genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.222.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73199142--73199396	55	4.8	54	78	8	233	22	25	16	34	1.95
73204065--73204105	22	1.9	22	90	5	66	9	36	29	24	1.87
73225616--73225695	40	2.0	40	100	0	160	27	15	27	30	1.96
73233616--73233803	40	4.7	40	90	1	279	24	20	28	27	1.99
73233616--73233842	80	2.8	80	84	4	289	25	19	27	27	1.99
73248557--73249149	106	5.6	106	84	1	679	33	17	14	35	1.90
73251765--73251943	28	6.5	28	93	3	276	25	14	29	30	1.95
73251765--73251943	83	2.2	81	91	2	286	25	14	29	30	1.95
73259941--73260121	28	6.5	28	91	1	267	25	13	29	32	1.93
73259916--73260121	84	2.5	83	87	2	288	24	13	29	32	1.93
73270850--73270949	44	2.3	42	83	8	121	26	19	23	32	1.97
73272258--73272362	53	2.0	53	81	7	124	37	18	24	20	1.94
73274142--73274321	28	6.5	28	92	2	276	26	14	27	31	1.95
73274142--73274321	55	3.3	54	88	6	263	26	14	27	31	1.95
73274142--73274321	83	2.2	82	91	1	288	26	14	27	31	1.95
73282296--73282475	28	6.5	28	94	2	294	26	13	28	31	1.94
73282296--73282475	55	3.3	55	94	1	299	26	13	28	31	1.94
73282296--73282475	83	2.2	82	93	1	306	26	13	28	31	1.94
73290445--73290733	47	6.1	47	87	3	362	32	10	30	26	1.90
73290555--73290626	22	3.0	25	62	25	64	29	11	31	27	1.91
73290707--73290843	46	3.0	46	89	0	202	34	8	31	25	1.86
73292282--73292692	40	10.3	40	96	0	750	25	19	26	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73292724--73292834	57	1.9	57	83	3	143	22	19	29	27	1.98
73296369--73296657	47	6.1	47	87	3	362	32	10	29	26	1.90
73296479--73296550	22	3.0	25	62	25	64	29	11	31	27	1.91
73296631--73296767	46	3.0	46	89	0	202	34	8	31	25	1.86
73297954--73298070	49	2.4	49	84	7	139	28	22	26	23	1.99
73299280--73299319	21	2.0	21	85	5	55	15	40	25	20	1.90
73299645--73299684	21	2.0	21	85	5	55	15	40	25	20	1.90
73299032--73299763	365	2.0	366	99	0	1448	25	21	27	25	1.99
73308082--73308107	11	2.4	11	100	0	52	88	0	11	0	0.52
73315175--73315222	21	2.4	20	80	16	55	60	0	0	39	0.97
73316119--73316154	18	2.1	18	89	5	56	66	11	0	22	1.22
73316584--73316628	22	2.0	22	100	0	90	57	17	8	15	1.63
73317776--73318038	68	3.9	68	82	8	329	35	16	20	26	1.94
73323624--73323841	40	5.5	40	91	1	332	26	28	22	22	1.99
73329071--73329157	24	3.5	25	76	17	67	24	24	20	31	1.98
73329096--73329166	24	3.0	25	78	13	69	22	22	18	36	1.95
73331759--73331960	40	5.1	40	92	2	302	23	21	28	27	1.99
73339799--73339960	40	4.1	40	87	3	229	24	22	26	26	2.00
73343406--73344500	555	2.0	555	86	1	1534	34	12	18	33	1.89
73352303--73352524	68	3.3	68	78	7	215	36	15	20	27	1.93
73360031--73360132	46	2.2	46	81	10	111	22	25	20	31	1.98
73360059--73360226	46	3.7	44	73	17	121	23	28	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73361809--73361894	45	1.9	45	90	0	136	38	22	13	25	1.91
73367246--73367271	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
73367577--73367661	26	3.3	26	64	18	68	24	10	27	37	1.88
73367574--73367862	50	5.7	50	83	2	294	27	17	23	31	1.97
73367576--73367792	100	2.1	101	90	3	339	26	15	25	32	1.95
73367876--73367987	49	2.3	50	84	1	145	22	16	28	33	1.95
73368198--73368227	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
73372481--73372505	12	2.1	12	100	0	50	56	0	8	36	1.29
73373834--73373882	21	2.3	21	86	6	73	20	0	12	67	1.22
73381201--73381234	17	1.9	18	94	5	61	17	41	26	14	1.88
73396132--73396187	28	2.0	28	100	0	112	42	3	14	39	1.63
73398508--73398591	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
73401697--73401796	29	3.5	29	79	1	112	27	32	16	25	1.96
73403442--73403571	24	5.4	24	96	0	233	27	21	20	30	1.98
73403621--73403687	20	3.3	20	91	0	107	34	20	11	32	1.90
73403716--73403770	25	2.2	25	86	3	74	30	18	21	29	1.97
