genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.230.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75777256--75777370	54	2.1	54	84	6	144	45	21	15	17	1.85
75777361--75777484	27	4.6	27	79	2	106	25	13	20	39	1.90
75777361--75777484	54	2.3	53	80	1	131	25	13	20	39	1.90
75777413--75777479	26	2.6	25	88	7	89	25	13	26	34	1.93
75777776--75777817	18	2.4	18	84	4	50	16	19	16	47	1.83
75789376--75789563	40	4.7	40	90	3	290	25	27	22	24	2.00
75797403--75797630	40	5.7	40	91	3	370	26	27	21	24	1.99
75802727--75802824	30	3.3	30	75	0	97	29	16	26	27	1.97
75805034--75805118	30	2.8	29	83	13	109	14	22	0	63	1.30
75805069--75805124	18	3.1	18	79	5	60	8	19	1	69	1.24
75805094--75805118	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
75805121--75805150	12	2.5	12	94	0	51	26	16	10	46	1.78
75805199--75805261	21	3.2	19	76	14	65	3	17	4	74	1.12
75805197--75805265	20	3.3	20	75	17	70	2	18	4	73	1.12
75806348--75806379	16	2.0	16	93	0	55	15	15	0	68	1.21
75808117--75808179	27	2.3	27	86	0	81	41	20	4	33	1.73
75808131--75808816	27	25.4	27	86	5	778	27	21	9	41	1.84
75808131--75808828	108	6.5	108	89	2	938	27	21	9	41	1.84
75808821--75809025	54	3.8	54	81	5	227	37	19	17	25	1.93
75808829--75809015	80	2.3	81	78	9	202	37	19	17	25	1.93
75808821--75809039	27	8.1	27	82	4	185	36	18	18	26	1.93
75809286--75809337	27	2.0	26	88	3	77	17	25	21	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75809456--75809627	6	27.8	6	72	16	129	18	19	15	47	1.82
75809456--75809622	25	6.7	25	80	8	164	17	19	15	47	1.83
75809484--75809636	37	4.1	37	81	5	168	18	18	15	47	1.83
75810896--75810993	30	3.3	30	77	0	106	30	16	25	27	1.96
75817445--75817560	45	2.6	45	86	5	157	27	25	22	24	2.00
75818257--75818301	22	2.0	22	95	0	81	37	28	8	24	1.86
75828486--75828599	48	2.4	48	86	2	160	28	21	14	35	1.93
75837499--75837556	28	2.1	28	90	0	89	31	15	15	37	1.89
75841746--75841976	48	4.9	48	76	7	240	26	19	25	28	1.99
75843204--75843384	96	1.9	96	88	2	274	28	23	28	19	1.99
75845458--75845678	53	4.1	54	77	2	203	39	16	23	20	1.92
75853522--75853788	18	14.4	18	72	12	157	35	13	12	37	1.83
75853509--75853788	36	7.6	36	73	11	174	36	13	12	37	1.83
75853602--75853803	18	11.3	18	78	5	176	38	12	10	38	1.78
75868534--75868753	39	5.7	40	85	11	316	25	21	27	25	1.99
75876633--75876849	40	5.5	40	89	3	298	24	22	27	25	2.00
75876629--75876849	119	1.9	119	85	5	313	25	21	27	25	2.00
75880244--75880772	48	11.0	48	96	0	950	35	6	27	30	1.82
75880914--75881058	74	2.0	74	92	0	245	22	16	33	27	1.96
75880917--75881058	37	3.8	37	90	0	212	23	15	33	27	1.95
75888852--75889006	40	3.9	41	83	7	203	27	22	26	23	2.00
75888852--75889006	79	1.9	78	84	8	206	27	22	26	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75892426--75892762	48	7.0	48	94	0	575	34	6	28	30	1.82
75892904--75893048	37	3.9	37	89	0	200	24	16	31	27	1.96
75902048--75902223	40	4.4	39	86	6	212	24	21	27	26	1.99
75902048--75902223	80	2.2	80	86	7	234	24	21	27	26	1.99
75905568--75905629	24	2.6	24	85	7	81	33	27	16	22	1.95
75921629--75921741	42	2.7	43	84	5	167	32	13	18	35	1.90
75924733--75924775	20	2.2	20	87	4	61	6	2	32	58	1.38
75925505--75925535	15	2.1	15	93	0	53	32	3	0	64	1.09
75944860--75944931	37	1.9	37	94	0	126	27	30	19	22	1.98
75945063--75945264	48	4.2	48	91	0	323	32	25	6	36	1.81
75948325--75948440	44	2.6	43	77	12	119	32	18	24	24	1.97
75947922--75948406	132	3.7	134	77	10	464	31	20	24	23	1.98
75949618--75949648	15	2.1	15	93	0	53	32	3	0	64	1.09
75950161--75950210	20	2.5	20	86	3	73	52	10	10	28	1.67
75952449--75952514	30	2.2	30	78	2	80	46	9	4	39	1.56
75954004--75954049	23	2.0	23	100	0	92	39	17	13	30	1.87
