genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24156142--24156200	15	3.6	15	71	20	55	35	15	8	40	1.77
24156134--24156201	35	1.9	35	100	0	136	33	17	7	41	1.77
24162654--24162707	21	2.7	21	88	5	76	62	5	0	31	1.18
24166355--24166431	33	2.3	33	97	0	145	6	42	11	38	1.67
24167301--24167330	15	2.0	15	100	0	60	33	26	0	40	1.57
24181654--24181801	43	3.4	43	82	4	183	34	24	13	27	1.93
24185943--24186165	40	5.6	39	82	5	216	27	27	20	24	1.99
24185941--24186165	80	2.8	79	82	6	240	27	28	20	24	1.99
24185943--24186165	120	1.9	119	83	4	288	27	27	20	24	1.99
24190951--24191128	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
24190952--24191107	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
24190948--24191128	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
24199026--24199203	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
24199027--24199182	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
24199023--24199203	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
24210089--24210117	11	2.5	12	88	11	51	24	0	27	48	1.51
24211431--24211584	28	5.5	28	95	0	256	33	29	12	25	1.92
24211431--24211609	56	3.2	56	89	1	261	33	29	12	25	1.92
24214398--24214454	25	2.5	23	81	15	66	8	19	1	70	1.23
24225542--24225594	25	2.1	25	82	6	63	35	13	30	20	1.91
24228432--24228584	39	3.9	39	95	0	261	18	24	32	24	1.97
24235633--24235805	43	4.0	43	78	6	181	30	26	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24239757--24239928	46	3.7	46	91	1	247	20	16	29	33	1.94
24241476--24241557	20	3.9	20	73	14	67	25	14	23	36	1.93
24241473--24241568	44	2.2	44	90	3	151	28	13	21	36	1.92
24245557--24245643	44	2.0	45	93	2	149	34	32	14	18	1.92
24245573--24245738	45	3.7	45	77	4	165	37	28	12	22	1.90
24248009--24248133	23	5.3	23	68	16	69	37	16	21	24	1.93
24247995--24248055	23	2.5	24	81	7	70	29	21	24	24	1.99
24248015--24248087	22	3.3	21	73	17	67	39	16	21	21	1.92
24251647--24251871	40	5.7	40	83	5	242	25	27	21	25	1.99
24251647--24251871	79	2.8	79	81	5	229	25	27	21	25	1.99
24253867--24254020	28	5.5	28	96	0	265	33	28	12	25	1.92
24253867--24254045	56	3.2	56	91	1	270	33	28	12	25	1.92
24262088--24262155	20	3.2	20	70	12	55	25	13	25	36	1.92
24262085--24262180	44	2.2	44	92	3	160	28	12	22	36	1.91
24273211--24273372	41	3.9	40	74	18	152	27	26	22	22	1.99
24276273--24276330	25	2.3	25	85	11	75	67	1	10	20	1.29
24285007--24285048	22	2.0	21	90	4	66	33	4	19	42	1.72
24285046--24285717	47	14.3	47	93	2	1138	32	8	29	29	1.87
24285046--24285717	281	2.4	282	96	1	1242	32	8	29	29	1.87
24285522--24285595	22	3.3	22	63	17	53	31	9	29	29	1.89
24285046--24285717	328	2.0	327	93	2	1134	32	8	29	29	1.87
24285836--24285914	37	2.1	37	83	4	97	24	16	31	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24287128--24287478	40	8.8	40	92	1	544	23	21	28	26	1.99
24290473--24290796	47	6.8	49	92	3	520	32	7	30	29	1.85
24290473--24290796	96	3.4	96	94	1	535	32	7	30	29	1.85
24290915--24290993	37	2.1	37	90	0	122	22	17	31	27	1.97
24297845--24297896	27	1.9	27	84	0	68	40	19	19	21	1.92
24307832--24307988	39	4.1	39	89	0	244	21	22	29	26	1.99
24310207--24310358	28	5.4	28	76	3	151	16	15	35	32	1.91
24310207--24310389	57	3.2	57	92	1	285	16	14	36	32	1.89
24313443--24313599	39	4.0	39	89	0	233	21	22	29	26	1.99
24315834--24315985	28	5.4	28	76	3	151	16	15	35	32	1.91
24315834--24316016	57	3.2	57	92	1	285	16	14	36	32	1.89
24319077--24319233	39	4.0	39	89	0	233	21	22	29	26	1.99
24321476--24321627	28	5.4	28	76	3	151	16	15	35	32	1.91
24321476--24321658	57	3.2	57	92	1	285	16	14	36	32	1.89
24324723--24324879	39	4.0	39	89	0	233	21	22	29	26	1.99
24327122--24327273	28	5.4	28	76	3	151	16	15	35	32	1.91
