genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.150.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49107132--49107301	92	1.8	93	88	1	261	28	27	20	22	1.99
49107127--49107298	46	3.7	46	74	11	172	29	26	20	23	1.99
49113420--49113607	40	4.7	40	95	0	322	30	20	26	21	1.98
49116667--49116750	29	3.0	28	84	8	107	27	30	15	26	1.96
49142439--49142495	27	2.1	27	83	6	71	26	17	17	38	1.92
49142840--49142879	18	2.2	18	90	0	62	22	27	12	37	1.90
49147051--49147186	56	2.4	56	93	0	227	27	16	24	32	1.96
49161394--49161472	27	2.9	27	90	3	124	32	20	25	21	1.97
49161368--49161472	27	3.9	27	86	2	113	35	19	23	21	1.96
49161368--49161472	55	1.9	54	86	5	149	35	19	23	21	1.96
49161578--49161641	26	2.4	27	92	2	103	28	10	25	35	1.89
49163006--49163131	47	2.7	47	89	0	189	26	29	17	26	1.97
49163010--49163321	47	6.6	47	75	12	174	25	28	17	27	1.98
49163156--49163375	46	4.7	47	79	8	175	25	29	17	27	1.97
49165447--49165518	29	2.5	29	83	0	90	26	30	12	30	1.93
49165406--49165518	58	2.0	57	80	5	129	25	29	14	30	1.95
49165592--49165629	19	2.0	19	89	0	58	15	34	18	31	1.92
49165739--49165784	16	2.9	16	80	0	65	15	17	19	47	1.82
49168095--49168433	56	6.2	56	84	6	426	33	23	14	28	1.94
49168095--49168441	168	2.1	164	86	4	477	34	23	14	28	1.93
49168392--49168617	43	5.3	43	84	1	274	32	26	14	26	1.95
49168422--49168617	86	2.3	86	90	0	302	30	27	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49181126--49181170	15	3.0	15	76	0	54	11	15	13	60	1.60
49183495--49183645	42	3.6	42	78	1	131	31	16	23	28	1.96
49183444--49183617	43	4.0	43	75	6	154	29	15	24	31	1.95
49185399--49185437	18	2.2	18	90	9	62	38	28	10	23	1.87
49189139--49189281	72	2.0	72	92	0	241	24	26	17	31	1.97
49204167--49204428	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
49211372--49211481	43	2.6	42	84	5	150	30	18	23	27	1.97
49214073--49214199	46	2.7	47	84	4	150	25	29	16	28	1.97
49217972--49218303	48	6.9	48	81	4	339	24	29	18	27	1.98
49217972--49218291	96	3.3	96	82	2	376	23	29	19	27	1.98
49219499--49219647	56	2.6	58	79	10	164	30	17	20	31	1.96
49222053--49222125	37	2.0	37	88	0	110	23	17	24	34	1.96
49223522--49223603	39	2.1	39	95	0	146	32	18	6	42	1.75
49226896--49227042	72	2.0	72	96	0	267	36	21	8	32	1.85
49227054--49227333	51	5.5	51	79	4	183	29	28	16	25	1.96
49227148--49227290	50	2.8	51	82	1	171	30	28	17	23	1.97
49234615--49234923	47	6.6	47	95	0	519	33	7	30	29	1.85
49236387--49236521	40	3.4	39	86	4	171	24	19	23	32	1.97
49239500--49239986	98	5.0	96	91	3	735	35	6	25	31	1.83
49239500--49239986	48	10.0	48	90	4	735	35	6	25	31	1.83
49240128--49240272	37	3.9	37	93	0	236	24	17	31	26	1.97
49241751--49241810	28	2.1	28	90	0	93	31	1	18	48	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49247884--49247976	40	2.3	40	88	0	132	26	19	22	31	1.98
49247884--49248018	40	3.4	39	82	4	119	25	20	23	30	1.98
49251009--49251094	45	1.9	45	90	4	138	23	13	26	36	1.93
49254653--49254794	40	3.6	40	92	2	225	26	26	24	22	2.00
49262704--49262964	40	6.6	40	92	1	411	27	26	22	24	2.00
49265623--49265654	12	2.8	12	86	13	50	34	37	0	28	1.57
49267170--49267202	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
49268161--49268199	17	2.3	17	95	0	69	35	20	0	43	1.52
49269528--49269608	40	2.0	40	95	0	144	27	12	11	49	1.74
49272185--49272225	22	1.9	22	90	5	66	9	41	29	19	1.83
49276425--49276527	40	2.6	40	92	0	161	24	12	13	49	1.77
49276787--49276859	24	3.1	24	73	18	73	39	15	12	32	1.84
49276812--49276850	21	1.9	20	89	5	60	38	17	10	33	1.84
49278298--49278324	13	2.1	13	100	0	54	48	0	7	44	1.31
49279142--49279189	25	1.9	25	82	0	60	60	0	2	37	1.09
49279156--49279203	21	2.2	20	75	13	51	52	2	0	45	1.12
