genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11361859--11361902	19	2.3	19	88	4	61	15	4	2	77	1.04
11361888--11361937	18	2.8	18	82	11	50	12	6	4	78	1.08
11361907--11361946	17	2.4	17	86	0	53	15	2	2	80	0.93
11361934--11361979	17	2.7	18	87	12	62	13	4	4	78	1.05
11362457--11362499	20	2.2	19	84	12	52	55	0	6	37	1.27
11362515--11362558	19	2.2	20	92	4	72	45	0	6	47	1.29
11362515--11362558	20	2.3	19	88	11	63	45	0	6	47	1.29
11362535--11362584	16	3.1	16	79	0	55	56	0	4	40	1.18
11362543--11362591	16	3.2	15	82	8	55	61	0	2	36	1.08
11362561--11362619	20	2.9	21	75	14	61	59	1	3	35	1.24
11363056--11363120	20	3.2	20	69	16	62	38	7	4	49	1.52
11363193--11363344	71	2.1	71	91	1	241	50	3	3	42	1.37
11363436--11363473	17	2.2	17	90	0	58	57	0	2	39	1.12
11365509--11365611	30	3.4	30	86	0	134	27	27	17	28	1.98
11369848--11369918	13	4.8	15	69	26	53	56	0	0	43	0.99
11369841--11369888	12	3.6	13	80	20	55	52	0	0	47	1.00
11370120--11370227	33	3.1	32	80	12	108	56	1	2	38	1.25
11370120--11370213	33	2.8	33	82	9	109	56	2	3	38	1.27
11370149--11370190	20	2.0	21	82	13	52	59	2	2	35	1.23
11370181--11370236	22	2.4	24	82	8	71	53	5	1	39	1.34
11370265--11370315	4	13.5	4	88	12	81	78	0	0	21	0.75
11370374--11370422	22	2.2	23	85	3	64	61	2	2	34	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11370370--11370424	22	2.5	22	77	11	60	58	1	1	38	1.20
11370413--11370443	12	2.7	11	90	9	53	61	0	3	35	1.12
11370437--11370499	23	2.7	23	72	0	63	49	4	0	46	1.23
11370508--11370559	19	2.9	17	80	8	50	76	3	1	17	1.02
11370818--11370850	14	2.3	15	94	5	59	57	0	0	42	0.98
11370908--11370962	21	2.6	21	85	8	67	56	3	1	38	1.28
11370953--11371009	22	2.4	24	82	11	73	54	3	0	42	1.17
11370930--11371033	34	3.1	32	77	12	86	55	1	1	40	1.22
11371020--11371057	14	2.8	14	88	11	53	76	0	0	23	0.79
11371020--11371057	18	2.1	19	95	5	69	76	0	0	23	0.79
11376141--11376337	38	4.7	40	73	19	150	30	14	24	29	1.95
11376166--11376348	48	4.0	47	78	13	188	32	14	22	30	1.94
11376226--11376387	85	1.9	82	93	3	279	29	14	25	30	1.94
11378657--11378716	31	2.0	31	86	3	86	26	1	11	60	1.41
11381052--11381124	37	2.0	37	100	0	146	41	6	19	32	1.78
11391258--11391333	15	4.9	15	73	12	57	14	5	5	75	1.16
11391311--11391400	25	3.3	25	71	26	76	16	3	4	75	1.10
11391353--11391433	5	15.8	5	72	16	51	19	2	3	74	1.09
11391293--11391425	57	2.3	58	93	6	225	18	4	4	72	1.20
11395609--11395690	41	2.0	41	90	0	128	29	17	14	39	1.89
11404468--11404515	26	1.9	25	83	8	62	60	4	0	35	1.16
11405213--11405283	11	6.5	11	78	3	63	54	23	11	9	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11405489--11405537	9	5.4	9	87	0	62	18	40	6	34	1.75
11405489--11405528	18	2.2	18	95	0	71	17	42	5	35	1.71
11409003--11409052	20	2.5	20	96	0	91	52	8	32	8	1.60
11409403--11409429	14	1.9	14	100	0	54	59	0	18	22	1.38
11413992--11414066	27	2.8	27	75	20	77	30	12	8	49	1.68
11414205--11414235	6	5.2	6	92	0	53	16	19	0	64	1.29
11417823--11417857	17	1.9	19	88	11	56	0	42	2	54	1.15
11422448--11422500	18	2.9	18	82	0	61	41	13	7	37	1.72
11422537--11422588	18	2.8	19	76	5	61	50	7	7	34	1.60
11422702--11422840	53	2.4	58	79	13	180	43	19	17	18	1.88
11422710--11422830	53	2.3	53	89	0	188	43	20	16	19	1.88
11423945--11423982	12	3.2	12	81	11	51	0	26	0	73	0.83
11423938--11423978	20	2.2	19	91	8	66	0	29	0	70	0.87
11426479--11426525	20	2.6	17	76	20	51	51	0	0	48	1.00
11426486--11426525	20	2.0	20	100	0	80	50	0	0	50	1.00
11426617--11426654	14	2.7	14	91	0	58	36	18	7	36	1.80
11427883--11427915	17	2.0	17	88	5	50	72	9	6	12	1.26
11428979--11429004	8	3.2	8	100	0	52	76	0	0	23	0.78
