genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.156.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51062044--51062154	53	2.1	54	85	8	147	39	21	8	30	1.82
51062177--51062264	27	3.3	27	90	0	140	32	21	7	37	1.83
51062190--51062300	27	4.1	27	82	4	91	34	20	9	36	1.84
51062179--51062291	54	2.1	54	81	3	129	33	20	7	38	1.82
51062287--51062491	27	7.6	27	88	0	284	34	20	19	25	1.96
51062287--51062695	54	7.8	54	82	7	450	34	20	19	25	1.96
51062285--51062713	81	5.4	81	79	8	402	34	20	19	26	1.96
51062449--51062534	43	2.0	43	90	4	138	37	19	15	27	1.92
51062499--51062695	27	7.3	27	84	2	243	34	20	20	25	1.97
51062395--51062695	97	3.0	97	78	8	246	35	20	18	25	1.95
51062369--51062615	124	2.0	124	89	0	377	35	21	17	25	1.95
51062350--51062642	151	1.9	151	87	1	426	34	21	18	26	1.96
51063003--51063043	20	2.0	20	85	0	55	14	17	29	39	1.89
51063298--51063383	27	3.2	26	77	11	93	19	20	20	38	1.94
51063276--51063383	54	2.0	53	82	5	128	20	21	20	37	1.94
51063503--51063604	31	3.3	30	86	5	132	20	14	15	49	1.80
51063503--51063615	6	18.3	6	69	18	63	20	15	15	48	1.81
51067170--51067445	50	5.6	50	80	8	280	26	17	25	30	1.97
51067220--51067445	101	2.3	94	84	6	265	26	19	24	29	1.98
51069499--51069605	30	3.6	30	84	2	108	23	24	35	16	1.95
51069524--51069612	30	3.0	30	86	0	124	23	21	38	16	1.93
51074753--51074833	25	3.2	26	65	25	64	30	12	27	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51074649--51074835	101	1.9	98	85	3	257	29	18	24	27	1.98
51074644--51074876	50	4.7	50	76	7	217	29	17	24	28	1.97
51086213--51086430	94	2.4	90	81	12	239	22	30	19	27	1.98
51086210--51086432	46	4.8	44	75	14	157	22	30	19	27	1.98
51093928--51094094	46	3.6	44	77	10	147	23	29	18	28	1.98
51106216--51106388	46	3.8	45	79	10	206	21	20	27	30	1.98
51106213--51106383	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.98
51123229--51123386	27	5.9	27	81	11	173	34	20	24	20	1.97
51123247--51123386	54	2.6	54	93	2	237	34	22	24	19	1.96
51125554--51125729	46	3.8	46	74	12	189	30	28	18	21	1.97
51127412--51127518	27	3.9	27	84	9	137	37	22	24	15	1.93
51130031--51130055	3	8.3	3	100	0	50	0	36	0	64	0.94
51132269--51132393	27	4.6	28	89	2	159	29	19	8	43	1.79
51132317--51132703	27	14.3	27	76	8	178	37	19	9	33	1.85
51132290--51132419	54	2.4	54	80	5	129	33	20	7	39	1.81
51132371--51132618	54	4.6	53	78	7	214	39	21	9	29	1.85
51132371--51132506	53	2.5	54	77	5	132	40	22	8	28	1.84
51132385--51132591	80	2.6	80	82	4	229	39	20	10	29	1.85
51132412--51132618	81	2.6	80	78	7	213	39	20	10	29	1.85
51132371--51132703	54	6.2	52	75	9	206	38	19	9	31	1.85
51132721--51132798	27	2.9	27	77	11	88	35	21	20	21	1.96
51133608--51133701	25	3.8	25	88	4	138	26	23	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51133608--51133714	25	4.4	24	86	10	121	28	21	23	26	1.99
51136900--51137044	40	3.6	39	91	1	218	24	28	24	22	1.99
51146418--51146528	42	2.6	42	77	2	134	33	24	10	31	1.90
51147592--51147617	13	2.0	13	100	0	52	46	15	0	38	1.46
51151067--51151096	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
51151490--51151851	182	2.0	182	98	0	697	32	7	23	37	1.83
51157531--51157560	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
51160031--51160202	93	1.8	93	91	2	283	29	29	20	20	1.98
51160024--51160199	46	3.8	47	79	12	202	30	29	19	20	1.97
51160620--51160679	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
51165047--51165176	43	3.0	43	72	14	122	25	18	28	27	1.98
51165062--51165176	44	2.7	42	75	14	117	25	19	28	26	1.98
51171563--51171589	7	3.9	7	100	0	54	74	0	14	11	1.08
51173746--51173844	49	2.0	49	98	0	189	28	5	24	42	1.75
51174157--51174206	24	2.1	24	96	0	91	40	12	18	30	1.86
51178866--51178915	15	3.4	15	80	5	57	40	0	12	48	1.40
51178873--51178919	15	3.2	15	81	6	60	36	0	8	55	1.31
