genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.233.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   

This is table  233  of  333  ( 39894 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76690108--76690548	96	4.8	94	87	6	600	29	29	8	32	1.86
76690108--76690550	143	3.2	142	89	6	659	29	29	8	32	1.86
76690445--76690501	16	3.4	16	70	29	55	33	26	3	36	1.74
76690433--76690505	35	2.1	35	97	0	137	30	27	5	36	1.79
76690384--76690548	82	2.0	83	92	2	278	30	27	7	34	1.84
76693667--76693790	39	3.2	39	87	0	176	39	21	23	15	1.91
76694373--76694471	49	2.0	49	100	0	198	49	8	18	24	1.74
76695653--76695837	40	4.7	40	81	5	198	25	22	27	24	2.00
76695653--76695837	79	2.3	81	83	7	218	25	22	27	24	2.00
76695706--76695870	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	24	1.99
76701639--76701758	56	2.1	56	95	0	222	45	8	23	22	1.79
76702934--76703118	40	4.6	39	83	5	196	24	22	27	24	2.00
76702931--76703118	79	2.4	81	83	8	233	25	22	27	25	2.00
76702987--76703151	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	24	1.99
76707275--76707351	31	2.5	31	93	0	127	18	35	31	15	1.92
76708739--76708913	46	3.8	46	76	13	196	29	29	20	20	1.98
76708746--76708917	93	1.8	93	93	0	299	28	29	20	20	1.98
76720245--76720354	49	2.3	47	81	6	114	28	21	25	24	1.99
76731381--76731622	48	5.0	48	94	0	421	35	6	27	30	1.82
76731763--76731865	37	2.8	37	90	0	161	25	19	30	25	1.98
76733131--76733236	48	2.2	48	91	0	167	33	27	4	33	1.78
76736757--76737299	47	11.5	47	94	1	906	33	7	29	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76741793--76741883	45	2.0	45	85	4	121	27	12	23	37	1.90
76751903--76751986	43	2.0	43	82	0	105	23	19	30	26	1.98
76755366--76755488	51	2.4	51	77	12	128	29	14	27	28	1.95
76758663--76758878	45	4.9	45	85	2	269	25	16	25	33	1.96
76758663--76758968	90	3.5	90	76	9	271	25	17	26	30	1.98
76758816--76758906	41	2.2	41	90	3	139	26	19	21	31	1.98
76766510--76766608	45	2.2	45	94	0	171	24	14	27	34	1.94
76766614--76766724	41	2.7	41	84	2	152	24	18	26	30	1.98
76779875--76779921	4	11.8	4	100	0	94	25	0	23	51	1.49
76791175--76791235	30	2.0	30	83	0	77	31	24	6	37	1.81
76795885--76795948	15	4.4	14	74	21	60	1	29	1	67	1.09
76795885--76795932	25	1.9	25	87	8	71	2	27	2	68	1.11
76795907--76795948	19	2.2	19	91	8	68	0	30	2	66	1.04
76797721--76797765	6	7.5	6	92	0	72	15	4	0	80	0.87
76797721--76797780	18	3.4	18	84	6	79	15	6	0	78	0.95
76797727--76797780	12	4.7	11	84	13	56	14	7	0	77	0.97
76805516--76805565	20	2.5	20	100	0	100	30	20	24	26	1.98
76806627--76806748	59	2.1	59	98	0	235	41	17	11	29	1.84
76808384--76808500	58	2.0	58	98	0	225	37	22	15	24	1.93
76826119--76826145	13	2.1	13	100	0	54	22	0	7	70	1.12
76826291--76826521	50	4.6	50	80	5	259	26	17	25	31	1.97
76835931--76835973	21	2.0	21	100	0	86	27	27	4	39	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76836082--76836139	29	2.0	29	89	0	89	27	24	10	37	1.88
76836404--76836486	43	1.9	43	82	0	103	30	19	22	27	1.98
76836566--76836640	31	2.4	31	81	2	87	58	20	6	14	1.58
76836860--76836952	21	4.4	21	80	8	82	3	49	18	29	1.63
76841607--76841685	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
76841804--76842120	47	6.7	47	92	0	492	28	30	8	32	1.87
76846120--76846413	9	33.0	9	66	16	87	36	3	15	44	1.62
76846137--76846408	74	3.7	73	88	4	368	36	3	15	44	1.62
76846120--76846413	18	16.5	18	66	17	105	36	3	15	44	1.62
76846685--76847454	106	7.3	106	90	2	1218	54	3	6	35	1.44
76846685--76847454	209	3.7	209	91	2	1181	54	3	6	35	1.44
76846685--76847454	315	2.4	315	94	1	1330	54	3	6	35	1.44
76850416--76850511	44	2.2	44	88	1	138	35	2	40	21	1.65
76851345--76851374	15	2.0	15	93	0	51	30	6	0	63	1.20
76851403--76851471	7	9.9	7	76	9	61	43	37	1	17	1.58
