genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10004746--10004789	24	1.9	22	82	17	54	34	4	4	56	1.40
10011089--10011156	27	2.5	27	92	0	109	25	32	25	17	1.97
10012425--10012508	26	3.2	26	94	0	150	33	5	25	35	1.80
10026034--10026261	46	5.0	46	90	1	314	21	24	14	39	1.90
10030181--10030213	17	1.9	17	88	11	50	21	6	0	72	1.05
10035973--10036001	12	2.5	12	94	5	51	13	0	0	86	0.58
10037877--10037909	17	1.9	17	88	11	50	21	6	0	72	1.05
10039010--10039074	11	6.1	11	73	10	55	67	1	0	30	1.00
10040306--10040348	21	2.0	21	81	0	50	32	13	20	32	1.92
10047780--10047834	28	2.0	28	92	0	92	12	14	5	67	1.40
10060064--10060129	27	2.4	28	78	19	75	63	9	0	27	1.24
10061012--10061051	9	4.4	9	83	0	53	65	0	2	32	1.06
10063209--10063293	44	1.9	45	87	2	127	28	20	20	31	1.97
10063219--10063369	44	3.5	42	76	9	110	27	19	23	29	1.98
10074226--10074382	43	3.7	43	74	10	142	26	17	25	31	1.97
10077695--10077803	42	2.6	42	89	0	173	34	14	14	35	1.87
10080625--10080668	22	2.0	23	95	4	81	40	13	2	43	1.57
10080854--10080953	45	2.2	44	82	5	121	39	8	22	31	1.83
10091777--10091872	40	2.3	40	89	3	147	63	8	28	0	1.23
10092236--10092293	30	1.9	30	85	0	80	43	3	22	31	1.70
10092626--10092759	44	3.0	45	83	4	162	35	13	23	27	1.93
10094682--10094706	12	2.1	12	100	0	50	48	0	12	40	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10095134--10095161	13	2.2	13	100	0	56	21	7	25	46	1.76
10097110--10097141	8	4.0	8	100	0	64	37	0	0	62	0.95
10097154--10097249	40	2.3	40	89	3	147	63	8	28	0	1.23
10098002--10098135	44	3.0	45	83	4	162	35	13	23	27	1.93
10101296--10101379	42	2.0	43	95	2	152	21	22	13	42	1.87
10101586--10101741	75	2.1	75	97	0	294	21	16	19	42	1.89
10103074--10103113	21	1.9	21	84	0	53	45	15	10	30	1.78
10104240--10104976	261	2.9	247	84	5	901	21	18	20	38	1.93
10114644--10114767	2	62.5	2	85	1	124	39	50	10	0	1.37
10116670--10116735	32	2.0	33	91	2	107	43	1	21	33	1.62
10120378--10120507	26	5.1	26	83	1	167	28	20	21	29	1.98
10120378--10120507	52	2.6	51	90	3	201	28	20	21	29	1.98
10120557--10120631	20	3.8	20	86	6	93	34	18	9	37	1.83
10120572--10120624	11	5.2	11	71	15	51	35	18	9	35	1.84
10120659--10120706	25	1.9	25	82	0	60	31	16	18	33	1.94
10127514--10127548	18	1.9	18	88	0	52	31	8	25	34	1.86
10128161--10128257	25	3.8	26	84	1	135	26	21	23	27	1.99
10128154--10128257	51	2.1	50	89	5	156	26	21	22	29	1.99
10128307--10128381	20	3.8	20	86	6	93	33	16	10	40	1.82
10128409--10128456	25	1.9	25	91	0	78	29	14	20	35	1.93
10148162--10148208	20	2.3	20	78	10	51	57	12	2	27	1.47
10154773--10154818	15	2.9	15	90	6	65	26	6	0	67	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10154839--10154937	41	2.4	40	74	11	94	23	5	3	68	1.23
10154894--10154947	24	2.2	24	83	9	65	24	3	1	70	1.13
10154918--10155019	25	4.2	23	71	24	77	29	8	2	58	1.43
10161588--10161892	132	2.3	131	80	4	344	34	20	21	24	1.97
10161854--10162428	88	6.5	88	81	4	602	33	22	23	21	1.97
10161854--10162400	179	3.1	179	84	3	651	32	22	23	21	1.98
10162170--10162391	44	5.1	43	69	16	161	31	20	24	23	1.98
10163344--10163461	15	8.1	14	69	22	59	26	6	0	66	1.22
10163338--10163448	29	3.9	28	73	23	74	27	7	0	64	1.25
10163416--10163461	15	2.9	15	90	6	65	26	6	0	67	1.15
10163342--10163496	44	3.6	43	78	16	144	27	7	0	64	1.24
10163384--10163505	52	2.4	54	74	18	125	27	7	0	64	1.20
10166738--10166768	14	2.1	15	94	5	55	51	6	6	35	1.53
10168787--10168816	15	2.0	15	93	0	51	26	3	26	43	1.70
10168964--10168994	9	3.6	9	95	4	55	67	0	0	32	0.91
10170055--10170080	13	2.0	13	100	0	52	15	23	15	46	1.83
10171879--10171923	22	2.0	22	100	0	90	35	22	4	37	1.74
