genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.241.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79419384--79419504	54	2.2	54	82	0	152	26	20	14	38	1.92
79420334--79420756	54	7.8	54	80	2	393	26	20	14	38	1.91
79420335--79420999	54	12.3	54	74	6	285	25	19	16	38	1.92
79420334--79420999	108	6.2	108	76	3	471	25	19	16	38	1.92
79426749--79426793	22	2.0	22	86	0	63	48	13	2	35	1.54
79431343--79431387	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
79433872--79433898	8	3.4	8	100	0	54	55	0	0	44	0.99
79434821--79434854	12	2.6	14	86	13	54	32	0	0	67	0.91
79434946--79434985	19	2.1	19	90	0	62	62	7	2	27	1.35
79439057--79439108	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
79440077--79440102	10	2.6	10	100	0	52	76	7	0	15	0.99
79441335--79441497	58	3.2	48	70	16	148	30	4	4	60	1.37
79441358--79441542	58	3.4	56	73	15	199	32	3	4	58	1.37
79441321--79441588	105	2.5	105	93	3	441	31	3	5	59	1.37
79441444--79441554	58	1.9	58	83	3	143	30	3	5	60	1.36
79447751--79447776	13	2.0	13	100	0	52	69	0	15	15	1.20
79450271--79450876	196	3.0	197	82	6	615	28	17	18	35	1.94
79451126--79451160	18	1.9	18	94	0	61	11	22	5	60	1.52
79457238--79457275	18	2.1	18	85	9	51	52	5	26	15	1.64
79463321--79463366	23	2.0	22	84	12	58	52	2	0	45	1.13
79464808--79464873	23	2.9	22	93	0	105	37	1	10	50	1.47
79464809--79464873	13	5.5	13	70	20	61	38	1	10	49	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79467777--79468136	47	7.7	45	75	10	251	26	20	30	22	1.98
79467780--79468136	94	3.8	93	78	10	345	27	19	29	22	1.98
79467777--79468136	141	2.6	141	79	9	396	26	20	30	22	1.98
79481547--79481609	30	2.1	30	87	0	90	34	12	23	28	1.92
79481949--79482310	47	7.7	46	69	13	197	27	20	29	22	1.99
79481949--79482161	93	2.3	93	82	5	259	27	21	28	22	1.99
79484480--79484520	21	2.0	21	90	0	64	51	24	9	14	1.72
79489812--79489917	50	2.1	50	96	0	194	31	17	15	35	1.91
79493178--79493222	22	2.0	22	86	0	63	13	24	24	37	1.91
79493201--79493242	19	2.2	19	86	0	57	11	30	23	33	1.91
79500597--79500753	66	2.4	66	84	2	208	28	26	25	20	1.99
79505075--79505114	19	2.1	19	85	0	53	52	0	10	37	1.35
79505211--79505250	3	13.3	3	89	0	53	42	0	0	57	0.98
79505204--79505250	15	3.2	15	93	3	78	44	0	0	55	0.99
79505214--79505248	12	2.9	12	95	0	61	42	0	0	57	0.99
79511819--79511861	13	3.5	13	78	18	56	34	2	16	46	1.60
79511817--79511863	23	2.0	23	95	0	85	36	2	17	44	1.60
79512763--79512830	28	2.3	29	92	5	111	19	11	1	67	1.29
79518529--79518563	16	2.2	16	100	0	70	48	20	5	25	1.71
79521045--79521099	25	2.2	25	87	12	78	54	0	1	43	1.10
79521817--79521876	11	5.2	11	72	23	52	61	1	1	35	1.16
79533897--79533939	18	2.4	18	80	3	61	20	44	20	13	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79541941--79541966	13	2.0	13	100	0	52	30	7	30	30	1.85
79558344--79558386	17	2.6	17	82	10	54	34	0	4	60	1.17
79558385--79558436	18	2.9	18	74	8	61	53	0	1	44	1.11
79558828--79558873	21	2.1	23	88	8	69	32	0	4	63	1.14
79568775--79568857	42	2.0	42	97	0	157	39	18	4	37	1.72
79571249--79571274	10	2.6	10	100	0	52	19	19	0	61	1.35
79572264--79572311	22	2.2	22	92	0	78	39	18	22	18	1.92
79577936--79577995	6	10.7	6	80	5	56	83	3	0	13	0.77
79577947--79577998	1	52.0	1	76	0	50	88	3	0	7	0.62
79577936--79577999	33	1.9	33	90	0	101	82	4	0	12	0.81
79578257--79578327	35	2.0	36	94	2	126	39	11	12	36	1.79
79578249--79578339	19	4.9	19	88	8	143	38	9	14	37	1.79
79578626--79578659	18	1.9	17	88	5	50	29	0	0	70	0.87
79583340--79583418	37	2.1	37	85	0	104	26	29	18	25	1.98
79583536--79583805	47	5.7	47	96	1	477	29	31	9	30	1.88
79586202--79586756	47	11.7	47	91	4	832	33	8	29	28	1.86
