Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
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          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
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          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
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This is table  244  of  333  ( 39894 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
80374720--80375140
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0
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1.89
80375029--80375104
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1.93
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3.1
37
89
0
167
20
20
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210
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18
21
30
1.97
80377541--80379062
631
2.4
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2
2481
29
18
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30
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2.1
85
98
0
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26
1.85
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13.6
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2
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29
29
1.87
80381541--80382184
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6.8
96
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2
1047
32
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29
1.87
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2.3
46
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4
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2.1
54
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239
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1.98
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3.3
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10
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5
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32
1.79
80403065--80403249
47
3.9
47
92
1
291
32
8
30
28
1.87
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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37
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1.9
132
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2.1
25
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1.78
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1.95
80430100--80430261
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44
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26
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1.93
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19
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28
6.2
28
73
12
130
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16
20
35
1.94
80454413--80454509
26
3.7
26
94
0
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22
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1.84
80460016--80460138
28
4.4
28
92
2
185
33
27
12
26
1.92
80479257--80479316
30
2.0
30
93
0
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13
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80480695--80480737
18
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19
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44
11
11
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1.77
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2.8
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83
2
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16
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1.84
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30
5.8
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0
278
25
48
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22
1.68
80496876--80497050
60
2.9
60
96
0
314
25
48
4
22
1.68
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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3
2
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25
2.7
25
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0
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4
1
58
1.27
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25
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7
3
57
1.42
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25
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31
6
5
55
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11
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32
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5
54
1.49
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31
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2
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1.16
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1
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22
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1.95
80507314--80507480
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1.38
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27
3.7
28
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77
32
5
3
57
1.41
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
80509292--80509347
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0
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33
0
0
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0
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0
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4.5
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417
32
15
19
32
1.93
80543941--80544082
72
2.0
73
91
1
232
21
15
23
38
1.92
80544078--80544272
71
2.7
72
83
3
232
31
14
21
31
1.94
80544074--80544272
72
2.8
70
81
4
227
31
14
21
33
1.93
80544292--80544326
14
2.5
14
95
0
61
17
14
8
60
1.58
80543941--80544677
232
3.1
233
79
11
672
27
16
21
34
1.95
80544307--80544468
73
2.2
74
89
2
245
24
17
22
35
1.95
80544146--80544642
161
3.0
162
85
5
628
27
16
21
34
1.95
80544456--80544483
14
2.0
14
100
0
56
14
21
7
57
1.61
80544471--80544677
76
2.7
77
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3
287
33
15
19
31
1.93
80545389--80545564
30
5.8
30
87
1
262
25
47
3
23
1.68
80545389--80545564
61
2.9
60
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1
298
25
47
3
23
1.68
80546099--80546211
53
2.2
53
80
6
124
35
3
2
58
1.29
80546135--80546219
16
5.2
17
72
16
65
35
3
1
60
1.22
80546152--80546207
25
2.3
24
87
3
76
33
3
0
62
1.12
80546234--80546319
25
3.6
25
80
7
83
31
6
5
55
1.50
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
80546236--80546326
23
3.9
24
75
11
73
32
6
5
54
1.49
80546450--80546497
16
3.1
15
90
6
69
31
2
2
64
1.16
80546450--80546501
8
6.5
8
82
8
61
30
1
1
65
1.14
80549193--80549232
20
2.0
20
100
0
80
15
0
40
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1.46
80549194--80549240
20
2.3
20
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0
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14
0
40
44
1.46
80549632--80549675
22
2.0
22
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4
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54
0
6
38
1.27
80553901--80553933
6
5.5
6
100
0
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0
15
0
0.61
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2.1
25
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7
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7
15
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1.35
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7.6
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12
220
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21
26
1.98
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20
22
25
1.98
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6.6
44
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13
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31
21
21
25
1.98
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25
2.1
25
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7
70
7
15
7
69
1.35
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18
2.2
18
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55
15
7
0
77
0.98
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2.0
19
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2.0
21
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62
2
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1.08
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40
4.6
40
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2
235
25
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26
2.00
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40
2.5
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104
34
36
12
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1.87
80592096--80592599
27
18.5
27
84
1
549
27
15
27
29
1.96
80592095--80592599
109
4.6
109
96
0
904
27
15
27
29
1.96
80594863--80594919
24
2.4
24
77
11
71
19
21
15
43
1.87
80594877--80594929
24
2.2
24
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3
70
20
18
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1.88
80596820--80596861
14
3.2
13
86
10
50
78
7
0
14
0.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
80599265--80599322
29
2.0
29
100
0
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0
31
1.39
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2.0
44
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8
115
31
13
28
26
1.94
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148
3.0
148
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0
735
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16
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25
1.96
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40
20.6
40
94
0
1409
24
27
19
28
1.98
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40
24.6
40
93
1
1623
24
27
19
28
1.98
80632486--80632663
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1.9
93
91
1
295
19
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19
2.0
19
100
0
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3.6
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24
25
24
26
2.00
80648534--80648563
14
2.1
14
100
0
60
13
13
43
30
1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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