genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.253.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83344883--83345154	150	1.8	150	79	3	323	32	16	20	30	1.95
83347715--83347759	21	2.1	22	83	4	56	57	0	4	37	1.19
83349766--83349833	34	2.0	34	97	0	127	41	25	2	30	1.70
83351139--83351317	27	6.7	27	86	3	227	44	21	10	23	1.83
83355909--83356116	27	7.7	27	81	4	222	43	19	13	23	1.86
83355909--83356116	81	2.6	82	85	3	269	43	19	13	23	1.86
83355853--83356116	54	4.9	54	79	1	253	43	18	14	23	1.87
83358829--83358920	46	2.0	45	97	2	175	50	17	10	21	1.77
83358841--83358939	46	2.2	46	83	5	121	53	16	11	19	1.72
83360455--83360526	36	2.0	36	100	0	144	33	27	16	22	1.95
83366844--83366907	5	13.0	5	95	1	112	57	0	1	40	1.08
83369851--83369892	20	2.2	20	87	12	61	57	4	21	16	1.58
83373156--83373250	41	2.3	41	90	1	147	32	29	15	22	1.95
83397664--83397840	40	4.4	40	83	4	225	25	27	22	24	2.00
83400437--83400485	23	2.1	23	92	0	80	36	14	12	36	1.83
83402658--83402695	18	2.1	18	100	0	76	78	0	0	21	0.74
83402656--83402693	9	4.1	9	83	16	51	76	0	0	23	0.79
83411117--83411394	48	6.0	48	75	10	224	28	22	20	29	1.98
83411215--83411394	96	1.9	96	87	2	263	28	23	19	28	1.98
83415497--83415688	40	4.8	40	91	1	296	24	23	28	23	2.00
83419511--83419642	38	3.4	38	75	10	115	24	20	23	31	1.98
83424087--83424114	12	2.3	12	100	0	56	7	0	42	50	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83424804--83424956	38	4.0	39	82	8	172	23	20	24	32	1.98
83424812--83424972	76	2.1	78	84	2	209	21	19	24	34	1.96
83431668--83431695	12	2.3	12	100	0	56	7	0	42	50	1.30
83435638--83435768	46	2.8	46	88	0	199	21	21	27	29	1.98
83440766--83440881	9	12.7	9	75	12	103	39	1	14	43	1.56
83440784--83440895	56	2.0	56	92	0	188	39	1	13	45	1.54
83441063--83441356	91	3.2	91	90	1	482	52	6	6	34	1.52
83441061--83441526	172	2.7	171	92	5	738	51	6	7	34	1.55
83441266--83441526	81	3.1	80	80	13	319	51	6	6	34	1.55
83441347--83441495	48	3.2	48	64	19	125	53	5	6	34	1.50
83441347--83441536	91	2.1	91	94	1	314	53	5	7	33	1.53
83441517--83441551	5	7.0	5	100	0	70	80	0	0	20	0.72
83441084--83441556	263	1.8	262	90	2	763	53	6	6	34	1.52
83441621--83441954	99	3.4	99	97	0	616	39	5	7	47	1.55
83442618--83442664	8	6.0	8	75	5	51	34	27	4	34	1.77
83445934--83446133	81	2.5	78	81	9	240	26	27	22	24	1.99
83445935--83446119	41	4.6	41	83	4	225	26	27	22	24	2.00
83448384--83448718	158	2.1	157	82	6	410	30	22	12	34	1.91
83449504--83449546	14	3.0	15	86	6	54	41	34	0	23	1.55
83449513--83449553	14	2.9	14	88	3	55	39	43	0	17	1.49
83449672--83449710	14	2.8	14	88	0	60	46	28	2	23	1.65
83450178--83450267	41	2.2	40	84	5	119	24	25	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83450254--83450345	40	2.3	40	83	3	105	21	18	20	39	1.93
83458933--83458968	18	2.0	18	89	10	56	41	0	0	58	0.98
83463817--83463863	20	2.3	20	89	7	69	34	21	2	42	1.65
83463827--83463866	12	3.7	12	75	25	52	37	17	0	45	1.49
83463945--83463989	23	1.9	24	90	4	74	22	24	11	42	1.86
83464074--83464312	55	4.5	54	82	8	278	21	24	17	36	1.95
83465319--83465350	16	2.0	16	100	0	64	37	18	18	25	1.94
83471460--83471504	23	1.9	24	90	4	74	22	24	11	42	1.86
83471578--83471832	55	4.8	53	81	6	234	21	25	17	35	1.95
83471625--83471825	108	1.8	110	89	4	318	22	25	17	33	1.96
83481549--83481602	23	2.3	23	93	0	90	12	22	35	29	1.91
83484027--83484058	2	16.0	2	100	0	64	50	50	0	0	1.00
83484069--83484144	40	1.9	40	83	5	100	34	28	15	21	1.94
83490710--83490907	55	3.7	53	75	4	146	37	20	23	19	1.94
83490710--83490914	53	3.8	54	76	4	198	37	19	23	20	1.95
83490904--83491007	49	2.1	49	98	1	201	34	9	21	34	1.86
83499209--83499268	28	2.2	27	81	3	66	23	10	13	53	1.69
83505020--83505170	55	2.8	55	78	6	164	18	22	19	39	1.92
