genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17634444--17634490	16	2.9	16	81	6	51	36	0	2	61	1.08
17647513--17647552	20	2.0	20	100	0	80	25	5	30	40	1.77
17650280--17650312	7	4.7	7	92	0	57	69	0	0	30	0.88
17660306--17660346	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
17663202--17663266	27	2.4	27	78	0	76	30	29	13	26	1.94
17667099--17667211	43	2.7	43	78	12	135	27	18	24	29	1.98
17671617--17671698	43	1.9	43	97	0	155	34	8	12	45	1.72
17674382--17674509	38	3.3	38	84	2	157	35	25	19	19	1.95
17678150--17678341	29	6.6	30	68	13	123	29	29	18	22	1.98
17678115--17678341	58	3.9	58	90	0	366	29	29	19	22	1.98
17678495--17678596	43	2.3	43	89	1	150	31	30	24	13	1.94
17678557--17678613	28	2.0	28	96	0	105	35	31	21	12	1.90
17678514--17678656	71	2.0	71	95	0	259	32	32	23	11	1.90
17683984--17684156	43	4.0	43	77	11	176	33	27	17	21	1.96
17686019--17686064	15	3.2	15	76	17	53	54	0	10	34	1.36
17695343--17695372	12	2.5	12	100	0	60	20	0	26	53	1.46
17701599--17701775	46	3.8	45	78	10	196	22	19	29	29	1.98
17701596--17701767	93	1.8	93	91	2	283	21	19	30	28	1.98
17705997--17706028	8	4.0	8	91	0	55	46	25	25	3	1.67
17706272--17706339	28	2.4	28	92	0	109	33	27	7	30	1.84
17706445--17706534	28	3.2	26	80	10	99	20	23	24	32	1.98
17706445--17706534	27	3.2	28	81	7	112	20	23	24	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17708747--17708922	48	3.7	48	90	1	257	35	27	17	18	1.94
17713083--17713195	42	2.7	43	80	2	129	25	14	25	34	1.94
17745730--17745773	20	2.2	20	87	4	61	2	27	18	52	1.57
17750431--17750465	15	2.2	16	95	5	63	28	17	22	31	1.96
17751434--17751479	19	2.4	19	85	0	65	28	6	23	41	1.79
17754487--17754550	30	2.1	30	94	0	110	35	15	17	31	1.91
17757059--17757152	44	2.2	41	87	9	127	25	17	23	34	1.96
17763578--17763615	13	2.9	13	88	0	58	28	2	23	44	1.67
17764762--17764871	43	2.6	43	78	9	127	26	19	24	30	1.98
17768241--17768282	6	7.0	6	94	0	75	16	19	0	64	1.30
17768233--17768282	18	2.7	18	90	3	82	16	22	0	62	1.33
17773433--17773486	27	2.0	27	96	0	99	24	9	3	62	1.41
17775933--17776075	77	1.9	77	85	2	198	20	18	25	34	1.96
17790574--17790604	16	2.0	16	93	6	55	51	19	0	29	1.47
17792399--17792423	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
17796793--17796900	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
17803843--17803950	26	4.2	26	91	0	180	37	24	6	32	1.81
17808827--17809089	40	6.6	40	87	3	316	24	20	27	27	1.99
17816771--17817033	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
17816810--17817068	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
17835289--17835637	86	4.1	86	91	0	520	26	22	24	26	2.00
17835343--17835476	42	3.1	42	61	19	96	26	25	23	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17835585--17836539	136	7.1	136	97	1	1760	27	19	22	29	1.98
17836441--17836634	95	2.0	95	93	2	327	30	19	22	28	1.98
17836305--17836722	229	1.8	230	93	2	723	28	19	22	29	1.98
17836747--17837176	44	9.8	44	73	6	300	28	17	24	29	1.97
17836747--17837157	132	3.1	132	95	0	698	28	17	25	28	1.97
17839522--17839555	15	2.3	15	89	0	50	17	14	8	58	1.61
17843092--17843170	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
17845382--17845414	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
17848262--17848292	8	3.9	8	100	0	62	38	0	9	51	1.35
17858471--17858585	60	1.9	61	92	1	196	42	12	19	26	1.86
17869138--17869183	20	2.3	20	78	10	51	19	4	8	67	1.35
17871303--17871413	47	2.4	46	85	8	154	25	15	23	36	1.94
17888139--17888178	17	2.3	17	86	4	53	65	7	2	25	1.32
17891847--17891885	17	2.4	16	84	16	53	41	2	7	48	1.45
17893764--17893798	6	5.8	6	96	0	61	54	14	17	14	1.72
17897501--17897685	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
17897502--17897685	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