75965082--75965253	45	3.8	45	77	14	190	21	19	29	29	1.98
75965077--75965246	92	1.8	92	94	0	304	21	20	29	28	1.98
75979841--75980018	56	3.2	54	81	7	187	26	12	29	31	1.93
75979869--75980018	28	5.4	28	92	1	223	27	12	28	31	1.93
75984336--75984377	22	1.9	22	85	0	57	59	2	7	30	1.37
75984510--75984534	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75993289--75993346	28	2.1	28	100	0	116	24	25	6	43	1.79
75994625--75994661	18	2.0	19	89	5	58	37	8	10	43	1.69
75994975--75995025	16	3.2	16	94	0	84	21	9	13	54	1.67
75996447--75996485	21	1.9	20	94	5	69	33	10	25	30	1.89
75996649--75996687	16	2.6	15	84	11	53	51	0	0	48	1.00
75996643--75996721	28	2.8	28	81	12	74	54	1	0	44	1.08
75996676--75996719	20	2.3	19	81	14	54	59	2	0	38	1.10
75999597--75999731	40	3.4	40	94	0	234	20	20	31	28	1.97
76001208--76001333	52	2.4	52	100	0	252	30	13	12	42	1.82
76002020--76002061	16	2.6	17	81	11	52	30	0	2	66	1.04
76005738--76005863	49	2.6	49	81	6	150	28	30	16	23	1.96
76005730--76005858	47	2.7	47	81	4	161	27	31	17	23	1.97
76012264--76012330	27	2.5	26	72	11	64	43	4	2	49	1.38
76012898--76012947	25	2.0	25	81	11	59	8	34	2	56	1.40
76022377--76022979	49	12.6	49	93	2	955	33	8	29	29	1.86
76022377--76022979	194	3.1	194	93	2	997	33	8	29	29	1.86
76022831--76022904	22	3.3	22	64	17	62	29	10	31	28	1.91
76023099--76023270	37	4.6	37	96	0	308	23	19	31	25	1.98
76025317--76025369	27	2.0	27	85	7	72	32	24	24	18	1.97
76025751--76025809	27	2.2	27	81	6	66	32	22	20	25	1.98
76025775--76025827	27	2.0	27	88	7	81	28	15	20	35	1.93
76029040--76029191	27	5.7	27	77	9	116	41	20	6	31	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76029092--76029244	27	5.7	27	69	6	96	38	18	9	33	1.82
76029032--76029206	54	3.3	53	77	5	140	40	20	7	32	1.80
76029229--76029354	27	4.7	27	80	0	135	34	20	18	26	1.96
76029346--76029397	27	2.0	26	84	3	68	26	23	19	30	1.98
76029995--76030046	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
76036805--76036955	27	5.6	27	75	7	119	40	20	7	31	1.81
76036798--76036973	54	3.3	53	76	4	156	38	20	9	32	1.84
76036798--76036902	53	2.0	54	84	5	142	40	22	7	29	1.82
76036994--76037100	27	4.0	27	90	0	160	35	18	20	25	1.95
76043787--76043830	17	2.6	17	96	0	79	25	11	27	36	1.90
76050994--76051041	21	2.2	21	82	13	62	8	0	16	75	1.04
76052711--76052757	19	2.5	19	89	0	67	17	42	21	19	1.89
76054696--76054754	29	2.0	29	100	0	118	25	27	6	40	1.80
76058698--76058864	47	3.6	47	95	0	298	30	28	7	33	1.84
76063968--76064102	40	3.4	40	80	4	146	26	26	22	24	2.00
76064082--76064122	20	2.0	20	100	0	82	39	19	17	24	1.92
76064050--76064162	60	1.9	60	94	0	199	30	24	20	24	1.99
76064102--76064307	40	5.2	40	92	1	344	24	26	22	25	2.00
76064013--76064202	100	1.9	100	86	4	276	27	24	22	25	2.00
76064104--76064297	79	2.4	79	96	0	361	24	26	22	25	2.00
76069306--76069457	27	5.6	27	93	3	241	30	28	13	26	1.94
76069306--76069457	55	2.8	55	94	0	259	30	28	13	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76074113--76074161	25	2.0	25	95	0	89	26	20	10	42	1.84
76074883--76075133	48	5.5	48	77	9	224	25	26	19	28	1.99
76074883--76075098	96	2.3	96	83	7	277	25	26	20	27	1.99
76075067--76075149	42	2.0	42	87	0	121	27	27	16	27	1.97
76077550--76077618	23	3.0	23	85	10	79	24	18	18	37	1.94
76077786--76077851	20	3.3	20	85	2	89	28	6	24	40	1.79
76082371--76082457	25	3.6	25	72	13	58	26	22	22	27	2.00
76082582--76082647	20	3.3	20	85	2	89	28	6	24	40	1.79
76087144--76087212	23	3.0	23	85	10	79	24	18	18	37	1.94
76087380--76087445	20	3.3	20	85	2	89	28	6	24	40	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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