genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.159.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52176313--52176462	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
52176337--52176520	67	2.8	64	76	8	185	29	17	29	23	1.97
52190765--52190967	46	4.3	46	85	7	262	36	14	21	28	1.92
52190803--52190967	52	3.2	52	81	11	216	36	14	21	26	1.92
52190739--52190950	98	2.2	98	96	0	388	34	15	20	28	1.94
52190931--52191076	37	4.0	37	91	1	233	37	16	21	24	1.93
52196488--52196526	19	2.1	19	100	0	78	41	10	17	30	1.83
52196598--52196635	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
52196865--52197035	93	1.8	93	92	2	290	29	28	20	21	1.98
52196860--52197032	46	3.7	46	79	11	201	30	27	20	21	1.98
52197455--52197514	30	2.0	30	83	0	75	33	25	3	38	1.72
52198476--52198536	30	2.0	30	83	0	77	27	24	9	37	1.87
52208191--52208275	43	2.0	43	100	0	170	49	18	5	25	1.70
52211313--52211389	26	2.9	26	78	1	73	36	20	22	20	1.95
52211341--52211410	27	2.6	27	86	0	95	35	20	22	21	1.96
52215928--52216004	36	2.1	36	95	0	136	24	16	32	25	1.96
52217164--52217200	19	2.0	19	94	5	67	21	5	13	59	1.54
52217182--52217237	27	2.0	28	86	3	78	32	10	10	46	1.73
52221750--52221808	18	3.4	17	77	11	57	74	5	15	5	1.17
52222599--52222642	22	2.0	22	95	0	79	36	6	9	47	1.62
52225001--52225037	19	2.0	19	89	5	58	24	5	13	56	1.58
52224919--52225052	46	2.9	44	71	12	108	30	9	13	46	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52227531--52227664	44	3.0	45	81	4	153	35	14	23	26	1.93
52234769--52235199	47	9.1	47	94	1	639	31	9	30	27	1.89
52235362--52235440	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
52237387--52237462	29	2.7	28	86	8	109	21	14	36	27	1.92
52239055--52239141	28	3.1	28	63	21	74	20	3	29	45	1.67
52239031--52239142	55	2.0	55	98	0	215	21	3	26	48	1.66
52239045--52239132	27	3.2	27	64	20	74	21	3	29	45	1.68
52241433--52241512	29	2.8	28	88	7	117	23	16	33	26	1.95
52245698--52245912	48	4.7	45	78	15	183	27	20	29	22	1.98
52250113--52250339	40	5.7	40	81	5	219	25	22	27	25	2.00
52259752--52259975	39	5.7	39	82	6	204	25	22	28	24	2.00
52259752--52259999	40	6.3	39	77	12	188	25	22	27	24	2.00
52259752--52259986	79	3.0	78	79	8	219	24	22	28	25	1.99
52268658--52268688	14	2.2	14	100	0	62	35	0	25	38	1.56
52283039--52283265	40	5.7	40	83	5	237	24	23	27	24	2.00
52286844--52286891	23	2.1	23	100	0	96	39	12	8	39	1.73
52297406--52297430	12	2.1	12	100	0	50	8	16	16	60	1.58
52307433--52307495	16	3.9	16	91	0	99	38	4	26	30	1.77
52312104--52312168	32	2.0	32	93	0	112	15	23	7	53	1.67
52317833--52318030	67	3.0	66	72	16	187	42	3	4	49	1.40
52317902--52318018	62	1.9	59	89	5	180	43	2	2	51	1.29
52321235--52321350	43	2.7	43	86	2	162	32	25	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52326316--52326899	48	12.0	48	91	2	952	35	6	26	31	1.81
52326316--52326899	196	3.0	194	94	1	1010	35	6	26	31	1.81
52327038--52327147	37	3.0	37	93	0	184	22	19	30	28	1.98
52329699--52329796	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
52329727--52329809	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
52329699--52329810	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
52333683--52333860	40	4.4	40	89	1	241	26	27	21	24	1.99
52341867--52342115	40	6.3	41	80	5	221	25	27	22	24	2.00
52347481--52347540	28	2.1	28	84	0	75	21	18	33	26	1.96
52367938--52367996	30	2.0	30	83	6	75	40	1	25	32	1.66
52374557--52375386	27	30.7	27	78	6	225	36	19	14	29	1.92
52374557--52375139	81	7.2	81	70	8	319	37	19	12	31	1.88
52375098--52375436	27	12.6	27	86	0	471	34	20	20	24	1.96
52376102--52376204	27	3.8	27	83	5	100	21	23	19	35	1.96
52376103--52376204	54	1.9	53	81	2	123	20	23	19	36	1.95
