genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26958296--26958387	32	2.8	32	86	1	112	21	13	40	25	1.89
26959938--26960044	33	3.3	33	77	1	126	21	43	14	19	1.87
26960462--26960618	64	2.5	64	87	3	210	46	9	4	39	1.57
26961032--26961124	46	2.0	46	97	0	177	29	21	26	22	1.99
26962032--26962077	22	2.1	22	95	0	83	8	15	36	39	1.78
26964125--26964656	2	278.5	2	69	10	263	40	1	57	0	1.14
26974913--26974963	17	3.1	16	78	18	59	11	3	3	80	0.98
26975317--26975357	13	3.1	14	82	10	50	73	4	0	21	1.02
26978957--26979017	11	5.5	11	72	2	50	72	3	21	3	1.14
26983468--26983656	62	3.2	59	75	13	167	51	3	3	41	1.35
26983468--26983664	56	3.4	62	76	12	186	50	3	3	43	1.35
27014643--27014689	6	7.8	6	95	0	85	53	0	46	0	1.00
27014642--27014689	24	2.0	24	100	0	96	54	0	45	0	0.99
27015647--27015675	14	2.1	14	100	0	58	34	0	6	58	1.25
27016695--27016756	32	2.0	33	84	9	85	48	1	1	48	1.21
27017783--27017843	30	2.1	29	82	14	72	24	4	0	70	1.07
27017826--27017864	19	2.0	19	85	5	51	23	10	5	61	1.48
27018899--27018927	12	2.5	12	94	5	51	58	24	6	10	1.55
27022260--27022320	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
27025523--27025582	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
27027517--27027622	44	2.5	43	77	13	112	33	25	18	21	1.96
27034394--27034608	47	4.6	47	92	0	349	28	30	8	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27034833--27034974	40	3.6	40	80	11	166	24	28	22	24	2.00
27044369--27044467	28	3.5	29	81	12	107	29	28	15	27	1.96
27059269--27059316	24	2.0	24	100	0	96	29	8	12	50	1.69
27061008--27061040	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
27062205--27062247	22	2.0	22	100	0	86	58	4	4	32	1.39
27062646--27062702	16	3.2	17	78	14	53	59	0	36	3	1.14
27064535--27064703	77	2.2	77	89	3	259	47	23	9	19	1.78
27065610--27065687	27	2.9	26	86	7	95	33	21	24	20	1.97
27069629--27069761	48	2.8	48	98	0	257	45	15	12	26	1.82
27069769--27069815	24	2.0	24	95	0	85	53	14	4	27	1.60
27069910--27069963	17	3.2	17	70	15	58	57	24	1	16	1.49
27069901--27069991	23	4.0	23	68	22	57	57	23	3	16	1.54
27071305--27071356	10	5.3	10	77	11	54	34	0	3	61	1.14
27080522--27080630	26	4.2	26	93	0	191	33	7	23	35	1.83
27087622--27087723	24	4.2	25	83	13	140	33	7	24	34	1.84
27087622--27087723	50	2.1	49	89	10	156	33	7	24	34	1.84
27089228--27089269	22	1.9	22	90	9	68	16	14	19	50	1.79
27102200--27102244	18	2.4	19	85	3	56	57	2	2	37	1.23
27102544--27102639	9	10.4	9	72	20	74	32	2	1	64	1.12
27102832--27103003	91	1.9	91	82	3	220	43	4	11	41	1.61
27105736--27105798	26	2.4	27	81	7	85	19	20	20	39	1.92
27110263--27110434	93	1.8	93	93	0	299	29	27	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27110256--27110431	46	3.8	46	79	12	207	30	27	19	22	1.98
27123538--27123593	26	2.2	26	83	6	69	46	23	16	14	1.83
27123622--27123729	26	4.2	26	70	8	87	42	21	18	17	1.89
27126818--27126914	9	10.4	10	68	18	50	64	1	2	31	1.11
27127216--27127259	18	2.4	18	85	7	54	36	2	2	59	1.23
27127637--27127679	21	2.1	20	83	12	52	46	0	6	46	1.30
27128402--27128446	15	3.0	15	76	0	54	35	2	0	62	1.08
27141877--27141985	26	4.2	26	92	0	191	34	23	8	33	1.85
27149026--27149134	26	4.2	26	93	0	191	35	23	7	33	1.83
27171163--27171197	18	2.0	18	94	5	63	17	25	40	17	1.90
27183192--27183243	26	2.0	26	96	0	95	50	17	7	25	1.72
27184120--27184328	31	6.7	31	89	0	319	28	18	26	26	1.98
27184315--27184371	29	2.0	29	96	0	105	31	12	29	26	1.92
27184365--27184519	32	4.8	32	87	3	168	32	10	21	34	1.88
27184375--27184572	97	2.0	95	79	5	209	35	12	20	30	1.90
27189298--27189339	10	4.4	9	85	8	57	64	4	0	30	1.14
27189298--27189348	19	2.6	19	84	9	68	64	3	1	29	1.22