17897554--17897718	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
17900976--17901049	37	2.0	37	94	2	132	52	13	17	16	1.74
17901102--17901138	14	2.6	15	79	12	51	18	0	24	56	1.41
17913004--17913082	34	2.3	34	88	0	131	27	21	20	30	1.98
17913004--17913082	17	4.6	17	85	0	113	27	21	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17913897--17913938	22	1.9	22	85	9	59	21	11	23	42	1.86
17914234--17914302	27	2.4	29	80	4	79	24	15	31	27	1.96
17914863--17914971	54	2.0	54	96	0	200	33	29	12	23	1.92
17917908--17918021	56	2.0	56	100	0	228	45	14	10	29	1.78
17918181--17918211	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
17923228--17923306	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
17923425--17923600	47	3.7	47	88	1	237	27	31	9	31	1.88
17936484--17936625	39	3.6	39	81	3	144	25	28	21	23	1.99
17940771--17940935	46	3.5	46	81	8	167	28	18	29	24	1.98
17943492--17943530	19	2.0	21	90	10	64	10	38	28	23	1.87
17944900--17945007	26	4.2	26	91	4	182	34	7	23	35	1.83
17946621--17946761	27	5.2	26	84	6	183	17	24	23	34	1.96
17946621--17946761	54	2.6	53	93	2	228	17	24	23	34	1.96
17946621--17946778	27	5.9	26	83	7	147	18	24	21	34	1.96
17951921--17952028	26	4.2	26	91	0	171	34	7	22	36	1.82
17953649--17953789	27	5.2	27	84	8	171	17	22	24	35	1.95
17953649--17953807	54	3.0	53	88	2	221	18	23	22	35	1.96
17953649--17953807	27	5.9	27	79	16	145	18	23	22	35	1.96
17955775--17955805	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
17961589--17961693	37	2.9	37	91	2	169	24	21	17	36	1.95
17961657--17961873	52	4.2	52	84	8	284	27	22	14	35	1.93
17961707--17961879	46	3.7	46	84	9	231	28	22	14	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17961656--17961879	98	2.3	98	92	0	367	28	22	14	34	1.93
17965003--17965206	49	4.0	50	83	10	241	32	29	13	24	1.94
17965087--17965205	58	2.0	59	98	1	231	31	31	13	23	1.93
17965096--17965186	28	3.2	28	66	22	80	27	31	15	25	1.95
17966461--17966565	37	2.9	37	91	2	169	24	21	17	36	1.95
17966529--17966745	52	4.2	52	84	8	284	27	22	14	35	1.93
17966579--17966751	46	3.7	46	84	9	231	28	22	14	34	1.93
17966528--17966751	98	2.3	98	92	0	367	28	22	14	34	1.93
17976081--17976164	5	15.4	5	72	15	60	15	5	4	73	1.19
17984722--17984769	20	2.4	20	85	0	60	22	25	14	37	1.92
17984685--17984808	60	2.1	60	81	3	142	21	22	16	38	1.93
18002440--18002492	25	2.1	25	96	0	97	58	11	13	16	1.63
18007302--18007486	46	3.7	51	74	13	170	34	21	14	29	1.93
18007986--18008024	21	1.9	20	89	5	60	46	23	2	28	1.65
18008482--18010173	565	3.0	564	96	0	3058	23	20	13	42	1.87
18011207--18011240	18	1.9	18	94	5	61	20	44	23	11	1.84
18019699--18019741	8	5.0	9	83	11	63	32	9	0	58	1.30
18019664--18019741	17	4.7	16	79	16	88	34	8	1	55	1.40
18024117--18024154	16	2.3	17	82	17	53	10	5	5	78	1.06
18027439--18027584	48	3.0	47	90	4	220	26	25	18	29	1.98
18027881--18027970	44	2.0	44	100	0	180	34	24	8	32	1.86
18043202--18043238	12	3.2	12	96	3	67	54	16	13	16	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18046483--18046803	160	2.0	160	99	0	633	24	9	31	34	1.87
18048015--18048145	64	2.0	65	92	1	219	41	12	12	32	1.82
18050220--18050244	13	1.9	13	100	0	50	84	0	0	16	0.63
18050504--18050541	18	2.2	18	90	9	62	21	5	2	71	1.19
18054676--18054702	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
18060957--18061037	42	1.9	42	87	5	119	28	1	2	67	1.11
18063922--18063971	22	2.2	23	89	3	75	36	6	16	42	1.72
18068524--18068568	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
18071210--18071257	25	1.9	25	95	0	87	43	18	18	18	1.88
18074779--18074843	30	2.2	29	88	2	94	38	1	0	60	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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