76851404--76851435	8	4.1	8	92	8	57	50	37	0	12	1.41
76851404--76851435	15	2.1	16	94	5	57	50	37	0	12	1.41
76852042--76852161	56	2.1	56	96	0	222	45	9	22	22	1.80
76853289--76853553	40	6.7	40	87	6	333	24	21	27	25	2.00
76853290--76853586	80	3.7	79	83	7	327	25	21	27	25	1.99
76853342--76853586	40	6.2	40	86	5	302	26	20	27	25	1.99
76859355--76859474	56	2.1	56	96	0	222	44	9	24	22	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76860605--76860901	80	3.7	79	82	7	318	26	21	26	25	2.00
76860657--76860901	120	2.1	118	84	6	316	26	20	26	26	1.99
76860604--76860868	40	6.7	40	86	6	324	25	21	26	26	2.00
76866671--76866790	56	2.1	56	96	0	222	45	9	24	21	1.81
76867917--76868221	40	7.7	40	87	5	395	24	21	27	26	1.99
76870022--76870482	153	2.9	161	87	7	663	28	24	18	29	1.98
76870169--76870558	153	2.5	153	88	2	541	27	25	17	30	1.97
76873495--76873592	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
76873523--76873605	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
76873495--76873606	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
76881589--76881686	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
76881617--76881699	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
76881589--76881700	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
76901243--76901284	20	2.0	21	86	13	61	57	19	0	23	1.41
76908981--76909212	49	4.7	49	82	3	284	28	27	18	25	1.98
76908981--76909212	100	2.3	98	83	2	293	28	27	18	25	1.98
76911897--76911926	8	3.6	8	91	8	51	53	10	0	36	1.35
76912399--76912518	48	2.5	48	90	0	195	25	22	23	28	1.99
76915696--76915835	23	5.9	23	77	13	90	25	23	20	31	1.98
76915731--76915821	23	3.9	23	80	9	105	25	24	16	34	1.95
76915696--76915813	45	2.5	45	81	10	114	25	22	17	33	1.96
76922149--76922179	10	3.1	10	90	0	53	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76922648--76922682	18	2.0	18	88	5	54	31	8	0	60	1.27
76934641--76934680	21	2.0	21	90	5	64	20	27	40	12	1.88
76943099--76943267	47	3.6	46	75	15	159	26	20	30	23	1.98
76943136--76943272	47	2.9	48	80	6	172	25	19	32	22	1.98
76943094--76943272	94	1.9	94	88	2	270	26	20	29	24	1.99
76951011--76951064	21	2.6	21	84	0	81	16	25	37	20	1.93
76952405--76952487	43	1.9	43	97	0	157	31	20	24	24	1.98
76962166--76962207	20	2.1	20	90	0	66	40	14	14	30	1.85
76962088--76962267	96	1.9	96	95	0	324	35	22	13	28	1.92
76964237--76964352	42	2.8	42	79	7	130	32	14	21	31	1.93
76986324--76986356	17	1.9	17	100	0	66	42	6	6	45	1.53
76986686--76986722	2	18.5	2	100	0	74	0	0	48	51	1.00
76991027--76991059	7	4.7	7	100	0	66	15	69	0	15	1.19
76991126--76991185	18	3.4	17	71	15	59	23	26	0	50	1.50
76995389--76995436	18	2.4	21	77	22	59	50	2	0	47	1.12
76996280--76996329	22	2.3	21	80	10	55	50	10	2	38	1.48
76998813--76998843	13	2.3	14	94	5	55	51	19	16	12	1.76
76999084--76999147	32	2.0	32	96	0	119	46	17	6	29	1.72
77002180--77002244	18	3.2	22	60	28	52	20	24	6	49	1.71
77002179--77002258	39	2.1	39	100	0	160	21	26	7	45	1.78
77003794--77003835	19	2.2	19	86	4	57	33	2	0	64	1.07
77004223--77004271	24	2.0	26	88	8	75	28	0	10	61	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77006596--77006621	12	2.2	12	100	0	52	15	15	42	26	1.87
77010125--77010162	8	4.8	8	83	9	51	57	0	2	39	1.12
77010124--77010170	24	2.0	24	83	8	60	59	0	4	36	1.17
77010218--77010252	10	3.3	10	85	14	52	77	0	22	0	0.78
77012047--77012075	13	2.2	13	100	0	58	17	41	34	6	1.76
77012953--77012991	19	2.0	21	85	10	55	64	5	0	30	1.15
77013127--77013164	16	2.3	17	95	4	69	55	7	0	36	1.29
77013153--77013301	43	3.1	49	66	29	124	56	15	0	28	1.40
77013160--77013305	48	3.1	47	69	23	137	55	15	0	28	1.41
77013140--77013330	91	2.1	91	95	0	337	56	14	0	29	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333