27189744--27189772	13	2.1	14	93	6	51	58	0	6	34	1.25
27191726--27191795	35	2.0	35	85	0	95	32	10	22	34	1.88
27194715--27194883	46	3.6	45	75	13	139	23	27	19	30	1.98
27199985--27200066	28	2.9	28	87	0	110	29	25	10	34	1.90
27202073--27202187	58	2.0	57	94	1	203	30	31	9	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27202889--27203209	48	6.7	49	79	5	334	23	29	19	27	1.98
27202889--27203222	144	2.3	144	89	2	483	24	29	18	26	1.98
27208565--27229486	465	44.0	472	93	3	32468	36	15	13	35	1.86
27245311--27245529	40	5.5	39	84	3	206	28	26	20	24	1.99
27249675--27249755	42	1.9	42	94	0	144	23	34	23	18	1.96
27254429--27254480	25	2.1	25	100	0	104	26	40	7	25	1.82
27258812--27258980	64	2.7	64	78	4	191	24	28	17	30	1.97
27259715--27259775	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
27262334--27262428	27	3.5	27	68	22	74	42	1	0	56	1.06
27264981--27265761	390	2.0	390	98	0	1526	23	17	30	28	1.97
27265813--27266137	27	12.1	27	84	4	370	37	19	18	24	1.94
27265816--27266138	81	4.0	81	86	4	411	38	19	17	24	1.93
27266340--27266409	25	2.8	25	91	0	104	27	24	22	25	2.00
27269426--27269479	23	2.4	23	81	3	65	48	25	14	11	1.77
27276006--27276048	17	2.5	17	88	0	50	27	11	34	25	1.91
27282595--27282648	27	2.1	27	86	6	76	14	14	22	48	1.81
27282931--27283016	28	3.0	28	86	3	118	27	29	15	27	1.96
27283227--27283269	16	2.7	16	92	0	68	6	18	20	53	1.67
27288205--27288240	16	2.2	17	90	5	56	16	5	25	52	1.65
27294257--27294339	25	3.4	24	68	22	73	24	13	15	46	1.81
27294250--27294347	49	2.0	49	100	0	196	24	14	14	46	1.81
27297998--27298168	93	1.8	93	92	0	288	27	29	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27297990--27298165	46	3.8	46	79	10	196	28	29	21	21	1.98
27300567--27300614	15	3.2	15	80	11	62	58	14	14	12	1.64
27307898--27308114	40	5.5	40	85	6	266	23	23	27	25	2.00
27307898--27308100	79	2.5	79	88	4	275	22	23	28	26	1.99
27315687--27315868	40	4.6	40	81	6	201	26	28	20	24	1.99
27315687--27315868	79	2.3	80	80	8	201	26	28	20	24	1.99
27319407--27319623	40	5.5	40	84	6	257	23	23	27	25	2.00
27319407--27319609	79	2.5	79	87	4	266	22	23	27	26	2.00
27321078--27321104	14	1.9	14	100	0	54	22	7	7	62	1.46
27322173--27322329	43	3.7	42	74	8	149	26	19	27	26	1.99
27322176--27322329	84	1.8	84	80	8	188	27	18	27	26	1.98
27330150--27330301	43	3.6	42	72	15	134	27	19	25	26	1.99
27335074--27335181	26	4.2	26	93	0	189	36	26	5	31	1.80
27335826--27335874	25	2.0	25	95	0	89	42	14	14	28	1.84
27339256--27339428	43	4.0	43	77	5	161	25	15	24	34	1.94
27339487--27339528	20	2.1	20	100	0	84	50	14	9	26	1.73
27339988--27340041	28	2.0	27	85	3	72	33	5	20	40	1.76
27342025--27342077	25	2.1	25	100	0	106	22	7	32	37	1.82
27356757--27356787	15	2.1	15	93	0	53	51	25	0	22	1.48
27363830--27364005	27	6.5	27	83	3	201	27	14	27	30	1.95
27363831--27363986	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
27363827--27364005	82	2.2	81	82	3	225	27	15	27	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27371943--27372120	27	6.6	27	83	3	205	26	14	28	30	1.95
27371944--27372099	82	1.9	81	88	3	233	26	14	28	30	1.95
27371940--27372120	82	2.2	81	83	2	229	26	14	28	30	1.95
27374477--27374548	34	2.1	34	92	2	119	31	20	18	29	1.96
27377830--27377964	54	2.5	55	75	4	141	29	17	17	35	1.93
27377830--27377964	27	5.0	27	75	3	119	29	17	17	35	1.93
27384308--27384363	29	1.9	29	100	0	112	30	16	17	35	1.92
27391565--27391736	27	6.4	27	87	2	238	28	18	16	36	1.92
27391537--27391736	54	3.7	54	84	4	251	28	19	17	36	1.93
27393381--27393478	39	2.5	39	77	6	117	24	24	22	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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