10172942--10173031	45	2.0	45	100	0	180	28	11	15	44	1.81
10175958--10175990	16	2.1	16	94	5	59	63	24	12	0	1.28
10177863--10177909	24	2.0	24	83	8	60	57	25	6	10	1.56
10181214--10181402	38	4.9	38	87	6	229	21	22	26	30	1.99
10183400--10183459	31	1.9	32	86	3	86	26	5	1	66	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10183532--10183565	17	2.0	17	100	0	68	41	0	0	58	0.98
10183399--10183568	3	55.7	3	68	14	53	30	7	2	58	1.41
10183618--10183685	3	23.3	3	71	11	52	27	8	0	63	1.24
10183645--10183687	22	1.9	23	90	4	70	27	11	0	60	1.31
10183719--10183751	16	1.9	18	88	11	52	24	12	0	63	1.28
10183753--10183791	17	2.3	17	90	0	60	25	7	0	66	1.18
10183784--10183818	17	2.1	17	88	0	52	25	0	8	65	1.21
10183797--10183854	26	2.3	26	77	19	68	31	5	5	58	1.42
10185858--10185939	26	3.2	26	96	0	155	30	6	26	36	1.81
10198572--10198826	130	2.0	130	85	2	325	30	20	22	27	1.98
10198808--10199341	88	6.1	88	87	0	753	28	24	20	27	1.99
10199346--10199969	44	13.8	45	68	11	310	32	19	20	28	1.97
10199340--10199785	140	3.2	139	81	5	406	32	19	19	28	1.96
10199587--10199872	137	2.1	134	90	4	452	33	18	18	28	1.95
10201399--10201458	31	1.9	32	86	3	86	26	5	1	66	1.21
10201515--10201564	17	2.8	17	87	6	64	44	4	0	52	1.20
10201515--10201563	20	2.5	20	90	3	73	44	4	0	51	1.20
10201617--10201734	3	40.3	3	66	11	57	30	8	1	59	1.37
10201758--10201795	17	2.2	17	90	0	58	26	10	0	63	1.27
10201744--10201794	23	2.1	23	78	7	57	25	9	0	64	1.24
10201789--10201823	17	2.1	17	88	0	52	25	0	8	65	1.21
10201802--10201859	26	2.3	26	77	19	68	31	5	5	58	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10203594--10203792	86	2.3	85	80	7	208	29	30	16	23	1.96
10203594--10203716	43	2.9	43	96	0	219	24	30	21	24	1.99
10207995--10208078	40	2.1	40	84	4	107	30	16	28	23	1.96
10208965--10209008	20	2.1	21	83	8	54	45	25	0	29	1.54
10213622--10213671	23	2.2	23	96	0	91	34	14	16	36	1.88
10213804--10214290	241	2.0	241	96	0	902	33	17	14	34	1.90
10214471--10214637	9	17.6	9	74	10	127	46	21	1	31	1.59
10214488--10214604	39	3.0	39	93	0	198	45	22	0	31	1.58
10214527--10214635	57	1.9	57	88	0	164	44	23	1	29	1.64
10214471--10214622	39	4.1	37	85	6	157	46	21	1	30	1.60
10214482--10214637	48	3.3	47	77	3	159	44	22	1	31	1.61
10220983--10221013	14	2.2	14	94	0	53	32	45	0	22	1.53
10220990--10221041	21	2.5	21	75	12	52	40	40	0	19	1.51
10221021--10221068	25	1.9	25	83	8	62	41	39	0	18	1.51
10221590--10221720	41	3.2	40	77	4	127	27	19	18	35	1.95
10223572--10223651	20	3.8	20	69	19	63	53	0	3	42	1.18
10223542--10223611	23	2.9	23	79	14	79	51	1	1	45	1.18
10238195--10238231	18	2.1	18	94	0	65	64	5	5	24	1.36
10247434--10247477	18	2.5	18	86	13	65	75	0	25	0	0.81
10247663--10247715	16	3.2	16	94	5	97	24	0	37	37	1.56
10247951--10247985	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
10247966--10248153	61	3.1	61	70	14	199	48	6	1	42	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10248050--10248101	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
10247934--10248226	120	2.4	121	94	1	518	49	5	2	42	1.37
10248167--10248449	91	3.0	93	84	7	317	48	3	3	44	1.35
10248267--10248327	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
10248274--10248417	47	3.1	46	65	23	113	49	4	2	44	1.33
10248242--10248449	91	2.3	90	90	4	326	46	4	3	45	1.39
10248267--10248409	44	3.2	43	68	16	119	48	3	2	46	1.31
10248292--10248430	47	3.0	47	68	17	137	49	4	2	43	1.34
10250356--10250780	104	4.1	104	90	1	638	40	15	11	31	1.83
10253735--10254009	46	6.0	46	88	0	336	41	14	22	21	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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