genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10658358--10658387	14	2.1	14	100	0	60	30	26	13	30	1.94
10684376--10684566	92	2.0	97	82	12	238	27	11	16	43	1.83
10704822--10704991	40	4.3	40	85	0	207	24	30	21	23	1.99
10718701--10718727	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
10735773--10735855	27	3.1	27	91	0	121	31	18	21	28	1.97
10735837--10736030	27	7.2	27	84	4	169	40	21	8	29	1.82
10735818--10735932	54	2.1	53	82	4	140	41	20	8	28	1.82
10735837--10736355	54	9.6	54	81	6	221	33	21	7	37	1.82
10736010--10736365	27	13.2	26	84	5	374	29	21	7	41	1.80
10736010--10736365	54	6.6	54	86	3	434	29	21	7	41	1.80
10736868--10736977	31	3.5	31	76	7	109	19	18	13	49	1.80
10736868--10736977	6	17.8	6	71	15	73	19	18	13	49	1.80
10736890--10736989	37	2.7	37	84	0	137	20	19	12	49	1.79
10753365--10753445	27	3.0	26	78	7	72	34	22	22	20	1.97
10753461--10753512	27	2.0	26	88	3	77	34	23	26	15	1.94
10753392--10753531	67	2.1	68	87	2	201	30	23	27	18	1.98
10754163--10754307	27	5.4	27	89	3	195	25	21	18	34	1.96
10754192--10754307	53	2.2	54	93	1	198	25	21	17	35	1.95
10768857--10768901	23	2.0	23	100	0	90	22	17	17	42	1.89
10773622--10773731	26	4.2	26	96	0	175	34	5	24	35	1.79
10775095--10775169	26	2.8	26	83	4	78	34	21	12	32	1.90
10775270--10775381	54	2.1	54	84	3	145	16	22	21	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10775273--10775376	27	3.8	27	82	9	122	18	24	21	36	1.95
10775810--10775871	30	2.1	30	100	0	124	17	9	19	53	1.71
10777413--10777472	30	2.0	30	86	0	84	30	23	6	40	1.80
10779343--10779388	15	3.1	15	80	0	56	76	2	2	19	1.00
10781992--10782031	2	20.0	2	94	0	71	52	0	47	0	1.00
10782387--10782451	34	1.9	34	87	0	94	67	10	3	18	1.33
10782907--10782932	13	2.0	13	100	0	52	46	0	23	30	1.53
10787617--10787667	22	2.3	21	75	15	50	52	1	1	43	1.23
10789250--10789287	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
10791338--10791371	10	3.3	10	88	8	50	55	0	0	44	0.99
10796011--10796051	14	2.8	15	82	14	50	53	0	4	41	1.22
10796084--10796140	15	3.5	15	78	17	69	52	0	0	47	1.00
10796089--10796139	15	2.9	18	81	18	72	52	0	0	47	1.00
10804106--10804226	39	3.1	39	90	0	179	25	30	23	19	1.98
10810055--10810176	22	5.3	22	62	21	61	24	29	11	34	1.91
10810027--10810330	47	6.4	47	90	3	416	26	30	9	33	1.88
10816471--10816510	20	1.9	22	90	10	66	37	0	2	60	1.11
10816894--10816934	21	2.0	21	100	0	82	68	0	0	31	0.90
10817369--10817480	55	2.0	56	98	1	217	41	7	14	37	1.73
10828114--10828298	40	4.7	40	77	7	173	24	22	27	25	2.00
10828170--10828321	79	1.9	79	80	7	175	26	19	26	26	1.99
10836282--10836465	40	4.7	40	82	7	207	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10836335--10836498	79	2.1	78	82	7	190	26	21	27	25	1.99
10844109--10844186	38	2.1	38	95	0	138	21	23	32	23	1.98
10863161--10863284	39	3.2	40	87	2	128	26	30	20	21	1.98
10863179--10863304	39	3.2	39	88	0	171	29	29	18	23	1.97
10868871--10869006	59	2.3	59	83	10	161	25	25	20	27	1.99
10868870--10868970	28	3.5	27	72	17	78	24	28	20	25	1.99
10871232--10871256	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
10882493--10882601	12	9.1	12	70	16	59	33	3	1	60	1.25
10882493--10882602	20	5.5	18	70	23	71	33	3	1	60	1.24
10882565--10882610	21	2.2	21	85	14	60	30	6	4	58	1.43
10894665--10895212	220	2.5	220	90	1	812	31	16	22	28	1.96
10896669--10896702	12	2.8	12	90	0	50	29	2	0	67	1.05
10896979--10897087	12	9.1	12	73	14	59	34	3	1	59	1.26
10897004--10897056	28	1.9	28	85	11	74	33	3	1	60	1.26
10897009--10897067	28	2.1	27	81	12	66	33	6	1	57	1.35
10896979--10897088	20	5.5	18	70	23	71	34	3	1	60	1.25
10897051--10897096	21	2.2	21	85	14	60	30	6	4	58	1.43
