genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.261.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86161886--86162005	59	2.0	59	96	0	222	35	24	8	32	1.85
86167189--86167306	43	2.7	43	85	5	166	32	23	13	30	1.93
86169088--86169205	61	1.9	61	100	0	236	34	26	7	31	1.84
86171371--86171442	36	2.0	36	97	0	135	23	22	12	41	1.88
86174896--86174929	17	2.0	17	88	0	50	55	2	5	35	1.39
86175159--86175501	171	2.0	171	95	1	616	35	4	8	52	1.51
86176823--86176871	25	2.0	25	84	4	64	63	8	0	28	1.23
86176835--86176899	25	2.9	23	80	15	66	66	7	0	26	1.19
86176861--86176899	19	2.0	20	90	5	62	71	7	0	20	1.10
86177090--86177137	17	2.8	17	70	0	51	64	0	0	35	0.94
86179840--86179903	30	2.1	29	88	11	94	21	23	0	54	1.45
86181955--86182127	46	3.7	46	79	14	194	22	21	26	28	1.99
86181952--86182123	93	1.8	93	91	2	283	22	22	27	27	1.99
86182992--86183035	21	2.2	20	83	4	52	50	2	4	43	1.35
86189417--86189588	46	3.8	45	78	11	179	20	19	29	30	1.97
86189414--86189583	92	1.8	92	89	0	268	20	20	30	30	1.97
86191698--86191918	111	2.0	111	90	0	343	39	13	11	35	1.81
86198100--86198126	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
86200958--86201021	29	2.2	29	83	5	85	32	48	1	17	1.56
86200987--86201058	37	1.9	37	97	0	135	29	51	0	19	1.47
86201040--86201075	18	2.0	18	94	0	63	25	58	0	16	1.38
86201342--86201480	60	2.2	61	80	10	158	25	4	5	64	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86201455--86201491	19	2.0	18	94	5	65	32	0	0	67	0.91
86201344--86201482	62	2.2	61	79	14	151	26	4	5	64	1.33
86201463--86201493	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
86201796--86201836	13	3.2	12	83	12	55	29	2	0	68	1.03
86205569--86205612	21	2.1	21	91	0	70	36	22	25	15	1.94
86210218--86210365	27	5.4	27	84	3	154	27	15	28	28	1.96
86210218--86210365	55	2.7	54	83	4	163	27	15	28	28	1.96
86210270--86210376	27	3.9	27	83	1	79	26	15	28	29	1.96
86218203--86218353	27	5.6	27	86	3	169	27	14	28	29	1.95
86218202--86218353	55	2.8	54	84	4	180	27	15	28	28	1.96
86218203--86218353	82	1.8	82	82	2	196	27	14	28	29	1.95
86222663--86222875	46	4.6	44	74	13	146	27	21	29	22	1.99
86224856--86224905	23	2.2	23	82	13	59	50	6	0	44	1.26
86227382--86227811	47	8.9	49	91	5	675	33	7	29	29	1.86
86227390--86227811	96	4.4	96	93	3	681	32	7	29	29	1.85
86265032--86265146	43	2.7	42	81	6	117	23	20	26	30	1.98
86267417--86267466	19	2.6	19	96	0	91	16	36	34	14	1.88
86269233--86269281	21	2.4	20	80	10	55	22	12	20	44	1.84
86270986--86271247	94	2.8	93	83	3	287	25	19	31	23	1.98
86271038--86271209	47	3.7	46	73	12	145	24	20	31	23	1.98
86272025--86272140	55	2.1	55	82	3	135	19	29	31	18	1.96
86278657--86278971	47	6.7	45	71	16	180	22	29	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86278658--86278971	94	3.4	92	76	12	268	22	29	19	28	1.98
86280483--86280703	46	4.8	46	84	5	293	20	21	29	28	1.98
86280478--86280703	93	2.4	94	87	3	307	20	21	30	27	1.98
86283786--86284009	40	5.6	40	83	8	278	24	27	23	24	2.00
86283788--86284010	119	1.9	120	84	6	301	24	27	23	24	2.00
86297582--86297732	28	5.4	28	91	1	214	26	11	27	33	1.92
86300949--86301018	35	2.0	35	91	0	113	27	18	12	41	1.87
86303379--86303814	27	16.2	26	84	6	505	41	20	17	19	1.90
86310385--86310751	50	7.6	50	76	7	305	27	20	28	23	1.99
86310386--86310709	95	3.4	96	80	7	338	28	20	27	23	1.99
86310430--86310758	145	2.3	145	82	4	403	27	20	29	22	1.99
86314407--86314503	50	1.9	50	100	0	194	24	12	26	36	1.91
86319923--86319992	35	2.0	35	100	0	140	42	20	5	31	1.75
86326227--86326290	32	2.0	32	100	0	128	25	25	25	25	2.00
86328096--86328241	27	5.4	27	82	3	150	36	18	18	26	1.94
86328097--86328241	54	2.7	54	83	0	182	37	18	17	26	1.93
86328958--86329019	31	2.0	32	87	3	90	20	24	19	35	1.96