11430351--11430415	26	2.5	26	84	0	94	27	16	21	33	1.95
11434097--11434148	19	2.7	19	96	0	95	21	21	21	36	1.95
11444852--11444892	7	5.2	8	83	11	50	46	0	0	53	1.00
11452122--11452175	23	2.3	23	81	6	65	31	18	14	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11454969--11455008	21	1.9	20	85	10	53	15	5	2	77	1.04
11455003--11455084	9	8.5	10	70	27	54	34	1	2	62	1.16
11455033--11455084	9	5.9	9	80	13	63	36	0	1	61	1.07
11455259--11455321	28	2.3	27	81	8	65	31	7	3	57	1.43
11461052--11461102	10	4.9	11	86	13	65	23	5	1	68	1.22
11480355--11480384	5	6.0	5	100	0	60	80	0	0	20	0.72
11481085--11481144	26	2.2	28	85	5	79	26	1	1	70	1.07
11481795--11481820	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
11481874--11481970	41	2.4	41	89	1	142	40	23	20	15	1.91
11482138--11482218	21	3.7	21	73	12	72	28	2	24	44	1.67
11482141--11482234	46	2.0	46	89	0	143	29	3	24	42	1.70
11482284--11482351	21	3.2	22	74	15	72	19	0	42	38	1.51
11482809--11482871	23	2.7	23	72	18	67	38	0	6	55	1.25
11501639--11501828	43	4.4	43	89	0	263	21	22	32	24	1.98
11507273--11507401	46	2.8	46	93	0	222	30	28	20	20	1.98
11509785--11509873	30	3.0	30	79	11	94	58	15	15	10	1.63
11509785--11509864	15	5.4	15	79	10	85	60	13	16	10	1.59
11509796--11509873	15	5.2	15	81	9	88	57	15	15	11	1.65
11512788--11512913	46	2.7	46	92	2	200	30	28	19	21	1.97
11518429--11518476	20	2.5	20	84	15	66	33	4	0	62	1.14
11528773--11528835	33	1.9	33	100	0	126	39	4	19	36	1.72
11528775--11528849	33	2.3	33	90	0	114	36	5	24	34	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11529463--11529514	25	2.1	25	85	0	68	38	15	9	36	1.80
11530748--11530772	11	2.3	11	100	0	50	64	0	28	8	1.22
11536322--11536387	33	2.0	33	100	0	132	39	6	9	45	1.61
11536383--11536427	23	2.0	23	86	0	63	55	4	6	33	1.46
11545182--11545315	26	5.2	26	94	0	241	37	26	5	30	1.80
11552797--11552850	26	2.1	25	86	3	72	72	3	20	3	1.16
11556620--11556704	25	3.4	25	72	1	91	32	16	27	23	1.96
11566179--11566213	13	2.8	12	83	8	52	31	11	0	57	1.34
11566316--11566362	23	2.1	23	84	7	62	31	2	2	63	1.18
11566666--11566719	16	3.4	16	86	0	63	31	25	1	40	1.66
11571408--11571434	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
11572435--11572482	20	2.4	18	78	18	51	64	4	16	14	1.43
11582493--11582530	16	2.4	16	82	4	51	26	0	5	68	1.11
11583147--11583589	125	3.5	126	80	6	451	27	15	19	36	1.93
11584960--11585046	46	1.9	46	81	4	106	29	21	24	24	1.99
11585005--11585714	133	5.3	133	90	2	1037	29	20	23	27	1.99
11585004--11585714	268	2.7	265	89	2	1073	28	20	23	27	1.99
11585927--11585990	29	2.2	29	83	5	85	31	46	1	20	1.60
11585956--11586026	37	1.9	37	94	0	124	28	52	1	18	1.54
11586443--11586474	13	2.6	12	95	5	55	34	0	0	65	0.93
11586933--11587176	126	1.9	126	94	0	434	28	16	15	38	1.90
11587732--11587806	35	2.2	35	92	2	125	21	24	12	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11597716--11598711	45	22.3	45	71	16	367	30	18	22	28	1.98
11597630--11598777	134	8.6	134	80	6	1169	30	19	22	28	1.98
11597716--11598731	267	3.8	267	86	3	1300	30	18	22	28	1.98
11598339--11598777	222	2.0	222	80	6	496	29	20	22	27	1.98
11598521--11598795	45	6.2	42	77	11	153	30	19	21	28	1.97
11598566--11598819	89	2.9	88	81	6	273	29	19	21	29	1.98
11598668--11598852	89	2.1	88	85	1	244	30	21	18	29	1.97
11600761--11601204	132	3.5	125	81	7	455	26	16	20	37	1.93
11601965--11602195	113	2.0	113	98	0	444	34	17	4	43	1.70
11607997--11608046	18	2.8	18	81	6	57	28	6	2	64	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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