73403724--73403771	25	1.9	25	95	0	87	27	18	25	29	1.98
73405915--73405939	12	2.1	12	100	0	50	56	0	0	44	0.99
73405970--73406013	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
73406982--73407028	7	6.7	7	100	0	94	42	44	12	0	1.42
73411147--73411180	16	2.1	16	88	5	50	8	0	14	76	1.01
73417984--73418176	43	4.5	44	78	2	187	26	15	24	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73417983--73418176	86	2.3	86	82	1	237	26	14	24	33	1.95
73431720--73431753	18	1.9	18	88	5	52	11	26	44	17	1.83
73433437--73433475	20	2.0	19	85	5	51	41	10	10	38	1.73
73437782--73437859	39	2.0	39	100	0	156	23	20	20	35	1.96
73440472--73440536	19	3.2	20	67	16	62	33	18	33	13	1.90
73440435--73440553	40	2.9	41	89	2	177	31	19	28	20	1.97
73445271--73445343	38	1.9	38	91	0	119	35	21	9	32	1.86
73448586--73448791	40	5.2	40	87	4	292	23	21	27	28	1.99
73448577--73448791	80	2.7	80	92	3	337	24	20	26	27	1.99
73460041--73460076	18	2.0	18	94	0	63	44	13	11	30	1.79
73461401--73461624	23	9.7	23	88	4	296	29	25	24	20	1.99
73461401--73461624	46	4.9	46	93	2	353	29	25	24	20	1.99
73465043--73465095	24	2.2	24	100	0	106	43	20	3	32	1.70
73468577--73468702	49	2.6	49	83	3	155	23	26	19	29	1.99
73468739--73468935	48	4.2	47	75	8	188	22	26	18	31	1.97
73468739--73468935	94	2.1	93	83	2	252	22	26	18	31	1.97
73474515--73474987	40	11.8	40	90	2	698	25	29	21	23	1.99
73483366--73483878	40	12.8	40	90	2	751	25	29	21	23	1.99
73489477--73489655	94	1.9	95	85	1	252	24	27	18	29	1.98
73489476--73489650	48	3.7	46	80	5	181	24	27	19	28	1.99
73489473--73489695	94	2.4	93	80	3	250	23	27	19	29	1.98
73495049--73495080	16	2.0	16	93	0	55	56	28	0	15	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73496286--73496336	24	2.1	24	81	0	57	56	17	13	11	1.66
73496547--73496661	29	4.0	29	85	2	135	28	13	28	28	1.95
73499546--73499594	16	3.1	16	87	0	71	51	26	4	18	1.64
73501073--73501174	29	3.6	29	82	11	113	25	17	31	25	1.97
73504006--73504041	8	4.5	8	89	0	54	44	16	25	13	1.85
73504259--73504329	29	2.5	29	86	2	99	30	12	25	30	1.93
73511421--73511645	40	5.7	39	88	3	290	24	28	23	23	2.00
73511421--73511605	79	2.3	80	91	0	291	25	28	23	22	2.00
73514854--73514928	34	2.2	34	90	2	116	26	20	22	30	1.98
73523033--73523210	27	6.6	27	82	3	196	26	15	27	30	1.96
73523008--73523210	54	3.7	55	80	7	191	27	15	27	30	1.96
73523034--73523189	82	1.9	81	86	3	224	26	15	27	30	1.96
73523030--73523210	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	30	1.96
73540430--73540579	39	3.8	39	87	2	185	30	28	20	21	1.98
73540412--73540716	78	3.9	78	78	8	221	29	28	21	20	1.98
73540527--73540724	39	5.1	39	84	6	224	30	30	20	17	1.96
73540797--73540878	28	2.9	28	81	0	92	29	24	9	36	1.87
73546888--73547176	47	6.1	47	88	3	389	33	11	29	26	1.91
73547150--73547286	46	3.0	46	86	0	193	35	8	30	25	1.86
73547439--73547575	37	3.7	37	82	4	152	24	18	31	26	1.97
73547440--73547578	74	1.9	74	84	3	190	23	17	30	27	1.97
73551358--73551665	39	7.8	39	87	4	241	28	28	22	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73551473--73551670	39	5.1	39	89	6	269	28	31	22	16	1.96
73551743--73551824	28	2.9	28	81	0	92	29	24	9	36	1.87
73552756--73552789	13	2.4	14	90	9	52	20	5	0	73	1.04
73558506--73558539	17	2.0	17	100	0	68	35	11	41	11	1.78
73559014--73559217	40	5.1	40	83	4	245	23	22	27	26	1.99
73560966--73561280	47	6.7	46	79	9	266	23	30	19	26	1.98
73560966--73561280	141	2.2	140	83	7	379	23	30	19	26	1.98
73560966--73561284	94	3.4	92	78	10	324	23	30	19	26	1.98
73561999--73562023	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
73568672--73568855	40	4.6	40	83	6	230	25	23	26	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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