genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.287.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94865536--94865635	29	3.5	29	86	1	130	27	17	30	26	1.97
94865521--94865635	29	4.0	29	83	6	128	28	15	28	26	1.96
94865536--94865644	57	1.9	58	86	1	157	27	16	30	25	1.97
94875181--94875230	23	2.2	23	92	0	82	34	14	28	24	1.93
94886191--94886434	129	1.9	128	87	4	357	25	39	0	34	1.60
94886407--94886465	30	2.0	30	90	6	93	20	45	0	33	1.51
94888381--94888441	16	3.4	16	69	26	50	55	11	19	13	1.67
94888367--94888444	39	2.0	39	100	0	156	56	12	17	12	1.67
94890112--94890140	15	1.9	15	100	0	58	68	6	20	3	1.27
94891912--94892177	48	5.7	48	75	16	208	27	18	30	23	1.98
94892409--94892503	47	2.0	47	97	0	181	26	8	17	47	1.76
94896036--94896077	22	1.9	22	85	0	57	11	35	26	26	1.91
94926547--94926600	16	3.6	16	67	23	53	38	3	18	38	1.69
94926538--94926597	29	2.1	29	96	0	111	35	5	16	43	1.70
94928718--94928779	31	2.1	31	87	6	92	38	0	9	51	1.35
94928996--94929054	29	2.0	31	80	12	70	45	11	5	37	1.63
94933152--94933197	14	3.5	13	77	19	51	63	0	2	34	1.07
94933463--94933523	25	2.3	28	75	8	65	32	1	6	59	1.33
94935653--94936000	133	2.7	130	80	7	350	40	10	9	38	1.73
94935845--94936076	126	1.8	129	81	2	290	38	9	10	40	1.73
94940184--94940217	15	2.3	15	90	5	52	70	2	14	11	1.27
94945430--94945472	15	2.9	14	80	13	50	34	16	0	48	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94945670--94945826	57	2.8	57	83	3	181	31	22	15	30	1.95
94955676--94955836	43	3.8	42	76	7	137	25	16	26	31	1.96
94955674--94955792	41	2.9	42	73	9	109	25	15	26	32	1.96
94955674--94955835	84	1.9	82	81	8	193	25	16	26	32	1.96
94956849--94956886	16	2.4	16	95	0	67	39	0	34	26	1.57
94958096--94958230	39	3.4	38	74	10	103	27	28	20	23	1.99
94958421--94958445	10	2.5	10	100	0	50	40	8	0	52	1.31
94959183--94959227	23	1.9	24	86	4	65	8	15	2	73	1.18
94967182--94967220	21	1.9	21	94	5	71	20	30	38	10	1.86
94970300--94970466	55	3.0	55	100	0	334	32	12	25	29	1.92
94972815--94972917	34	3.0	34	88	1	134	28	23	22	26	1.99
94972918--94972958	18	2.3	18	87	8	57	41	19	17	21	1.90
94973221--94973268	23	2.0	24	84	11	64	41	18	12	27	1.86
94973302--94973492	27	7.3	27	79	8	214	23	17	16	42	1.89
94973348--94973495	49	2.9	49	87	7	190	22	17	16	43	1.88
94973444--94973532	27	3.3	26	80	6	90	29	16	17	35	1.93
94976075--94976123	9	5.7	9	73	26	52	30	20	12	36	1.89
94976076--94976134	17	3.5	17	92	0	100	30	20	10	38	1.86
94977487--94977536	24	2.0	25	81	11	59	8	36	2	54	1.42
94982044--94982085	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
94983724--94983821	6	16.5	6	93	1	144	12	5	0	82	0.82
94992920--94992994	39	1.9	39	94	0	132	30	32	20	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95003858--95004008	33	4.5	33	85	1	194	15	9	35	40	1.79
95007017--95007042	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
95007453--95007494	22	1.9	22	85	9	59	59	0	2	38	1.10
95015099--95015187	39	2.2	40	88	5	128	39	1	4	55	1.28
95018059--95018089	16	1.9	16	93	0	53	87	0	12	0	0.55
95018656--95018710	27	2.0	28	82	3	67	56	5	0	38	1.23
95024806--95024835	13	2.3	13	94	0	51	56	6	3	33	1.42
95027340--95027387	22	2.4	22	86	13	68	33	0	4	62	1.14
95028339--95028368	16	1.9	16	93	6	53	46	10	0	43	1.37
95032383--95032414	15	2.1	15	94	5	55	81	3	0	15	0.82
95033243--95033448	21	9.6	20	68	14	72	55	12	8	23	1.65
95033325--95033444	21	5.4	23	70	17	76	53	13	8	25	1.67
95033243--95033478	45	5.5	43	78	6	223	56	11	9	22	1.63
95033284--95033469	21	8.6	21	69	14	74	55	11	9	23	1.65
95033243--95033476	87	2.7	87	80	7	262	56	11	9	22	1.63
95034891--95034935	15	2.7	18	80	13	51	60	0	0	40	0.97
95034891--95034961	33	2.2	32	80	7	81	56	0	0	43	0.99
