genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.193.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63175527--63175603	27	2.8	28	69	15	79	55	2	1	40	1.22
63178709--63178734	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
63178938--63179044	35	3.1	35	88	0	160	15	15	28	39	1.89
63183239--63183538	149	2.0	150	98	0	584	31	19	21	27	1.97
63185623--63185806	96	1.9	96	84	2	244	33	25	19	22	1.97
63188036--63188074	20	2.0	20	94	0	69	43	0	0	56	0.99
63188142--63188174	16	2.1	16	88	5	50	51	3	0	45	1.16
63189164--63189220	19	3.0	19	76	16	55	70	3	0	26	1.03
63189199--63189273	9	8.3	9	73	15	57	66	2	4	26	1.22
63189255--63189321	25	2.6	25	77	15	66	65	4	1	28	1.21
63189167--63189328	20	7.1	23	71	18	92	67	3	2	26	1.20
63191014--63191049	18	2.0	18	100	0	72	38	16	5	38	1.72
63196679--63196722	18	2.4	19	85	11	65	36	6	0	56	1.26
63196653--63196724	28	2.6	28	84	0	99	34	6	0	58	1.25
63196786--63196835	21	2.3	23	80	13	61	40	0	0	60	0.97
63197064--63197142	38	2.1	38	97	0	149	44	12	12	30	1.80
63214616--63214734	52	2.1	57	82	11	140	37	5	2	54	1.36
63214666--63214825	70	2.3	70	84	6	193	38	5	2	54	1.36
63214690--63214794	17	6.1	16	70	23	63	38	4	1	55	1.32
63214712--63214819	36	3.1	36	72	11	107	39	4	2	52	1.36
63217414--63217657	40	6.2	40	86	4	248	26	27	22	23	2.00
63217450--63217663	40	5.3	41	87	5	269	27	26	21	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63217414--63217663	80	3.2	80	86	3	310	27	26	22	24	1.99
63230775--63230850	30	2.5	30	97	0	143	31	13	26	28	1.93
63231182--63231306	47	2.7	45	76	16	121	29	18	28	24	1.98
63232267--63232390	38	3.2	38	86	3	151	32	27	20	19	1.97
63232361--63232416	28	2.0	28	86	6	78	32	25	19	23	1.98
63241681--63241842	46	3.5	44	79	7	130	27	19	27	25	1.99
63241587--63241848	47	5.7	44	72	13	136	29	19	26	24	1.98
63243164--63243281	33	3.6	32	74	15	98	26	20	21	32	1.97
63247339--63247397	24	2.4	24	78	10	66	32	22	15	30	1.94
63247443--63247482	10	3.9	10	87	6	62	30	17	15	37	1.90
63247443--63247482	21	1.9	21	94	0	71	30	17	15	37	1.90
63247522--63247572	25	2.0	25	84	0	66	27	17	23	31	1.97
63255233--63255284	25	2.1	25	92	3	88	26	19	21	32	1.97
63255331--63255370	21	1.9	21	84	0	53	30	12	20	37	1.89
63277099--63277239	57	2.5	57	82	3	167	32	21	17	27	1.96
63285118--63285226	26	4.1	27	80	8	127	30	13	15	40	1.86
63285118--63285237	53	2.3	51	82	8	143	31	12	17	38	1.87
63285152--63285237	26	3.2	26	85	8	111	30	11	18	39	1.86
63285223--63285400	27	6.6	27	79	6	155	42	15	17	24	1.88
63285223--63285400	54	3.3	54	80	7	175	42	15	17	24	1.88
63285223--63285400	81	2.2	81	82	6	200	42	15	17	24	1.88
63285769--63285867	33	3.0	32	74	12	85	29	21	21	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63289214--63289420	53	3.8	54	76	6	215	38	17	22	21	1.94
63291620--63291719	27	3.8	26	84	5	112	30	15	14	41	1.86
63291729--63291896	27	6.2	27	74	7	126	42	17	16	23	1.89
63291748--63291897	81	1.9	81	81	8	189	42	16	17	24	1.89
63291770--63291896	54	2.4	54	79	0	155	42	16	15	25	1.87
63304273--63304421	43	3.5	43	77	9	126	26	13	25	34	1.93
63304273--63304382	43	2.6	43	84	7	127	22	12	24	40	1.89
63311961--63312125	43	3.9	43	84	5	185	26	15	24	32	1.96
63312872--63312920	22	2.2	20	77	19	53	18	0	26	55	1.43
63313625--63313755	6	21.3	6	73	16	99	48	13	17	19	1.80
63313642--63313755	31	3.5	31	83	7	120	48	13	18	20	1.81
63313633--63313733	37	2.7	37	92	0	157	46	12	19	20	1.83
63313634--63313755	37	3.5	37	79	13	148	49	13	18	19	1.79
63314249--63314685	27	16.2	27	83	0	478	39	5	22	31	1.78
63314583--63314806	27	8.3	26	84	6	148	32	8	22	36	1.84
63314707--63314830	53	2.3	53	84	2	158	31	8	20	39	1.83
