genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.235.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77381387--77381429	2	21.5	2	100	0	86	0	48	0	51	1.00
77386309--77386341	9	3.7	9	91	0	57	39	24	12	24	1.89
77386309--77386343	18	1.9	18	100	0	70	37	22	11	28	1.89
77387023--77387097	31	2.5	32	79	12	79	54	9	2	33	1.46
77387047--77387118	32	2.3	31	88	4	101	50	8	5	36	1.56
77388776--77389017	122	2.0	122	92	0	405	38	17	15	29	1.90
77390408--77390467	30	2.0	30	100	0	120	46	20	3	30	1.66
77392206--77392375	48	3.5	48	86	0	232	29	17	24	28	1.97
77399773--77399812	16	2.5	17	80	19	50	60	22	0	17	1.37
77408374--77408405	14	2.1	16	88	11	50	21	25	12	40	1.88
77416408--77417418	220	4.6	220	92	0	1567	32	18	21	27	1.96
77416754--77416934	87	2.1	89	83	6	235	34	17	20	27	1.95
77419083--77419138	26	2.2	26	83	6	69	33	0	5	60	1.19
77421346--77421413	16	4.3	15	77	17	57	45	16	8	29	1.77
77424412--77424521	46	2.4	46	83	1	132	47	12	20	20	1.82
77428913--77428952	21	2.0	20	85	5	53	15	37	27	20	1.92
77430910--77431116	53	3.8	54	75	1	191	20	22	17	38	1.93
77435355--77435466	56	2.0	56	94	0	197	27	23	16	32	1.96
77446432--77446465	11	3.2	10	84	15	50	85	0	2	11	0.71
77448134--77448673	44	11.7	44	72	15	306	27	23	19	30	1.98
77448124--77448678	140	4.0	140	86	2	758	26	23	19	30	1.98
77448305--77448489	96	1.9	96	81	6	223	26	21	19	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77448400--77448678	45	6.1	44	77	7	252	26	24	20	29	1.99
77448400--77448678	89	3.1	88	77	9	272	26	24	20	29	1.99
77449531--77449672	44	3.1	48	60	22	106	26	24	21	26	2.00
77448751--77449865	88	12.7	88	89	0	1593	27	21	23	26	1.99
77449924--77450031	44	2.5	44	76	8	103	26	26	14	31	1.95
77452067--77452246	28	6.5	28	94	2	294	26	13	28	31	1.94
77452067--77452246	55	3.3	55	94	1	299	26	13	28	31	1.94
77452067--77452246	83	2.2	82	93	1	306	26	13	28	31	1.94
77464640--77464698	27	2.1	28	87	9	86	22	11	30	35	1.90
77474220--77474397	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
77474241--77474396	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
77479655--77479695	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
77480584--77480669	17	4.4	21	75	22	89	17	22	12	47	1.81
77480600--77480673	10	7.8	10	66	22	52	17	24	12	45	1.82
77480594--77480671	17	4.3	17	81	15	102	17	23	12	46	1.83
77481210--77481238	13	2.2	13	100	0	58	68	0	6	24	1.13
77484188--77484216	11	2.5	12	94	5	51	0	13	0	86	0.58
77484384--77484417	17	2.0	17	88	11	52	70	0	0	29	0.87
77484408--77484443	18	1.9	19	88	5	56	58	8	0	33	1.28
77485776--77485818	16	2.6	15	85	14	50	48	0	2	48	1.14
77489145--77489239	42	2.3	42	85	5	122	35	13	17	32	1.89
77492500--77492671	43	4.0	43	81	13	210	24	19	25	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77496516--77496693	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
77496537--77496692	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
77505148--77505449	47	6.4	47	94	0	525	32	8	29	29	1.87
77505432--77505469	20	1.9	20	94	0	67	31	2	39	26	1.70
77505603--77505681	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
77507370--77507475	43	2.5	43	79	13	128	24	21	23	30	1.99
77509109--77509269	47	3.4	47	87	0	232	27	29	8	33	1.87
77509164--77509388	119	1.9	120	96	0	416	30	28	7	32	1.85
77509284--77509622	47	7.1	47	95	3	567	29	29	8	33	1.86
77509466--77509548	27	3.3	27	61	22	70	32	27	4	34	1.78
77509283--77509635	49	7.4	49	94	3	598	29	29	7	33	1.86
77509284--77509635	96	3.7	95	94	4	604	29	29	7	32	1.86
77514285--77514340	28	2.0	29	82	3	69	21	41	21	16	1.90
77519630--77519693	32	2.0	32	96	0	119	25	21	20	32	1.97
77521601--77521656	28	2.0	29	89	3	87	19	44	21	14	1.86
77532488--77532547	27	2.3	26	82	2	66	36	18	23	21	1.95