51179926--51179952	9	3.0	9	100	0	54	55	22	0	22	1.44
51185341--51185525	40	4.7	40	80	6	198	25	26	22	25	2.00
51192056--51192175	56	2.1	56	100	0	240	44	9	24	22	1.82
51193037--51193219	79	2.3	81	84	7	232	25	22	27	24	2.00
51193038--51193221	40	4.6	39	80	9	194	25	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51193076--51193254	79	2.3	79	80	7	204	27	21	26	24	1.99
51199690--51199809	56	2.1	56	100	0	240	44	9	24	22	1.82
51201958--51202031	28	2.6	28	85	8	98	28	16	25	29	1.97
51203878--51204060	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
51203879--51204062	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
51203931--51204095	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
51207091--51207239	40	3.8	40	82	7	164	25	28	21	24	1.99
51207138--51207286	77	1.9	77	81	8	178	26	27	20	26	1.99
51208872--51209049	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
51208893--51209048	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
51209597--51209621	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
51216761--51216937	27	6.6	27	83	6	180	28	28	15	27	1.96
51216761--51216937	54	3.3	53	82	6	203	28	28	15	27	1.96
51216782--51216936	81	1.9	81	86	5	224	28	28	16	27	1.97
51221795--51221972	46	3.8	46	77	12	184	29	28	20	21	1.98
51223693--51223743	16	3.2	16	75	8	50	54	21	1	21	1.54
51224063--51224101	19	2.1	19	90	0	60	33	17	7	41	1.79
51228455--51228852	50	7.9	49	77	6	343	26	17	25	30	1.97
51228413--51228860	150	3.0	151	86	2	596	26	16	25	31	1.96
51228618--51228799	101	1.8	101	85	0	256	26	17	25	30	1.97
51229383--51229719	180	1.9	180	88	1	514	38	8	20	32	1.82
51234509--51234555	20	2.3	21	81	3	60	55	21	2	21	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51235572--51235679	29	3.8	29	84	6	130	27	28	16	26	1.97
51235569--51235679	58	1.9	57	87	1	159	27	29	16	26	1.97
51235758--51235793	19	1.9	19	88	5	56	19	38	16	25	1.92
51239843--51240301	47	9.6	49	91	4	692	30	28	8	32	1.86
51239843--51240301	96	4.8	96	91	4	721	30	28	8	32	1.86
51243941--51244097	40	3.9	40	93	0	251	24	26	22	26	2.00
51243954--51244176	40	5.6	40	84	5	229	23	26	23	26	2.00
51244482--51244560	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
51244543--51244644	43	2.4	43	98	0	195	27	36	13	22	1.92
51246702--51247144	93	4.8	94	85	8	604	29	29	7	33	1.86
51246753--51247148	49	8.6	41	83	13	224	31	28	7	32	1.84
51246702--51247144	47	9.6	47	86	7	604	29	29	7	33	1.86
51257264--51257436	46	3.7	46	77	13	201	21	20	27	29	1.98
51257261--51257431	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.98
51263118--51263225	29	3.8	29	84	6	130	27	27	15	28	1.96
51263115--51263225	58	1.9	57	87	1	159	27	28	15	27	1.96
51265169--51265343	40	4.4	40	94	0	305	21	20	29	29	1.98
51265879--51266102	50	4.5	50	74	9	172	27	17	25	29	1.98
51265769--51266110	151	2.3	151	83	1	429	26	18	25	29	1.98
51266667--51267026	180	2.0	179	88	2	528	36	7	22	33	1.82
51269335--51269504	43	4.0	42	83	4	216	31	28	16	24	1.96
51269335--51269489	84	1.8	84	88	0	238	30	29	16	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51270082--51270112	15	2.1	15	93	0	53	54	16	0	29	1.42
51271771--51271922	43	3.5	43	79	12	143	31	24	19	25	1.98
51272511--51272549	21	1.9	20	85	15	53	30	23	0	46	1.53
51277653--51277859	49	4.2	49	84	2	261	28	27	17	26	1.98
51283264--51283301	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
51283526--51283692	46	3.8	44	75	15	166	29	26	20	23	1.99
51283533--51283694	86	1.9	86	88	2	245	29	27	20	22	1.99
51291027--51291336	47	6.6	47	90	1	476	32	8	30	29	1.87
51291027--51291336	143	2.2	141	90	1	476	32	8	30	29	1.87
51293766--51293840	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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