49279289--49279322	17	2.0	17	88	0	50	64	0	0	35	0.94
49279278--49279353	23	3.2	23	71	19	66	55	1	0	43	1.08
49281069--49281108	20	2.0	20	100	0	80	45	0	20	35	1.51
49287698--49287733	15	2.4	15	90	0	63	16	19	41	22	1.90
49298271--49298309	18	2.2	18	100	0	78	28	10	28	33	1.90
49300488--49300697	47	4.4	47	87	3	273	27	29	10	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49302037--49302105	27	2.6	27	85	0	93	31	28	14	24	1.95
49309993--49310088	27	3.5	27	88	1	138	31	29	14	25	1.95
49309993--49310107	55	2.1	54	83	1	140	30	29	15	24	1.96
49331547--49331571	13	1.9	13	100	0	50	24	36	40	0	1.55
49333496--49333520	11	2.3	11	100	0	50	32	0	8	60	1.26
49344362--49344392	15	2.1	15	93	0	53	64	19	6	9	1.45
49347488--49347760	39	7.0	39	88	2	354	31	29	21	17	1.96
49347515--49347760	116	2.1	117	87	2	361	31	29	21	17	1.96
49351675--49351744	25	2.8	24	87	8	95	25	20	25	28	1.99
49351946--49352242	27	11.0	27	84	3	357	25	20	18	35	1.95
49352262--49352438	27	6.6	27	77	3	160	28	7	21	42	1.80
49352262--49352437	80	2.2	81	84	5	214	28	7	21	42	1.80
49352285--49352443	53	3.0	53	80	3	176	28	6	23	41	1.78
49352431--49352586	27	5.8	27	86	1	197	39	8	22	30	1.83
49352430--49352586	54	2.9	54	91	0	235	39	8	22	29	1.83
49352431--49352611	81	2.2	80	83	0	227	37	7	22	32	1.83
49352431--49352611	27	6.7	27	84	1	193	37	7	22	32	1.83
49352565--49352625	27	2.3	27	82	0	68	32	6	18	42	1.76
49354708--49354786	31	2.5	31	97	0	149	26	25	18	29	1.98
49355000--49355046	25	1.9	25	91	4	78	29	17	23	29	1.97
49355007--49355072	25	2.6	25	82	0	69	28	21	25	24	1.99
49355294--49355522	27	8.5	27	86	3	291	24	20	20	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49355507--49355702	27	7.3	27	79	6	184	28	10	22	38	1.87
49355479--49355658	80	2.3	79	79	6	184	28	12	21	37	1.90
49355452--49355702	53	4.7	53	77	6	195	27	13	21	37	1.91
49355678--49355863	81	2.3	80	80	2	210	37	7	24	31	1.83
49355707--49355888	81	2.2	81	84	0	229	36	7	24	31	1.82
49355724--49355888	54	3.1	54	88	0	240	37	7	24	30	1.82
49355707--49355863	27	5.8	27	90	0	224	38	7	24	30	1.82
49355522--49355888	27	13.6	27	81	5	165	32	8	22	35	1.86
49357633--49357740	26	4.2	26	89	0	144	39	17	15	26	1.90
49357789--49357940	65	2.3	65	82	2	180	34	19	21	24	1.97
49363233--49363685	47	9.6	47	91	1	692	32	8	29	29	1.87
49365943--49366204	40	6.6	40	89	0	400	25	21	26	25	2.00
49365954--49366204	80	3.1	80	97	0	457	25	21	26	26	2.00
49366189--49366220	16	2.0	16	100	0	64	25	31	25	18	1.98
49366205--49366306	40	2.5	40	88	0	150	23	22	28	25	1.99
49366109--49366288	96	1.9	96	94	0	315	23	22	26	27	2.00
49366205--49366319	40	2.9	40	86	0	149	23	21	28	26	1.99
49369891--49370110	49	4.6	49	90	4	349	33	7	27	31	1.84
49370083--49370132	16	3.4	16	73	21	63	38	0	26	36	1.57
49370077--49370135	28	2.1	28	100	0	118	38	0	25	35	1.56
49370033--49370180	75	1.9	76	94	2	262	34	5	27	32	1.80
49370105--49370320	47	4.6	47	88	3	303	32	8	29	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49369979--49370229	122	2.0	124	91	3	407	33	6	27	31	1.83
49374681--49374726	24	2.0	23	91	4	74	34	28	23	13	1.92
49374682--49374734	24	2.2	24	86	3	72	37	26	22	13	1.91
49377444--49377475	15	2.1	15	94	0	55	59	6	6	28	1.46
49381034--49381192	27	5.9	27	80	11	175	34	21	24	19	1.96
49381052--49381192	54	2.6	54	90	2	230	34	22	24	18	1.96
49381298--49381360	26	2.3	26	83	5	72	30	11	25	33	1.90
49382798--49382904	26	4.1	26	95	4	198	34	27	7	30	1.84
49385564--49385618	27	2.0	27	92	0	92	41	5	16	36	1.71
49416551--49416710	26	6.2	26	90	0	257	33	8	23	35	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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