Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   

This is table  64  of  333  ( 39894 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19137523--19137568
23
2.0
23
100
0
92
30
8
21
39
1.84
19158626--19158670
16
2.8
16
83
12
65
64
2
4
28
1.25
19163615--19163727
42
2.7
42
75
8
113
30
15
22
31
1.94
19169795--19169850
29
1.9
29
85
0
76
16
17
30
35
1.92
19169824--19169950
46
2.7
46
82
3
148
18
20
28
32
1.96
19175253--19175293
20
2.0
20
95
0
73
41
4
12
41
1.64
19178573--19178610
15
2.5
15
86
0
58
36
5
5
52
1.47
19178568--19178605
15
2.4
16
82
13
51
28
7
7
55
1.57
19179905--19179943
19
2.1
19
85
0
51
7
10
2
79
1.02
19181859--19181932
34
2.2
34
100
0
148
41
10
14
32
1.81
19182373--19182407
15
2.2
16
90
5
54
51
2
28
17
1.59
19185273--19185463
42
4.5
42
77
6
172
45
14
19
19
1.85
19185251--19185408
21
7.7
20
69
7
86
44
15
19
20
1.86
19185276--19185463
84
2.2
84
84
1
243
45
14
20
19
1.85
19192191--19192240
24
2.1
23
85
3
64
8
22
48
22
1.76
19192195--19192237
12
3.6
12
83
0
50
4
20
48
25
1.69
19192550--19192574
13
1.9
13
100
0
50
24
4
24
48
1.68
19196285--19196356
29
2.6
26
79
16
81
50
1
20
27
1.57
19196298--19196356
29
2.0
29
93
0
100
47
0
23
28
1.52
19196772--19196800
14
2.1
14
100
0
58
24
6
6
62
1.45
19199122--19199297
46
3.8
46
76
12
180
21
19
28
30
1.97
19199119--19199290
93
1.8
93
91
0
281
21
19
29
29
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19213012--19213041
3
10.0
3
92
0
51
30
0
0
70
0.88
19216788--19216828
7
5.9
7
83
11
57
29
2
0
68
1.03
19224977--19225025
24
2.0
25
84
8
64
36
0
20
42
1.52
19227206--19227270
34
1.9
34
93
0
112
13
33
35
16
1.89
19232459--19232632
46
3.8
46
76
13
194
21
20
28
29
1.98
19232454--19232624
93
1.8
93
92
0
288
21
21
28
29
1.98
19239544--19239719
46
3.8
46
74
12
180
22
19
27
30
1.98
19239541--19239711
93
1.8
93
91
0
279
22
19
28
29
1.98
19242580--19242612
12
2.8
12
95
0
57
9
18
48
24
1.76
19247319--19247353
15
2.4
15
90
4
54
48
2
0
48
1.16
19247533--19247679
77
1.9
77
84
0
195
40
18
10
30
1.85
19247750--19247801
18
2.8
18
75
16
52
59
1
0
38
1.08
19248060--19248182
28
4.4
28
70
12
92
30
3
2
64
1.22
19248040--19248182
57
2.5
56
81
10
141
30
2
2
64
1.22
19249930--19249968
17
2.2
18
86
13
55
5
15
2
76
1.06
19251161--19251195
14
2.5
14
100
0
70
28
54
5
11
1.59
19257512--19257620
26
4.2
26
93
0
182
37
24
5
32
1.79
19257957--19258450
269
1.8
269
91
2
814
35
18
7
39
1.78
19258748--19258792
19
2.3
20
81
14
58
40
13
0
46
1.43
19261307--19261467
41
3.8
42
81
11
186
34
18
22
24
1.96
19268754--19268791
19
2.0
19
94
0
67
26
31
18
23
1.97
19268866--19269064
42
4.8
42
77
5
190
33
15
23
27
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19269882--19269907
11
2.4
11
100
0
52
38
0
0
61
0.96
19270569--19270737
43
4.0
43
76
8
148
28
16
23
31
1.96
19280862--19280911
25
2.0
26
84
4
66
48
0
2
50
1.12
19281743--19281787
19
2.4
19
96
0
81
28
33
13
24
1.93
19284959--19285039
42
1.9
42
92
0
135
49
13
4
32
1.63
19284959--19285052
42
2.3
42
86
1
127
50
13
4
31
1.61
19293114--19293165
18
2.7
20
79
8
63
57
0
5
36
1.23
19293102--19293210
10
11.1
10
70
16
68
56
0
4
37
1.26
19296483--19296512
14
2.1
14
93
0
51
30
6
0
63
1.20
19297137--19297179
14
3.0
14
82
3
50
41
0
2
55
1.12
19297757--19297826
23
3.3
22
76
13
74
44
8
0
47
1.34
19297833--19297875
20
2.1
21
91
4
70
46
4
9
39
1.57
19299239--19299285
23
2.1
22
88
4
67
53
0
4
42
1.20
19299268--19299304
19
1.9
19
89
10
58
56
2
2
37
1.28
19300518--19300634
51
2.3
51
90
0
180
27
22
16
34
1.95
19304973--19305138
46
3.6
46
74
18
155
22
