genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9439054--9439173	33	3.6	33	80	6	91	30	10	44	15	1.79
9439021--9439173	66	2.3	66	81	6	166	28	11	45	15	1.80
9441316--9441526	51	4.2	51	93	0	352	33	12	21	32	1.91
9441316--9441529	102	2.1	101	96	0	392	33	12	21	32	1.91
9444886--9445069	60	3.1	60	94	0	323	54	10	0	33	1.39
9444946--9445036	27	3.1	27	65	22	67	56	10	1	31	1.42
9445359--9445399	21	2.0	21	85	0	55	29	12	41	17	1.85
9449626--9449669	19	2.4	19	88	7	65	36	0	2	61	1.09
9449626--9449669	18	2.4	18	88	7	63	36	0	2	61	1.09
9449763--9449847	13	6.6	13	69	20	54	34	2	9	54	1.46
9450086--9450221	18	7.6	18	87	5	195	38	11	13	36	1.80
9450078--9450221	35	4.0	37	87	8	197	39	10	13	36	1.79
9450086--9450221	53	2.5	54	93	2	238	38	11	13	36	1.80
9450700--9450766	17	3.9	17	77	16	75	35	1	0	62	1.04
9450743--9450792	26	1.9	26	83	0	64	36	4	0	60	1.16
9453322--9453364	9	4.8	9	94	0	59	65	4	2	27	1.25
9453298--9453355	3	18.7	3	79	13	64	63	1	0	34	1.04
9453571--9453755	3	59.7	3	68	20	71	62	3	5	28	1.35
9453565--9453595	16	1.9	16	93	0	53	61	6	6	25	1.45
9453711--9453747	19	1.9	19	94	0	65	62	5	5	27	1.39
9455057--9455233	1	177.0	1	97	0	336	0	1	0	98	0.09
9471155--9471307	75	2.0	75	83	5	193	27	9	18	43	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9471499--9472240	37	20.3	38	76	8	469	26	21	14	37	1.92
9471499--9472048	107	5.1	108	77	9	352	26	20	14	37	1.92
9471499--9472244	73	10.2	71	76	10	605	26	21	14	37	1.91
9471499--9472244	111	6.8	109	76	9	594	26	21	14	37	1.91
9474623--9474662	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
9478334--9478462	40	3.2	40	92	4	213	24	20	23	31	1.98
9478335--9478462	42	3.1	42	94	2	215	24	20	23	32	1.98
9482929--9483085	61	2.6	61	83	2	183	42	13	2	42	1.57
9490519--9490615	25	4.0	24	71	12	72	35	22	24	17	1.95
9490584--9490658	26	2.9	26	78	4	80	36	22	22	18	1.95
9495143--9495181	21	1.9	20	84	5	51	46	2	7	43	1.46
9495600--9495624	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
9495649--9495689	6	6.5	6	83	10	55	78	2	0	19	0.87
9495641--9495684	20	2.1	21	91	4	72	70	2	0	27	0.99
9495652--9495690	20	2.0	20	89	0	60	76	2	0	20	0.90
9495710--9495777	9	7.6	9	88	0	91	25	7	22	45	1.77
9501976--9502067	40	2.3	40	79	3	107	39	34	10	15	1.82
9505360--9505404	20	2.3	19	88	7	72	40	0	13	46	1.43
9505367--9505408	20	2.1	20	100	0	84	33	0	16	50	1.46
9505910--9506023	25	4.6	26	78	10	98	22	28	16	31	1.96
9505933--9506045	25	4.5	25	76	9	88	23	29	19	28	1.98
9507053--9507126	30	2.5	30	93	0	121	21	22	33	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9507076--9507121	13	3.1	15	71	22	51	17	21	36	23	1.94
9507078--9507126	17	3.1	17	69	22	52	22	24	32	20	1.98
9508392--9508598	53	3.8	54	78	1	218	19	23	18	38	1.93
9511404--9511461	28	2.1	28	87	12	86	37	8	0	53	1.32
9511554--9511620	26	2.6	27	81	11	77	32	7	1	58	1.35
9515055--9515085	12	2.7	12	95	5	55	29	0	0	70	0.87
9515194--9515256	10	6.8	9	82	12	74	30	1	1	66	1.10
9515188--9515294	28	3.7	27	75	17	90	34	0	0	63	1.07
9515194--9515286	20	4.8	19	75	18	77	33	1	1	64	1.08
9515194--9515286	10	9.5	10	73	21	56	33	1	1	64	1.08
9515246--9515281	13	2.8	13	87	4	56	44	0	0	55	0.99
9515188--9515294	9	11.0	9	73	18	58	34	0	0	63	1.07
9516411--9516449	3	13.0	3	88	0	51	28	35	5	30	1.79
9517841--9518078	72	3.3	71	91	2	354	54	15	6	23	1.65
9519461--9519522	22	2.7	23	76	14	65	51	4	6	37	1.49
9526347--9526501	77	2.0	77	93	0	265	29	23	12	34	1.92
9527955--9527993	15	2.5	16	83	4	53	33	2	0	64	1.08
9528075--9528141	34	1.9	34	84	3	89	65	8	4	20	1.38
