genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.224.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73970389--73970612	80	2.8	81	84	6	294	42	20	15	21	1.89
73970389--73970582	107	1.8	107	87	2	291	43	21	14	20	1.87
73970602--73970897	27	11.0	27	76	7	244	26	14	18	40	1.89
73970600--73970897	54	5.6	54	76	9	286	26	14	19	39	1.90
73970576--73970895	81	4.0	80	80	4	324	26	15	19	38	1.91
73970657--73970852	106	1.8	106	84	4	270	28	13	17	39	1.88
73975251--73975308	16	3.9	15	72	17	50	75	0	3	20	0.94
73977929--73978192	46	5.7	46	91	1	397	25	23	13	38	1.90
73980609--73980676	30	2.3	29	84	5	82	29	17	4	48	1.67
73985668--73985958	40	7.3	40	85	4	320	23	20	27	28	1.99
73985671--73985958	120	2.4	120	90	1	436	22	21	27	28	1.99
73988929--73989023	50	1.9	50	86	0	136	29	22	12	35	1.91
73989718--73989751	17	2.0	17	100	0	68	52	17	0	29	1.45
73996322--73996451	40	3.2	40	88	4	197	25	21	21	31	1.98
73996324--73996451	42	3.1	42	89	2	197	25	21	21	31	1.98
74009788--74009940	54	2.8	53	79	4	155	39	22	10	28	1.87
74009788--74009912	27	4.7	27	80	8	121	39	22	10	28	1.87
74009934--74010226	27	10.8	27	86	1	372	30	20	8	41	1.82
74010741--74010820	31	2.6	31	89	0	124	17	16	16	50	1.79
74010741--74010840	6	16.3	6	76	15	89	18	16	16	50	1.79
74013356--74013622	48	5.5	48	82	2	286	27	30	17	24	1.97
74013979--74014051	36	2.0	36	100	0	146	32	16	5	45	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74014411--74014437	5	5.4	5	100	0	54	44	18	18	18	1.87
74017920--74017952	15	2.2	15	100	0	66	57	24	12	6	1.57
74021607--74021828	48	4.6	48	81	3	216	29	28	16	25	1.97
74022415--74022508	28	3.2	28	79	16	100	27	23	22	26	1.99
74022638--74022729	27	3.4	27	83	1	114	36	23	21	17	1.94
74022900--74022951	27	1.9	27	88	7	79	26	17	21	34	1.95
74022935--74023048	54	2.1	54	83	3	140	28	13	24	34	1.93
74022935--74023048	27	4.2	27	68	11	72	28	13	24	34	1.93
74024796--74025007	106	2.0	106	96	0	388	25	29	16	28	1.97
74033321--74033360	11	3.9	11	78	15	50	50	2	0	47	1.14
74033316--74033356	20	2.0	20	100	0	82	43	4	0	51	1.23
74033371--74033415	22	2.0	22	83	8	56	53	0	4	42	1.21
74033554--74033595	22	1.9	22	90	0	66	52	4	2	40	1.35
74033552--74033594	10	4.1	10	82	11	50	55	4	2	37	1.33
74038340--74038500	79	2.0	79	87	0	232	27	26	23	22	1.99
74039390--74039521	47	2.8	48	83	1	158	34	25	15	25	1.94
74043103--74043215	25	4.5	25	74	13	90	15	23	20	39	1.91
74043569--74043667	49	2.0	49	98	0	189	31	9	22	37	1.85
74050893--74051041	57	2.6	58	81	7	178	34	20	16	28	1.94
74062384--74062509	47	2.7	47	87	0	180	30	27	17	24	1.97
74073488--74073589	43	2.4	42	74	11	98	39	20	12	27	1.89
74075927--74076012	15	6.2	15	67	26	64	5	31	0	62	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74075914--74076012	24	3.7	26	85	9	103	6	34	0	59	1.22
74075927--74076012	6	14.5	6	72	7	61	5	31	0	62	1.18
74077420--74077450	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
74078533--74078569	18	2.1	17	95	5	65	40	10	24	24	1.87
74078915--74079135	27	8.3	27	88	5	290	39	16	13	29	1.87
74078915--74079147	81	2.9	81	85	3	328	39	16	14	29	1.89
74081258--74081380	41	2.9	41	76	11	113	22	17	29	30	1.97
74084245--74084437	30	6.4	30	91	1	305	48	13	18	19	1.81
74084245--74084437	6	31.8	6	77	13	191	48	13	18	19	1.81
74084245--74084437	91	2.1	91	99	0	377	48	13	18	19	1.81
74084555--74084620	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
74084555--74084628	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
74084579--74084636	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
74084793--74084851	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
74084939--74085021	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
74085220--74085407	27	7.0	27	83	0	223	25	20	19	35	1.95