77533293--77533400	27	4.0	27	83	0	126	29	18	15	36	1.92
77533267--77533390	54	2.3	54	81	0	149	28	20	18	32	1.97
77533294--77533402	54	2.0	54	87	7	159	29	17	15	37	1.91
77533384--77533568	27	6.9	26	77	11	113	32	9	20	37	1.84
77533384--77533514	54	2.4	53	79	2	127	33	9	20	36	1.84
77533422--77533570	54	2.7	55	84	2	176	32	9	18	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77533438--77533582	27	5.4	27	85	3	148	31	8	18	40	1.82
77533468--77533597	27	4.8	27	82	3	109	31	8	18	41	1.80
77540480--77540531	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
77541191--77541289	27	3.7	27	86	0	135	27	19	18	35	1.95
77541172--77541286	54	2.1	54	82	3	133	27	18	21	32	1.97
77541319--77541478	54	3.0	53	81	7	171	33	10	18	37	1.85
77541319--77541478	81	2.0	81	81	2	187	33	10	18	37	1.85
77541342--77541487	27	5.4	27	87	3	177	32	8	18	39	1.82
77543319--77543445	44	3.0	42	79	3	155	30	28	17	23	1.97
77551558--77551731	40	4.6	39	79	12	164	28	25	21	24	1.99
77561849--77561890	20	2.1	20	90	0	66	16	21	28	33	1.95
77578570--77578709	27	5.2	28	88	5	166	34	22	25	18	1.96
77580327--77580462	26	5.2	26	95	0	236	35	23	6	34	1.81
77583246--77583294	22	2.2	22	96	0	89	18	32	32	16	1.93
77584631--77584690	31	1.9	31	83	6	77	38	1	11	48	1.50
77590076--77590186	54	2.1	54	80	0	123	40	9	28	20	1.85
77592914--77593163	48	5.2	48	91	0	392	36	6	24	31	1.82
77594224--77594343	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
77595798--77596347	47	11.6	47	92	2	777	33	9	29	27	1.88
77599140--77599280	43	3.3	43	92	0	237	13	21	31	32	1.92
77601750--77602420	47	14.3	47	95	0	1171	32	8	29	29	1.87
77603363--77603444	43	1.9	43	92	0	137	14	23	31	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77603601--77603700	29	3.4	29	69	10	78	24	20	26	30	1.98
77603630--77603762	29	4.6	29	69	10	85	23	16	28	31	1.96
77603692--77603784	28	3.3	28	70	10	73	20	15	33	31	1.93
77603598--77603766	58	2.9	58	87	2	243	23	17	28	30	1.97
77606218--77606473	40	6.4	40	92	2	376	24	22	26	25	2.00
77610398--77610647	48	5.2	48	90	0	383	35	7	25	31	1.84
77610782--77610926	37	3.9	37	93	0	236	23	18	32	25	1.97
77613277--77613359	44	2.0	42	86	9	116	31	22	13	32	1.92
77613277--77613376	40	2.4	42	81	9	98	32	25	13	30	1.93
77619899--77619931	17	1.9	17	100	0	66	24	9	12	54	1.66
77626662--77626744	23	3.7	22	83	4	103	39	15	21	22	1.91
77626650--77626757	45	2.4	45	80	6	112	36	18	20	25	1.95
77634082--77634314	40	5.9	40	91	1	371	23	27	23	26	2.00
77634323--77634361	18	2.0	20	85	9	55	48	23	5	23	1.70
77642067--77642300	40	5.9	40	92	0	371	23	27	22	26	1.99
77646834--77646914	40	2.0	41	95	2	146	45	22	11	20	1.82
77651684--77651728	23	2.0	22	91	4	72	8	2	35	53	1.45
77654893--77655010	44	2.8	43	82	7	134	32	26	12	28	1.93
77669036--77669141	43	2.5	42	80	6	115	27	18	23	30	1.98
77669065--77669147	43	1.9	43	87	4	123	25	18	24	32	1.97
77671042--77671146	43	2.4	43	95	0	183	34	33	24	7	1.84
77671139--77671340	38	5.3	38	86	2	278	30	25	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77671139--77671340	78	2.6	76	83	3	278	30	25	21	21	1.98
77686184--77686262	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
77686381--77686903	47	11.1	47	94	0	875	28	29	9	32	1.88
77694894--77694937	14	3.0	16	78	21	60	27	22	25	25	2.00
77694880--77694937	28	2.1	28	93	0	98	27	20	24	27	1.99
77694909--77695150	50	4.8	50	77	5	229	26	17	25	30	1.98
77695347--77695376	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
77697730--77697907	27	6.6	27	83	3	178	29	28	15	26	1.96
77711612--77711651	11	3.7	11	90	3	64	10	35	17	37	1.83
77723375--77723441	33	2.0	33	100	0	134	43	26	2	26	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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