genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.204.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66760284--66760371	43	2.0	43	97	0	167	25	14	13	46	1.81
66764045--66764361	163	1.9	163	87	1	465	32	17	21	28	1.96
66768300--66768492	105	1.8	105	81	4	237	30	16	25	27	1.96
66775984--66776101	23	5.0	23	77	13	107	22	23	18	34	1.96
66776012--66776101	47	1.9	46	86	6	128	23	22	18	35	1.96
66779778--66779818	10	4.2	10	84	6	57	75	0	0	24	0.80
66779778--66779818	19	2.2	19	100	0	82	75	0	0	24	0.80
66779830--66779867	18	2.1	18	90	0	58	31	10	10	47	1.72
66779876--66779906	6	5.3	6	92	7	55	35	32	16	16	1.91
66790630--66790673	23	1.9	23	86	9	63	45	0	0	54	0.99
66790630--66790679	23	2.2	23	82	10	59	48	0	2	50	1.12
66790768--66790808	5	8.6	5	81	10	50	4	14	0	80	0.87
66791503--66791575	20	3.7	20	78	12	62	30	0	5	64	1.16
66792664--66792734	27	2.6	27	78	8	72	25	22	12	39	1.89
66792698--66792809	27	4.1	27	80	0	107	24	25	13	36	1.92
66793792--66793842	6	8.3	6	77	12	50	47	15	17	19	1.83
66793763--66793865	31	3.3	31	87	4	127	51	11	16	20	1.75
66794002--66794103	27	3.8	26	88	5	132	36	21	23	18	1.95
66794262--66794326	22	3.0	22	75	8	69	36	23	20	20	1.95
66794754--66794994	27	9.0	27	83	2	272	26	20	18	34	1.95
66794754--66794998	54	4.6	54	83	6	300	26	20	18	34	1.95
66794788--66794995	108	1.9	108	93	1	355	25	19	20	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66794983--66795163	27	6.8	27	83	6	192	28	7	21	42	1.79
66795015--66795180	27	6.2	27	85	2	210	28	6	21	43	1.76
66795190--66795484	27	10.9	27	92	0	437	42	8	21	28	1.82
66795192--66795489	81	3.7	81	92	0	488	41	9	20	28	1.83
66795492--66795583	27	3.4	27	79	5	96	30	9	20	39	1.85
66805289--66805386	49	2.0	49	95	0	178	41	12	12	33	1.80
66813396--66813477	30	2.7	30	86	0	110	14	23	35	26	1.93
66823653--66823707	26	2.1	26	100	0	110	30	12	10	45	1.77
66827146--66827202	29	2.0	28	83	6	71	43	5	26	24	1.75
66827554--66827709	43	3.7	42	79	5	154	26	14	25	33	1.94
66827844--66827888	22	2.0	22	100	0	90	37	8	26	26	1.86
66829890--66829935	18	2.6	18	74	16	51	34	0	6	58	1.24
66831351--66831379	13	2.2	13	100	0	58	0	6	27	65	1.18
66833312--66833412	40	2.6	40	85	3	134	12	14	37	34	1.85
66854126--66854184	31	1.9	31	85	0	82	38	6	10	44	1.65
66856795--66856829	12	3.1	12	88	12	56	65	0	0	34	0.93
66858497--66858526	15	2.0	15	100	0	60	26	20	0	53	1.46
66859805--66859847	15	2.9	15	77	16	54	27	0	0	72	0.85
66861041--66861114	30	2.4	29	82	8	85	16	12	9	62	1.54
66862494--66862535	8	4.8	9	85	8	52	88	2	0	9	0.61
66863893--66864065	46	3.7	46	78	11	192	21	19	27	30	1.98
66863890--66864059	93	1.8	93	92	2	288	21	20	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66864289--66864326	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
66871478--66871650	46	3.7	46	79	11	201	21	20	27	30	1.98
66871475--66871645	93	1.8	93	92	2	290	21	20	28	29	1.98
66873512--66873608	27	3.6	27	87	2	131	25	14	29	29	1.95
66881284--66881380	27	3.6	27	87	2	131	25	14	29	29	1.95
66882951--66882988	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
66884937--66885015	40	2.0	40	85	5	106	16	16	32	34	1.91
66886080--66886228	37	4.0	37	92	0	235	34	6	12	47	1.65
66886102--66886205	20	5.5	19	70	13	81	34	5	13	46	1.67
66886085--66886216	17	7.2	17	65	14	66	32	5	12	50	1.62
66886235--66886275	9	4.6	9	84	0	55	31	9	17	41	1.82
66886227--66886275	18	2.7	18	93	0	80	30	10	18	40	1.84
66900085--66900130	24	1.9	24	100	0	92	17	41	23	17	1.90
66900090--66900130	12	3.4	12	79	0	55	17	41	21	19	1.90
66901273--66901315	17	2.4	18	80	7	61	55	0	23	20	1.43
66906718--66906766	6	7.8	6	88	6	71	51	0	34	14	1.43
