genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.258.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84974993--84975086	31	3.0	30	69	17	84	20	20	14	44	1.86
84974993--84975072	6	13.0	6	75	15	74	18	18	15	47	1.83
84974993--84975060	25	2.7	25	88	0	100	19	19	14	47	1.83
84975021--84975097	37	2.1	37	82	0	91	19	22	15	42	1.88
84975111--84975176	12	5.4	12	73	10	62	18	13	12	56	1.68
84974993--84975158	62	2.7	62	82	0	206	20	18	13	47	1.82
84981987--84982202	40	5.4	40	91	2	296	24	22	27	25	2.00
84984865--84984979	29	4.0	29	82	6	128	26	13	30	28	1.94
84984878--84984988	57	1.9	58	85	1	152	26	14	31	27	1.95
84986431--84986479	25	2.0	25	91	0	80	32	20	24	22	1.98
84996819--84996888	28	2.5	28	88	4	97	32	25	12	28	1.93
85004614--85004681	28	2.4	28	87	4	93	35	26	10	27	1.89
85007514--85007841	48	6.9	47	77	3	296	27	18	27	26	1.98
85007554--85007841	95	3.0	96	90	1	434	26	19	28	26	1.99
85010656--85010820	43	3.9	42	75	6	134	32	26	18	23	1.97
85018724--85019147	48	8.8	48	77	3	404	26	18	27	27	1.98
85018722--85019147	96	4.4	96	90	0	645	26	18	27	27	1.98
85021436--85021613	27	6.6	27	83	3	178	29	28	15	26	1.96
85021462--85021612	82	1.9	81	88	4	232	29	27	15	27	1.96
85028588--85028665	25	3.2	24	70	7	68	37	21	23	17	1.94
85040910--85040972	31	2.1	31	84	3	83	26	23	11	38	1.89
85041180--85041354	24	7.4	24	90	3	257	28	21	21	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85041187--85041354	47	3.6	47	88	3	257	28	20	22	29	1.98
85041187--85041353	23	7.1	23	91	2	244	28	20	22	28	1.98
85041403--85041469	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
85041403--85041458	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
85049988--85050124	46	3.0	46	83	2	177	24	29	8	36	1.86
85050098--85050289	47	4.1	47	88	1	251	25	30	10	32	1.90
85054328--85054758	40	10.8	40	89	0	639	24	28	22	23	1.99
85056246--85056382	46	3.0	46	85	2	186	24	30	8	35	1.86
85056356--85056547	47	4.1	47	90	1	269	25	30	11	32	1.92
85059316--85059379	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
85059573--85059738	24	7.0	24	86	4	221	27	21	22	29	1.99
85059572--85059738	47	3.5	48	86	4	223	26	20	22	29	1.98
85059573--85059738	71	2.3	71	88	3	244	27	21	22	29	1.99
85059788--85059854	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
85059788--85059843	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
85062696--85062740	22	2.0	22	100	0	90	31	4	17	46	1.68
85063132--85063492	49	7.6	48	69	12	192	27	29	18	24	1.98
85063132--85063447	93	3.4	93	82	4	350	27	29	18	24	1.98
85063184--85063492	93	3.3	93	81	6	257	27	29	18	24	1.98
85073765--85073973	42	4.8	44	73	10	144	31	25	16	26	1.96
85078478--85078523	22	2.1	22	100	0	92	15	26	8	50	1.73
85082052--85082081	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85083971--85084106	42	3.2	43	66	12	118	27	18	28	25	1.98
85092415--85092459	23	2.0	23	95	0	81	40	0	17	42	1.50
85092806--85092844	17	2.3	17	100	0	78	23	20	12	43	1.86
85093541--85093597	28	2.0	28	100	0	114	35	15	21	28	1.94
85093578--85093802	46	4.8	45	80	10	197	28	17	30	23	1.97
85093581--85093849	46	5.7	49	76	14	190	27	18	28	24	1.98
85096788--85096992	42	4.7	42	78	9	187	31	24	14	29	1.95
85096788--85097002	90	2.5	85	79	6	234	32	25	14	28	1.95
85100686--85100711	11	2.4	11	100	0	52	46	19	0	34	1.50
85100850--85100980	48	2.7	47	85	9	167	32	9	4	52	1.55
85102567--85102609	18	2.4	18	92	0	68	20	27	9	41	1.83
85106127--85106439	173	1.8	174	89	1	495	27	20	17	34	1.95
85106301--85106752	126	3.6	126	84	3	590	26	20	18	34	1.96
85107430--85107496	23	2.8	23	95	4	116	58	26	0	14	1.37
85111749--85111786	15	2.4	16	87	12	53	34	2	5	57	1.35
85113376--85113443	33	2.1	33	97	0	127	57	26	1	14	1.46
85122175--85122240	31	2.1	31	83	5	80	30	10	13	45	1.77