74085222--74085415	81	2.4	82	85	1	248	25	19	18	36	1.94
74085420--74086076	27	24.3	27	83	4	745	40	9	22	27	1.85
74086057--74086118	26	2.3	27	83	2	72	30	12	17	38	1.88
74086101--74086154	27	2.0	26	89	3	81	24	7	27	40	1.81
74088091--74088283	6	31.8	6	78	13	200	47	13	18	19	1.82
74088096--74088283	85	2.2	85	96	3	344	47	14	18	19	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74088401--74088474	27	2.8	26	83	6	85	36	20	24	18	1.95
74088426--74088482	27	2.1	27	83	6	71	36	26	21	15	1.93
74088639--74088697	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
74088785--74088836	27	2.0	26	92	3	86	34	23	23	19	1.96
74089042--74089233	81	2.4	80	84	2	233	26	18	18	37	1.93
74089039--74089225	27	7.0	27	83	1	205	25	18	19	36	1.94
74089238--74089840	27	22.3	27	84	4	678	40	10	22	27	1.86
74089228--74089826	108	5.6	108	87	3	794	40	10	22	27	1.86
74089821--74089882	26	2.3	27	83	2	72	30	12	17	38	1.88
74089865--74089933	26	2.6	26	86	2	93	26	5	24	43	1.76
74089842--74089933	26	3.5	26	77	5	87	28	8	20	42	1.82
74092561--74092860	47	6.4	47	91	0	474	28	30	8	33	1.86
74099648--74099680	15	2.2	16	89	10	52	30	0	15	54	1.41
74100799--74100928	45	3.0	44	78	8	131	25	15	28	30	1.96
74103765--74103859	44	2.2	42	83	7	111	26	17	23	32	1.97
74105085--74105137	24	2.2	24	100	0	106	43	13	3	39	1.62
74116914--74117010	41	2.3	40	82	7	104	35	22	15	26	1.94
74116982--74117043	30	2.1	30	96	0	115	37	22	14	25	1.92
74148537--74148589	26	2.0	26	100	0	106	22	26	20	30	1.98
74160952--74161008	20	2.9	21	87	10	77	38	8	19	33	1.82
74161058--74161146	25	3.6	26	85	7	114	26	20	23	29	1.99
74167696--74167738	21	2.0	22	82	13	54	4	16	20	58	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74167696--74167739	23	2.0	21	82	8	52	4	15	20	59	1.54
74168939--74168985	20	2.3	20	82	7	60	36	10	21	31	1.88
74169035--74169169	26	5.3	26	86	6	172	28	19	23	28	1.98
74171398--74171726	92	3.6	92	87	0	433	32	20	21	25	1.97
74178344--74178567	96	2.3	97	83	4	285	25	19	29	25	1.99
74178344--74178564	48	4.6	48	83	4	257	25	19	28	26	1.99
74183502--74183553	20	2.6	20	100	0	104	19	36	32	11	1.87
74187381--74187526	27	5.4	27	83	6	181	34	23	24	16	1.95
74187381--74187526	54	2.7	54	90	2	231	34	23	24	16	1.95
74189135--74189242	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
74194432--74194590	27	5.9	27	81	11	166	35	21	23	19	1.96
74194467--74194590	54	2.3	54	94	0	212	34	23	25	16	1.95
74194694--74194769	26	2.8	27	82	4	82	30	13	22	34	1.92
74196211--74196318	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
74199674--74199848	45	4.0	45	92	3	268	24	28	22	24	1.99
74203935--74204140	25	8.2	25	90	0	322	46	11	12	29	1.76
74213497--74213663	41	4.1	40	74	17	162	21	22	28	28	1.99
74215394--74215846	47	9.6	47	92	1	726	29	29	8	32	1.87
74215394--74215846	96	4.8	94	92	2	726	29	29	8	32	1.87
74215394--74215846	143	3.2	143	94	1	781	29	29	8	32	1.87
74220526--74220655	42	3.1	42	84	0	170	19	29	24	26	1.98
74223100--74223144	19	2.3	21	82	14	53	64	4	4	26	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74223639--74223935	124	2.4	122	88	5	431	27	18	7	46	1.76
74227638--74227743	53	2.0	53	100	0	212	30	11	16	41	1.84
74228645--74228692	25	1.9	25	83	8	62	47	4	4	43	1.41
74228689--74228714	8	3.2	8	100	0	52	50	0	0	50	1.00
74228799--74228853	27	2.0	27	100	0	110	30	21	25	21	1.98
74229664--74229904	129	1.9	130	80	2	288	35	12	17	34	1.88
74235124--74235277	18	8.9	18	66	18	76	42	0	2	53	1.19
74235059--74235539	120	4.0	120	95	0	750	43	1	4	50	1.31
74235372--74235427	15	4.1	13	76	14	51	42	0	1	55	1.10
74235376--74235418	15	2.8	16	79	10	54	44	0	2	53	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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