6	13	78	13	53	25	0	4	70	1.04
9194201--9194252	18	2.8	18	85	2	77	5	0	42	51	1.25
9196159--9196233	22	3.3	22	73	10	60	58	5	5	30	1.43
9196170--9196379	25	8.6	25	68	14	98	56	4	6	33	1.44
9196665--9196703	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9196849--9196944	30	3.2	30	93	0	165	17	7	48	26	1.73
9196884--9196937	18	3.3	18	66	28	57	18	7	50	24	1.72
9200038--9200558	84	6.2	84	89	2	762	36	21	22	18	1.95
9200293--9200507	44	5.1	44	62	20	125	35	23	23	17	1.95
9200513--9200597	39	2.2	40	93	2	145	38	20	21	20	1.93
9200421--9200667	123	2.0	124	84	3	329	37	21	21	19	1.95
9200623--9200959	88	3.8	86	78	5	307	33	20	23	22	1.97
9200629--9200773	44	3.3	44	67	11	116	34	21	22	22	1.97
9200666--9200817	44	3.5	44	71	12	132	29	21	26	22	1.99
9201304--9201346	21	2.0	21	86	8	61	23	0	4	72	1.04

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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