63314708--63314830	27	4.6	27	86	2	158	30	8	20	39	1.83
63314819--63314895	27	2.9	27	86	0	100	27	20	18	33	1.96
63314707--63314857	53	2.8	53	81	6	135	30	11	19	38	1.87
63316722--63316763	18	2.3	18	91	0	66	19	26	35	19	1.95
63325271--63325747	40	11.7	40	91	5	758	28	20	28	23	1.99
63325383--63325705	170	1.9	170	98	0	628	28	19	28	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63325303--63325770	250	1.9	249	93	1	803	27	19	28	24	1.99
63333904--63334329	40	10.7	40	96	1	757	28	20	27	23	1.99
63344361--63344415	29	1.9	28	82	10	67	36	14	30	18	1.91
63352594--63352714	60	2.0	60	96	0	224	41	22	19	17	1.90
63357722--63357773	20	2.6	20	93	0	86	21	36	28	13	1.91
63358050--63358170	39	3.1	39	81	0	152	35	13	9	42	1.76
63358094--63358157	18	3.4	18	73	12	65	39	15	3	42	1.63
63359556--63359612	20	2.8	20	76	15	62	54	0	3	42	1.17
63365651--63365786	39	3.5	39	79	0	155	38	13	8	39	1.74
63365939--63366030	44	2.1	44	85	4	123	35	21	20	21	1.96
63366947--63366977	3	10.7	3	93	6	55	67	0	0	32	0.91
63367219--63367281	20	2.8	23	74	18	60	55	1	3	39	1.25
63371025--63371054	14	2.1	14	93	0	51	56	6	0	36	1.26
63372680--63372907	40	5.7	40	88	5	293	24	28	24	23	2.00
63380799--63381028	40	5.8	40	87	3	304	24	28	23	23	2.00
63380806--63380989	79	2.3	81	90	3	286	26	27	22	23	2.00
63380806--63381028	79	2.8	80	85	3	281	25	27	23	23	2.00
63388892--63389046	40	3.9	40	81	8	181	22	28	24	24	1.99
63396076--63396159	29	3.0	28	82	3	96	28	30	11	28	1.92
63396076--63396160	28	3.0	28	82	3	98	28	30	11	29	1.92
63396375--63396419	16	2.8	16	86	0	54	8	24	17	48	1.75
63396374--63396419	24	1.9	24	90	0	74	8	23	19	47	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63397845--63397918	22	3.2	23	79	7	80	35	18	24	21	1.96
63400004--63400045	21	2.0	22	86	13	61	35	23	4	35	1.76
63405343--63405405	32	2.0	32	84	6	83	26	20	23	28	1.99
63410827--63410994	40	4.2	40	82	8	148	27	27	20	24	1.99
63410862--63411047	80	2.3	80	83	9	229	27	27	20	23	1.99
63410864--63411047	40	4.6	40	83	7	205	27	27	21	23	1.99
63418782--63418949	40	4.2	40	82	8	148	27	27	20	24	1.99
63418817--63419002	80	2.3	80	83	9	229	27	27	20	23	1.99
63418819--63419002	40	4.6	40	83	7	205	27	27	21	23	1.99
63421966--63422209	40	6.1	40	80	4	253	23	24	27	24	2.00
63430112--63430341	40	5.8	40	76	9	202	23	24	26	24	2.00
63430154--63430352	40	5.0	40	81	3	240	24	24	26	24	2.00
63438817--63438853	6	6.3	6	93	6	67	29	0	0	70	0.88
63438817--63438849	17	1.9	17	100	0	66	30	0	0	69	0.88
63452146--63452177	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
63454712--63454766	14	4.2	13	81	6	58	80	1	14	3	0.94
63456725--63456777	27	2.0	27	88	0	79	32	16	18	32	1.94
63465670--63465711	21	2.0	21	90	0	66	26	14	21	38	1.91
63468600--63468822	40	5.6	40	84	8	285	26	27	22	23	1.99
63476710--63476934	40	5.6	40	85	6	303	26	27	23	23	2.00
63476710--63476934	83	2.8	80	88	4	319	26	27	23	23	2.00
63476710--63476934	123	1.9	119	88	3	342	26	27	23	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63481628--63481677	25	2.0	24	84	7	64	38	12	10	40	1.76
63484015--63484059	21	2.2	21	88	7	67	46	20	22	11	1.81
63484065--63484127	21	3.0	21	68	9	56	44	15	23	15	1.86
63484030--63484186	42	3.7	42	77	3	136	42	15	24	17	1.88
63484093--63484148	21	2.6	22	72	5	53	41	19	25	14	1.89
63486455--63486738	140	2.0	140	89	4	430	35	13	20	30	1.91
63488476--63488525	26	1.9	26	100	0	100	34	4	34	28	1.76
63491634--63491735	42	2.4	42	88	3	143	32	15	23	28	1.95
63493709--63493742	17	2.0	17	94	0	59	61	5	11	20	1.50
63494725--63494823	31	3.2	31	92	1	162	40	7	24	28	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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