85123796--85123871	17	4.6	16	79	8	80	18	32	19	28	1.96
85123799--85123871	33	2.1	34	85	5	94	16	34	19	30	1.94
85130377--85130501	46	2.7	46	81	7	119	35	28	16	19	1.94
85142468--85142509	21	2.0	21	86	4	59	23	4	21	50	1.68
85143126--85143181	29	2.0	28	92	3	94	19	19	28	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85143993--85144174	37	4.9	37	93	1	285	25	29	18	25	1.98
85144321--85144811	48	10.1	48	95	1	838	31	26	6	36	1.81
85148108--85148168	30	2.0	30	100	0	122	29	6	19	44	1.76
85148559--85148588	12	2.5	12	94	0	51	13	30	40	16	1.87
85148912--85148949	16	2.3	17	90	4	60	34	0	23	42	1.55
85150853--85151173	46	6.7	50	76	11	198	28	19	28	23	1.98
85151771--85151852	37	2.2	37	97	0	155	30	3	20	45	1.69
85163855--85163944	23	3.9	24	81	7	98	35	16	21	26	1.94
85179955--85180028	36	2.1	36	94	0	130	28	8	13	50	1.70
85181261--85181354	40	2.4	39	85	3	118	12	11	38	37	1.80
85195883--85196159	40	6.9	40	93	0	455	27	20	28	23	1.99
85199743--85199920	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
85199764--85199919	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
85200467--85200491	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
85207608--85207783	27	6.6	27	83	5	187	28	28	15	27	1.96
85207608--85207783	55	3.3	54	81	5	196	28	28	15	27	1.96
85207633--85207782	82	1.9	80	87	5	221	28	28	16	27	1.97
85208331--85208355	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
85222860--85222924	28	2.3	28	89	5	96	35	26	9	29	1.87
85223030--85223144	27	4.1	28	79	7	92	20	21	21	36	1.95
85223030--85223130	27	3.6	28	79	4	105	21	22	21	33	1.97
85223030--85223144	55	2.1	55	80	8	126	20	21	21	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85228267--85228451	79	2.3	81	82	7	218	24	22	27	25	2.00
85228268--85228451	40	4.6	40	80	9	198	25	22	27	25	2.00
85228320--85228484	79	2.1	79	82	6	192	26	20	27	25	1.99
85233915--85233997	26	3.2	27	81	15	111	32	27	7	32	1.84
85234113--85234183	27	2.6	28	84	6	101	22	25	19	32	1.98
85235275--85235308	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
85239392--85239423	8	4.0	8	91	0	55	46	25	25	3	1.67
85239671--85239762	28	3.3	28	92	0	148	34	26	8	30	1.86
85239868--85239957	27	3.2	28	81	7	112	20	23	23	33	1.97
85239868--85239982	55	2.1	56	82	11	139	19	23	21	35	1.96
85257893--85257920	13	2.2	13	100	0	56	32	32	28	7	1.84
85270962--85271004	21	2.1	19	83	12	50	39	2	0	58	1.11
85272180--85272443	78	3.5	77	79	10	285	20	36	3	39	1.71
85273063--85273088	12	2.2	12	100	0	52	19	0	7	73	1.07
85279015--85279129	43	2.7	43	84	1	133	35	26	11	26	1.90
85279593--85279632	19	2.0	20	86	13	57	37	0	0	62	0.95
85279591--85279639	25	2.0	24	96	4	89	38	0	0	61	0.96
85288479--85288656	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
85288500--85288655	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
85293705--85293753	13	3.7	13	76	13	55	71	12	4	12	1.28
85293691--85293767	26	2.8	27	88	9	111	75	7	6	10	1.19
85305917--85306356	44	9.5	44	70	15	248	29	16	24	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85306112--85306141	14	2.1	14	100	0	60	30	13	36	20	1.90
85306126--85306356	89	2.6	88	85	5	279	27	16	26	29	1.97
85306245--85306494	94	2.7	91	77	9	224	29	20	21	29	1.98
85306432--85306596	88	1.9	88	79	2	188	30	19	23	26	1.98
85309973--85310007	13	2.7	13	90	0	61	5	37	28	28	1.80
85328381--85328432	26	2.0	26	88	3	79	46	0	1	51	1.12
85330808--85330846	20	1.9	21	89	5	62	58	0	7	33	1.26
85332052--85332119	34	2.0	34	100	0	136	52	8	11	26	1.67
85335200--85335282	42	2.0	42	95	0	148	33	18	18	30	1.94
85341533--85341640	57	1.9	57	90	0	171	32	13	16	37	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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