genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.120.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38711574--38711699	55	2.3	54	78	6	130	27	11	18	42	1.85
38711614--38711752	27	5.1	27	78	7	102	28	10	15	44	1.80
38711729--38712001	27	10.1	27	76	3	183	30	9	20	39	1.83
38711677--38711951	81	3.4	79	75	6	212	30	9	18	41	1.82
38711552--38711994	54	8.2	54	74	5	232	29	10	19	40	1.84
38711934--38712001	26	2.5	26	90	4	100	29	8	22	39	1.84
38711991--38712094	27	3.8	26	82	5	109	27	21	18	32	1.96
38714736--38714797	22	2.8	22	72	13	56	35	24	22	17	1.95
38714938--38715060	41	3.0	41	89	0	183	28	30	20	21	1.98
38715297--38715367	27	2.6	27	81	0	79	30	12	21	35	1.91
38715319--38715687	27	13.6	27	77	5	190	29	9	20	40	1.83
38715317--38715687	54	6.9	54	77	3	307	29	9	19	40	1.83
38715317--38715686	81	4.6	81	76	4	298	29	9	20	40	1.83
38715597--38715722	54	2.4	54	82	4	148	29	9	16	44	1.79
38715638--38715747	27	4.1	27	75	2	87	31	11	16	40	1.85
38715736--38715839	27	3.9	27	90	0	163	27	22	17	32	1.96
38718311--38718495	40	4.6	40	85	3	255	23	27	23	24	2.00
38731868--38732262	47	8.5	46	91	6	613	31	29	7	32	1.84
38731868--38732262	92	4.2	93	90	7	617	31	29	7	32	1.84
38731868--38732264	189	2.1	183	93	4	663	31	29	7	32	1.84
38736521--38736703	48	3.9	48	72	12	180	26	23	21	28	1.99
38736543--38736711	93	1.8	93	88	2	259	26	22	21	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38738140--38738169	9	3.3	9	95	0	51	53	0	23	23	1.46
38744246--38744487	48	5.1	48	79	12	257	27	23	20	28	1.99
38749001--38749034	17	2.0	17	94	0	59	32	17	20	29	1.96
38751094--38751142	1	49.0	1	100	0	98	0	0	0	100	0.00
38752606--38752649	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
38766583--38766626	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
38784771--38784824	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
38791969--38792017	21	2.3	22	82	6	57	20	10	6	63	1.47
38793944--38794161	40	5.5	40	90	3	307	25	27	23	22	2.00
38802923--38803417	47	10.6	47	88	6	702	30	29	7	32	1.85
38802923--38803417	96	5.3	95	88	6	715	30	29	7	32	1.85
38806841--38807121	40	7.1	40	87	2	386	25	27	21	25	1.99
38809378--38809883	49	10.6	49	92	3	820	29	29	8	32	1.86
38809378--38809883	96	5.3	95	93	2	795	29	29	8	32	1.86
38809378--38809883	145	3.5	145	93	2	830	29	29	8	32	1.86
38814137--38814318	48	3.9	48	72	13	171	26	23	20	28	1.99
38821796--38822037	48	5.1	48	79	12	257	27	23	20	28	1.99
38826552--38826585	17	2.0	17	94	0	59	32	17	20	29	1.96
38828634--38828690	26	2.2	26	80	3	60	26	17	19	36	1.94
38830636--38830679	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
38835343--38835406	24	2.6	25	92	2	103	28	17	25	29	1.97
38843241--38843277	17	2.2	17	90	0	56	51	10	16	21	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38847033--38847075	23	1.9	22	85	4	59	53	23	4	18	1.63
38847741--38847910	42	4.0	43	71	15	113	32	24	15	27	1.95
38853199--38853242	22	2.0	22	90	0	70	45	2	22	29	1.65
38858363--38858430	33	2.1	33	91	0	109	27	10	13	48	1.74
38859391--38859645	55	4.8	54	75	11	206	37	15	24	22	1.93
38859837--38859867	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
38863708--38863742	6	5.8	6	90	10	54	65	0	17	17	1.27
38863882--38863929	25	1.9	25	82	0	60	37	8	18	35	1.81
38878161--38878233	27	2.7	27	85	6	105	36	16	16	30	1.91
38881967--38882037	27	2.6	27	84	6	99	42	22	7	28	1.79
38887865--38887997	69	1.9	70	90	1	214	32	14	16	36	1.89
38889470--38889873	47	8.6	47	93	1	648	33	7	29	28	1.85
38889470--38889873	190	2.2	190	93	2	683	33	7	29	28	1.85
38892192--38892231	20	2.0	21	90	5	64	32	12	30	25	1.92
38892493--38892603	27	4.1	27	76	14	104	17	25	21	36	1.95
38895449--38895547	40	2.4	41	81	11	112	28	18	26	27	1.98
