genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.95.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   

This is table  95  of  333  ( 39894 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29984933--29984991	20	3.0	19	78	7	64	55	5	3	35	1.38
29995259--29995410	59	2.7	57	79	12	170	50	4	3	42	1.39
30009285--30009441	43	3.7	43	75	1	127	31	29	15	22	1.95
30011718--30011774	30	1.9	30	82	13	73	38	31	3	26	1.73
30023922--30023971	25	2.0	25	100	0	100	36	28	24	12	1.91
30029765--30029884	24	5.0	24	88	10	174	27	21	20	30	1.98
30029786--30029883	47	2.1	47	94	5	171	28	20	20	30	1.98
30029942--30029998	9	5.9	9	73	15	51	35	21	7	36	1.80
30029938--30030000	20	3.2	20	90	0	108	31	19	11	38	1.86
30035093--30035344	40	6.3	41	81	6	286	24	20	27	27	1.99
30035093--30035344	120	2.1	120	89	2	391	24	20	27	27	1.99
30038797--30038950	28	5.5	28	94	0	256	33	29	11	25	1.91
30044199--30044262	31	2.1	31	87	0	92	23	23	14	39	1.91
30044470--30044575	24	4.4	24	90	9	171	27	21	19	31	1.98
30044477--30044574	47	2.1	47	94	5	171	28	20	20	30	1.98
30044633--30044689	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
30044629--30044691	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
30058384--30058413	12	2.5	12	94	0	51	76	3	0	20	0.92
30059254--30059372	29	4.2	29	80	6	136	28	29	13	28	1.94
30060827--30060860	8	4.2	8	84	0	50	32	8	11	47	1.71
30060831--30060862	16	2.0	16	100	0	64	31	6	12	50	1.65
30069041--30069096	19	2.9	19	71	10	51	37	1	14	46	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30072851--30073160	47	6.6	47	93	1	503	32	8	30	29	1.87
30073279--30073357	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
30094701--30094743	17	2.4	18	76	7	52	51	0	4	44	1.22
30109195--30109268	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
30114119--30114168	21	2.3	20	80	12	55	20	6	0	74	1.03
30114974--30115020	21	2.2	21	88	0	67	76	2	4	17	1.04
30115062--30115088	13	2.1	13	100	0	54	14	37	29	18	1.91
30122906--30123037	54	2.4	54	84	2	176	32	26	15	25	1.95
30145360--30145583	79	2.8	78	83	6	272	25	27	22	24	2.00
30145360--30145583	40	5.7	40	86	6	271	25	27	22	24	2.00
30165404--30165569	42	3.9	42	76	3	161	27	16	25	30	1.97
30167567--30167752	27	6.9	27	89	2	257	39	19	8	32	1.82
30167567--30167805	54	4.4	54	83	3	268	38	20	9	31	1.84
30167568--30167805	27	8.8	26	82	5	217	39	20	8	31	1.83
30167736--30167859	27	4.6	27	76	4	88	37	22	9	29	1.86
30167845--30168075	27	8.6	27	87	0	309	35	18	19	26	1.95
30168520--30168584	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
30168743--30168837	27	3.5	26	85	5	109	16	24	22	36	1.94
30168981--30169080	6	16.3	6	76	15	98	19	17	15	49	1.80
30168981--30169071	37	2.5	37	90	0	137	18	17	14	49	1.80
30174194--30174343	41	3.7	41	75	10	121	22	18	27	32	1.97
30178609--30178776	40	4.2	40	84	6	216	26	27	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30180762--30180859	27	3.5	28	88	5	128	32	28	13	25	1.93
30189217--30189440	79	2.8	78	84	6	281	25	27	22	24	2.00
30189217--30189440	40	5.7	40	87	6	280	25	27	22	24	2.00
30195651--30195696	23	2.0	23	91	8	76	28	13	26	32	1.93
30201402--30201494	33	2.8	33	83	6	134	19	12	47	20	1.82
30201402--30201526	66	1.9	66	83	0	160	20	14	44	20	1.86
30201478--30201561	33	2.5	33	80	0	114	26	17	35	20	1.95
30204493--30204518	10	2.6	10	100	0	52	0	19	0	80	0.71
30204583--30204623	19	2.2	18	91	4	64	0	36	0	63	0.95
30204583--30204628	19	2.8	16	87	12	58	0	39	0	60	0.97
30204735--30204792	27	2.1	27	87	0	80	15	39	25	18	1.91
30231944--30232000	30	1.9	30	88	0	87	35	8	10	45	1.70
30232258--30232291	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
30232431--30232479	25	2.0	25	88	8	73	32	2	2	63	1.17
30234890--30234946	30	1.9	30	88	0	87	35	8	10	45	1.70
30235204--30235237	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