24327122--24327304	57	3.2	57	92	1	285	16	14	36	32	1.89
24330359--24330518	39	4.1	39	90	0	248	19	22	31	26	1.98
24336674--24336769	28	3.4	28	78	8	113	30	28	14	27	1.95
24336686--24336787	29	3.6	27	77	13	91	31	29	12	26	1.93
24347881--24347944	27	2.4	28	76	7	69	37	26	18	17	1.93
24347924--24348057	27	5.0	27	87	0	178	23	22	19	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24349472--24349599	31	4.2	31	93	1	222	29	24	15	30	1.96
24349618--24349709	42	2.2	42	94	0	157	33	18	16	31	1.93
24349857--24349926	25	2.8	25	91	4	106	24	24	27	24	2.00
24350849--24350934	27	3.1	26	71	22	68	32	9	16	41	1.80
24350898--24351062	27	6.1	27	79	7	156	29	8	21	40	1.82
24350913--24351095	81	2.3	81	82	7	203	29	10	19	39	1.86
24351094--24351291	27	7.3	27	87	2	263	38	9	25	27	1.86
24351094--24351291	81	2.4	81	89	1	299	38	9	25	27	1.86
24351137--24351311	81	2.2	81	88	0	251	37	9	24	29	1.86
24354351--24354475	42	2.9	42	78	13	121	21	21	25	31	1.98
24358705--24358809	28	3.7	27	81	9	129	29	14	32	23	1.94
24358705--24358815	57	1.9	57	92	3	188	28	14	32	24	1.94
24363941--24363977	16	2.3	16	95	0	65	48	18	24	8	1.75
24364207--24364310	28	3.7	28	80	12	124	27	13	32	25	1.94
24364198--24364310	56	2.0	56	89	3	174	28	12	31	27	1.93
24376000--24376168	43	4.0	41	72	11	135	31	23	15	28	1.96
24379313--24379391	39	2.0	40	85	2	106	11	15	16	56	1.66
24380833--24380929	34	2.9	34	79	10	101	26	21	25	25	2.00
24384997--24385152	43	3.7	43	75	11	160	30	25	17	26	1.97
24391265--24391506	49	4.9	48	78	6	250	29	24	18	27	1.98
24401484--24401721	49	4.8	50	82	4	284	28	25	18	27	1.98
24401497--24401726	100	2.3	98	86	5	302	29	25	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24409579--24409670	47	1.9	48	93	4	159	36	10	17	34	1.85
24412436--24412757	162	2.0	162	95	0	581	29	21	31	17	1.96
24414520--24414553	17	2.0	17	94	0	59	26	17	23	32	1.97
24438152--24438302	28	5.4	28	91	1	214	25	12	28	33	1.92
24442238--24442262	13	1.9	13	100	0	50	0	40	28	32	1.57
24445460--24445584	48	2.6	48	87	2	162	25	17	28	28	1.98
24445491--24445597	48	2.2	48	83	3	135	26	15	28	28	1.96
24462480--24462662	39	4.7	39	92	0	303	21	21	28	27	1.99
24466479--24466529	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
24467281--24467453	49	3.5	49	86	1	231	30	20	27	22	1.98
24485764--24485830	33	2.0	33	88	5	100	28	19	20	31	1.97
24488443--24488549	43	2.5	42	85	8	128	27	14	24	34	1.93
24488434--24488590	43	3.7	43	77	6	124	29	14	24	32	1.94
24493948--24493995	25	1.9	25	82	0	60	33	22	16	27	1.96
24494032--24494098	20	3.3	20	87	0	98	32	11	23	31	1.91
24494148--24494268	25	5.0	24	91	7	165	28	20	23	27	1.99
24494147--24494268	48	2.5	49	85	9	169	28	20	22	27	1.99
24494462--24494522	31	2.0	31	90	0	95	31	16	27	24	1.96
24498991--24499169	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
24500176--24500641	47	9.7	47	92	3	675	32	8	29	28	1.87
24500176--24500641	96	4.9	94	90	4	675	32	8	29	28	1.87
24500176--24500630	143	3.2	143	90	4	702	32	9	29	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24503070--24503142	38	1.9	38	86	5	103	32	19	23	24	1.97
24503198--24503437	40	6.1	40	89	1	340	24	22	27	25	1.99
24504692--24504870	85	2.1	85	97	0	340	36	8	28	26	1.85
24506134--24506633	47	10.6	47	91	3	670	33	9	29	28	1.88
24506134--24506633	96	5.3	94	90	2	686	33	9	29	28	1.88
24510380--24510544	43	3.9	43	75	11	142	30	13	23	32	1.93
24513771--24513876	41	2.5	43	80	4	126	28	16	22	33	1.95
24516473--24516508	18	2.0	18	89	10	56	27	13	27	30	1.94
24517699--24517749	20	2.5	21	76	20	63	39	15	9	35	1.81
24520804--24520884	43	1.9	41	82	5	99	29	13	25	30	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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