genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23669125--23669300	46	3.8	46	77	14	209	21	19	28	30	1.98
23669122--23669292	93	1.8	93	93	2	299	21	20	29	29	1.98
23676708--23676879	46	3.7	46	77	13	190	20	20	28	29	1.98
23676705--23676875	93	1.8	93	92	0	288	21	21	29	28	1.98
23678813--23678947	42	3.2	42	91	0	207	29	16	20	33	1.95
23678970--23679053	31	2.7	31	90	1	134	29	17	25	27	1.98
23680174--23680257	42	2.0	42	100	0	168	45	9	4	40	1.58
23683508--23683551	20	2.2	20	88	4	63	29	15	27	27	1.96
23691999--23692602	49	12.6	49	90	5	907	33	8	29	29	1.86
23691999--23692602	96	6.3	94	90	3	852	33	8	29	29	1.86
23691999--23692602	145	4.2	143	91	4	959	33	8	29	29	1.86
23694791--23695071	40	7.1	40	86	2	368	25	22	26	25	2.00
23698514--23699026	47	10.6	47	87	5	657	32	8	29	29	1.87
23698514--23699026	49	10.6	49	89	6	762	32	8	29	29	1.87
23698514--23699026	96	5.3	96	88	5	737	32	8	29	29	1.87
23701446--23701854	53	7.8	54	73	11	287	23	24	16	35	1.95
23701469--23701901	204	2.1	207	91	3	703	24	24	15	35	1.94
23701836--23701957	47	2.6	47	89	0	181	26	22	14	36	1.93
23704300--23704462	42	3.9	41	76	7	148	27	25	15	31	1.95
23708515--23708670	6	26.0	6	88	2	197	0	37	0	62	1.00
23708528--23708670	15	9.7	15	87	7	168	0	37	0	62	0.95
23708515--23708670	9	17.3	9	85	2	197	0	37	0	62	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23712382--23712549	42	4.0	42	76	4	151	29	16	26	27	1.96
23712396--23712549	84	1.8	84	85	0	218	29	16	26	26	1.97
23716134--23716846	54	13.6	54	74	10	527	23	24	15	36	1.94
23716144--23716839	209	3.3	209	94	0	1178	23	24	16	35	1.94
23720708--23720760	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
23726890--23726941	26	2.0	26	100	0	104	30	7	26	34	1.85
23728424--23728476	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
23730948--23731114	27	6.2	27	84	4	194	29	22	7	40	1.82
23730959--23731114	53	2.9	54	89	3	226	30	23	6	39	1.79
23731147--23731270	27	4.6	27	78	5	115	41	21	8	28	1.81
23731282--23731333	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
23732260--23732329	25	2.8	25	86	4	88	27	25	22	24	2.00
23732285--23732356	25	3.0	23	84	10	81	27	22	23	26	1.99
23732540--23732664	31	4.0	31	88	4	171	30	15	23	31	1.95
23734905--23735098	27	7.2	27	84	3	230	28	22	7	41	1.81
23734905--23735098	107	1.8	108	88	3	302	28	22	7	41	1.81
23734916--23735098	80	2.3	80	85	2	242	29	22	6	40	1.79
23734913--23735134	107	2.1	106	80	10	247	31	20	8	39	1.83
23735130--23735251	27	4.5	26	78	11	113	43	19	8	28	1.80
23735097--23735251	80	1.9	81	80	6	181	41	18	10	29	1.83
23735150--23735309	56	2.9	54	77	7	135	40	18	9	31	1.82
23735230--23735315	27	3.1	27	73	17	77	38	15	10	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23736239--23736305	25	2.7	24	88	4	89	25	26	23	23	2.00
23736456--23736546	42	2.2	42	92	2	148	32	13	20	32	1.91
23736561--23736692	31	4.3	31	85	3	169	31	14	21	31	1.93
23741269--23742536	209	6.1	209	94	0	2239	24	22	16	36	1.94
23744227--23744430	40	5.1	39	81	5	205	24	21	27	26	1.99
23744227--23744444	79	2.7	79	81	7	237	25	20	27	27	1.99
23752268--23752451	40	4.6	39	80	9	194	23	22	27	26	2.00
23752323--23752474	79	1.9	79	82	7	193	25	21	27	26	1.99
23757384--23757537	52	3.0	52	77	7	152	31	26	15	26	1.96
23762113--23762236	39	3.2	39	100	0	248	21	29	23	25	1.99
23762113--23762288	78	2.2	78	87	8	243	22	28	22	26	1.99
23767841--23767989	52	2.8	52	80	7	176	30	26	16	26	1.96
23774087--23774142	25	2.2	26	84	12	73	41	5	16	37	1.71
23774480--23774587	53	2.0	53	87	0	153	37	13	11	37	1.81
23775690--23775737	20	2.3	20	85	7	60	33	2	6	58	1.35
23776697--23776743	6	7.5	6	81	9	58	23	0	0	76	0.78
23776688--23776743	19	2.9	19	97	0	103	26	1	0	71	0.96