30235377--30235425	25	2.0	25	88	8	73	32	2	2	63	1.17
30240957--30241107	28	5.4	28	91	1	214	33	28	12	25	1.92
30244891--30244948	22	2.7	22	81	5	66	60	3	3	32	1.30
30246802--30246986	79	2.3	81	84	7	236	25	22	27	24	2.00
30246802--30246986	40	4.7	40	82	6	216	25	22	27	24	2.00
30246855--30247019	79	2.1	79	84	6	210	27	21	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30259506--30259715	40	5.3	39	84	6	212	25	20	28	25	1.99
30259506--30259715	80	2.6	80	82	5	239	25	20	28	25	1.99
30266749--30266960	40	5.3	40	87	4	243	25	21	28	25	1.99
30266696--30266960	80	3.3	80	81	6	272	25	21	27	25	1.99
30266749--30266993	80	3.1	80	80	5	205	26	21	28	24	1.99
30273094--30273271	39	4.6	39	90	2	252	21	22	28	28	1.99
30275268--30275439	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
30275270--30275492	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
30275268--30275492	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
30275424--30275501	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
30283199--30283370	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
30283201--30283423	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
30283199--30283423	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
30283355--30283432	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
30286877--30286922	19	2.3	20	96	3	85	34	10	19	34	1.87
30286970--30287053	26	3.4	25	85	8	109	27	22	21	28	1.99
30287261--30287351	38	2.7	31	77	22	112	35	16	24	24	1.95
30290840--30290899	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
30291641--30291759	27	4.4	27	80	2	132	26	20	17	36	1.94
30291657--30291759	54	1.9	54	87	0	152	26	18	18	36	1.94
30294031--30294056	12	2.2	12	100	0	52	15	38	38	7	1.76
30295388--30295558	46	3.7	46	80	6	193	27	19	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30308469--30308523	27	2.0	28	82	10	69	36	0	21	41	1.54
30309025--30309100	40	1.9	40	86	0	107	21	15	27	35	1.94
30309256--30309321	28	2.4	28	84	5	80	27	30	12	30	1.92
30316324--30316463	48	2.9	48	92	0	226	27	25	17	30	1.97
30316196--30316525	42	7.7	42	76	10	171	28	27	16	27	1.97
30316417--30316561	37	3.8	38	78	11	120	27	28	15	28	1.96
30318094--30318127	17	1.9	18	88	5	52	61	17	5	14	1.52
30318626--30318778	28	5.5	28	86	0	198	24	16	30	28	1.96
30318626--30318787	84	1.9	84	85	0	225	25	16	29	28	1.96
30320464--30320690	40	5.8	40	91	3	327	24	28	21	25	1.99
30320464--30320690	79	2.9	80	90	3	318	24	28	21	25	1.99
30320464--30320690	119	1.9	118	88	4	341	24	28	21	25	1.99
30328901--30329129	40	5.8	40	91	2	327	24	28	21	25	1.99
30339072--30339101	12	2.5	12	94	0	51	26	23	43	6	1.78
30350258--30350408	40	3.8	40	89	3	216	24	29	23	23	1.99
30350258--30350408	79	1.9	80	86	4	216	24	29	23	23	1.99
30358288--30358437	39	3.8	40	89	4	216	22	29	24	23	1.99
30358288--30358437	79	1.9	79	86	8	216	22	29	24	23	1.99
30366260--30366407	39	3.8	39	88	4	210	23	29	22	25	1.99
30374331--30374414	42	2.0	43	97	2	161	50	11	11	26	1.74
30376186--30376291	53	2.0	53	100	0	212	22	20	13	43	1.86
30376347--30376396	25	2.0	25	96	0	91	28	34	20	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30376922--30377031	29	3.9	29	80	7	100	30	13	27	29	1.94
30377893--30377945	18	2.8	18	74	5	52	30	5	3	60	1.37
30383091--30383122	16	2.0	16	93	0	55	46	37	9	6	1.61
30384595--30384709	29	4.0	29	81	6	128	27	14	28	28	1.95
30386280--30386523	120	2.0	120	99	0	481	27	15	20	36	1.93
30402980--30403028	25	2.0	25	84	8	64	40	2	14	42	1.57
30403440--30403478	15	2.6	15	84	11	53	51	2	23	23	1.61
30403413--30403498	43	2.0	43	82	8	104	50	3	20	25	1.64
30405665--30405698	4	8.5	4	86	0	50	5	20	0	73	1.04
30413845--30414011	46	3.6	45	77	10	176	31	29	17	21	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333