genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.231.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76092179--76092244	20	3.3	20	85	2	89	28	6	24	40	1.79
76110172--76110221	24	2.1	24	92	0	82	54	14	2	30	1.51
76110354--76110597	90	2.7	91	86	1	323	34	13	24	27	1.93
76110365--76110642	90	3.1	88	77	9	249	35	14	21	28	1.93
76114306--76114339	16	2.1	16	88	0	50	17	11	11	58	1.62
76120404--76120505	51	2.0	51	96	3	190	50	5	19	23	1.69
76122265--76122324	27	2.2	27	87	0	84	18	21	33	26	1.96
76124551--76124611	30	2.0	30	96	0	113	19	24	9	45	1.80
76125468--76125518	18	2.8	18	81	0	66	45	11	5	37	1.65
76125523--76125586	18	3.6	18	80	0	74	31	12	18	37	1.88
76126827--76126866	20	2.1	19	90	4	62	0	35	0	65	0.93
76126893--76126931	19	2.2	18	86	9	53	5	15	2	76	1.06
76128394--76128535	78	1.9	76	83	5	189	54	10	7	26	1.61
76128730--76128803	33	2.2	33	76	9	78	29	13	44	12	1.80
76129563--76129615	23	2.3	23	96	0	97	43	7	18	30	1.78
76131441--76131674	48	4.9	48	88	2	290	24	18	31	24	1.98
76131440--76131701	48	5.4	47	80	9	228	25	19	30	24	1.98
76131441--76131701	96	2.7	94	80	8	292	25	18	30	24	1.98
76131441--76131701	144	1.8	143	82	7	339	25	18	30	24	1.98
76135323--76135474	41	3.7	40	74	16	141	21	22	28	27	1.99
76143740--76143893	41	3.8	40	75	16	145	19	22	29	27	1.98
76150354--76150527	48	3.6	48	87	1	233	24	20	29	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76150354--76150527	97	1.8	95	87	5	260	24	20	29	25	1.99
76150400--76150563	48	3.4	47	85	4	134	26	19	28	26	1.99
76155652--76155686	8	4.4	8	88	0	52	51	20	22	5	1.68
76155898--76155958	29	2.1	29	91	8	99	31	13	26	29	1.93
76155910--76156044	29	4.7	29	80	5	125	27	14	31	26	1.95
76157232--76157319	30	2.9	29	91	3	131	11	27	38	22	1.88
76158529--76158855	106	3.1	105	90	3	532	55	14	0	30	1.40
76158914--76159032	60	2.0	60	94	0	211	52	12	2	32	1.53
76159199--76159245	3	15.3	3	86	4	58	0	25	0	74	0.82
76159204--76159271	27	2.5	27	81	9	77	1	30	0	67	0.99
76159395--76159448	27	2.0	27	88	0	81	18	38	27	14	1.90
76159514--76159567	25	2.4	22	80	17	65	51	0	1	46	1.11
76159514--76159576	23	2.6	25	80	11	71	55	0	1	42	1.09
76160008--76160058	26	2.0	26	92	3	86	41	3	17	37	1.68
76160310--76160370	11	5.8	10	74	16	52	63	1	6	27	1.28
76160310--76160398	21	4.3	21	76	11	76	62	1	5	30	1.25
76160307--76160397	20	4.6	20	74	12	62	62	1	5	30	1.25
76161961--76162024	31	2.3	26	72	23	65	62	3	0	34	1.11
76162528--76162552	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
76162656--76162816	76	2.1	78	96	2	299	50	5	6	37	1.51
76165854--76166002	42	3.5	42	78	3	174	29	16	25	28	1.97
76186294--76186596	40	7.6	40	89	2	396	27	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76188433--76188577	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
76193166--76193343	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
76193187--76193342	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
76195224--76195294	27	2.6	27	84	0	97	33	18	18	29	1.95
76195296--76195535	27	8.9	26	85	6	266	30	21	6	40	1.79
76195296--76195535	54	4.4	53	84	2	300	30	21	6	40	1.79
76195296--76195535	81	3.0	80	84	4	329	30	21	6	40	1.79
76195770--76195820	27	1.9	26	84	4	66	17	27	19	35	1.94
76195755--76195926	67	2.6	67	94	0	290	19	28	21	30	1.97
76196103--76196179	31	2.5	31	84	0	91	24	16	10	48	1.78
76196103--76196224	6	19.8	6	70	14	70	21	18	11	48	1.79
76196125--76196212	37	2.4	37	88	0	131	21	21	11	45	1.83
76196103--76196224	37	3.4	36	76	13	128	21	18	11	48	1.79
76197776--76197953	27	6.6	27	81	5	171	29	28	15	26	1.96
76197797--76197952	82	1.9	81	85	3	215	29	28	15	26	1.96
76198432--76198457	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