83508286--83508454	77	2.2	75	77	4	169	24	21	18	34	1.96
83513492--83513533	22	2.0	22	95	4	77	14	45	23	16	1.84
83514585--83514730	28	5.2	29	81	6	167	39	11	23	26	1.89
83518551--83518609	28	2.1	28	100	0	118	47	3	5	44	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83521077--83521118	19	2.2	19	95	0	75	23	9	26	40	1.85
83521854--83521884	16	1.9	16	93	0	53	12	6	9	70	1.31
83522567--83522592	13	2.0	13	100	0	52	76	0	23	0	0.78
83526953--83527130	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
83526954--83527109	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
83526950--83527130	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
83535144--83535321	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
83535145--83535300	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
83535141--83535321	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
83539071--83539144	22	3.2	22	66	23	62	31	12	32	24	1.92
83539015--83539378	47	7.7	47	92	2	525	31	10	31	26	1.90
83541838--83541912	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
83545595--83545670	30	2.5	31	82	6	93	34	11	14	39	1.83
83545595--83545678	31	2.8	30	81	1	96	30	10	16	41	1.83
83547182--83547229	20	2.5	20	86	3	62	64	2	6	27	1.28
83547224--83547281	27	2.1	27	81	6	64	50	12	0	37	1.40
83547253--83547282	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
83550632--83550732	5	19.6	5	74	17	82	72	0	2	23	1.05
83550635--83550732	11	8.9	11	77	14	80	72	1	3	23	1.05
83550637--83550729	47	2.0	48	83	10	120	73	1	3	22	1.05
83565518--83565585	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
83565692--83565759	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83565861--83565939	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
83565407--83565908	174	2.9	174	97	0	950	30	25	14	29	1.95
83568831--83569002	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
83568778--83569000	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
83568858--83569025	79	2.1	80	79	4	180	25	21	27	25	1.99
83583452--83583603	27	5.6	27	92	3	232	26	13	28	30	1.94
83583452--83583603	55	2.8	55	93	0	250	26	13	28	30	1.94
83587205--83587259	15	3.9	14	79	9	60	36	5	3	54	1.41
83589078--83589113	12	3.0	12	91	0	54	25	22	5	47	1.73
83597384--83598233	72	11.5	72	85	5	1051	32	16	19	31	1.94
83597376--83598233	147	5.8	146	87	5	1147	31	16	19	31	1.94
83599683--83599743	23	2.7	23	86	0	86	8	29	52	9	1.63
83600337--83600370	16	2.0	16	88	11	50	32	0	5	61	1.20
83610760--83610793	13	2.6	13	85	0	50	64	5	0	29	1.17
83611158--83611206	20	2.5	20	80	12	64	38	10	10	40	1.73
83613862--83613915	16	3.4	16	89	0	81	37	0	25	37	1.57
83614069--83614120	26	2.0	25	88	3	77	44	0	3	51	1.19
83614230--83614272	21	2.0	21	86	9	59	62	2	0	34	1.08
83619501--83619680	55	3.3	54	92	3	279	30	28	13	27	1.94
83619501--83619680	28	6.6	27	94	2	279	30	28	13	27	1.94
83619501--83619680	83	2.2	82	91	1	288	30	28	13	27	1.94
83627703--83627879	28	6.4	27	92	2	264	30	28	12	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83627703--83627879	55	3.2	54	90	3	264	30	28	12	28	1.94
83627703--83627879	83	2.1	82	90	1	273	30	28	12	28	1.94
83635041--83635071	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
83635038--83635077	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
83635263--83635513	55	4.7	53	78	8	217	23	24	17	35	1.95
83635310--83635454	53	2.7	53	83	4	175	23	24	17	33	1.96
83637821--83637876	28	2.0	28	96	0	103	35	16	17	30	1.92
83639209--83639260	18	2.7	19	77	16	63	26	0	1	71	0.97
83640821--83640878	18	3.2	18	85	2	71	10	8	5	75	1.17
83646502--83646780	99	2.7	100	82	9	332	48	13	7	30	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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