17
28
31
1.96
19308864--19308897
14
2.4
14
90
0
50
44
35
0
20
1.52
19310476--19310577
44
2.3
44
89
1
161
33
15
22
28
1.95
19313801--19313854
27
2.0
27
82
13
67
53
5
0
40
1.24
19329263--19329288
13
2.0
13
100
0
52
46
0
0
53
1.00
19329276--19329483
81
2.5
82
74
16
203
32
2
6
59
1.35
19329388--19329419
16
2.0
17
88
11
50
31
0
3
65
1.08
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19329552--19329718
44
4.0
44
68
27
123
66
4
1
26
1.22
19329553--19329760
80
2.6
81
86
4
271
63
5
2
27
1.30
19329694--19329720
12
2.2
12
100
0
54
70
7
0
22
1.12
19329767--19329796
15
2.0
15
93
0
51
70
0
0
30
0.88
19338815--19338843
9
3.0
10
90
10
51
58
0
20
20
1.39
19339621--19339731
53
2.1
54
94
1
197
27
16
9
45
1.79
19341822--19341859
19
2.0
19
94
0
67
10
7
36
44
1.68
19348297--19348358
28
2.2
28
80
5
72
58
14
0
27
1.37
19352810--19352858
19
2.6
19
80
0
53
38
12
20
28
1.89
19357847--19357973
46
2.7
46
84
4
148
29
17
29
23
1.97
19365527--19365735
46
4.5
46
76
10
185
28
17
28
25
1.97
19374186--19374236
20
2.7
20
74
22
56
37
3
0
58
1.16
19374341--19374377
15
2.6
14
91
4
56
35
2
0
62
1.10
19376095--19376152
29
2.0
29
93
0
98
41
24
17
17
1.90
19415724--19415984
89
3.0
88
74
4
240
29
17
22
30
1.96
19416098--19416355
45
5.6
46
69
12
129
32
15
24
27
1.95
19416131--19416355
95
2.5
89
81
6
218
32
16
23
28
1.95
19416143--19416317
95
1.8
95
83
2
235
33
15
24
27
1.95
19416958--19416997
13
2.9
15
78
14
50
10
10
5
75
1.19
19417680--19417725
17
2.7
18
76
10
51
41
2
0
56
1.11
19417834--19417870
15
2.6
14
91
4
56
35
2
0
62
1.10
19419442--19419484
22
2.0
22
90
0
68
23
13
6
55
1.62
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19421372--19421519
72
2.1
72
100
0
296
39
12
13
35
1.82
19426530--19426601
27
2.6
29
78
10
80
51
5
0
43
1.25
19427727--19427789
29
2.2
29
85
5
83
33
0
1
65
1.03
19432540--19432871
166
2.0
166
98
0
646
30
16
12
41
1.84
19434055--19434097
20
2.2
20
100
0
86
58
18
11
11
1.63
19439044--19439168
46
2.7
46
86
5
162
28
17
28
25
1.98
19439044--19439214
46
3.7
46
80
13
149
27
18
29
25
1.98
19443391--19443575
79
2.3
81
83
7
227
24
22
27
24
2.00
19443392--19443575
40
4.6
40
82
9
207
25
22
27
24
2.00
19443444--19443598
79
2.0
79
83
7
199
26
21
27
25
1.99
19459983--19460009
14
1.9
14
100
0
54
18
7
0
74
1.05
19470818--19470868
21
2.4
21
96
0
93
58
13
0
27
1.36
19470933--19470961
14
2.1
14
100
0
58
27
31
6
34
1.83
19475901--19475944
22
2.0
22
81
0
52
40
4
2
52
1.34
19478642--19478670
5
6.0
5
92
8
51
20
0
0
79
0.74
19479703--19479750
22
2.1
22
81
11
53
27
25
0
47
1.52
19480369--19480441
32
2.3
30
84
11
85
53
6
2
36
1.42
19481563--19481658
40
2.5
38
81
9
113
34
37
12
15
1.85
19481581--19481656
40
1.9
40
88
0
116
34
35
14
15
1.88
19487710--19487837
51
2.5
51
94
1
220
50
10
22
16
1.74
19496403--19496450
22
2.1
22
81
11
53
27
25
0
47
1.52
19496872--19496944
32
2.3
30
88
6
101
53
5
2
38
1.39
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19503017--19503337
48
6.7
48
77
5
319
27
19
29
23
1.98
19503016--19503334
144
2.2
144
80
4
358
27
18
29
24
1.98
19522559--19522651
46
2.0
46
97
0
177
30
4
18
47
1.68
19526833--19526887
26
2.1
26
83
16
69
65
1
0
32
1.03
19526828--19526883
25
2.4
22
80
14
58
67
1
0
30
1.01
19526867--19526915
19
2.6
19
83
3
64
53
0
2
44
1.12
19539024--19539058
17
2.1
16
89
5
52
71
5
0
22
1.07
19551991--19552029
16
2.4
16
82
0
51
48
20
20
10
1.78
19554461--19554493
17
1.9
17
93
0
57
72
0
6
21
1.05
19555226--19555278
28
1.9
28
81
11
65
30
13
5
50
1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333