76205858--76206035	27	6.6	27	81	5	171	29	28	15	26	1.96
76205879--76206034	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
76206520--76206546	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
76208201--76208286	45	1.9	45	95	0	154	37	24	12	25	1.91
76211354--76211439	20	4.3	20	79	2	84	37	18	31	12	1.89
76214892--76215240	43	8.2	43	78	4	305	31	28	15	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76215857--76216525	23	29.3	23	74	9	372	37	22	5	33	1.77
76215891--76216523	46	13.8	46	74	9	485	38	22	4	34	1.76
76215917--76216511	91	6.5	92	75	10	418	38	22	5	33	1.76
76215891--76216523	68	9.2	68	72	12	300	38	22	4	34	1.76
76215897--76216338	182	2.4	182	91	2	719	38	22	4	34	1.75
76216033--76216523	229	2.1	228	90	3	774	37	22	5	34	1.76
76216265--76216568	160	1.9	159	87	4	450	37	22	5	34	1.79
76215869--76216572	69	10.3	68	73	11	470	37	22	5	34	1.77
76219605--76219680	34	2.3	33	84	10	111	71	6	6	15	1.29
76219619--76219678	19	3.4	19	73	17	74	71	5	3	20	1.19
76219920--76219961	18	2.6	16	81	11	50	50	2	0	47	1.14
76220025--76220085	7	8.6	7	78	3	50	45	32	0	21	1.52
76220063--76220102	21	1.9	21	84	0	53	35	42	0	22	1.54
76220614--76220723	40	2.8	40	85	0	148	28	22	20	28	1.99
76220775--76220861	40	2.2	40	85	0	120	28	19	17	34	1.94
76220543--76220851	155	2.0	155	88	0	465	28	21	19	30	1.98
76230210--76230271	30	2.1	30	93	6	108	29	14	20	35	1.93
76232916--76233076	42	3.8	42	77	10	173	27	19	25	27	1.99
76234219--76234299	27	3.0	27	83	0	99	30	20	22	25	1.98
76234284--76234369	27	3.2	27	85	3	111	38	18	10	32	1.85
76234364--76234438	27	2.8	27	83	4	89	40	22	9	28	1.85
76234335--76234438	54	1.9	54	82	7	131	38	21	10	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76234430--76234758	27	12.2	27	86	0	406	30	21	6	41	1.79
76234305--76234453	54	2.7	51	73	13	129	37	20	10	30	1.87
76234430--76234758	54	6.1	54	89	0	480	30	21	6	41	1.79
76234392--76234758	81	4.5	81	83	2	425	31	21	7	40	1.80
76235266--76235329	25	2.6	25	89	0	92	15	21	15	46	1.83
76237202--76237276	27	2.8	27	83	0	87	38	16	18	26	1.91
76237264--76237361	27	3.6	27	83	2	117	39	23	8	28	1.83
76237356--76237686	27	12.2	27	87	1	394	29	22	6	41	1.78
76238189--76238307	6	19.3	6	67	17	66	19	18	13	48	1.80
76238220--76238286	25	2.7	25	92	0	98	19	20	11	47	1.81
76238189--76238286	31	3.4	30	75	16	107	19	19	13	47	1.81
76253095--76253249	76	2.0	76	96	0	283	47	4	18	29	1.68
76258300--76258363	31	2.1	31	87	0	92	23	23	14	39	1.91
76258577--76258652	23	3.1	26	87	12	124	27	19	19	32	1.96
76258710--76258766	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
76258710--76258768	20	3.0	20	94	0	109	33	20	10	35	1.86
76258805--76258852	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
76266338--76266400	31	2.1	30	90	3	99	23	23	15	36	1.94
76266594--76266736	24	6.0	24	90	7	220	27	20	20	30	1.98
76266594--76266736	47	3.0	49	89	8	222	27	20	20	30	1.98
76266594--76266735	71	2.0	72	90	6	227	28	21	21	29	1.98
76266794--76266850	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76266790--76266852	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
76271353--76271394	23	1.9	23	85	9	61	30	9	23	35	1.87
76279108--76279139	15	2.1	15	100	0	64	34	28	6	31	1.82
76283699--76283742	17	2.6	17	89	7	63	75	4	4	15	1.14
76284888--76284938	26	2.0	26	88	0	75	37	5	11	45	1.65
76287804--76287912	37	2.9	37	94	0	182	26	30	19	23	1.98
76288121--76288507	47	8.1	47	88	4	549	26	30	12	31	1.93
76288121--76288507	98	4.0	98	91	4	610	26	30	12	31	1.93
76292277--76292642	40	9.1	40	90	1	527	25	29	21	23	1.99
76293910--76294018	37	2.9	37	94	0	182	26	30	19	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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