66906685--66906756	15	4.6	15	74	16	65	50	1	34	13	1.51
66906714--66906766	18	2.8	18	88	5	79	52	0	33	13	1.40
66909873--66909916	20	2.2	20	87	0	61	34	0	6	59	1.24
66919019--66919179	60	2.7	60	79	9	157	29	25	18	27	1.98
66931895--66932041	26	5.7	26	82	0	177	60	5	4	29	1.39
66931897--66932041	78	1.9	78	86	0	209	60	5	4	29	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66934202--66934319	48	2.5	47	77	4	130	26	22	22	28	1.99
66938472--66938933	131	3.5	131	80	3	432	33	19	19	27	1.96
66941421--66941467	19	2.4	20	89	3	69	14	8	29	46	1.74
66945612--66945780	48	3.5	48	71	7	137	28	21	18	31	1.97
66947060--66947099	18	2.2	18	95	0	71	35	10	20	35	1.86
66954791--66954825	18	1.9	18	100	0	70	17	25	5	51	1.67
66957397--66957539	27	5.3	26	84	4	142	35	21	23	18	1.96
66959148--66959231	26	3.2	26	94	0	141	35	23	7	33	1.82
66963157--66963249	46	2.0	46	97	0	177	34	7	25	32	1.84
66964813--66964920	25	4.3	25	75	2	83	37	8	13	39	1.75
66967869--66968001	65	2.0	65	97	0	248	17	14	28	39	1.88
66973385--66973430	21	2.2	21	84	0	56	15	21	39	23	1.92
66975575--66975717	46	3.2	45	85	7	191	27	21	21	28	1.99
66978431--66978707	51	5.8	49	82	11	299	26	17	24	31	1.97
66978426--66978613	51	3.7	51	92	1	308	25	18	25	31	1.97
66978586--66978656	37	1.9	37	97	0	133	28	15	25	30	1.96
66978535--66978705	86	2.0	86	87	2	243	26	17	24	30	1.97
66982092--66982264	68	2.6	64	76	11	179	31	15	27	26	1.95
66982240--66982334	49	1.9	49	91	0	154	27	18	25	28	1.98
66989014--66989243	116	2.0	117	95	0	417	29	13	21	36	1.91
67006233--67006337	43	2.4	43	84	3	131	34	26	14	24	1.94
67026787--67026865	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67026984--67027409	47	9.1	47	93	0	674	28	30	9	31	1.88
67030989--67031033	19	2.4	19	96	3	83	31	15	13	40	1.86
67030989--67031039	19	2.7	19	90	6	68	31	13	13	41	1.84
67057269--67057340	30	2.4	30	85	0	99	25	25	19	30	1.98
67059311--67059344	14	2.3	15	90	5	52	20	20	26	32	1.97
67059533--67059587	28	2.0	28	85	0	74	25	12	32	29	1.93
67059543--67059587	14	3.2	14	83	0	63	26	11	31	31	1.91
67059475--67059598	43	2.8	43	79	7	133	25	12	33	29	1.92
67059629--67059684	15	3.5	15	76	11	58	21	21	30	26	1.98
67063335--67063387	26	2.0	26	85	7	72	33	37	18	9	1.83
67064167--67064392	46	4.7	47	72	11	151	20	30	19	29	1.97
67065839--67065958	27	4.3	27	72	19	111	18	19	30	31	1.95
67065840--67065948	58	1.9	56	87	7	157	19	19	31	30	1.96
67065833--67066000	14	11.7	14	69	15	76	20	19	29	30	1.97
67065839--67066029	85	2.3	85	81	2	215	19	20	28	30	1.98
67066177--67066224	18	2.7	17	83	6	51	35	6	25	33	1.81
67069442--67069493	11	4.9	11	83	9	72	28	28	0	42	1.56
67069436--67069493	20	2.7	21	86	10	82	31	27	0	41	1.56
67069520--67069550	15	2.1	15	93	0	53	22	6	0	70	1.09
67070653--67070700	7	6.9	7	100	0	96	27	0	14	58	1.37
67071744--67072477	116	6.3	116	96	0	1324	39	3	9	47	1.53
67075494--67075906	126	3.3	126	89	2	623	27	22	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67075957--67076190	96	2.4	98	81	5	262	40	16	1	41	1.58
67076504--67076551	21	2.2	21	89	10	71	39	0	2	58	1.10
67078695--67078740	24	2.0	24	82	4	58	56	4	0	39	1.19
67080807--67080988	40	4.6	39	85	7	224	24	26	21	26	2.00
67089002--67089179	40	4.5	40	90	3	254	24	28	23	24	2.00
67092271--67092796	131	4.0	131	77	5	449	34	16	20	28	1.94
67095532--67095581	22	2.3	22	80	12	59	42	8	4	46	1.52
67095992--67096128	51	2.7	51	76	0	157	39	7	13	39	1.73
67099014--67099150	51	2.7	51	76	0	157	39	7	13	39	1.73
67101280--67101321	21	1.9	22	85	9	59	61	4	4	28	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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