genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.245.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80652932--80652960	14	2.0	15	93	6	51	72	0	6	20	1.07
80660399--80660617	46	4.7	46	78	7	185	28	15	30	25	1.95
80660543--80660637	46	2.1	46	97	0	181	27	5	33	33	1.79
80664367--80664405	18	2.2	18	85	0	51	79	12	0	7	0.93
80664699--80664909	117	1.8	117	88	0	323	22	9	25	42	1.83
80665738--80665889	51	3.0	51	89	0	232	29	11	25	33	1.91
80669614--80669693	32	2.5	33	76	13	85	27	10	18	43	1.82
80680095--80680312	40	5.5	40	90	2	316	22	23	27	25	2.00
80689727--80689902	47	3.7	47	88	1	237	32	9	31	27	1.88
80690021--80690099	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
80696924--80697091	40	4.2	40	80	9	121	27	27	20	24	1.99
80696961--80697091	40	3.3	40	86	2	192	29	27	19	23	1.99
80705944--80706167	48	4.7	48	88	3	301	28	30	16	24	1.97
80708497--80708548	13	4.1	13	78	11	63	28	7	25	38	1.83
80709595--80709663	15	4.6	15	83	3	86	59	15	13	11	1.61
80716154--80716340	96	1.9	96	98	0	365	37	11	19	31	1.88
80733303--80733354	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
80733284--80733437	67	2.3	67	94	2	265	18	28	22	29	1.98
80738504--80738610	43	2.5	42	89	6	153	25	14	26	34	1.93
80741836--80741875	15	2.6	15	85	14	55	60	12	0	27	1.33
80744310--80744655	84	4.1	85	78	3	295	28	19	17	34	1.95
80752590--80752615	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80757627--80757665	17	2.2	18	90	9	62	25	23	30	20	1.98
80761337--80761506	46	3.7	46	75	13	186	28	30	20	20	1.98
80761344--80761515	93	1.8	93	93	0	299	27	29	21	22	1.99
80775847--80775998	43	3.6	43	77	7	159	24	17	28	29	1.97
80787562--80787591	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
80791584--80791616	14	2.4	14	90	5	50	30	6	15	48	1.69
80796993--80797064	22	3.3	22	86	7	110	30	30	29	9	1.89
80797010--80797077	22	3.1	21	80	4	73	33	27	26	11	1.91
80799343--80799460	48	2.4	50	77	5	116	16	27	21	33	1.95
80799343--80799460	24	4.8	24	79	5	85	16	27	21	33	1.95
80800942--80800984	22	2.0	22	95	0	77	44	16	6	32	1.74
80800944--80800997	12	4.7	12	79	9	67	38	16	9	35	1.81
80801974--80802025	25	1.9	27	81	14	63	42	13	9	34	1.77
80804488--80804624	6	22.3	6	70	15	75	48	13	18	18	1.81
80804514--80804645	19	6.7	19	67	19	74	47	13	19	18	1.82
80804497--80804582	37	2.3	37	87	0	118	51	12	17	18	1.76
80804558--80804642	31	2.7	32	73	21	81	47	11	22	18	1.81
80804617--80804674	25	2.3	25	80	11	73	50	10	15	24	1.75
80804509--80804673	62	2.7	62	79	1	188	48	12	18	20	1.80
80804889--80804939	27	1.9	26	84	4	66	35	17	27	19	1.94
80805183--80805487	81	3.8	81	88	0	441	24	19	19	37	1.94
80805184--80805479	27	11.0	27	88	0	394	24	19	19	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80805536--80805623	27	3.3	27	88	3	124	31	10	19	38	1.85
80812205--80812265	30	2.0	30	84	6	79	31	24	6	37	1.81
80822468--80822503	16	2.2	17	90	5	56	44	33	2	19	1.65
80822482--80822526	23	2.0	23	87	12	67	46	35	0	17	1.49
80823462--80823509	21	2.3	21	96	3	89	37	8	8	45	1.64
80823784--80823861	40	2.0	39	82	7	95	38	5	5	51	1.46
80824964--80825002	18	2.2	18	90	9	62	41	2	0	56	1.13
80831975--80832012	17	2.2	18	85	4	51	7	42	7	42	1.63
80833370--80833487	45	2.7	44	80	3	121	27	16	19	36	1.94
80834352--80834378	11	2.5	11	100	0	54	66	14	7	11	1.43
80837297--80837325	12	2.5	12	94	5	51	37	0	10	51	1.36
80837397--80837429	15	2.2	15	94	0	57	39	9	15	36	1.79
80837816--80837882	34	2.0	34	100	0	134	58	5	20	14	1.58
80850905--80850934	15	2.0	15	93	0	51	56	6	3	33	1.42
80856304--80856385	39	2.1	39	86	2	110	34	31	19	14	1.92
80856325--80856528	39	5.5	38	79	13	219	31	30	21	17	1.96