86342476--86342692	39	5.6	39	76	16	152	26	25	22	26	2.00
86342476--86342643	40	4.3	38	84	8	171	27	25	22	25	2.00
86342476--86342643	39	4.3	39	83	9	186	27	25	22	25	2.00
86347010--86347109	36	2.8	35	85	7	121	28	28	17	27	1.97
86354639--86354861	40	5.6	39	85	3	241	26	27	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86354639--86354861	120	1.9	119	81	6	272	26	27	20	24	1.99
86359866--86360139	145	1.9	145	95	0	494	31	24	14	29	1.95
86360117--86360195	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
86376178--86376215	19	2.0	19	85	10	51	68	0	10	21	1.19
86387321--86387526	111	1.9	111	85	6	292	40	13	21	24	1.89
86387300--86387566	28	9.6	28	81	2	223	38	14	20	25	1.91
86392083--86392159	24	3.2	24	77	0	91	38	5	36	19	1.74
86399981--86400077	24	4.0	24	93	1	167	37	5	37	20	1.75
86418938--86419050	40	2.8	40	85	6	149	35	29	13	22	1.92
86424720--86424799	39	2.1	39	95	0	142	23	27	23	25	2.00
86429274--86429481	54	3.9	54	79	9	217	23	22	17	37	1.94
86429460--86429581	47	2.6	47	97	0	226	25	24	13	36	1.93
86435956--86436149	55	3.6	54	80	4	212	22	23	18	36	1.95
86435956--86436155	109	1.8	108	83	3	267	22	23	17	36	1.95
86436128--86436248	47	2.6	47	92	2	199	25	23	13	37	1.91
86436112--86436381	47	5.8	45	78	10	143	23	25	17	33	1.96
86441274--86441320	19	2.6	18	87	9	69	27	17	8	46	1.76
86442924--86442987	32	2.0	32	100	0	128	43	21	21	12	1.86
86456750--86456811	17	3.4	17	69	26	54	27	1	24	46	1.62
86456720--86456938	39	5.6	39	90	0	312	31	4	18	45	1.68
86456913--86456965	16	3.3	15	92	5	70	39	5	15	39	1.70
86456912--86456954	16	2.7	16	100	0	86	37	6	11	44	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86457732--86457868	68	2.0	68	94	0	238	31	10	16	41	1.82
86475752--86475974	40	5.6	40	95	0	367	23	21	28	26	1.99
86483005--86483227	40	5.6	40	95	0	367	23	21	28	26	1.99
86487518--86487555	20	1.9	20	84	10	51	42	10	0	47	1.38
86497115--86497335	40	5.6	40	83	2	268	25	21	25	28	1.99
86504235--86504348	50	2.4	46	81	12	126	26	16	32	24	1.96
86516455--86516519	15	4.4	15	80	9	80	27	13	1	56	1.46
86516455--86516519	29	2.2	30	83	8	80	27	13	1	56	1.46
86517161--86517201	19	2.2	19	95	0	73	46	0	36	17	1.48
86520863--86520943	27	3.0	27	85	5	101	37	29	16	17	1.91
86525226--86525288	26	2.4	27	82	10	78	34	0	4	60	1.18
86529971--86530022	26	2.0	26	100	0	104	19	7	30	42	1.79
86533104--86533185	42	2.0	42	85	4	112	29	24	17	29	1.97
86535523--86535573	24	2.1	24	100	0	102	31	9	0	58	1.30
86537591--86537617	12	2.2	12	100	0	54	14	22	33	29	1.94
86537734--86537767	12	2.8	12	100	0	68	32	23	8	35	1.86
86539678--86539708	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
86539675--86539714	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
86539947--86540144	108	1.8	110	87	4	303	22	25	17	34	1.96
86539900--86540154	55	4.8	53	78	10	254	20	25	18	35	1.95
86543748--86543787	16	2.5	16	95	0	71	35	22	15	27	1.94
86544165--86544325	39	4.1	39	81	0	169	36	16	31	15	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86547558--86547622	23	2.8	23	83	6	78	20	26	16	36	1.93
86553339--86553462	39	3.2	39	74	13	119	36	18	32	12	1.89
86555493--86555546	23	2.3	23	96	0	99	44	9	22	24	1.81
86558704--86558764	32	1.9	33	86	6	90	37	1	1	59	1.17
86567831--86567871	14	3.2	14	74	25	54	56	12	4	26	1.56
86571591--86571620	12	2.5	12	100	0	60	56	6	16	20	1.62
86575121--86575274	42	3.7	41	78	8	175	31	14	24	29	1.94
86575121--86575276	85	1.8	84	86	6	226	30	14	25	30	1.94
86580789--86580852	24	2.7	24	78	2	67	34	23	17	25	1.96
86585909--86586038	39	3.3	39	95	0	224	20	23	27	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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