genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.298.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98344120--98344157	13	2.9	13	84	11	51	44	5	0	50	1.24
98349051--98349267	107	2.0	107	100	0	434	41	9	15	33	1.79
98353044--98353084	21	2.0	21	95	0	73	31	0	0	68	0.90
98354849--98354973	61	2.0	61	90	3	198	41	2	9	46	1.49
98355758--98355785	7	4.0	7	100	0	56	42	0	0	57	0.99
98365172--98365202	15	2.1	15	93	0	53	22	0	9	67	1.19
98367323--98367385	32	2.0	32	93	0	108	22	11	26	39	1.87
98374895--98374958	31	2.2	28	81	13	67	29	1	7	60	1.34
98374917--98374961	14	3.2	14	81	12	65	26	0	2	71	0.98
98375392--98375427	15	2.4	15	95	0	63	41	11	8	38	1.71
98380596--98380674	28	2.8	28	84	0	95	35	11	24	29	1.90
98388751--98388815	21	3.2	21	74	12	82	40	21	24	13	1.90
98388763--98388826	19	3.3	19	72	12	67	37	23	25	14	1.92
98388733--98388862	39	3.3	39	88	3	172	36	24	23	14	1.93
98393811--98393868	30	1.9	30	85	0	80	43	1	24	31	1.64
98394080--98394111	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
98394206--98394447	50	4.7	50	84	4	279	27	24	28	19	1.99
98394206--98394455	100	2.4	103	86	6	346	26	24	28	20	1.99
98405288--98405345	28	2.1	28	96	0	107	39	20	3	36	1.70
98410338--98410371	12	2.8	12	90	0	50	82	2	11	2	0.89
98410073--98410627	187	3.0	186	96	2	999	38	15	12	34	1.85
98411164--98411241	39	2.0	39	89	0	120	25	16	23	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98411643--98411716	36	2.0	37	82	7	89	52	0	0	47	1.00
98414340--98414872	266	2.0	266	97	1	1005	32	10	11	46	1.73
98414933--98414973	19	2.2	19	86	0	55	58	2	2	36	1.24
98414920--98414979	27	2.1	28	82	11	70	56	1	1	40	1.19
98419777--98419943	43	3.9	43	75	6	160	31	23	16	29	1.96
98424307--98424358	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
98425382--98426450	556	1.9	556	98	0	2075	29	22	16	31	1.96
98426833--98426884	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
98439646--98439702	10	5.7	10	79	8	62	85	0	8	5	0.72
98440650--98441811	205	5.7	205	93	0	1915	31	18	21	28	1.97
98440650--98441811	409	2.8	408	91	1	1911	31	18	21	28	1.97
98441643--98442133	261	1.9	256	87	4	718	32	17	23	26	1.96
98442441--98442483	19	2.2	20	91	8	70	39	9	16	34	1.80
98449743--98449963	116	1.9	113	91	2	361	27	11	13	47	1.78
98449871--98449972	52	2.0	52	88	3	152	28	11	15	44	1.82
98450961--98451009	26	2.0	23	88	11	71	57	6	8	28	1.52
98451191--98451231	19	2.2	19	86	4	57	70	4	2	21	1.18
98451157--98451230	31	2.4	31	78	13	82	66	4	2	27	1.23
98454045--98454089	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
98466143--98466177	17	2.0	18	88	5	54	60	8	2	28	1.41
98471564--98471748	92	2.0	92	100	0	370	38	16	25	19	1.92
98472153--98472194	20	2.2	19	87	12	59	38	0	4	57	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98472675--98472711	16	2.2	18	90	9	60	75	0	24	0	0.80
98473245--98473364	45	2.5	45	82	10	125	22	17	17	42	1.89
98473350--98473393	6	7.2	6	79	5	52	15	20	15	47	1.82
98482654--98482823	78	2.3	74	85	11	233	32	11	22	32	1.90
98482654--98482821	35	4.6	35	79	15	162	32	11	23	32	1.91
98488335--98488366	16	2.0	16	100	0	64	12	37	12	37	1.81
98490209--98490266	18	3.3	18	65	4	55	36	12	25	25	1.91
98490182--98490328	35	4.3	34	81	5	161	34	12	27	25	1.92
98490182--98490328	70	2.1	68	83	5	179	34	12	27	25	1.92
98491595--98491808	56	3.9	53	76	18	208	30	10	14	44	1.79
98491804--98491871	27	2.4	28	78	11	68	20	11	10	57	1.63
98498873--98498917	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
98502788--98502916	41	3.1	41	89	0	204	28	11	29	30	1.92
98503268--98503298	16	1.9	16	93	0	53	48	25	3	22	1.66
98504457--98505112	24	28.9	22	66	24	180	33	5	5	55	1.45