80856371--80856428	30	1.9	30	100	0	116	32	27	22	17	1.96
80856601--80856677	28	2.8	28	78	7	93	29	23	9	37	1.86
80858047--80858089	21	2.0	21	100	0	86	32	9	18	39	1.83
80858486--80858515	10	3.0	10	95	0	51	13	0	0	86	0.57
80860463--80860506	6	6.8	6	80	14	52	79	2	4	13	0.98
80866821--80866870	10	5.0	10	85	0	73	64	2	10	24	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80867828--80867873	9	5.1	9	94	0	83	45	13	10	30	1.77
80870377--80870452	33	2.3	33	95	2	134	57	6	10	25	1.56
80873405--80873512	26	4.2	26	91	0	180	37	24	6	32	1.81
80873913--80873937	8	3.1	8	100	0	50	52	0	0	48	1.00
80874178--80874233	22	2.6	21	80	11	60	60	0	8	30	1.27
80874129--80874259	19	6.9	19	67	22	71	61	0	4	32	1.21
80875876--80876297	205	2.1	206	88	1	641	28	20	18	33	1.96
80877375--80877399	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
80885533--80885570	16	2.4	16	100	0	76	15	34	10	39	1.82
80888679--80888740	22	2.8	24	78	11	69	61	1	6	30	1.31
80888779--80888823	20	2.5	17	86	13	63	66	0	0	33	0.92
80891917--80891950	16	2.1	16	88	0	50	55	2	2	38	1.30
80900280--80900422	43	3.3	43	76	11	143	27	17	24	30	1.97
80909222--80909455	130	1.8	128	80	4	283	32	15	17	34	1.91
80909222--80909471	129	1.9	128	79	4	279	32	16	17	34	1.92
80909686--80909771	3	28.7	3	86	9	113	67	1	3	27	1.14
80911563--80911606	22	2.0	21	87	12	63	34	4	13	47	1.63
80919297--80919366	16	4.4	16	94	0	113	20	41	25	12	1.88
80921885--80921935	3	17.0	3	91	0	75	66	5	0	27	1.14
80921984--80922028	21	2.3	18	85	11	54	68	0	8	22	1.16
80923726--80924598	44	19.7	44	70	11	444	30	19	15	33	1.94
80923760--80924598	89	9.4	87	69	13	363	31	19	15	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80923760--80924594	133	6.3	134	79	7	666	31	20	15	33	1.93
80923929--80924435	135	3.8	127	79	15	528	31	18	14	35	1.91
80924042--80924598	140	4.1	136	81	7	558	31	18	15	34	1.92
80929407--80929445	17	2.2	18	86	4	53	5	30	0	64	1.15
80936483--80936527	21	2.3	18	85	11	54	68	0	8	22	1.16
80938756--80938983	98	2.3	98	80	4	237	22	27	20	29	1.98
80938731--80938983	49	5.2	49	74	11	155	22	27	19	29	1.98
80939546--80939588	21	2.0	21	95	0	77	32	20	4	41	1.73
80943546--80943586	19	2.2	19	100	0	82	36	17	29	17	1.92
80951273--80951394	45	2.6	46	86	8	151	24	18	31	25	1.97
80951363--80951487	47	2.7	47	80	6	148	28	15	29	26	1.96
80958894--80958932	18	2.2	18	90	0	60	30	10	33	25	1.89
80958930--80959101	93	1.8	94	83	6	233	27	16	29	26	1.97
80958927--80959078	46	3.3	44	80	12	171	28	15	28	26	1.96
80963467--80963518	25	2.1	25	92	0	86	55	3	5	34	1.42
80966099--80966225	40	3.2	40	88	2	184	31	16	29	22	1.96
80971494--80971637	33	4.3	33	71	10	94	27	23	14	34	1.94
80971479--80971705	101	2.2	101	87	1	321	27	23	15	33	1.95
80974509--80974534	13	2.0	13	100	0	52	30	23	0	46	1.53
80975352--80975400	24	2.0	24	92	0	80	44	14	2	38	1.56
80975363--80975414	23	2.2	24	82	3	61	42	17	1	38	1.60
80976356--80976380	13	1.9	13	100	0	50	24	32	0	44	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80976872--80977088	45	4.8	45	74	15	162	26	16	12	44	1.83
80989333--80989397	31	2.1	31	100	0	130	40	12	18	29	1.87
81000847--81001093	49	5.0	49	83	2	305	25	17	26	29	1.98
81000951--81001034	28	3.2	28	68	25	92	22	15	30	30	1.95
81000849--81001093	101	2.5	98	82	2	301	25	17	26	30	1.98
81003539--81003639	50	2.0	50	96	0	184	31	22	22	22	1.98
81013924--81013960	14	2.6	14	91	0	56	2	32	0	64	1.07
81014288--81014355	31	2.2	30	82	12	77	19	1	4	75	1.06
81014305--81014355	15	3.2	17	74	23	56	17	0	3	78	0.90
81016000--81016052	6	8.7	6	75	4	52	16	3	3	75	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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