38896563--38896636	32	2.3	32	92	0	121	31	31	17	20	1.96
38900565--38900598	17	2.0	17	94	0	59	26	8	17	47	1.77
38901774--38901804	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
38901771--38901810	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
38902042--38902249	55	3.8	53	80	7	213	21	25	17	35	1.95
38911957--38912014	19	3.0	19	82	2	71	6	24	24	44	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38914615--38914783	92	1.8	92	96	0	311	28	29	20	21	1.98
38914606--38914780	46	3.8	46	78	14	207	29	29	20	20	1.98
38920327--38920374	24	2.0	24	91	0	78	16	35	4	43	1.67
38926330--38926406	26	3.0	26	80	0	91	36	24	20	18	1.95
38928710--38928790	43	1.9	43	87	7	121	28	22	22	27	1.99
38928708--38928809	43	2.4	41	78	18	111	24	21	25	28	1.99
38933119--38933172	27	2.0	27	96	0	81	37	14	20	27	1.92
38934645--38934693	20	2.5	20	80	16	57	16	6	14	63	1.49
38942125--38942149	13	1.9	13	100	0	50	16	44	24	16	1.86
38949478--38949648	93	1.8	93	93	2	299	28	29	21	21	1.98
38949475--38949645	46	3.7	46	80	14	201	28	28	21	21	1.98
38950070--38950129	30	2.0	30	83	0	75	31	25	6	36	1.82
38955731--38955851	56	2.1	58	82	8	151	32	19	18	30	1.95
38962371--38962435	34	1.9	33	81	9	78	24	23	24	27	2.00
38966086--38966163	40	2.0	40	94	0	138	21	19	29	29	1.98
38970395--38970445	18	2.8	18	79	8	68	60	0	35	3	1.15
38970395--38970452	18	3.2	18	78	7	64	63	0	32	3	1.11
38973810--38973848	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
38974311--38974351	20	2.0	21	90	4	66	36	14	19	29	1.92
38974470--38974534	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
38979033--38979657	208	3.0	208	96	0	1133	26	20	23	30	1.98
38982346--38982403	20	2.9	20	81	0	71	31	18	37	12	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38991429--38991548	34	3.5	34	84	0	159	19	12	31	36	1.89
38991679--38991744	27	2.5	26	80	12	71	34	22	15	27	1.94
38995497--38995611	27	4.3	26	85	5	140	37	23	22	16	1.94
38995497--38995611	54	2.1	54	87	3	160	37	23	22	16	1.94
39002932--39003015	26	3.2	26	94	0	141	35	23	4	35	1.76
39005242--39005327	40	2.2	39	89	2	127	29	27	17	25	1.97
39009264--39009374	43	2.6	43	82	5	152	32	26	14	27	1.95
39009331--39009551	50	4.6	49	76	10	199	24	28	18	28	1.98
39012744--39012917	46	3.8	46	79	13	212	21	21	28	28	1.98
39012739--39012909	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
39016691--39016868	27	6.6	26	81	7	178	26	16	28	28	1.97
39016692--39016847	82	1.9	81	87	6	226	26	16	28	27	1.97
39016688--39016868	82	2.2	81	82	4	222	27	16	28	28	1.97
39016773--39016879	27	3.9	27	76	10	74	26	15	28	28	1.96
39038715--39038741	14	1.9	14	100	0	54	44	11	0	44	1.39
39046843--39046900	26	2.2	26	93	0	98	34	5	24	36	1.78
39050605--39050746	50	2.9	50	84	2	171	27	19	25	28	1.98
39053642--39053727	9	9.6	9	85	0	109	25	6	20	46	1.76
39053642--39053727	36	2.4	36	90	0	127	25	6	20	46	1.76
39054712--39054878	46	3.6	45	76	7	156	24	29	17	28	1.98
39059133--39059178	20	2.3	20	84	0	56	36	13	0	50	1.41
39069004--39069056	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39090287--39090468	49	3.7	49	76	5	163	28	18	26	26	1.98
39090151--39090410	142	1.9	136	82	7	324	29	15	27	27	1.96
39094585--39094673	42	2.1	42	81	4	99	24	16	30	28	1.97
39107914--39108041	49	2.6	49	82	4	161	30	19	26	23	1.98
39120839--39120943	43	2.5	41	80	9	111	30	16	24	28	1.96
39134249--39134282	18	1.9	17	88	5	50	32	14	29	23	1.94
39138041--39138074	18	1.9	17	88	5	50	32	14	29	23	1.94
39139101--39139161	30	2.0	30	83	0	77	32	22	4	39	1.76
39140010--39140097	5	16.8	5	70	25	58	19	4	1	75	1.05
39140010--39140054	20	2.2	20	92	4	72	20	2	0	77	0.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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