genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.321.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104488193--104488281	27	3.2	27	73	19	76	43	14	8	32	1.77
104488205--104488290	27	3.1	27	78	20	97	39	12	10	37	1.78
104488335--104488386	27	1.9	27	84	7	70	38	23	21	17	1.93
104489218--104489300	25	3.4	24	85	8	96	27	22	24	25	2.00
104489435--104489568	42	3.2	42	97	2	252	31	14	20	34	1.92
104489592--104489737	31	4.7	31	89	2	224	29	15	25	29	1.96
104491258--104492034	84	9.3	84	89	3	1165	29	22	22	25	1.99
104492428--104492461	13	2.7	13	90	4	52	85	0	14	0	0.60
104493413--104494183	84	9.3	84	87	5	1095	29	21	22	26	1.99
104493997--104494137	41	3.4	42	65	19	114	31	18	21	28	1.97
104494527--104494564	19	1.9	19	89	5	58	84	0	15	0	0.63
104495521--104495660	43	3.3	43	70	15	146	30	22	20	26	1.98
104495513--104496038	84	6.4	84	86	6	720	30	21	21	26	1.98
104495517--104495997	157	3.0	157	88	5	664	31	20	21	26	1.98
104495805--104495942	41	3.3	41	65	11	100	30	23	22	23	1.99
104496688--104496783	17	5.2	19	91	7	137	38	11	15	34	1.84
104498704--104498787	10	8.2	10	74	18	59	57	2	4	35	1.33
104498920--104498956	12	3.0	12	84	7	56	59	0	5	35	1.20
104498920--104498953	13	2.7	13	86	4	52	58	0	5	35	1.22
104498912--104498979	25	2.8	24	74	10	59	61	0	4	33	1.16
104498916--104498988	12	6.1	12	78	10	51	60	0	5	34	1.20
104508402--104508437	18	2.1	17	89	5	54	41	13	13	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104509718--104509967	137	1.8	134	79	10	290	41	10	5	42	1.61
104514016--104514059	23	1.9	23	85	0	61	56	4	9	29	1.50
104514113--104514177	13	5.0	13	83	5	78	64	1	0	33	1.03
104514125--104514183	14	3.6	18	73	17	56	62	0	0	37	0.95
104514108--104514191	11	8.4	11	73	19	60	60	2	0	36	1.10
104514115--104514212	24	4.1	24	75	13	69	59	3	2	35	1.25
104514272--104514354	23	3.6	22	74	9	69	54	7	6	32	1.52
104514287--104514385	25	4.0	25	81	5	112	54	5	5	35	1.44
104514340--104514446	48	2.3	46	80	13	121	57	3	3	34	1.34
104514287--104514433	75	2.0	74	80	11	167	54	4	5	35	1.45
104514426--104514482	15	3.7	15	74	11	53	61	1	0	36	1.07
104514398--104514480	36	2.2	37	85	4	114	59	3	1	36	1.23
104514619--104514661	21	2.0	21	86	0	59	69	2	2	25	1.12
104514602--104514671	30	2.3	29	79	11	79	65	2	5	25	1.28
104516229--104516491	83	3.0	85	86	6	352	39	20	15	24	1.91
104516381--104516415	14	2.5	14	95	0	61	60	8	14	17	1.58
104516395--104516847	75	6.0	75	90	4	698	31	18	17	31	1.95
104523688--104523769	25	3.5	25	63	27	61	28	8	30	32	1.87
104542406--104543250	87	9.7	87	67	10	420	33	18	20	28	1.96
104542423--104543250	262	3.2	262	92	0	1354	32	18	20	28	1.96
104542301--104543212	175	5.2	172	71	15	577	33	19	19	27	1.96
104546578--104546644	10	6.6	10	72	8	55	31	5	2	59	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104546573--104546641	20	3.6	19	77	12	63	33	7	2	56	1.42
104557806--104557897	42	2.2	42	90	0	139	34	20	14	30	1.92
104558043--104558190	26	5.8	26	90	0	212	27	23	22	26	2.00
104558043--104558190	52	2.9	51	90	2	235	27	23	22	26	2.00
104558993--104559070	27	2.9	27	79	11	88	23	19	21	35	1.96
104559111--104559264	27	5.4	27	73	15	114	33	9	16	40	1.81
104559109--104559250	61	2.4	61	78	14	149	33	9	15	41	1.80
104559243--104559452	27	7.8	27	84	5	237	38	7	24	29	1.83
104559215--104559452	81	3.0	81	81	2	237	37	7	23	30	1.84
104559243--104559452	80	2.6	80	84	3	271	38	7	24	29	1.83
104559458--104559547	27	3.3	27	85	3	119	32	10	17	40	1.83
104559241--104559479	80	3.0	79	77	10	223	37	7	24	30	1.84
104559441--104559547	54	2.0	54	81	7	128	30	10	20	38	1.86
104559458--104559562	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
104562257--104562416	44	3.6	45	69	14	118	32	16	22	28	1.96
104562388--104562480	44	2.1	44	83	0	123	31	16	26	25	1.96