79586202--79586756	96	5.9	96	92	3	930	33	8	29	28	1.86
79586371--79586442	22	3.3	22	67	18	60	30	11	33	25	1.90
79596546--79596840	78	3.8	78	88	2	441	32	19	23	24	1.97
79596863--79597054	45	4.3	46	82	7	223	33	13	27	25	1.93
79596852--79597054	90	2.3	90	86	4	268	33	14	27	24	1.94
79597405--79597493	35	2.4	37	90	9	146	37	11	14	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79597405--79597493	19	4.8	19	91	8	157	37	11	14	37	1.82
79597405--79597504	19	5.2	22	89	10	95	39	10	15	36	1.80
79597785--79597818	18	1.9	17	88	5	50	29	0	0	70	0.87
79610517--79610679	81	2.0	81	96	0	299	47	16	9	26	1.76
79613469--79613642	95	1.8	94	86	1	249	26	18	30	24	1.98
79613514--79613692	47	3.8	46	74	12	150	27	18	29	24	1.98
79613518--79613690	95	1.8	96	81	10	221	27	17	30	24	1.98
79615211--79615360	42	3.5	42	82	2	176	29	24	19	26	1.98
79620664--79620711	22	2.0	25	84	11	66	37	14	25	22	1.92
79626178--79626375	101	2.0	101	88	0	297	24	19	24	31	1.98
79629340--79629400	17	3.9	17	73	20	69	42	6	0	50	1.28
79629346--79629402	29	2.0	29	100	0	114	42	7	0	50	1.29
79640056--79640087	13	2.3	15	89	10	50	37	9	34	18	1.83
79642582--79642700	26	4.5	26	73	6	114	63	5	5	25	1.37
79642776--79642826	26	2.0	26	88	7	77	54	0	9	35	1.33
79642816--79642882	26	2.7	26	84	9	86	64	5	2	26	1.31
79645707--79645794	23	3.9	23	73	16	78	23	23	17	35	1.95
79664004--79664037	14	2.4	14	90	0	50	2	23	0	73	0.97
79666462--79666601	49	2.8	51	87	2	194	28	26	19	25	1.99
79666466--79666606	51	2.8	49	86	4	192	28	26	19	24	1.99
79672174--79672302	43	3.0	43	75	4	118	39	18	15	26	1.90
79675578--79675603	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79676087--79676264	27	6.6	27	82	3	196	27	15	27	29	1.96
79676088--79676243	82	1.9	81	86	3	224	27	15	27	29	1.96
79676084--79676264	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	29	1.96
79702792--79702837	23	2.0	23	100	0	92	56	17	8	17	1.65
79704073--79704129	24	2.4	23	82	8	69	49	35	0	15	1.45
79705644--79705709	23	2.9	22	78	20	73	33	3	3	60	1.27
79705711--79705763	26	1.9	29	85	11	76	26	11	3	58	1.49
79706044--79706068	10	2.5	10	100	0	50	40	0	8	52	1.31
79706017--79706062	23	2.0	23	84	16	60	32	0	8	58	1.28
79717703--79717894	40	4.8	39	82	5	251	26	28	20	23	1.99
79717703--79717894	80	2.4	80	92	0	332	26	28	20	23	1.99
79720972--79721087	43	2.7	42	84	9	146	44	14	25	15	1.84
79722005--79722040	14	2.6	14	95	0	63	27	13	2	55	1.52
79721949--79722444	89	5.7	89	77	13	440	27	18	19	34	1.95
79722038--79722274	77	2.9	77	81	10	221	27	19	20	33	1.96
79721871--79722616	166	4.4	166	79	11	714	28	16	19	35	1.94
79722196--79722678	259	1.9	252	84	6	648	28	16	19	35	1.93
79722286--79722588	170	1.8	166	87	5	448	29	14	20	35	1.92
79722509--79722717	90	2.3	89	83	7	251	25	15	18	39	1.91
79724263--79724353	6	15.3	6	75	7	53	28	3	3	64	1.25
79724263--79724353	9	10.2	9	71	10	53	28	3	3	64	1.25
79724642--79724706	22	3.0	21	76	17	69	33	3	6	56	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79724705--79724757	26	1.9	29	85	11	76	26	11	3	58	1.49
79725045--79725069	10	2.5	10	100	0	50	40	0	8	52	1.31
79725018--79725063	23	2.0	23	84	16	60	32	0	8	58	1.28
79728752--79728799	24	2.1	22	84	7	60	31	10	25	33	1.89
79736287--79736370	25	3.4	25	86	6	118	26	23	21	28	1.99
79736437--79736475	11	3.7	11	80	13	55	33	17	10	38	1.84
79736437--79736496	9	6.1	10	74	16	54	35	18	8	38	1.81
79736420--79736495	20	3.9	20	88	6	95	35	17	9	38	1.81
79744344--79744478	26	5.3	26	83	5	163	27	25	21	25	1.99
79744357--79744478	52	2.4	51	91	4	194	27	25	22	23	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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