52376341--52376460	6	19.3	6	66	19	59	20	16	14	49	1.80
52376341--52376452	31	3.6	31	85	1	143	20	16	13	49	1.80
52382459--52382539	28	2.9	28	88	3	110	33	32	6	28	1.82
52382531--52382623	40	2.3	40	84	0	123	33	26	19	20	1.96
52384712--52384753	21	2.0	22	85	4	59	16	30	28	23	1.96
52389392--52389581	79	2.4	79	80	6	197	25	28	22	24	1.99
52389408--52389581	40	4.4	39	83	5	163	24	28	22	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52397042--52397289	40	6.3	41	80	6	221	25	27	22	24	2.00
52397042--52397289	79	3.2	78	81	7	227	25	27	22	24	2.00
52402651--52402710	28	2.1	28	84	0	75	21	18	33	26	1.96
52403093--52403362	80	3.4	80	80	4	269	38	21	10	30	1.86
52403025--52403363	27	12.7	27	77	10	279	38	20	10	30	1.87
52403025--52403362	53	6.3	54	80	5	296	38	21	10	29	1.87
52403315--52403376	27	2.3	27	91	0	106	40	12	11	35	1.80
52403328--52403406	27	3.0	26	83	3	86	39	18	13	27	1.89
52403864--52403889	11	2.4	11	100	0	52	26	0	19	53	1.45
52406517--52406586	27	2.6	27	90	2	104	31	27	12	28	1.93
52406517--52406614	28	3.5	28	87	2	126	31	27	13	27	1.94
52414596--52414676	28	2.9	28	88	3	110	33	27	12	27	1.92
52418661--52418895	96	2.4	97	85	1	310	25	28	17	28	1.98
52418662--52418896	48	4.9	48	79	4	240	25	28	17	28	1.97
52420093--52420214	43	2.9	42	85	2	154	31	23	16	27	1.96
52427558--52427589	5	6.4	5	100	0	64	40	0	0	59	0.97
52440377--52440686	47	6.6	47	90	1	422	27	29	8	34	1.87
52449574--52449740	43	3.9	43	73	7	126	29	14	21	33	1.94
52458144--52458238	28	3.4	28	91	0	154	30	31	14	23	1.94
52458225--52458321	40	2.4	40	87	0	131	31	27	18	21	1.97
52460462--52460494	17	1.9	17	93	0	57	39	21	18	21	1.93
52461687--52461883	48	4.1	48	97	0	367	30	27	6	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52472230--52472333	27	3.9	27	65	5	75	38	22	7	31	1.82
52472318--52472458	27	5.2	27	76	5	133	36	17	19	26	1.94
52472318--52472441	54	2.3	54	88	0	176	36	19	19	25	1.95
52472951--52473080	27	4.8	26	82	4	134	21	22	20	35	1.96
52472951--52473066	54	2.1	54	88	3	171	19	21	21	37	1.95
52472951--52473080	53	2.4	54	84	7	174	21	22	20	35	1.96
52490911--52490953	19	2.1	21	87	8	63	13	27	4	53	1.60
52491560--52491611	16	3.2	16	83	2	50	53	15	21	9	1.70
52491822--52491906	28	3.0	28	84	6	118	25	14	29	30	1.95
52502134--52502177	19	2.3	19	88	0	61	20	11	0	68	1.20
52506891--52507106	43	5.0	43	80	7	233	23	16	26	33	1.96
52508916--52508978	33	1.9	33	90	0	99	20	14	26	38	1.91
52517923--52517977	5	11.0	5	100	0	110	60	0	0	40	0.97
52519862--52520092	48	4.8	48	84	2	277	26	18	28	26	1.98
52521483--52521522	21	2.0	19	85	9	53	30	7	5	57	1.48
52522039--52522200	38	4.0	38	78	14	189	28	25	16	29	1.97
52522041--52522200	86	1.9	86	94	0	284	28	25	16	30	1.97
52522079--52522170	48	1.9	48	90	0	148	28	21	17	32	1.96
52529130--52529338	38	5.0	38	74	17	175	30	24	15	29	1.96
52529175--52529303	48	2.7	48	89	1	188	31	23	15	29	1.95
52533940--52534000	30	2.0	30	87	0	86	31	22	6	39	1.80
52536644--52537051	47	8.6	47	92	2	627	29	30	8	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52536644--52537051	96	4.3	94	90	3	627	29	30	8	32	1.86
52536644--52537052	192	2.2	192	94	1	718	29	30	8	32	1.86
52544709--52544794	44	2.0	44	85	0	118	33	31	18	16	1.93
52551506--52551795	27	10.7	27	79	2	222	40	19	9	31	1.83
52551666--52551741	28	2.8	28	82	6	75	48	17	3	30	1.65
52552215--52552279	22	3.0	22	80	8	78	20	26	23	30	1.98
52552489--52552553	22	3.0	22	93	0	103	16	13	26	43	1.86
52556126--52556493	183	2.0	181	89	2	567	33	10	23	32	1.88
52557287--52558266	490	2.0	490	99	0	1933	30	16	20	32	1.95
52560240--52560485	49	4.9	51	79	3	293	27	18	25	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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