10897143--10897214	26	2.7	27	74	6	76	34	2	2	59	1.26
10898860--10898898	14	2.7	14	84	4	51	35	0	0	64	0.94
10904410--10904452	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
10909110--10909175	30	2.2	29	94	2	114	33	3	6	57	1.38
10910426--10910462	14	2.4	16	86	8	51	13	0	21	64	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10910428--10910469	22	1.9	22	85	9	59	14	2	19	64	1.39
10915057--10915084	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
10915678--10915793	43	2.7	42	84	5	135	30	25	18	26	1.98
10922111--10922328	47	4.7	47	71	19	154	28	18	29	23	1.98
10922148--10922330	47	3.9	48	82	6	205	28	18	30	22	1.98
10922107--10922289	94	2.0	93	86	3	260	27	18	30	23	1.98
10922111--10922328	94	2.3	94	83	5	253	28	18	29	23	1.98
10935015--10935039	13	1.9	13	100	0	50	20	40	24	16	1.91
10940051--10940124	30	2.5	30	95	0	139	20	29	29	20	1.97
10943626--10943655	16	1.9	15	93	6	51	60	3	20	16	1.50
10946250--10946279	15	2.0	15	100	0	60	33	13	40	13	1.83
10950399--10950455	6	9.5	6	76	14	55	77	0	3	19	0.92
10966022--10966189	46	3.6	45	78	15	173	27	20	29	22	1.98
10966019--10966285	47	5.7	46	77	10	213	28	18	28	24	1.98
10972364--10972389	8	3.2	8	100	0	52	0	11	0	88	0.52
10972899--10972931	16	2.1	16	88	5	50	30	0	0	69	0.88
10987565--10987638	26	2.9	26	83	2	87	35	17	5	41	1.72
10989162--10989213	26	2.0	26	100	0	104	26	15	26	30	1.96
10989201--10989274	38	1.9	38	83	0	94	25	13	27	33	1.93
10989832--10990197	180	2.0	180	89	2	565	33	19	9	37	1.84
10990787--10991220	50	8.6	50	78	4	390	31	25	16	26	1.96
10990785--10991216	151	2.8	151	85	1	578	31	26	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10990991--10991219	101	2.3	102	85	0	307	32	27	14	24	1.95
10992450--10992550	38	2.6	37	76	6	103	26	15	24	32	1.96
10993232--10993334	50	2.0	51	98	1	199	31	7	21	39	1.81
10994075--10994137	30	2.0	32	84	6	85	7	30	4	57	1.48
10994635--10994666	11	2.8	12	81	18	50	78	0	21	0	0.76
11007692--11007749	28	2.1	27	87	9	82	32	6	6	53	1.54
11007875--11008028	46	3.3	46	81	0	173	37	14	25	22	1.92
11012106--11012148	19	2.2	20	91	4	70	48	30	9	11	1.71
11022048--11022073	6	4.3	6	100	0	52	0	15	0	84	0.62
11031796--11031843	25	1.9	25	83	8	62	35	4	14	45	1.64
11032413--11032446	15	2.3	15	90	10	52	35	14	26	23	1.94
11034862--11034937	31	2.5	31	84	4	82	43	5	2	48	1.39
11038209--11038251	15	2.7	16	78	10	52	46	0	0	53	1.00
11038349--11038395	23	2.0	23	88	8	69	53	0	2	44	1.12
11040141--11040169	3	9.7	3	100	0	58	31	34	0	34	1.58
11042729--11042804	32	2.7	26	71	24	64	51	1	2	44	1.23
11042736--11042803	32	2.1	32	88	0	100	54	0	2	42	1.15
11045612--11045746	17	7.6	17	84	6	162	35	14	11	38	1.82
11045612--11045754	35	4.0	35	88	6	189	35	15	10	38	1.82
11045612--11045754	52	2.7	54	86	5	209	35	15	10	38	1.82
11045605--11045766	35	4.6	36	83	11	178	35	14	10	38	1.81
11046146--11047273	207	5.5	207	95	0	1990	29	23	18	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11047405--11047606	87	2.4	84	86	6	291	21	21	25	32	1.98
11047453--11047595	43	3.3	43	72	11	148	23	19	23	33	1.97
11055189--11055219	16	1.9	16	100	0	62	32	19	3	45	1.66
11062225--11062264	19	2.1	19	100	0	80	30	17	10	42	1.82
11062313--11062393	42	1.9	42	82	0	99	44	19	20	14	1.86
11064291--11064371	42	1.9	42	84	0	108	43	19	23	13	1.87
11064290--11064381	42	2.2	41	80	5	103	42	20	22	14	1.88
11068054--11068105	27	1.9	27	92	7	88	51	1	0	46	1.12
11071513--11071555	18	2.4	18	84	3	52	34	0	0	65	0.93
11071567--11071655	19	4.8	19	66	25	66	32	2	2	62	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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