98504457--98504798	23	14.8	23	69	22	170	33	5	5	55	1.46
98504722--98504781	22	2.9	21	85	5	68	35	3	8	53	1.48
98504864--98505112	111	2.2	111	81	8	276	31	4	4	58	1.40
98504968--98505038	27	2.7	26	80	14	83	30	4	4	60	1.35
98504930--98505067	70	2.0	65	82	9	161	31	4	4	59	1.37
98504995--98505112	41	2.7	43	81	13	118	31	2	4	61	1.28
98505025--98505053	15	1.9	15	100	0	58	31	0	0	68	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98504944--98505087	21	6.6	22	69	19	79	32	4	4	58	1.38
98505271--98505314	20	2.2	20	88	12	63	34	11	6	47	1.66
98508250--98508400	53	2.8	53	84	4	187	29	27	15	26	1.96
98515658--98515808	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
98522987--98523137	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
98528897--98529069	56	3.1	56	99	0	337	45	9	23	22	1.81
98530196--98530415	40	5.6	39	84	8	254	25	22	26	25	2.00
98530248--98530448	79	2.6	76	85	7	246	26	21	26	25	1.99
98531828--98531867	4	10.2	4	89	5	64	72	0	25	2	0.97
98532363--98532431	21	3.2	20	84	10	84	60	1	5	31	1.29
98532519--98532562	18	2.4	20	75	17	51	59	2	13	25	1.46
98546491--98546666	37	4.8	37	96	0	298	39	13	21	26	1.90
98546629--98546752	46	2.8	46	91	3	200	33	16	22	27	1.96
98555828--98555997	75	2.3	75	85	2	243	27	17	19	35	1.94
98555902--98556265	90	4.1	86	79	7	379	27	16	19	36	1.93
98556157--98556190	14	2.4	14	90	0	50	20	14	11	52	1.73
98557374--98557416	6	7.2	6	81	7	52	79	0	4	16	0.90
98557379--98557419	11	3.7	11	90	6	57	82	0	4	12	0.81
98558101--98558813	23	30.7	22	65	23	199	33	5	5	55	1.46
98558098--98558702	24	26.0	23	68	21	261	33	4	5	56	1.43
98558366--98558430	22	2.8	23	75	13	55	36	1	7	53	1.39
98558465--98558518	28	1.9	28	85	14	76	38	1	5	53	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98558478--98558592	47	2.4	49	80	13	134	34	3	4	57	1.35
98558585--98558702	41	2.7	43	81	13	118	30	2	4	62	1.27
98558613--98558643	16	2.0	16	93	6	55	29	0	0	70	0.87
98558583--98558702	44	2.8	41	83	11	134	30	2	4	62	1.27
98558859--98558902	20	2.1	21	88	12	65	34	9	6	50	1.61
98559283--98559349	7	8.9	7	73	15	53	49	44	2	2	1.32
98559290--98559350	32	1.9	32	82	0	77	47	44	3	4	1.41
98559947--98559982	18	2.1	17	89	5	54	0	47	0	52	1.00
98560454--98560500	3	15.3	3	95	4	85	34	0	0	65	0.93
98566399--98566441	21	2.2	21	84	15	58	30	4	20	44	1.72
98566399--98566443	18	2.3	20	78	17	51	31	4	20	44	1.71
98567577--98567627	18	2.8	18	96	0	93	23	21	27	27	1.99
98569461--98569489	14	2.1	14	100	0	58	79	6	13	0	0.93
98581281--98581313	14	2.4	14	90	10	50	60	0	0	39	0.97
98582376--98582420	22	2.0	22	83	8	56	37	8	17	35	1.81
98586075--98586138	30	2.2	29	91	2	101	28	17	20	34	1.95
98594931--98595202	136	2.0	136	92	1	456	28	15	15	40	1.88
98601804--98601834	15	2.1	15	93	0	53	70	0	29	0	0.87
98604200--98604437	106	2.3	106	87	0	334	21	26	27	24	1.99
98610743--98610872	44	3.0	44	80	10	126	23	20	26	30	1.98
98611894--98612013	55	2.2	55	77	5	127	23	25	30	21	1.99
98612749--98612781	16	2.0	17	88	5	50	36	0	27	36	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98618441--98618526	39	2.2	39	89	0	127	30	8	15	46	1.74
98618809--98618857	24	2.0	24	96	0	89	22	6	24	46	1.74
98627983--98628075	45	2.1	45	100	0	186	19	15	10	54	1.69
98632198--98632269	29	2.5	28	78	19	78	36	2	0	61	1.11
98639262--98639319	31	2.0	29	83	10	73	58	3	0	37	1.15
98640115--98640151	16	2.3	17	86	9	51	56	0	0	43	0.99
98649437--98649597	80	2.0	80	96	0	295	36	17	13	32	1.88
98649963--98650010	18	2.5	20	83	10	64	45	10	10	33	1.72
98655709--98655761	27	1.9	28	84	3	72	71	1	18	7	1.19
98657286--98657362	39	2.0	39	92	0	127	33	25	7	32	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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