9530679--9530716	13	3.0	13	88	3	51	34	0	0	65	0.93
9537232--9537267	19	1.9	19	88	5	56	41	16	2	38	1.63
9537298--9537374	22	3.4	22	68	16	66	58	0	5	36	1.21
9538044--9538101	31	1.9	30	89	10	91	39	17	12	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9545917--9545953	2	18.5	2	100	0	74	48	0	51	0	1.00
9557987--9558128	26	5.3	26	75	10	99	29	6	5	58	1.46
9558137--9558199	22	2.8	21	79	13	56	26	0	3	69	1.03
9561863--9561905	19	2.2	20	83	4	52	30	20	4	44	1.72
9569916--9570391	133	3.6	133	84	4	568	29	18	24	27	1.98
9569966--9570348	89	4.3	88	71	10	235	28	18	24	27	1.98
9569919--9570357	44	9.9	44	74	6	318	29	18	24	27	1.98
9571965--9572012	21	2.2	21	85	10	62	35	4	4	56	1.38
9571926--9572125	26	7.7	26	69	14	83	29	9	5	56	1.51
9572135--9572188	24	2.2	25	78	21	62	31	1	1	64	1.14
9574862--9574886	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
9579270--9579305	19	1.9	18	88	5	54	41	0	0	58	0.98
9579980--9580014	15	2.3	15	100	0	70	48	5	0	45	1.26
9583766--9583808	21	2.0	22	82	13	54	55	4	2	37	1.33
9584076--9584126	26	2.0	26	100	0	102	37	15	15	31	1.89
9587642--9587887	49	5.0	49	81	3	285	28	27	18	25	1.98
9587644--9587887	100	2.5	99	85	2	328	28	27	18	25	1.98
9599333--9599547	3	70.3	3	75	18	153	62	3	2	30	1.27
9600412--9600437	8	3.2	8	100	0	52	88	0	0	11	0.52
9600548--9600607	29	2.0	30	90	6	95	48	25	8	18	1.75
9608430--9608459	12	2.5	12	94	0	51	26	10	23	40	1.86
9609906--9609939	17	1.9	18	94	5	61	38	5	2	52	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9610479--9610529	26	2.0	26	100	0	102	29	23	3	43	1.72
9613215--9613330	56	2.1	56	96	0	214	46	9	21	22	1.80
9614461--9614683	78	2.8	80	82	8	269	24	21	28	25	1.99
9614461--9614683	40	5.7	40	84	7	278	24	21	28	25	1.99
9621109--9621228	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
9622364--9622614	79	3.2	78	82	7	267	26	21	26	25	1.99
9622357--9622581	40	5.7	40	85	5	287	24	22	27	25	2.00
9636555--9636674	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
9637840--9638058	79	2.8	79	85	5	266	26	21	27	25	1.99
9637801--9638025	40	5.7	40	85	5	278	24	21	27	25	1.99
9640638--9640868	97	2.4	97	82	0	275	35	14	21	29	1.93
9640638--9640868	48	4.8	48	79	1	228	35	14	21	29	1.93
9640904--9640942	17	2.3	17	100	0	78	43	20	12	23	1.86
9653686--9653760	15	5.0	15	80	11	75	10	14	16	58	1.62
9657660--9657778	60	2.0	60	96	0	220	27	12	14	45	1.81
9658303--9658359	6	9.7	6	78	3	53	71	3	5	19	1.19
9694297--9694384	27	3.3	26	79	6	77	40	15	9	34	1.79
9694366--9694401	18	2.0	18	88	0	54	52	19	2	25	1.59
9694398--9694608	27	7.8	27	83	2	226	28	25	7	38	1.83
9694398--9694608	81	2.6	81	84	3	264	28	25	7	38	1.83
9694533--9694809	27	10.2	27	78	8	134	37	20	8	33	1.82
9694533--9694726	54	3.6	53	80	6	151	36	21	7	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9694560--9694754	81	2.4	80	77	8	187	37	20	8	33	1.82
9694587--9694809	54	4.1	53	78	8	191	39	19	8	31	1.82
9694602--9694756	81	1.9	81	83	7	199	40	19	9	31	1.83
9694600--9694817	27	8.0	27	77	9	165	39	18	9	32	1.83
9694857--9694934	27	2.9	27	74	11	79	35	20	20	23	1.96
9696094--9696141	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
9696180--9696236	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
9696178--9696248	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
9696189--9696243	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
9696295--9696438	25	5.9	25	94	2	240	27	20	23	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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