95034868--95034952	9	10.1	8	71	12	55	52	1	0	45	1.08
95040823--95040852	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
95044198--95044358	47	3.5	46	83	8	179	27	19	29	22	1.98
95048281--95048318	13	2.9	13	96	0	67	44	13	7	34	1.72
95049718--95049755	15	2.6	15	91	4	60	60	10	13	15	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95070881--95070905	13	1.9	13	100	0	50	24	28	48	0	1.52
95071420--95071584	21	7.9	21	70	5	91	45	17	20	16	1.86
95071414--95071606	42	4.6	42	78	5	183	44	17	22	16	1.87
95078158--95078198	22	1.9	22	90	5	66	19	29	41	9	1.83
95081072--95081180	40	2.7	39	94	2	182	23	22	27	25	2.00
95082765--95082888	47	2.7	48	82	9	143	23	30	18	27	1.98
95082814--95083032	45	4.7	45	72	14	144	23	29	19	27	1.98
95088597--95088716	24	4.8	25	91	2	163	26	26	23	23	2.00
95088621--95088729	26	4.4	24	82	12	68	28	22	22	25	1.99
95088936--95089019	31	2.7	31	88	1	134	35	17	22	23	1.95
95094927--95095196	46	5.8	48	76	9	211	23	30	17	28	1.97
95094975--95095195	94	2.4	90	83	9	248	23	30	18	27	1.97
95101049--95101085	17	2.2	17	100	0	74	45	35	13	5	1.66
95103567--95103725	43	3.7	43	70	7	117	25	16	26	31	1.97
95105293--95105460	73	2.3	73	94	2	293	31	18	26	23	1.97
95105424--95105498	26	2.9	25	76	5	78	34	21	25	18	1.96
95105572--95105657	25	3.5	25	73	9	63	37	18	25	18	1.94
95119217--95119304	27	3.3	27	84	4	81	28	15	18	37	1.92
95119229--95119620	27	14.7	26	78	7	217	30	11	20	37	1.88
95119229--95119620	53	7.3	53	81	5	416	30	11	20	37	1.88
95119256--95119621	80	4.6	80	85	3	443	30	11	19	37	1.87
95132046--95132174	25	5.2	25	67	18	63	34	20	20	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95132118--95132186	26	2.7	25	75	6	66	34	21	23	20	1.96
95132290--95132340	25	2.0	25	81	7	59	31	15	31	21	1.95
95141000--95141247	40	5.9	40	69	16	155	22	22	28	25	1.99
95141058--95141160	51	2.0	52	86	1	145	18	23	30	28	1.98
95141110--95141235	39	3.2	39	93	1	207	23	19	27	28	1.99
95141113--95141258	79	1.9	78	83	1	193	24	19	26	29	1.98
95149082--95149266	40	4.6	39	89	4	248	23	23	27	25	2.00
95155478--95155509	8	4.0	8	91	0	55	46	25	25	3	1.67
95155756--95155819	28	2.3	28	91	0	101	31	28	7	32	1.85
95155925--95156014	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
95155925--95156039	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
95156478--95156516	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
95159799--95160058	40	6.6	40	82	6	298	25	25	23	25	2.00
95159799--95160050	120	2.1	117	86	5	355	25	25	23	25	2.00
95167880--95168089	40	5.5	37	79	10	196	24	26	23	25	2.00
95167880--95168065	78	2.4	75	83	8	216	24	27	23	25	2.00
95181787--95181964	27	6.6	27	81	3	169	29	28	15	26	1.96
95188990--95189219	40	5.7	38	77	12	203	23	23	27	25	2.00
95189110--95189219	39	2.8	39	91	2	177	25	20	26	27	1.99
95188990--95189219	124	1.8	126	85	3	322	23	23	27	25	2.00
95197007--95197205	40	4.7	40	73	18	136	23	22	29	25	1.99
95197064--95197165	51	2.0	52	90	1	161	20	20	30	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95197139--95197216	40	2.0	40	86	0	111	26	20	28	24	1.99
95197521--95197558	19	2.0	19	100	0	76	52	15	5	26	1.64
95204062--95204113	25	2.1	24	82	10	61	38	9	23	28	1.86
95211124--95211206	28	3.0	28	89	0	121	28	14	27	28	1.95
95223149--95223212	32	2.0	33	82	14	80	73	0	12	14	1.10
95224271--95224312	16	2.6	16	82	10	50	42	2	2	52	1.27
95230908--95230962	27	2.0	28	83	16	71	45	12	1	40	1.53
95230924--95230982	21	2.8	20	73	12	57	50	10	0	38	1.36
95234615--95234667	16	3.4	16	76	19	51	47	1	0	50	1.12
95236640--95236735	47	2.0	47	89	0	147	18	18	22	39	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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