23776688--23776780	13	7.3	13	70	20	54	29	6	0	64	1.18
23776688--23776785	38	2.6	38	80	3	117	28	6	0	65	1.16
23778455--23778525	23	3.2	22	84	11	92	28	0	1	70	0.96
23778461--23778503	20	2.2	20	91	4	70	25	0	0	74	0.82
23778443--23778501	29	2.0	28	84	12	75	28	0	0	71	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23778461--23778524	21	3.0	21	86	11	94	26	0	1	71	0.94
23784399--23784448	25	2.0	25	100	0	100	24	0	28	48	1.52
23804273--23804341	19	3.5	19	72	18	59	65	23	4	7	1.36
23810098--23811038	261	3.6	259	81	6	919	32	11	18	36	1.87
23811848--23811973	61	2.0	63	89	3	193	25	23	8	42	1.83
23817726--23817753	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
23822191--23822315	50	2.5	51	90	2	198	34	15	24	26	1.94
23822295--23822474	31	5.8	31	86	2	245	28	16	26	28	1.97
23823957--23824027	28	2.5	28	84	4	99	19	25	29	25	1.99
23825840--23825902	31	2.0	31	81	6	74	50	0	1	47	1.10
23828582--23828625	7	6.1	7	80	15	54	72	0	2	25	0.96
23829623--23829712	42	2.1	42	85	4	119	18	40	24	16	1.91
23829642--23829729	42	2.1	42	93	0	149	19	35	25	20	1.96
23831042--23831174	47	2.9	44	81	12	146	29	17	28	24	1.97
23836130--23836175	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
23836137--23836181	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
23842248--23842567	48	6.7	48	78	9	330	26	20	29	23	1.99
23842248--23842565	144	2.2	144	86	2	433	27	20	28	23	1.99
23844344--23844505	38	4.3	38	92	1	227	36	25	19	18	1.95
23844494--23844518	13	1.9	13	100	0	50	40	20	16	24	1.91
23844447--23844556	51	2.2	51	88	0	157	37	24	19	19	1.94
23844344--23844665	165	2.0	165	93	0	554	35	25	21	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23844498--23844665	38	4.4	38	92	0	264	35	25	21	18	1.96
23844414--23844594	89	2.0	89	93	0	308	35	25	21	16	1.94
23844376--23844632	127	2.0	127	96	0	478	35	26	21	16	1.94
23850127--23850347	38	5.8	38	87	3	282	33	25	20	20	1.97
23850336--23850360	13	1.9	13	100	0	50	40	20	16	24	1.91
23850289--23850398	51	2.2	51	91	0	175	37	24	19	19	1.94
23850191--23850507	165	1.9	165	93	0	544	34	24	21	18	1.96
23850340--23850507	38	4.4	38	92	0	264	35	25	21	18	1.96
23850256--23850436	89	2.0	89	93	2	310	35	24	21	17	1.95
23850218--23850474	127	2.0	127	97	0	487	35	25	21	17	1.95
23855224--23855273	11	4.5	11	80	14	66	38	0	2	60	1.09
23855227--23855276	23	2.3	21	89	6	73	38	0	2	60	1.09
23856956--23857068	33	3.5	33	87	4	158	37	12	23	26	1.91
23857061--23857234	31	5.5	31	85	2	215	28	17	28	25	1.98
23857298--23857362	27	2.4	27	89	5	96	38	12	26	23	1.90
23858701--23858751	22	2.3	22	79	0	57	31	21	25	21	1.98
23859147--23859285	27	5.2	26	77	9	118	29	10	22	38	1.87
23859116--23859276	54	3.0	52	76	6	169	31	9	19	39	1.84
23868038--23868194	27	5.8	27	82	10	187	35	22	23	18	1.95
23868038--23868194	54	2.9	54	90	2	237	35	22	23	18	1.95
23869814--23869895	26	3.2	26	94	0	146	36	25	6	31	1.81
23871592--23871967	27	13.9	27	75	7	203	40	20	7	31	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23871601--23871967	54	6.8	54	76	4	287	40	20	7	31	1.80
23871953--23872362	27	15.3	27	89	0	581	31	20	23	25	1.98
23871601--23872322	81	8.9	80	80	5	318	36	20	15	28	1.93
23872789--23872853	22	3.0	22	77	8	69	20	21	23	35	1.96
23873012--23873113	27	3.8	27	87	5	134	18	23	21	36	1.95
23873274--23873334	6	10.0	6	78	16	63	19	14	16	49	1.80
23873250--23873331	31	2.6	31	88	3	110	19	13	14	52	1.74
23874577--23874603	11	2.5	11	100	0	54	7	7	22	62	1.46
23880119--23880160	20	2.1	20	100	0	84	30	21	9	38	1.85
23882512--23882583	37	1.9	37	94	0	126	36	33	12	18	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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