104562265--104562452	88	2.1	89	76	15	194	31	17	22	28	1.96
104562473--104562976	205	2.5	205	90	0	794	31	17	22	28	1.97
104564827--104564893	10	6.6	10	72	8	55	31	7	1	59	1.34
104564822--104564890	20	3.6	19	77	12	63	33	8	1	56	1.39
104567728--104567771	23	1.9	23	85	0	61	56	4	9	29	1.50
104567829--104567932	13	8.4	13	73	21	80	58	4	0	35	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104567793--104567921	62	2.0	64	81	11	151	58	3	3	34	1.32
104567820--104567897	40	2.0	40	92	5	133	61	2	0	35	1.10
104567837--104567895	18	3.2	18	75	22	59	62	1	0	35	1.05
104567828--104567936	11	10.1	11	73	9	82	58	5	0	34	1.27
104567984--104568053	23	3.2	22	76	6	70	58	7	4	30	1.44
104568088--104568144	15	3.7	15	74	11	53	61	1	0	36	1.07
104568060--104568142	36	2.2	37	85	4	114	59	3	1	36	1.23
104568210--104568315	3	33.7	3	69	14	54	62	2	2	32	1.24
104570342--104570438	27	3.7	26	69	10	72	48	1	10	40	1.44
104570342--104570442	53	1.9	53	83	0	130	48	0	9	40	1.43
104571264--104571771	168	3.0	167	89	1	766	11	22	18	47	1.81
104575893--104575924	14	2.3	14	100	0	64	31	37	0	31	1.58
104580926--104580973	18	2.6	19	77	12	55	37	12	12	37	1.81
104583704--104583747	23	1.9	23	95	0	79	29	6	13	50	1.68
104586034--104586074	16	2.5	17	88	4	66	68	9	0	21	1.18
104586502--104586597	27	3.6	27	75	8	106	50	0	9	40	1.35
104586506--104586610	53	2.0	53	88	0	156	47	0	8	43	1.34
104587456--104587895	168	2.6	168	89	1	668	11	22	18	46	1.81
104595206--104595263	26	2.2	26	90	0	89	36	5	22	36	1.77
104597037--104597323	137	2.1	137	99	0	565	25	19	24	31	1.98
104601469--104601500	16	2.0	16	93	0	55	50	15	6	28	1.68
104603010--104603048	17	2.3	17	86	8	53	17	10	0	71	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104603099--104603138	11	3.5	11	87	12	55	70	2	0	27	1.01
104603789--104603832	11	3.8	11	84	6	52	38	0	4	56	1.20
104616054--104616507	74	6.1	73	83	8	481	29	18	22	30	1.97
104616337--104617321	166	5.9	167	88	5	1274	27	20	19	32	1.97
104616412--104616587	92	2.0	89	84	6	230	28	21	18	31	1.97
104616502--104616663	74	2.1	76	86	6	222	29	20	20	29	1.98
104616578--104616765	92	2.1	90	82	6	218	25	20	19	35	1.96
104616667--104616986	77	4.1	77	84	2	401	27	19	20	33	1.96
104616900--104617079	93	2.0	91	84	6	238	24	20	19	36	1.95
104616501--104617321	325	2.5	323	89	4	1216	27	19	19	32	1.97
104616991--104617497	77	6.2	77	68	19	258	27	18	18	34	1.95
104616822--104617321	170	2.9	169	94	1	831	26	19	19	34	1.96
104617186--104617468	87	3.5	81	80	12	255	29	17	19	34	1.94
104618489--104618527	17	2.3	17	86	8	53	17	10	0	71	1.12
104618578--104618602	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
104619220--104619256	2	19.5	2	83	10	51	43	0	2	54	1.14
104619222--104619257	13	2.8	13	91	8	56	41	0	2	55	1.14
104626588--104626631	23	1.9	23	95	0	79	27	29	29	13	1.94
104626697--104626721	12	2.1	12	100	0	50	52	8	16	24	1.70
104626827--104626895	20	3.5	20	93	0	120	30	26	15	27	1.96
104627168--104627207	18	2.2	18	100	0	80	35	17	0	47	1.48
104627796--104627837	15	2.7	15	78	14	50	45	14	0	40	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104629836--104630010	46	3.8	46	78	13	205	19	20	30	29	1.97
104629831--104630002	93	1.8	93	93	0	299	19	20	31	28	1.97
104631632--104631679	23	2.1	23	88	0	69	35	10	8	45	1.68
104632092--104632154	27	2.2	29	81	10	78	1	28	4	65	1.22
104632394--104632439	23	2.0	23	95	0	83	28	30	28	13	1.94
104632498--104632524	12	2.2	12	100	0	54	48	7	18	25	1.74
104632630--104632674	18	2.4	19	81	11	56	26	24	20	28	1.99
104632640--104632676	18	2.1	18	94	0	65	27	27	18	27	1.98
104635020--104635067	23	2.1	23	88	7	71	33	12	10	43	1.77
104635490--104635562	11	6.8	10	73	13	56	2	21	4	71	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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